美国总统可以任命大法官，那么司法独立怎么实现？
首先，要明白司法独立并非意味着司法机构完全不受任何外部干预，而是指司法机构在行使审判权时，能够不受行政部门、立法部门以及社会舆论等其他力量的非法影响，能够依据法律和事实做出公正的裁决。
总统任命大法官，是司法独立实现过程中的一个关键“入口”，但这并不等于司法权就此被行政部门控制。让我们一步步来看：
1. 任命过程中的制衡：参议院的“同意权”
总统虽然拥有提名大法官的权力，但这绝非“一言堂”。根据美国宪法第二条第三款的规定，总统的提名必须获得参议院的“同意”（Advice and Consent）。这意味着：
提名只是开始： 总统提名了某位候选人后，这仅仅是第一步。
参议院的审查与听证： 候选人会被送往参议院司法委员会进行详细的审查。司法委员会通常会举行公开听证会，让候选人回答议员们提出的各种问题，包括他们的法律理念、过往的司法判决、对宪法原则的理解等。候选人的个人品德、专业能力、政治倾向等都会被放在显微镜下审视。
委员会的投票： 司法委员会会在听证会后投票决定是否将该候选人推荐给参议院全体会议。
参议院全体会议的投票： 即使被委员会推荐，候选人还需要在参议院全体会议上获得多数票的同意才能被任命。这就像是对总统提名的“最终把关”。
这种“同意权”机制，极大地限制了总统随意任命不适合的人选。参议院的议员们是民选代表，他们需要对选民负责，也需要考虑到自己的政治声誉。因此，在审查总统提名时，他们会更倾向于选择那些在法律界有良好声誉、能够胜任大法官职责的候选人，而不是单纯出于党派或个人好恶。
2. 任命的背后考量：政治与司法理念的博弈
总统在提名大法官时，通常会选择那些在法律理念上与自己相近的候选人。这是政治现实，也是为了确保最高法院在解释宪法时能够体现总统所代表的某些政治哲学或社会愿景。然而，这种选择并非绝对的“党派任命”。
历史上的例子： 纵观美国历史，并非所有总统提名的候选人都被参议院批准，也有总统提名的人选在成为大法官后，其判决风格并不完全符合总统的预期。
候选人的独立性： 一旦被任命为大法官，他们就进入了一个相对独立于总统和国会的职位。
3. 任命后的“终身制”与政治的“隔离”
一旦通过参议院的同意，大法官就获得了“终身任职”的权力（“Hold their Offices during good Behaviour”），除非他们犯下严重的罪行并被弹劾，否则将一直任职。这一制度设计是司法独立的关键保障：
摆脱短期政治压力： 终身制意味着大法官不必担心因其判决而失去职位，从而能够独立地、不受短期政治波动的影响来做出裁决。他们不需要迎合任何政党或总统的喜好，只需忠实于宪法和法律。
减少政治诱惑： 相较于需要不断竞选连任的立法者或受制于总统的行政官员，大法官的薪资和职位在任期内是固定的，这减少了因金钱或政治利益而产生腐败的诱因。
避免因观点不同而被解职： 总统或国会即使对大法官的某些判决不满意，也无法轻易将其解职，除非其行为严重不当。这种“高门槛”的弹劾程序，使得司法机构能够独立于政治风向。
4. 司法机构的内部运作与规则
最高法院本身有一套完整的内部运作规则和程序，也为司法独立提供了保障：
合议制： 最高法院的裁决是合议制的结果，并非由某一位大法官说了算。每一位大法官都有发言权和投票权，最终通过多数表决来决定案件的走向。这避免了个人专断。
遵循先例（Stare Decisis）： 虽然最高法院可以推翻过去的判决，但它通常会遵循“遵循先例”的原则，即尊重和维持先前法院的判决。这保证了司法的稳定性和可预测性，也防止了法院随意地根据政治气候来改变法律解释。
内部透明与公开： 最高法院的审理过程和判决理由都是公开的，公众和法律界可以监督其运作。
5. 宪法本身作为最高准则
