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大小肠的分化应该在鱼类就已经出现了,鱼类的肠胃分化不明显,如圆口纲就缺乏明显的胃。但是部分软骨鱼纲、硬鳞亚纲、肺鱼亚纲的物种有较清晰的小肠(十二指肠和回肠,回肠内具螺旋瓣)与大肠的分化,因此我们认为脊椎动物大小肠分化应该在鱼类这里就完成了。
一般在动物学上将鱼类的消化系统与食性和生活方式联系在一起,草食或杂食性鱼,胃肠分化不明显,肠管较长。肉食性鱼类,胃肠明显可辨,肠管较短。在前几年的化石当中,就发现了辐鳍鱼纲中的龙鱼属(Saurichthys)形成了与软骨鱼类似的螺旋瓣,这说明龙鱼可能是与鲨鱼类似的活跃的掠食者,这才导致其演化出如此接近的结构。