内共生假说虽然已经被一些人认定是学说了,但其实并没有很好地解释叶绿体与线粒体的基因跟原核生物的明显差异啦。如果叶绿体和蓝菌这种程度的相似你就觉得满意了,那所谓“单独存在在生物圈”的线粒体不就是遍在远洋杆菌嘛。
远洋杆菌属(Pelagibacter)遍在远洋杆菌(P. ubique)可能是现代地球上数量最多的细菌,估计其数量级在万亿亿亿的程度,可以占据夏季温带海洋表层水中细胞总数的一半左右。该物种世界性分布,是革兰氏阴性菌,以溶解的有机碳为生,是已知的体型最小的独立生活的生物之一,比很多支原体的体型还要小:体长370~890纳米,直径120~200纳米。
2005年测序表明遍在远洋杆菌HTCC1062菌株的基因组为1308759bp,是已知的自由生活的物种中最小的基因组,只有1354个基因(人类约有3万个基因)。它的基因组不含重复的基因拷贝,没有内含子和病毒基因(当然,正在被噬菌体攻击时例外),并适应缺氮的远海而减少了基因组中使用的氮。
线粒体的数量、形态、大小在不同生物中有差异,一般比遍在远洋杆菌的体型还要大上几圈。古典内共生假说认为原线粒体是能进行三羧酸循环和电子传递的革兰氏阴性菌,是变形菌门的α-变形菌,和立克次体有较密切的关系。现代世界上还有非常多的α-变形菌——遍在远洋杆菌是其中数量最多的物种。