最根本的保障是美国宪法本身。宪法规定了三权分立的原则，并且赋予了最高法院解释宪法的最终权力（Marbury v. Madison 案确立的司法审查权）。这意味着：
司法审查权： 最高法院有权审查国会制定的法律或总统发布的行政命令是否符合宪法。如果法院认为它们违宪，就可以宣布其无效。这赋予了司法机构强大的制衡行政和立法部门的权力。
宪法的至高无上： 宪法是国家的最高法律，任何其他法律或命令都不能违背它。司法机构的首要职责就是维护宪法的权威。
总结来说，美国总统任命大法官是司法独立实现过程中的一个“起点”而非“终点”。 司法独立是通过一系列精巧的制度设计来保障的：
总统提名权受到参议院的严格审查和同意权的制约。
大法官的终身任职保障了他们不受短期政治压力的干扰。
最高法院的合议制和遵循先例原则确保了审判的公正性和稳定性。
司法审查权赋予了司法机构对其他两权进行制衡的权力。
最重要的是，整个体系建立在美国宪法所确立的法治原则之上，宪法是所有权力的最终约束。
因此，尽管总统拥有任命权，但这一过程被设计成了一个高度制衡和公开化的过程，并且一旦任命，大法官的职位和审判权便获得了高度的独立性，以确保司法机构能够作为宪法的守护者，公平公正地处理案件，维护社会的稳定与正义。这是一种复杂而动态的平衡，也是美国政治体制的独特之处。
网友意见
针对问题描述零碎敲下的一点看法，可能不是很系统：
一、
法院能不能正面“怼”总统呢？很少见，但的确有可能。
根据 Baker v. Carr, 369 U.S. 186 (1962) 这个判例，法院不能裁决“政治问题”（political question）。判例为判断何者为“政治问题”提出了六条标准，简单归纳一下：如果宪法明确规定，某个问题应当由行政部门解决，或者司法系统缺乏决定该问题的依据，或者法院自顾自解决该问题会构成对行政部门的藐视、构成对分权与制衡体系的破坏，那么法院应当保持克制，不应插手。
另外，总统也享受一定程度的豁免权，但这一权利并不绝对。
United States v. Nixon, 418 U.S. 683 (1974) 一案中，时任总统尼克松因涉嫌主导窃听计划而被要求配合调查。尼克松拒绝移交录音资料，主张总统具有豁免权，而联邦最高法院认为，总统的豁免权并不绝对：如果豁免权并非基于军事或者外交需要，而仅仅是基于空泛的保密需求，那么总统掌握的信息也在法院可强制取证的范围之内。
二、
问题描述中说，“假设一个总统干了坏事，那ta可以保证司法部没人敢起诉ta”。这一点也未必成立。
顺着前面的尼克松案来说：尼克松在面临刑事指控的时候，命令司法部长Elliot Richardson 解雇要起诉他的特别检察官，Elliot Richardson拒绝，并当即宣布辞职；尼克松随即命令司法部副部长 William Ruckelshaus解雇特别检察官，William Ruckelshaus也拒绝了，并当即宣布辞职。
尼克松一晚上就逼迫两名司法部高官辞职，这一行为被戏称为“周六晚大屠杀”（Saturday Night Massacre - 没有人真正因此而死）。尼克松虽然最终找到司法部第三顺位的官员，拔掉了特别检察官这根肉中钉，但他威逼司法部的行为触犯众怒。法院也看不下去了，在随后的Nader v. Bork, 366 F. Supp. 104 (D.D.C. 1973)一案中作出判决，认为解雇特别检察官的行为不合法。
对了，正如本题目下 @姜源 提到的，美国政治语境中的“司法独立”并不包括检察系统的独立，检察系统理论上属于“三权分立”中的行政部门。这里仅仅是回应问题描述中的看法。
三、
的确，总统可以任命法官，还可以按照自己的政治理念，选择提名和自己“三观一致”的大法官。最近大家可能注意到了特朗普提名Brett Kavanaugh大法官所引发的争议 - 当总统提名具有鲜明偏向性的法官时，难免就会遇到反对党的阻挠。
