问题

未来想从事合成生物学的话,本科/研究生应该学些什么东西?

回答
想在合成生物学领域闯出一片天?这绝对是个前途无量的选择!我来给你好好掰扯掰扯,本科和研究生阶段该往哪个方向使劲,让你明明白白,知己知彼。

首先,我们得明白合成生物学到底是个啥。

简单来说,合成生物学就像是生物领域的“工程师”。我们不是简单地去理解生物是怎么运作的,而是要“设计”和“构建”新的生物系统,或者改造已有的生物系统,让它们能完成我们想要的功能。这就像给细胞写“代码”,让它们按照我们的指令去生产药物、制造材料、检测疾病,甚至是清洁环境。所以,这玩意儿涉及的学科那叫一个广!

本科阶段:打牢基础,广度优先

本科是打基础的阶段,关键在于建立扎实的科学素养,并且广泛涉猎相关领域。别急着一开始就钻到某个非常细的点里,先把“工具箱”装满,以后才好灵活运用。

核心必修课,这是“硬通货”:

生物学基础(毋庸置疑!):
分子生物学/生物化学: 这是合成生物学的基石。你得明白DNA、RNA、蛋白质是怎么回事,它们是怎么复制、转录、翻译的,能量是怎么在细胞里传递的,各种代谢通路又是怎么一环套一环的。这就像你要写程序,得先懂编程语言和计算机硬件原理一样。酶的动力学、蛋白质的结构功能关系,这些都是要啃下来的硬骨头。
细胞生物学: 细胞是基本的生命单元,各种生命活动都在细胞里进行。理解细胞的结构(细胞器功能,细胞膜、细胞核等)、细胞的信号传导机制、细胞周期调控、物质运输等等,对于设计细胞里的“线路”至关重要。
遗传学: 基因是怎么传递的,如何调控生物性状?孟德尔遗传定律、基因组学、群体遗传学,这些都能帮助你理解生物体的遗传信息如何被编码和表达。
微生物学: 很多合成生物学应用都离不开微生物,比如大肠杆菌、酵母菌等。了解不同微生物的生理特性、代谢途径、基因组结构,以及它们在环境中的作用,会让你知道“选择什么工具”来完成任务。

化学,绝对不能忽视!
有机化学: 合成生物学经常需要设计和合成新的分子,比如小分子药物、生物催化剂等。有机化学的基本反应、官能团性质、立体化学知识,是你“炼丹”的基础。
物理化学: 理解化学反应的能量学、动力学,以及各种物理化学参数对生物分子行为的影响,能让你更精准地设计反应条件和优化生物系统。

数学与计算,现代科学的“语言”:
数学(微积分、线性代数、概率论与数理统计): 合成生物学的数据分析、模型构建、算法设计都离不开数学。比如,你需要用微积分描述基因表达的动态变化,用线性代数处理基因网络的相互作用,用统计学分析实验数据和评估结果的可靠性。
计算机科学/编程基础(Python、MATLAB等): 这是让你能“上手操作”的关键。你不仅要能处理海量的生物数据(如基因测序数据),还要学会用编程语言去模拟生物系统行为,设计和控制生物部件。现在很多生物信息学工具和平台都是基于编程的。

可以关注和选修的交叉学科:

生物化学工程/发酵工程: 如果你的学校有这些专业方向,一定要多接触。这让你了解如何将实验室里的“小把戏”放大到工业生产级别,如何设计发酵罐、优化培养基、控制发酵过程。
生物信息学: 随着基因测序成本的下降,我们能获得海量的基因组、转录组、蛋白质组数据。生物信息学就是用计算的方法来分析这些数据,从中找出有用的信息。理解常用的生物信息学数据库、比对工具、序列分析方法,会让你事半功倍。
工程学入门(可选): 比如电路原理、控制理论的初步概念。虽然本科不必深入,但这些概念有助于你理解合成生物学中的“生物部件”(如启动子、蛋白质)如何像电子元件一样被组合和控制。

