我平时经常写疫情相关的回答,并在知乎上经常和网友互动。
在10月16日西安疫情爆发之后,有疾控的朋友提出:他需要了解全国疫情的动态,但各地流调发布渠道不统一,信息碎片化,他没有足够的时间整理,问我有没有好的办法。
正好我对流行病学感兴趣,也想站在全局视角归纳总结下本次疫情的全过程,愿意帮他做一些实事,所以我说:我来搞吧!
之后,我每天找一遍流调信息,并试图找出病例之间的联系。在病例多了后,提取关键信息作图就非常必要。
由于各地发布流调的时间不统一,图形每天需要修改5-10次,用邮件发送过于繁琐,且我和朋友都需要参与修改,所以我使用ProcessOn这个协作工具。
10月18日,我画出了第一张图:
通过作图分析,我发现3波旅行人员的轨迹在额济纳旗有交集,认为疫情来自额济纳旗的可能性大。
后期的信息证实了这一点,截止11月15日,从额济纳旗扩散出去的传染链多达18条。
梳理传染链可以明确病例感染的先后顺序和感染时间,对控制传染源非常重要。
例如石家庄传染链已经有大量病例,传染关系比较复杂,每一个病例的轨迹都是一大段,找出时间线和传播关系很困难。
我将每个病例的关键信息放在方框中,再进行比对,就比直接对比流调信息方便多了。
例如:深泽11月1日感染者1杨某(蓝色方块)的可能传染源有几个:
(1)在病例2王某某处买苹果
(2)锦阳湖饭店的婚宴
随后作图,按买苹果传播作图,发现存在时间矛盾:王某某卖苹果给彭某某的时间是23日,而彭某某相关的婚宴传播在21日。
再按婚宴传播作图,时间线就比较合理了
明确了该病例的感染时间是10月21日,传染源地点为婚宴。
如两名确诊病例伊金霍洛旗的货车司机(24日确诊)、阿拉善左旗的货车司机(20日确诊)都去过额济纳旗天鹅湖高速出口附近的韩永饭店。
由于两人去饭店时间间隔24小时,不满足病毒代际间隔,判断饭店为传染源。
该饭店老板和厨师25日就确诊了:
2021年10月25日,阿拉善额济纳旗新增本土确诊病例3例,其中两例为饭店老板和厨师。为做好我市新冠肺炎疫情防控工作,现急寻与相关病例有交集人员,具体情况如下:
任某某,男,53岁,韩永巴盟饭店厨师;韩某,男,41岁,韩永巴盟饭店老板。工作地址均位于京新高速天鹅湖收费站出口西侧约一公里处天鹅湖驿站巴盟饭店。
将某地区传播链都画出来后,就可以知道传播链条是否清晰。
如果大多数病例在确诊前已经被识别为密接和次级密接并处于隔离状态,则传染风险就比较小,疫情控制快。
图中可发现:天水出现了大量传染源不明的病例(粉色病例是大规模核酸中查到的),他们确诊前自由活动,产生隐蔽传播的风险大,所以疫情控制需要时间较长。
将图中所有病例查一遍后,发现宁夏牛某龙(11月5日因为隐瞒行程被刑事拘留)有天水旅行史,是天水疫情传染源的可能性最大。
经过长时间的整理,我明确了成都1号病例是在兰州市的大唐宫感染的,传染链为甘肃1号(D2746)-->甘肃99号-->甘肃病例169号-->成都1号病例
成都病例没有去过兰州高风险区,但与已知病例有时空交集,所以在采集流调的时候患者本人和疾控人员都没有认识到风险。
现有标准仅仅以确诊病例数量为划分风险大小的唯一指标,不能及时反映当地的传播风险,对其他地区的疾控人员来说不够精准。
这个案例说明疫情分区分级标准还需要进一步改善,为了准确衡量传播风险,除“确诊病例数量”外,需要考虑的因素有:
(1)感染者从感染到隔离的周期。周期越长,可能的传代数量越多,风险性越大。
(2)感染者的居住状态,独栋房屋、集体宿舍、城市小区、排水不良的老旧城中村、闭环管理居住点的人员扩散危险性不等。
(3)本地人口流动情况,如果有大量旅游团、货车司机群体流动,则应当提高风险等级。
(4)某个出现病例的地区如果处于高危地点(边境线、口岸、传染病医院、隔离点、冷链操作点)附近,则应当提升风险等级。
(5)季节性因素。冬天飞沫存在时间较长,呼吸道传染病高发,应当提高等级。
(6)已知病例活动轨迹是否涉及人流密集地点或者流调较困难的地点,如购物中心、机场、铁路枢纽客运站等。
(7)其他地区的传染链是否在本地区有交叉。
(8)本地区的流调是否清晰,是否有病例查不到来源。
(9)本地近期核酸检测数量和人口的比例。
(10)已经发现的混检阳性样品数量。
(11)对于边境和口岸地区,还需要考虑边境线以外的疫情发展状况和每日平均入境人数(包括临时来口岸停留但不办理入境手续的飞机机组成员、货船船员、货运司机)。也需要考虑口岸人员防护规范性。
详情请见:
可点击“查看原图”放大,或者下载图片后查看
查看地址:2021年10月江西、山东、河南传染链
备用下载地址:流程图(山东、江西、河南)密码1101 (访问密码 : 1101)
可点击“查看原图”放大,或者下载图片后查看
备用查看地址:2021年10月额济纳旗疫情传播链 | 密码1101
备用下载地址:流程图 (访问密码 : 1101)
流程图工具链接:ProcessOn
11月15日,本次西北疫情传播链中,人群感染率接近1%的额济纳旗的疫情已经得到控制,12日的确诊病例出现在隔离点,随后没有新增病例,游客开始返程。
前期出现本地疫情传播西安、兰州、张掖、银川、吴忠、成都、重庆、遵义等地都已经连续几天没有出现病例,逐渐恢复正常生活。
北京、石家庄、上饶、郑州、周口等地经过艰苦的努力,日新增感染人数也大幅下降,15日仅北京报告1例,可以说胜利在望了。
从10月18日到11月16日,我每天搜索流调、分析流调、作图、再核实修改都需要花费2-5小时时间,按平均3小时计算。
我花费90小时当了一次志愿者。