但法官就任之后，总统就没法管了。在关于堕胎的关键判决Roe v. Wade案中，由民主党总统约翰肯尼迪提名的Byron White大法官持保守立场，认为应当允许各州立法禁止堕胎；而由共和党总统尼克松提名的Harry Blackmun大法官却站在了自由派一遍，旗帜鲜明地支持堕胎自由。这一判决中，White和Blackmun两位大法官都“背叛”了各自的提名者。
四、
在联邦最高法院层面，大法官只需要忠于自己对法律的理解，而不需要对任何个人和党派负责。但在整个司法系统中，法官的独立性到底有多大，是一个值得探讨的问题。有的州，法官是民选的，有的州法官是任命的，关于民选法官和任命法官的不同点，一直是美国法学界的热议话题。
司法独立，除了独立于行政和立法之外，还有更深层的一层讨论，就是是否独立于民意。这个问题太大了，超出了这里提问的范畴，只是作为一个思考的方向，推荐有兴趣的朋友继续探讨。
1. 司法独立仅指法官独立，而不是检察系统、警察系统和司法行政系统的独立。检查系统、警察系统和司法行政系统在三权分立的制度中，都是行政部门的下属部门，尽管各国的实际操作不同，但原则上总统作为行政部门的最高负责人进行相关岗位的人事任命在道理上是说得通的，和司法独立无关。
2. 法官的独立一般而言包括这么几点制度保障：(1) 法官没有任期，如果不犯大错误，可以一直做下去；(2) 法官的判决只能由上级法院通过司法程序推翻，不能被行政部门以行政命令的形式推翻；(3) 法官的薪酬和资金来源比较稳定，不需要仰仗立法部门或者行政部门的一时好恶。这里需要强调，我们只能够说，所有实现司法独立的国家，采取的都是有内在共性的制度；但并不能说，只要照抄这些制度，就一定能够实现司法独立，也不能说实现司法独立就必然是一件好事。
3. 按照神话传说，美国最高法院大法官在政治上是中立的，完全按照法律的规定判案。但是我们都知道这是胡说八道。相反，根据政治立场和意识形态来预测最高法院大法官的投票结果是非常准的。顺便说一句按照意识形态来预测联邦上诉法院法官的投票结果同样很准。
4. 尽管从旁人看来，法官显而易见的受到其政治立场和意识形态的影响。但是这一点和法官本人主观上认为自己在秉公判案是不矛盾的。因为对法律的解读和阐释本来就可能是多义的，并不一定有标准答案。也因为法官可能并不认为自己的某个信念是具有党派色彩的，而认为自己的某个信念是客观公正的，比如持原旨主义的美国法官不一定会承认原旨主义是一种包含特定意识形态立场的观念；持能动主义的美国法官相对而言可能更愿意承认自己的立场包含了特定的意识形态立场，但他们可能仍然认为这种意识形态立场本身是公正和可取的，而不是纯粹党派偏见的结果。（这里纯插一句私货，我个人认为能动主义的法官不一定正确或者有更高的法律素养，但总的来说比原旨主义的法官真诚。）
5. 即使大法官可能有意无意受到自身政治立场的干扰，大法官本身总的来说仍然是具有极高的道德水准和职业素养，而且也都是非常在意个人声誉的人。所以在特定个案中，大法官不可能睁着眼睛说瞎话。所以总统完全可以尝试通过任命大法官施加长期影响（就任大法官后，大幅度改变自身立场的人并不多），最高法院在过去几十年的态度转向都可以从人员变动中看出端倪；但是要指望任命的大法官在某个特定案件中帮自己一把，就往往无法如愿（个案中捅刀子的大法官倒不少）。
6. 在美国立宪时，代表们确实担心最高法院会和国会，或者总统结盟，并压制另外一方。然而，这种结盟实践中没怎么出现过。实际情况更可能是，总统和国会结合在一起压制最高法院，或者最高法院自行暴走。
司法部是总统的下属，他们本来就应该罩着老大的。
但是在美国，简单来说，起诉的权力在检察官手里。
司法部下分为94个联邦检察官辖区。联邦检察官作为司法部的下属，理论上在起诉重大案件时应该获取司法部长(同时也是联邦总检察长)批准。
