分子动力学软件那个比较快？ 第1页

单纯论速度，合理计算配置（用GPU跑）下，主流计算程序中无脑推荐GROMACS。

首先是开发理念上的问题。GROMACS一定程度上源于GROMOS开发者理念上的分歧，一部分信仰更好的力场，一部分信仰更快的速度，后者使得GROMACS脱胎于GROMOS而成为一个单独的动力学程序。所以在开发理念上，GROMACS的理念是速度第一，功能第二（甚至不惜牺牲功能），这也就是为什么早期版本的GROMACS功能可能比新版本的更多，但新版本的速度会比老版本的更快（比如2019版比2018版显著提升了GPU加速性能并提升了对OpenCL的支持，但彻底放弃了QM/MM接口并去掉了隐式溶剂模型）。相关测试结果见图1和图2。

BTW，尽管图2中以Tesla V100作为高端GPU的参照，但实际上其性价比未必是最高的（不差钱的请跳过这一段）。Tesla系列专用于科学计算，双精度性能远高于GeForce系列，但单精度性能几乎相当；在大多数情况下，单精度浮点通常已经可以满足动力学的精度需求，但与此同时，Tesla系列的价格却远高于同级的GeForce产品。附一份比较古老的测试结果，可以看到在此测试结果下，论性价比会比较推荐2080/2080Ti，及多卡并行的情况，V100对动力学性价比不高；而对CPU，只要不是太烂，差别不大。

参考文献：