问题

最初是如何发现2019新型冠状病毒为从未发现的新病毒?

回答
2019年底,在中国湖北省武汉市,一场前所未有的疫情悄然拉开了帷幕。起初,一些肺炎病例的出现,并没有立刻引起广泛关注,但随着病例数量的不断增加,以及患者症状的复杂性和严重性,当地的医务人员和公共卫生机构开始感到不安。

最初的线索:不明原因的肺炎

一切的开端,可以追溯到2019年12月。武汉市的几家医院陆续接诊了一些患有不明原因肺炎的病人。这些病人的症状包括发烧、咳嗽、呼吸困难,有些病情进展迅速,发展成严重的肺炎,甚至出现呼吸衰竭。

让医生们感到困惑的是,这些肺炎患者的病因不明。传统的流感病毒、肺炎支原体等病原体检测结果都呈阴性。这种“无从下手”的诊断困境,让一线医务人员倍感压力。

疑云初现:聚集性病例的信号

更引起警觉的是,一些病例之间似乎存在着联系。部分患者报告曾到访过武汉市华南海鲜批发市场。这为流行病学调查人员提供了一个重要的线索。他们开始怀疑,这是否是一场由某种特定病原体引起的、可能与该市场有关的聚集性疫情。

公共卫生部门立即启动了流行病学调查,对感染者进行接触者追踪和样本采集。他们试图找出这些病人之间是否存在共同的暴露源,或者是否存在人传人的迹象。

病毒的“身份识别”:基因测序是关键

要确定病因,最关键的一步是找到那个躲在幕后、引发疾病的“元凶”。这需要对病人的呼吸道样本进行病原体检测。然而,由于之前的常规检测均未发现已知病原体,科学家们不得不采取更深入的手段——基因测序。

在当时的武汉,以武汉市疾病预防控制中心和华南海鲜市场为代表的科研机构和医疗单位,迅速组织了多学科的专家团队。他们从患者的呼吸道样本中提取了病毒RNA(核糖核酸),并利用先进的基因测序技术,试图解析出病毒的完整基因组序列。

这个过程并非一帆风顺。病毒的基因组是其遗传信息的载体,通过解读这些序列,科学家们可以了解病毒的构成,并将其与已知的病毒数据库进行比对,从而确定其身份。

“新朋友”的诞生:与已知病毒的差异

经过不懈的努力,科学家们终于获得了病毒的基因组序列。当他们将这些序列与已有的病毒数据库进行比对时,一个惊人的发现浮现出来:这些序列与已知的所有病毒,包括已知的冠状病毒,都存在显著的差异。

冠状病毒家族是一大家族,其中一些成员会导致人类感冒,而另一些则可能引起更严重的疾病,比如SARS(严重急性呼吸综合征)和MERS(中东呼吸综合征)。通过基因测序的分析,科学家们发现,这种新出现的病毒虽然与SARS和MERS一样,都属于冠状病毒,但其基因组序列却独一无二。这意味着,它不是一个已知的、曾经感染过人类的冠状病毒。

结论:一个“从未见过”的新病毒

基于基因测序的证据,科学家们可以明确地得出结论:导致这波疫情的,是一个前所未见的、属于冠状病毒家族的新型病毒。它之所以“新型”,是因为它的基因构成是全新的,与人类已知的任何病毒家族成员都不同。

这个发现意义重大。它不仅为理解疫情的传播机制和制定防控策略提供了基础,也标志着人类在与病原体的斗争中,又一次遭遇了新的挑战。科学家们随后对其进行了命名,最终被命名为“2019新型冠状病毒”,后来世界卫生组织正式将其命名为“SARSCoV2”,而由其引起的疾病则被命名为“COVID19”。

整个过程,从最初的肺炎病例出现,到流行病学调查的深入,再到基因测序技术的突破性应用,最终锁定这个“从未见过”的新病毒,是一个科学侦探破案般的过程,充满了严谨的科学探索和团队合作精神。

网友意见

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我来按时间线梳理一下。

2019年12月15日,一名65岁的华南海鲜市场男性送货员开始发烧。(这位就是已知最早完成基因测序的样本主人,之后在金银潭医院不治身亡。)

