基因测序技术出现后，是不是老的生物分类有很多都被推翻了？ 第1页

原文言辞太激烈，重新修改。

提前声明：本文属于李雷较真系列，我也比较讨厌自己！

看到一句话

绝大多数中国人也许也不知道日本最原始的原住民远比现代中国人的祖先早上万年就通过海洋迁徙到东亚（一类编号YAP的原始基因在日本人基因测序里有三分之一而在中国人里低于1%）。

第一直觉就是觉得有问题，因为在分子人类学上，日本还是比较明确的，既然走出非洲理论大家都认可，那么作为东亚一个孤悬小岛上的人难道是飞过去的？还是土地里长出来的？

第一、时间搞错了。

我恰恰有这篇文章。这个文章论证的是日本人的一部分基因是在来自于一万年左右进入日本岛的绳文人。

而中国人进入东亚时间大概是5万年前。所以不存在日本比中国还早1万年的说法！

第二，地理位置错位

论文其实说的是日本岛的问题，虽然日本属于东亚，但是东亚》日本。所以在这个问题上，还是要慎重的说

第三，关于基因比例的问题

日本人YAP多是绝对不能证明日本人早的，反过来这恰恰说明了两个问题

日本人群体太小，所以基因始终无法得到稀释。

而其他地方的群体太过庞大，所以很多突变很快会通过群体扩散最后变得很低了。

事实上在生物学上，一个典型的问题就是建立者效应。

建立者效应（founder effect，亦称为奠基者效应、建立者效应或创始者效应、始祖效应）是遗传漂变的一种形式，指由带有亲代群体中部分等位基因的少数个体重新建立新的群体，这个群体后来的数量虽然会增加，但因未与其他生物群体交配繁殖，彼此之间基因的差异性甚小。这种情形一般发生于对外隔绝的海岛，或较为封闭的新开辟村落等。也可称“定殖者效应”。

日本这种海岛，恰恰符合这个特点，由于孤悬海外，只有部分人可以从大陆迁徙到日本，于是这少部分人成了日本人的祖先，也就是建立者效应，他们的后代由于种群太少，多样性也小，于是基因扩散很难。

而相反，对于大陆，由于人群迁徙特别频繁，还经常跟其他民族交流，所以这些基因频率淘汰的非常快。

—————文章解读—————

这篇文章题目是

Y Chromosomal DNA Variation and the Peopling of Japan，发表于1995年，AJHG，这个期刊倒是业内比较知名，属于专业期刊，是我们做分子人类学的top1（当然你要是更吊的话就发到了nature science了，比如金力教授关于汉族迁徙的就发到了nature）

首先说一下，1995年的时候，人类基因组还没测呢！毕竟那个时候测序技术太不成熟了，后来大师venter 搞出的新技术才让我们有了更加方便的测序。

其次，作者测的是一个基因多态性，叫做 Y Alu polymorphic (YAP) element

那么作者得出了啥结论呢？

首先，作者检测了冲绳，本州岛的静冈和青森两个地方，以及台湾这是个地方。然后呢，发现这四个地方里，有42%的日本人有YAP，而台湾人没有——结论是这个YAP在亚洲人分布是不规则的（否则大家都有了）。