州检察官(State's attorney)是各州的检察长，既不隶属于联邦司法部，又不领导各地的地区检查官办公室。
地区检察官(District Attorney)根据各地州法不同，很多地方都是民选官，只对选民负责。所以实际操作中DA和SA都有可能会起诉总统的失职和舞弊。即使是司法部，也有可能由检察官各人决定去起诉总统，不过那样的情况会很少罢了。
在某些情况下，检察官需要召集大陪审团来决定案件是否提起公诉，这样政府就更难进行干预了。
说到管辖权(起诉的权力)，虽然理论上DA和SA的权限有所受限，但是他们可以变通起诉总统违法行为在自己管辖权之内的部分。比如芝加哥作为库克县检察官的管理范围，库克县检察官就可以起诉奥巴马在本地竞选期间的舞弊行为(假设)。进而推动对总统的弹劾和全面司法调查。
能出来参选的地区检察官要么是大律师，要么有所在政党的财力和政治支持。。。事实上经常是两者兼备，所以他们并不惧怕政府给小鞋穿。
能够在任上把现任总统推上被告席，被认为是检察官职业的圣杯。
由于检察官是参与竞选政治的起步职位，成功的地区检察官/州检察官进一步就可以竞选州长或者议员，进而参选总统。所以在顺利的情况下，一个DA/SA距离总统宝座只有两步之遥，现任总统在他们眼里可是最好的猎物。
在这个系统里，总统虽然有一定的潜在权力，但是一旦司法程序启动，肯定会吸引盛大的媒体狂欢，不合程序的操作将会是极其困难的。
这样在法庭上，实际上成了总统个人(包括他自己的各种资源)对抗检察官办公室(有所属的司法系统资源支持)。类似的案例正式英文表述为people against XXX. 在这里XXX是总统个人的姓名，意为"人民诉某某"，检察官在这里代表人民。
手握审判权的法院系统，其他答主已经说过了，经费由议会拨付，地位是终身的/由法院系统自己认命。所以总统(包括总统麾下的行政系统)对法官和法院没有即时的决定性影响权，所以能够保证法官(法院系统)作为裁决者的中立性。
在这一整套制度设计之外，是富可敌国的新闻媒体系统的严密监督，保证法庭上下每一个直接或者间接相关者说过每一个字都会即时见报。光是这样24*7全天候的曝光，就足以吓退绝大多数潜在的参与者了，所以新闻媒体向来被认为是美国司法体系的潜在第四方。
分立与互相对抗，从人的自私/自保本能为出发点设计制度并且不断完善，是英美法系/政治制度运作的基础。
大概就是这样。
我就提一个此问题的硬伤：
题主对「美国司法部」的理解是望文生义的。美国的「司法部」与东北亚大陆的「司法部」完全不是同一个东西。美国司法部（或正义部），约相当于中国的「最高检察院」与「公安部」。
作为「检察院」，美国司法部可以提出公诉，并监督公安人员的行政执法行为，监督看守机构的行政人员与在监人员的关系等。
作为「公安部」，美国司法部依据既定的法律，对各级公安机关（FBI）下达指令，调查和抓捕有违法嫌疑的人或组织。
Department of Justice 本身是普通的行政部门，不涉及法律解释与司法判决，和司法独立扯不上关系。所以根据「总统可以任命/罢黜司法部长」来质疑美国的司法独立是错误的，
至于为什么被叫成「司法部」，这就是翻译问题了，人家 White House 本来也不是「宫」，涉及政治的词汇在翻译成中文时，搬弄是非也算是特色的一部分。
还有任命大法官的问题，不是「任命」，而是提名。总统提名大法官是要经过国会同意的，而且还要有这个机遇才行，铁打的大法官流水的总统，从任期和威望上大法官就甩行政首脑一百条大街。
退一万步说，就算总统单方面任命大法官，这也不影响任何司法独立。美国的法院（或法庭）彼此之间是没有隶属关系的，不像东北亚大陆是上下级的行政管辖关系。任命了华盛顿的大法官，照样管不着新泽西的某个法庭如何做判决。
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