多克隆位点的主要意义有两个:
1、提供一套可用的限制酶酶切位点作为通用接口,可以放心选用而不必担心质粒其它地方存在非法切点。这是基因工程工具最早体现模块化思想的设计之一。
2、指定出合适的插入位置,避免插入片段破坏质粒上的其它功能片段。进而围绕MCS得以在载体上设计一系列特定的通用元件,更方便实现不同的克隆目的。比如启动子、测序引物的结合位点、终止子、特定融合蛋白的上下游编码序列等等。
至于和酶切位点的区别,质粒上酶切位点到处都有,随便选一个用是不行的,有人帮你挑好了可用的,还列个表让你选,这就是MCS。MCS不是必须的,玩分子克隆比较熟练的人并不依赖于MCS。