问题

Python/Pandas如何处理百亿行,数十列的数据?

回答
处理百亿行、数十列的数据是一项巨大的挑战,它不仅仅是简单地将数据加载到内存中,而需要一套系统性的策略来克服内存限制、提高处理效率和保证计算的稳定性。Python/Pandas本身在内存受限的情况下处理如此大规模的数据会遇到困难,但我们可以结合Pandas与其他工具和技术来应对。

下面将详细讲解Python/Pandas如何处理百亿行、数十列的数据,包括但不限于以下几个方面:

核心挑战:内存限制

内存容量: 百亿行的数据量级远超普通计算机的内存容量。即使每行数据很小,累加起来也会非常庞大。
Pandas DataFrame的内存占用: Pandas DataFrame在内存中以NumPy数组的形式存储数据,每个列的类型都会影响其内存占用。例如,`int64`比`int32`占用更多内存,`object`类型的字符串列往往占用最多的内存,因为它们需要额外的指针开销。
操作的中间结果: 许多Pandas操作(如排序、分组、连接)会产生中间结果,这些中间结果也可能需要大量的内存。

解决方案与策略

处理百亿行数据需要从多个层面进行优化:

1. 数据读取和预处理
2. 内存优化技术
3. 分布式计算框架
4. 数据库与数据仓库
5. 流式处理
6. 硬件升级



1. 数据读取和预处理

在将数据加载到Pandas之前,进行有效的预处理至关重要。

选择合适的读取方式:
分块读取 (Chunking): Pandas的`read_csv`、`read_parquet`等函数支持`chunksize`参数,可以按指定大小的块读取数据。这样,你可以在处理每一块时将其加载到内存,而不是一次性加载全部数据。

```python
import pandas as pd

假设数据文件是 large_data.csv
chunk_size = 1000000 每块100万行
for chunk in pd.read_csv('large_data.csv', chunksize=chunk_size):
在这里处理每个chunk
例如:
processed_chunk = chunk[chunk['column_name'] > 100]
... further processing ...
如果需要将结果合并,可以使用append或concat
```
使用更高效的文件格式: CSV文件通常效率不高。考虑使用Parquet、ORC等列式存储格式。这些格式在存储和读取时都更高效,尤其是在处理大数据集时。它们支持数据压缩、编码(如Dictionary Encoding、RunLength Encoding),并能高效地进行列裁剪(只读取需要的列)。

```python
示例:将CSV转换为Parquet
可能需要先将CSV分块读取,然后写入Parquet
或直接使用更强大的工具如Dask来处理转换
```

选择性加载列 (Column Selection): 明确知道你需要哪些列,只加载它们。这是最直接有效的内存节省方式。

```python
示例:只读取'col1', 'col3', 'col5'
df = pd.read_csv('large_data.csv', usecols=['col1', 'col3', 'col5'])
```

数据类型优化 (Data Type Optimization):
数值类型: 如果你的数值范围允许,尽量使用更小的数值类型,如`int8`, `int16`, `int32`而不是`int64`,`float32`而不是`float64`。
类别类型 (Categorical Data): 对于具有有限唯一值的列(如性别、国家、状态码),将其转换为Pandas的`category`类型可以极大地节省内存。`category`类型将字符串映射到整数索引,显著降低内存占用。

```python
示例:将'country'列转换为category类型
df['country'] = df['country'].astype('category')
```
日期和时间: 确保日期时间列使用`datetime64[ns]`类型,而不是`object`。
对象类型 (Object Type): `object`类型在Pandas中通常存储字符串或混合类型,内存占用很高。如果可能,将其转换为特定类型,或者使用`category`类型来代替。

```python
示例:转换object列
假设object列是字符串
df['string_column'] = df['string_column'].astype(str)
如果字符串唯一值很多,consider category
df['string_column'] = df['string_column'].astype('category')
```

数据采样 (Sampling): 如果你的分析允许使用一部分数据,可以进行采样。但要注意采样方法的选择,确保样本能代表总体。



2. 内存优化技术 (Pandas 内部)