12月18日,他来到武汉市中心医院本院(南京路院区)急诊科看病,医生怀疑可能是社区获得性肺炎,将其收治入该院急诊科病房。社区获得性肺炎是一类由细菌、病毒、衣原体和支原体等多种微生物所引起的肺炎的泛称,主要临床症状有咳嗽、伴或不伴咳痰和胸疼。

12月22日,这位病人病情加重,进入ICU,医生们使用了各种抗生素治疗无效。

12月24日,呼吸内科一名副主任医师对这位病人进行了气管镜采样,然后将病人的肺泡灌洗液样本送到第三方检测机构广州微远基因科技有限公司进行NGS检测。

12月24日,微信公号“小山狗”1月28日发布过的题为“记录一下首次发现新型冠状病毒的经历”的文章中提到,采集到一位患者的样本。作者在留言区自称就职于位于广州黄埔的一家民营企业。

12月25日,该病人转入武汉同济医院。

12月26日,毗邻华南海鲜市场的湖北省新华医院呼吸与重症医学科主任张继先连续接诊了四名不明原因肺炎病例。

12月26日,福建泉州籍,41岁陈姓海鲜市场个体经营者在武汉市中心医院后湖院区以“发热查因、肺部感染”住院。

12月26日,华大基因从武汉当地医院收到一份基因测序委托。

12月27日,张继先将发现四名“不明原因病毒性肺炎”上报医院,医院上报给江汉区疾控中心。

12月27日,也就是基因测序三天后,基因测序公司应该给出馈检测结果,但微远基因并没有给出书面报告。

12月27日,微信公号“小山狗”称广州黄埔民营企业的实验室组装出了接近完整的病毒基因组序列,数据同时也共享给了中国医学科学院病原所。“基本可以确认这个患者的样本里面确实有一个跟Bat SARS like coronavirus类似的新型病毒。”

12月27日,一名41岁的陈姓男子到武汉市中心医院南京路院区就诊。“他是一个会计,家住在武昌,完全没有去过汉口的华南海鲜市场,大概在12月16日无明显诱因开始发热,最高体温39.5°C,伴有心悸、胸闷、活动后呼吸困难,体力明显下降,先是12月22日在江夏区第一人民医院看病,没有好转。”

12月27日傍晚,41岁的陈姓会计在该院呼吸科ICU做支气管镜取样,这次的样本送往了另一家从事NGS检测的北京博奥医学检验所有限公司。

12月27日、28日,微信公号“小山狗”称广州黄埔民营企业领导跟医院、疾控(部门)电话沟通。

12月28日-29日,新华医院又收治了三位来自华南海鲜市场的病人,他们拥有相似的病毒性肺炎症状。

12月29日,华大基因对病例样本完成的基因测序结果显示,病毒与SARS基因序列相似性高达80%,但不是SARS,而是一种之前未有的冠状病毒。

12月29日下午1点,新华医院副院长夏文广召集十名专家讨论七名病例,专家一致认为情况不寻常,夏文广直接向省市两级卫健委疾控处报告。同日上报的还有武汉市中心医院公共卫生科。当日下午,湖北省、武汉市卫健委疾控处通知省、市、区三级疾控中心,新华医院、市中心医院后湖院区收治多名有海鲜市场暴露史的不明肺炎患者,要求启动应急处置工作流程。湖北省疾控中心、武汉市疾控中心会同江汉区、硚口区、东西湖区的疾控中心开始流行病学调查,武汉市金银潭医院业务副院长黄朝林等来到新华医院,接走六位病人,武汉市同济医院亦将前述在市中心医院第一位做基因检测的病人转入金银潭医院。

12月29日、30日,微信公号“小山狗”称广州黄埔民营企业去武汉跟医院、疾控中心领导当面汇报交流所有分析结果。

12月30日,北京博奥医学检验所将41岁陈姓会计的送检报告反馈给了医生,检测结果直接是“SARS coronavirus”(SARS冠状病毒)。

12月30日医院对福建泉州籍,41岁陈姓海鲜市场个体经营者进行支气管镜取样,呼吸道灌洗液样本中多留了一份放入冰箱在-80°C环境保存。下午,样本由武汉市疾控中心一位主任医师取走。

12月30日,北京博奥医学检验所的检测报告出现在武汉市中心医院医生的微信中。

当天傍晚17时48分,武汉市中心医院眼科医生李文亮在同学群中发布信息:“华南水果海鲜市场确诊了7例SARS,在我们医院急诊科隔离”;