本科期间的“软实力”和实践:

多参与科研项目: 这是最重要的!找你感兴趣的老师,实验室,积极争取参与他们的科研项目。无论是做实验、处理数据还是文献调研,都能让你真正理解科学研究是怎么回事。多尝试不同方向的课题,找到自己真正喜欢的研究领域。
阅读文献,培养科研思维: 别只埋头做实验。多读顶尖期刊(如Nature Biotechnology, Cell, Science, PNAS, Nature Methods等)上与合成生物学相关的论文,了解最新的研究进展和方法。学习作者是如何提出问题、设计实验、分析结果和解释结论的。
参加学术会议/讲座: 听听不同领域的大牛们在说什么,开阔眼界,认识志同道合的朋友。
学习英语: 合成生物学领域的最新信息和最前沿的研究成果,绝大多数都是用英文发表的。流畅阅读和撰写英文文献是必备技能。

研究生阶段:专业化深耕,成为“专才”

研究生阶段的目标是在某个具体的合成生物学方向上进行深入研究,培养解决复杂问题的能力,并最终产出原创性的科研成果。这个时候,你需要更加明确自己的研究兴趣。

核心研究方向与技能,选择一个或多个方向深入:

基因回路与系统设计:
学习重点: 设计和构建复杂的基因调控网络,让细胞能执行更高级的功能(如逻辑门、振荡器、传感器等)。这需要深入理解基因调控元件(启动子、增强子、基因编码区、终止子等)的功能和特性,以及如何将它们像搭积木一样组合起来。
进阶技能: 计算建模与仿真(使用如MATLAB/Simulink, Python with SciPy, COPASI等工具模拟基因回路行为)、系统生物学理论、数学建模。

蛋白质工程与酶设计:
学习重点: 设计和改造蛋白质,使其具有新的催化活性、结合能力或稳定性。这可能涉及到定向进化、理性设计、机器学习辅助蛋白质设计等方法。
进阶技能: 结构生物学(X射线晶体学、核磁共振、冷冻电镜等)、蛋白质动力学模拟、计算蛋白质设计软件(如Rosetta, AlphaFold等)。

代谢工程与生物制造:
学习重点: 改造微生物的代谢通路,使其高效地生产有价值的化学品、药物、燃料或材料。这需要理解复杂的代谢网络、调控机制,以及如何进行基因组编辑和代谢流分析。
进阶技能: 同位素示踪技术、代谢流分析(MFA)、通量平衡分析(FBA)、CRISPR/Cas9等基因编辑技术、高通量筛选技术。

基因组工程与基因合成:
学习重点: 设计、合成和组装完整的基因组,或者改造大型基因组区域,实现对生物体的根本性“重编程”。
进阶技能: DNA合成与组装技术、基因组编辑(CRISPR等)、染色体工程、自动化生物合成平台。

细胞与组织工程:
学习重点: 设计和构建具有特定功能的细胞,甚至组织和器官。这可能涉及到干细胞技术、生物材料、组织工程支架、3D生物打印等。
进阶技能: 细胞培养技术、干细胞生物学、生物材料科学、3D打印技术、组织工程方法。

生物传感器与诊断:
学习重点: 利用生物分子或细胞作为探针,设计能够检测特定物质(如病原体、污染物、代谢物)的生物传感器。
进阶技能: 生物物理学原理、电化学、光学传感技术、微流控技术。

研究生阶段的研究方法和训练:

