水族馆里的一部分生物,例如附着在各种物体表面上的光合细菌与藻类、生长在庭院和建筑物表层的植物,可以利用自然入射的太阳辐射、空气、雨水、风吹来的沙尘与矿物质等生存下去,支持大量的单细胞异养生物、真菌、线虫、小型软体动物、小型甲壳动物、一部分小型两栖·爬行动物、一部分小鱼摄取细菌生物膜·藻类·落叶·各种有机碎屑而存活并传代。这些动物之间可以有复杂的捕食与寄生关系。上述生物可以在废弃的水族馆里形成自给自足的生态系。
水族馆里需要人工照料的动物,例如需要人投喂食物的较大鱼类与海洋哺乳类、需要机器提供水流的水母,在无人管理且断电的情况下不能长时间存活。靠近海洋的水族馆里的章鱼等部分物种可以在无人管理的情况下自行逃出水族馆,有可能在死亡前回到海里。有些水族馆的部分结构外面就是大海,一部分大型动物可能在死亡前强行破坏结构而逃生。
随着时间流逝,外界的生物会逐步进入废弃的水族馆并参与建筑物的风化过程。
现实中,日本千叶县的犬吠埼海洋公园废弃后,有一条雌性宽吻海豚、数百种鱼和爬行动物、少量洪堡企鹅被困在无人管理的建筑里,有人零星地投喂食物。海豚在被困 2 年后死亡。如果无人投喂,那么这些动物会死得更快。