19时39分,武汉市红十字会医院神经内科医生刘文在工作微信群“协和红会神内”发布信息称:“刚刚二医院(即武汉市中心医院)后湖院区确诊一例冠状感染性病毒肺炎,也许华南周边会隔离”,“SARS已基本确定,护士妹妹们别出去晃了”;

20时48分,武汉协和医院肿瘤中心医生谢琳卡在肿瘤中心微信群发布消息称,“近期不要到华南海鲜市场去,那里现在发生了多人患不明原因肺炎(类似非典),今天我们医院已收治了多例华南海鲜市场的肺炎病人,大家注意戴口罩和通风”

这三位医生此后都遭到警方训诫。

12月30日,三级疾控中心形成《关于医院报告华南海鲜市场多例肺炎病例情况的调查处置报告》。同日,武汉市卫健委发布内部通知,提及武汉多家医疗机构确实陆续出现多例不明原因肺炎病例,并与武汉华南海鲜批发市场有关联,要求各医疗机构上报近一周接诊过的具有类似特点的不明原因肺炎病人。

12月30日,金银潭医院院长张定宇带领大家采集了该院最早收治的7名病人的支气管肺泡灌洗液,并送往中科院武汉病毒所进行检测。(《湖北日报》报道)

2020年1月1日,一位基因测序公司人士透露,他接到湖北省卫健委一位官员电话,通知他武汉如有新冠肺炎的病例样本送检,不能再检;已有的病例样本必须销毁,不能对外透露样本信息,不能对外发布相关论文和相关数据,“如果你们在日后检测到了,一定要向我们报告”。

1月2日,中科院武汉病毒所确定新冠病毒的全基因组序列。(公开信《武汉病毒所全力开展新冠病毒肺炎科研攻关》)

1月2日,武汉市疾控中心另一位研究人员将41岁陈姓海鲜市场个体经营者样本用干冰、铁盒和泡沫箱重重包裹,和其他动物标本一起,经铁路快运送往上海。

1月3日,上海公共卫生临床中心张永振教授团队收到41岁陈姓海鲜市场个体经营者样本。

1月3日,国家卫健委办公厅发布了一份名为《关于在重大突发传染病防控工作中加强生物样本资源及相关科研活动管理工作的通知》,这份国卫办科教函(2020)3号文称,针对近期武汉肺炎病例样本,依据目前掌握的病原学特点、传播性、致病性、临床资料等信息,在进一步明确病原信息之前,暂按照高致病性病原微生物(第二类)进行管理,相关样本的运输应当按照原卫生部《可感染人类的高致病性病原微生物菌(毒)种或样本运输管理规定》要求进行;病原相关实验活动应当在具备相应防护级别的生物安全实验室开展。

1月5日凌晨,张永振研究团队从样本中检测出一种新型SARS样冠状病毒,并通过高通量测序获得了该病毒的全基因组序列;根据测序数据绘制的进化树,也证实武汉新型冠状病毒是历史上从未有过的。上海公卫中心当日立即向上海市卫健委和国家卫健委等主管部门报告,提醒他们新病毒与SARS同源,应是经呼吸道传播,建议在公共场合采取相应疾控防疫措施。

1月6日,中国疾控中心内部启动二级应急响应。

1月9日,央视报道,以中国疾控中心为主的“武汉病毒性肺炎病原检测结果初步评估专家组”确定,病原体为新型冠状病毒。

1月11日,中科院武汉病毒所将新冠病毒的全基因组序列上传至GISAID上。

1月11日,张永振研究团队将该病毒基因组序列信息共享到“病毒学组织”Virologic.org网站和GenBank上,系全球最早公布该病毒序列的团队。

1月11日晚,国家卫健委宣布中国将与世卫组织分享新冠病毒基因序列信息。

1月11日,停止更新多日的武汉卫健委通报,第一次将“不明原因的病毒性肺炎”更名为“新型冠状病毒感染的肺炎”,称截至2020年1月10日24时,初步诊断有新冠肺炎病例41例。

1月11日,湖北“两会”召开。

1月17日,湖北“两会”结束,病例数字没有增加。

截至2020年1月19日,GISAID平台上共上传有13条样本的新冠病毒基因组序列。除去日本、泰国的三条,剩下的10条全部由中国科研单位上传。

以上所有信息均来自财新网独家报道。

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