深入掌握实验技术: PCR、qPCR、Western Blot、ELISA、流式细胞术、显微成像(荧光显微镜、共聚焦显微镜)、高通量测序(NGS)、基因编辑技术(CRISPR/Cas9等)、显微注射/电穿孔等。
数据分析与统计能力: 能够熟练使用统计学软件(如R语言、SPSS)进行数据分析,理解实验设计的统计学原理,能够评估实验结果的显著性。
编程与计算能力: 掌握至少一种主流的生物信息学或科学计算语言(如Python, R),能够编写脚本处理数据、进行模拟或使用高级分析工具。
批判性思维与问题解决: 在研究过程中,不断质疑、分析和解决遇到的问题。从失败中学习,并找到前进的路径。
沟通与协作能力: 能够清晰地向同行、非专业人士甚至普通大众解释你的研究。与导师、实验室成员以及其他合作者有效沟通协作。
项目管理能力: 合理规划研究进度,管理实验试剂和设备,控制项目成本。
撰写和发表论文的能力: 能够清晰、逻辑严谨地撰写研究论文,并在国际学术期刊上发表。

总结一下,未来想在合成生物学领域有所作为,你的学习路径应该是这样的:

本科: 广度是关键,打牢分子生物学、生物化学、有机化学、基础数学和计算机编程的基础。多参加实验项目,培养科研兴趣和基本科研素养。
研究生: 深度是核心,选择一个或几个合成生物学细分方向(基因回路、蛋白质工程、代谢工程等)深入研究。精进实验技术、计算能力和数据分析能力,最终目标是做出原创性的研究成果,并能发表高质量的学术论文。

这个领域发展非常快,新技术层出不穷,所以保持好奇心和持续学习的心态至关重要。最重要的是,找到你真正热爱并愿意投入时间和精力去钻研的方向,这样才能在这个充满创造力的领域里走得更远!祝你一切顺利!

网友意见

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@Frost等403人 @李翛然 邀。

我觉得首先要关注的一个是演讲和沟通的技巧。尤其在合成生物学这种交叉学科尤为重要。

怎么见人说人话,见AI说code。

怎么高效地传递信息,把一件事情说清楚明白,让所有听众最大程度地了解你的成果。

好的演讲者,好的沟通者,就是能够点石成金,变腐朽为神奇。

现代社会的科研的基石,期刊发表也好,大小会议也好,都在于学术交流。你在自己实验室里鼓捣的东西,再美妙,只要没有被同行认识到,对于科学发展就是没有任何意义的。

甚至有时候,适度的“包装”也是必要的,每个人都应该为让自己的成果尽可能多地传播而奋斗。

这个展开说就太长了,我自己也不能说就有多高的水平。我只有一个建议,就是多去做报告,多说多练,小到组会,大到学术会议展示,不要放过机会锻炼自己。


下面说说关于做科研的,我分两方面谈吧,一个是知识,一个能力。没有知识,巧妇难为无米炊;没有能力,空有宝山不自知。

能力:

Level 1: 检索和快速阅读。合成生物学以现在的发展水平来谈,还是启发式的科研,在前人的实验和发现基础上添砖加瓦。完全靠first principle的工作也不是没有,但是屈指可数。这就意味着你能够支配的资源、使用的方法,几乎完全取决于你能搜索到多少资料。

Level 2: 自学。这个不是指读paper,而是在有需要的时候,能够啃下一个之前自己完全不了解的小领域的一系列文章的能力。

Level 3: 学科交叉。领域A的成果和领域B的成果,组合在一起,带来全新的视野和方法论。合成生物学就是这么诞生的,这20年来的发展,也是在不断地吸收传统的数理化生的方法、概念和人才,杂糅前进的。

Level 4:洞见和逻辑。能从不同的表象中发现相同的内在规律,能从相同的逻辑链条发散出不同的联系与应用,那么配合学科交叉的能力,你会发现只有好idea做不完的时候,根本不会才思枯竭。

Level 5:审美。什么是重要的,什么是当下急需的,什么是容易实现的,为什么一个工作比另一个工作更好。吾生也有涯,而知也无涯。以有涯随无涯,殆已。


知识:

