「京都基因与基因组百科全书」（KEGG）对于生物学研究的意义是怎样的？ 第1页

KEGG和DAVID是目前常用的信号通路查阅网站。大多数做pathway分析的，都会用到它们。

然而16年Nat Methods就有人比较过这些pathway分析网站：DAVID数据库更新慢，跟不上最新的pathway文献结果，导致预测pathway并不准确。KEGG早就停止数据库下载，更新也不及时。

这两家做pathway分析非常早，很出名，大家都爱用。可当时再怎么好的网站，无论从数据还是算法上，经过这么多年更新换代，已经被很多新网站超越了。

就好像一件以前很时髦的衣服，你不想扔，缝缝补补穿在身上，加入每一年的潮流元素，过了这么多年，还不如重新买件衣服。

这种事情在生物学网站工具里还挺多。

比如大家做基因敲除时，设计sgRNA爱用MIT自带的设计工具，这个工具完全靠blast序列比对，没有实验数据支持。

然而从13年到现在，很多研究组在细胞里随机设计sg，从不同sgRNA的基因敲除效率反推，知道更符合实验规律的sg设计原理，同时结合染色质开放还是沉默这些信息（染色质开放区，sgRNA更易结合），大大提高sgRNA敲基因的效率。

有段时间连MIT也出了更新版，和旧版同时存在，有人还在用MIT最初始的版本。

再比如我之前做同源基因比对，用到这个领域常用的orthoMCL，安装的时候简直吐血。这个软件是2013年出的，当时调用了blastp SQL等其他工具，而今其他工具都升级，orthoMCL却没升级，拿旧版的软件调用新版工具，非常酸爽。

后来问了专门做进化的，改用orthofinder。

回到这个问题。

KEGG这些工具对于学习粗浅pathway知识非常有用，但是很多信息已经老旧了，如果要准确了解知识，可以查最新的review；如果做pathway分析，用新一些的工具。

KEGG引文量确实高，因为它老牌它出名，大家爱引用它。一般研究，拿它就够用了，深入做哪条通路的话，还是找下review吧。

如果想比较各pathway工具优劣，可以参考2016年的这篇Nat Methods：Impact ofoutdated gene annotations on pathway enrichment analysis，可以从中挑选更适合自己的分析工具。