除线粒体和叶绿体外,非叶绿体的质体也有自己的 DNA;许多原核生物和一些真核生物有质粒,质粒当然有 DNA,但中学阶段做题可能不考虑真核质粒、出题人经常不考虑原核生物。一部分真核生物的氢化酶体有 DNA,你做的题目没提这个大概就不用管。
细胞质含有少量 DNA,它们可以被囊泡包裹并送到各种膜细胞器或排出细胞之外。这些不是“用于指导细胞器自身的蛋白质合成的 DNA”,在中学生物范围内一般不用考虑。
有些国家的教科书认为细胞核和拟核也算细胞器。在不正常的细胞里形成的微核亦可含有 DNA。
某些真核生物的 Mitosome、Ocelloid 可能含有 DNA,另一些似乎不含 DNA。这方面的研究还很初步。