这是取样的大体位置

其次，他算了下遗传距离，通过遗传距离，他计算出，冲绳人和来自于本州（静冈和青森）的日本人是不一样的！

这是分布图，括号里是百分比，我们可以看到

1，台湾人明显和日本人不一样，台湾人经常是100,

2，日本内部，冲绳和本州明显不一样，比如第一个YAP，冲绳是56%，本州是34%

最终他得出的结论是，现代日本人的基因贡献来源是多样的，包含了

1古代绳文人（一万年前，来自于中国）

2弥生时代（秦汉时期-200~200年）来自于朝鲜半岛或者中国大陆的移民

而冲绳人应该应该和弥生时代的人有一定的交集

作者推测，携带有YAP的人大概在绳文时代（1万年左右）进入日本人，而大量的无YAP人大概在2300年前的弥生时代进入了日本。

作者最后说，这些差异可能跟以下因素有关

1，迁徙群体

2，建立者的规模

3，建立者效应的古代史

4，生活方式,比如绳文人的采集狩猎和弥生人的农业文化，

整篇文章明明就说了一个事情

日本人的基因来源多样性，比如冲绳就特殊，而且还保留着绳文时代迁徙而来的人的基因部分。

这完全就不是用来比较日本人和中国人的啊！而且作者提到了弥生时代非常大规模的来自于中国大陆或者朝鲜半岛的人类迁徙。

——————关于这篇文章的意义——————

这篇文章是用来解读日本本土人来源的。

在作者之前，关于日本人起源，日本主流有三种观点：

1，现代日本人来自于3万年前的亚洲大陆，那个时候日本海岛还连接着大陆

2，日本来自于1万年前，即绳文人，主要是陶瓷和狩猎文化

3，日本人来自于2300年前，即弥生文化，通过朝鲜半岛，带来了编织技术、金属制造和水稻技术。弥生文化最早发现于就走，然后很快覆盖全日本岛，甚至导致了北海道南部的文化彻底改变。

而大家在争议古代绳文人对日本的基因贡献有多少。

这里又有两种理论

一种叫做替代（substitution），即后来人把前人替代了，

一种叫做转换（transformation），即现代日本人是最初在更始世（一万二千年以前）从中国南部来到日本，然后在本土独自的发展。

而作者提出了一种新的看法，叫做杂交（hybridization），认为现代日本人是不同批次迁徙到日本的人的混合体。

—————其他说法也不太严谨—————

欧洲人意识到自己并不是尼安德特人的子孙后代

no，事实上严格意义上，现代人是智人和尼安德特共同的后裔。

中国人意识到自己作为智人而跟北京猿人并没有什么传承关系

no，这个目前还有待研究。因为我们目前还没有检测到中国的古人类基因。出现一个中国本土的“尼安德特人”是非常有可能的（类似于丹尼索瓦人），即现代人到了中国和当地的古人类进行了混合，由于中国大陆不太适合保存古人类，所以研究比较滞后，而欧洲做的非常好。

事实上现代人类学证明，现代智人是从非洲走出后，他们和各地的古人类进行了杂交并产生了后代。

现代基因图谱的测定表明斯拉夫人远比德国人拥有“更纯的雅利安人血统”，从而响亮打了几十年前纳粹德国人种优

no！推翻这个的明显是考古学的功劳而非分子人类学。因为德国人口中的“雅利安人”（金发碧眼）和真实的雅利安人是两码事，这属于纳粹搞错了日耳曼人本质，给自己的爹强行取了个雅利安的名字而已，根本不存在谁是纯种的问题。

这是欧洲的y染色体，咋看纯度？

发现DNA与遗传物质的真相真的是人类最伟大的发现之一，它极大的完善了进化论，并成为依靠考古挖化石的方法之外，支持进化论的又一个坚实的论证。

no，搞错人了，完善进化论的是木村资生的中性进化论，对其贡献巨大的人包括

1，孟德尔和摩尔根的现代遗传学 2，沃森和克里克的DNA双螺旋，他俩都不是发现DNA的！

请问在做的各位有几个知道谁发现了dna？

进入教科书的人叫艾弗里，不过他不是发现DNA的，而是证明DNA是遗传物质的。

答案是1869年,是瑞士生物学家Friedrich Miescher发现的（我也是百度加谷歌找到的这尊）。

ref.

Hammer M F, Horai S. Y chromosomal DNA variation and the peopling of Japan[J]. American journal of human genetics, 1995, 56(4): 951.

最后，很多人不太清楚时间点。

1，一代测序是上世纪70年代才搞出来的

2，人类基因组计划是2001年才完成的，在这之前，我们不清楚人类整体基因的情况，而这个计划过程中venter和各国科学家组成的两个团队互相印证，最后才确定了二代测序。

3，人类走出非洲是1987年才提出的，根据的是线粒体DNA