即使加载了数据,也可以在Pandas内部进行优化。

使用更高效的函数: 某些函数比其他函数更内存友好。例如,`groupby().agg()` 通常比链式操作 `groupby().apply()` 更高效。
避免不必要的中间DataFrame: 尽量在一个链式操作中完成多个转换,而不是创建多个中间DataFrame。
删除不再使用的变量: 及时释放内存,尤其是在迭代处理块时。

```python
import gc
... processing ...
del df_intermediate
gc.collect() 强制垃圾回收
```
NumPy 和 Pandas 的高效交互: 如果可能,直接操作NumPy数组,因为它们通常比Pandas Series或DataFrame的内存效率更高。可以通过`.values`属性访问DataFrame的底层NumPy数组。



3. 分布式计算框架

当单机内存不足以处理数据时,分布式计算是必然的选择。

Dask:
简介: Dask是Python的一个灵活的并行计算库,它扩展了Pandas、NumPy和Scikitlearn等现有库的功能,使其能够处理比内存更大的数据集,并在多核CPU或集群上并行运行。
如何使用: Dask提供了`dask.dataframe`,其API与Pandas非常相似,但它将DataFrame分割成多个Pandas DataFrame(称为 partitions),并在需要时并行处理这些分区。
优势:
内存溢出处理: Dask可以在数据超过内存时,将部分数据写到磁盘,实现“outofcore”计算。
并行化: 自动利用多核CPU进行并行处理,显著提高计算速度。
与Pandas兼容: 熟悉Pandas的用户可以很容易上手。
支持多种数据源: 可以直接读取Parquet、CSV、HDF5等多种格式。

示例:

```python
import dask.dataframe as dd
import pandas as pd

读取整个数据集,Dask会进行分区处理
如果是CSV文件,Dask可以智能地进行分区
ddf = dd.read_csv('large_data.csv')
或者指定分区数以控制内存占用
ddf = dd.read_csv('large_data.csv', blocksize='64MB') 根据内存调整块大小

优化数据类型(与Pandas类似)
ddf['numeric_col'] = ddf['numeric_col'].astype('int32')
ddf['category_col'] = ddf['category_col'].astype('category')

执行类Pandas操作
filtered_ddf = ddf[ddf['value'] > 100]
grouped_ddf = filtered_ddf.groupby('group_key').agg({'value': 'mean'})

计算结果需要调用.compute()
这会触发实际的计算和数据加载
result = grouped_ddf.compute()

print(result)
```
与Pandas结合: Dask可以处理DataFrame的子集(partitions),然后将结果转换为Pandas DataFrame,这样就可以在内存受限的情况下处理计算的一部分。

Apache Spark:
简介: Spark是一个强大的分布式计算系统,用于大规模数据处理。它使用Resilient Distributed Datasets (RDDs) 或 DataFrame/Dataset API。
Python接口: PySpark是Spark的Python API。
优势:
大规模分布式: 专门为处理PB级别数据而设计,可在集群上高效运行。
内存计算: Spark会将数据缓存到内存中,提供比MapReduce更快的速度。
丰富的API: 提供SQL、Streaming、MLlib(机器学习)、GraphX(图计算)等模块。
如何使用: 需要设置Spark环境(Standalone模式或在Hadoop/Kubernetes集群上)。

示例 (PySpark):

```python
from pyspark.sql import SparkSession
import pyspark.sql.functions as F

创建SparkSession
spark = SparkSession.builder
.appName("LargeDataFrameProcessing")
.getOrCreate()

读取数据 (Spark支持多种数据源)
可以从HDFS, S3, 本地文件系统读取
Spark DataFrame的读取是懒惰的
df = spark.read.parquet("hdfs:///path/to/your/data.parquet")
或者 CSV
df = spark.read.csv("hdfs:///path/to/your/data.csv", header=True, inferSchema=True)

Spark DataFrame的API也与Pandas类似
选择列
selected_df = df.select("col1", "col3", "col5")

过滤
filtered_df = selected_df.filter(F.col("value") > 100)

分组聚合
grouped_df = filtered_df.groupBy("group_key").agg(
F.mean("value").alias("avg_value")
)

显示结果 (会触发计算)
grouped_df.show()

如果需要将结果转换为Pandas DataFrame (注意这会将结果收集到Driver节点)
确保结果集大小在Driver内存可控范围内
result_pandas = grouped_df.toPandas()

停止SparkSession
spark.stop()
```
Pandas UDF (User Defined Functions): PySpark支持Pandas UDF,允许你在Spark的分布式环境中利用Pandas的强大功能进行数据处理,通常性能比传统的Rowbased UDF更好。

```python
from pyspark.sql.functions import pandas_udf
from pyspark.sql.types import DoubleType

假设有一个Pandas UDF来应用复杂的Pandas操作
@pandas_udf(returnType=DoubleType())
def complex_pandas_logic(series: pd.Series) > pd.Series:
在这里使用Pandas处理单个分区的数据
return series.apply(lambda x: x 2 if x > 50 else x)

将UDF应用到Spark DataFrame
processed_df = df.withColumn("new_col", complex_pandas_logic(F.col("value")))
```