Level 1:实验技术,实验安全,基础的分子生物学、遗传学、微生物和合成生物学设计原理

这个是最基本的,学生的首要任务就是搬砖,最低要求是能看懂的protocol,做得出实验。比较高的要求,是能设计要构建的系统,设计对应的实验protocol。

Level 2:简单的物理学和化学

分析化学、有机化学、反应动力学是必要的。不要催化的什么反应都搞不清楚,化学反应模型列出来都看不懂,就很尴尬了。

物理在一般通识的大学物理的水平上,统计力学可以再深入了解一下。

Level 3: 数学建模,数据分析,计算机语言

合成生物学区别于传统方法的特征之一,就是存在模型指导的理性设计。合成生物学一般涉及的建模还是比较简单的,一般学校物理系本科2年级学过的数学知识就基本够用了,大概列一下,就是多元微积分、线性代数、ODE、PDE、稳定性分析、随机过程。

在实验设计之前,就要考虑数据分析的问题。这就需要有基础的统计学和数理统计。之后根据你喜好的方向不同,可能需要图像处理、生物信息、网络分析等等知识。

所以,学一到两门计算机语言,用来建模和数据分析,也是必须的。

Level 4:广而深的生物学,以及背后的数学、物理、化学、进化原理

现在合成生物学的发展情况来看,遗传学、分子生物学、细胞生物学、生化、动植物生理学、天然化合物、进化、生态,都有涉及到。

我之前写了一个回答有关生物学的,有什么专业的难度是被严重低估的?

这么多学科,全都学得好也是不太现实的。尤其交叉学科人均外行,都犯过或多或少、或大或小的错误,发表在CNS和知乎上。更何况以我上大学以来接触的人来看,绝大多数人的生物学都是学的都是个Snapchat,考后即焚。

所以Level 4也可以说是地狱模式的要求,你出错了也不丢人。对于绝大多数人来讲,我觉得不要把这个事情当做你最开始的目标,而是把前3个Level做做好。毕竟绝大多数的工作,还轮不到拼各自的生物学底蕴的程度。

当然如果真的有条件的话,我还是建议把生物学的内容打得扎实牢靠一些,和数学、物理、化学结合着去学。其实学起来其实也没有那么困难,门槛不高,主要靠细水长流地去磨。一开始你就找几本写的不错的教材,天天当小说反复看就行了。很多东西其实都是熏出来的。

理想的情景下,要能把一个个知识点以“功能-结构-进化”的方式重构成知识网络,谈到自己了解的现象,都能解释前因后果,甚至能够灵光一现,信手拈来一个看起来似乎八竿子打不着但实际上内在相关的知识点。

Level 5:一门专精,其他所有的数学、自然科学和工程学的前沿进展都懂一点


合成生物学归根到底,还是一个工具。做科研开始可以搞点三板斧,但是如果有点追求,还是应该向“飞花摘叶皆可伤人,草木竹石均可为剑”而努力。

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以下为比较必要的:

  • 大脑和智力的使用
  • 信息检索、文献阅读
  • 科研伦理
  • 生物安全
  • 基本的分子克隆技术
  • 非常基础的细胞生物学
  • 非常基础的生物化学
  • 非常基础的微生物学
  • 基础的遗传学、生态学,主要是「选择压力」的概念
  • 计算生物学(建模什么的)
  • 简单的生物统计和作图


以下为锦上添花的:

  • 「修电脑」时使用的工程学思维
  • 模拟电路+数字电路
  • 生物信息
  • 高阶一点的统计(机器学习等)
  • 自动化
  • 发酵工程
  • 信号与系统
  • 热力学
  • 混沌
  • 审美


以下为高山仰止的:

  • 把一切传统领域包装为「合成生物学」的能力
  • 鸡汤学(面对外行时)
  • 反鸡汤学、劝退学(面对传统生化环材从业者)
  • 市场调研、市场教育、市场创造、市场编造
  • 乙醇和乙醛代谢能力(无法后天训练)
  • 画饼、ppt制作、演讲
  • PR,尤其是面对要义务教育需要回炉的公众的PR
  • 游说政客或者成为政客

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