4. 数据库与数据仓库

对于百亿行级别的海量数据,将数据存放在专门的数据库或数据仓库中,然后利用其强大的查询能力,是更常见且有效的方式。

关系型数据库 (RDBMS) 与列式数据库:
PostgreSQL, MySQL, Oracle等: 对于一些分析场景,可以预处理数据,将聚合或转换后的结果存入数据库。直接在这些数据库中进行复杂查询(如JOIN、GROUP BY)通常比在内存中处理更高效,因为它们有优化的查询执行计划、索引和内存管理。
列式数据库 (Columnar Databases): 如ClickHouse, Vertica, Amazon Redshift, Google BigQuery, Snowflake等,它们在存储和查询分析型数据方面表现卓越,尤其适合处理海量数据和执行OLAP(联机分析处理)查询。你可以将数据导入这些系统,然后使用SQL进行分析,再将所需结果通过Pandas读取。

数据仓库 (Data Warehouses): 专门为数据分析设计,拥有高度优化的存储和查询引擎,例如 Snowflake, Amazon Redshift, Google BigQuery。你可以将你的百亿行数据加载到这些服务中,然后使用SQL进行高效的探索性数据分析,最后将分析结果(通常是聚合后的、尺寸更小的数据集)下载到Pandas进行最终的报告或进一步处理。

使用Pandas连接数据库:

```python
import pandas as pd
import sqlalchemy 用于连接数据库

示例:连接到PostgreSQL数据库
需要安装psycopg2: pip install psycopg2binary
db_connection_str = 'postgresql://user:password@host:port/database'
db_connection = sqlalchemy.create_engine(db_connection_str)

从数据库查询数据 (可以指定WHERE子句,只取需要的数据)
query = "SELECT col1, col3, col5 FROM large_table WHERE date_col >= '20230101'"

使用Pandas的read_sql,可以分块读取
chunk_size = 1000000
all_data = []
for chunk in pd.read_sql(query, db_connection, chunksize=chunk_size):
在这里处理每个chunk
all_data.append(chunk) 简单示例,实际可能需要合并或进一步处理

df_from_db = pd.concat(all_data, ignore_index=True)

或者直接将结果集下载到Pandas(如果结果集可以放入内存)
df_small_result = pd.read_sql(query, db_connection)

db_connection.dispose()
```



5. 流式处理 (Streaming)

如果你的数据是连续产生(如日志、传感器数据),并且你不需要一次性处理全部历史数据,可以考虑流式处理。

Kafka + Spark Streaming / Flink / Storm: 这些是专门用于处理实时数据流的框架。Pandas本身不是流处理框架,但你可以将流数据通过这些框架处理后,再输出到Pandas能够读取的格式(如CSV文件、Parquet文件或数据库),供Pandas进行事后分析。



6. 硬件升级

虽然软件和算法优化很重要,但有时硬件也是一个不可忽视的因素。

增加内存 (RAM): 这是最直接的解决方案。如果你的数据集最终需要被加载到内存中进行某种操作,那么更大的内存是必须的。
使用更快的存储 (SSD): 尤其是在进行分块读取或使用Dask的outofcore功能时,SSD的读写速度可以显著影响整体性能。
多核CPU / GPU: Dask和Spark等框架可以充分利用多核CPU。对于某些特定类型的计算(如深度学习模型训练或特定矩阵运算),GPU可能提供数量级的加速。



总结与推荐

处理百亿行、数十列的数据,通常需要一个多管齐下的策略:

1. 数据存储格式: 优先考虑Parquet,它是列式存储的优秀选择,支持压缩和编码,非常适合大数据。
2. 内存优化: 在读取和处理的每一个环节都要考虑数据类型优化和列选择。使用`category`类型、使用更小的数值类型是关键。
3. 计算框架:
对于本地多核机器且数据量略大于内存,Dask是Pandas的最佳扩展,提供了一个平滑的过渡。
对于真正的大规模集群计算,Apache Spark (PySpark)是行业标准,功能强大且稳定。
4. 数据库/数据仓库: 将数据加载到ClickHouse, BigQuery, Snowflake等数据仓库中,利用SQL进行探索性分析,再将小规模结果集下载到Pandas,是处理分析型海量数据的高效工作流。
5. 避免一次性加载: 始终考虑分块读取和处理,或者利用分布式框架的惰性计算特性。

实际操作流程可能如下:

1. 数据准备阶段:
将原始数据(如CSV)转换为Parquet格式。
在转换过程中或之后,尽可能地优化数据类型(如为具有有限唯一值的字符串列使用`category`)。
如果可能,在数据源端(如数据库)就进行一些基本的过滤和聚合,减少后续需要处理的数据量。

2. 数据分析阶段:
小规模探索: 如果数据量勉强能通过分块读取在单机上处理,先用Pandas `chunksize` 进行初步探索,确定数据类型和分布。
大规模处理:
方案 A (Dask): 使用Dask DataFrame直接读取Parquet文件,并执行分析任务。这是从Pandas迁移到大数据处理的最自然方式。
方案 B (Spark): 将Parquet文件上传到HDFS或云存储,然后使用PySpark进行分布式计算。这是更健壮和可扩展的方案。
方案 C (数据库/数据仓库): 将Parquet文件加载到ClickHouse或云数据仓库(如BigQuery/Snowflake)中,然后使用SQL进行分析。这是最适合复杂OLAP查询和探索性数据分析的方案。

3. 结果整合:
将分布式计算或数据库查询的最终结果(通常是聚合后的、尺寸显著减小的数据集)下载到Pandas DataFrame中,进行最终的报告生成、可视化或进一步的机器学习建模。

请记住,处理百亿行数据是一个系统工程,需要对数据量、计算需求、可用的资源和技术栈有清晰的认识,并选择最适合的工具组合。

网友意见

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Pandas并不是什么场景都适用啊,应该灵活变化!可以参考H2O.ai维护的一个项目,告诉您,除了pandas,还有很多武器可以玩

待评估软件

项目目前已收录Python/R/Julia中13种的工具 ,随着工具版本迭代、新工具的出现,该项目也在持续更新,其它工具如AWK、Vaex、disk也在陆续加入到项目中。

       7种Python工具   dask  pandas  datatable  cuDF  Polars  Arrow  Modin  2种R工具  data.table  dplyr  1种Julia工具  DataFrames.jl  3种其它工具  spark  ClickHouse  duckdb       

评估方法

分别测试以上工具在在0.5GB、5GB、50GB数据量下执行groupby、join的效率,

数据量

  • 0.5GB 数据 10,000,000,000行、9列
  • 5GB 数据 100,000,000,000行、9列
  • 50GB 数据1,000,000,000,000行、9列

groupby性能

比较以下各种需求的效率,

详细代码,见每个柱子图上方,


join性能

比较以下各种需求的效率,

详细代码,见每个柱子图上方,


评估结果

groupby

可以看到Python中的Polars、R中的data.table、Julia中的DataFrame.jl等在groupby时是一个不错的选择,性能超越常用的pandas,详细 ,

join

同样可以看到Python中的Polars、R中的data.table在join时表现不俗,详细 ,

小结

R中的data.table、Python中的Polars、Julia中的DataFrame.jl表现连续出色,后续可以用起来,常用的pandas并无亮点~

参考资料


更多好文❤️❤️@pythonic生物人

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