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为什么张锋没有获得 2020 年诺贝尔化学奖?他对 CRISPR 基因编辑技术贡献有多大? 第1页

  

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之前麻省理工学院博德研究所(Broad Institute)张锋和加州大学伯克利分校生物学家詹妮弗·杜德娜 (Jennifer Doudna) 就在争夺当前最为主流的基因编辑技术CRISPR-Cas9的专利。

基因编辑技术可以实现对DNA片段的敲除、加入等,在可预计的未来,将在治疗疑难杂症上大有市场。目前已有数个关于CRISPR的生物技术公司成立,涉及数亿元的风险投资。其中就包括张锋创立的、已经公开募股筹得9440万美元的公司Editas Medicine和杜德娜创立的、获得诺华两轮共计8500万美元投资的公司Intellia Therapeutics。

2016年,一封来自张峰实验室前工作人员林帅亮倒戈的邮件被公开,让CRISPR的专利之争升级。这是一封带着求职意向的邮件,发送时间是2015年2月28日,收件人正是杜德娜。信中,林帅亮表示,仔细核对博德的专利申请文件后,他发现“张锋不仅对我不公平,对科学史也不公平”。林帅亮认为,张锋和丛乐(张锋当时的博士生)的实验数据是被误读和夸大的,“像一个笑话”。他向杜德娜谋求其实验室的职位,并表示如果需要可以提供当时的实验记录。

信件曝光后,麻省理工学院博德研究所官网进行了回应,对林帅亮当时在张锋实验室时的情况进行介绍,指出林帅亮是在张锋的指导下进行了CRISPR研究,并表示在杜德娜发布论文前,张锋就已经开始了研究这一方向了。在回应中,博德研究所还质疑了林帅亮的动机:林是在美国签证过期的前夕,为了在其他实验室谋得职位而倒戈的。

在张峰实验室时,林帅亮的身份是北京大学、清华大学和北京生命科学研究所联合培养项目的博士生,经北京大学教授饶毅推荐,进入张峰实验室。对于自己也被卷入这一纷争,北大教授饶毅表示意外。不过饶毅表示,他对林帅亮的学术印象是正面的,因其对科学前沿很敏感。

在曝光的求职信中,林帅亮透露,自己从2011年10月开始在张峰实验室工作,当时是实验室中唯一一个着手研究CRISPR的人,而其他人都埋头于上一代的基因编辑技术TALEN。2011年10月至2012年6月,林帅亮在张锋实验室期间,正是张锋证明自己率先在人类细胞上进行CRISPR基因编辑的关键时期。林帅亮提到,2012年6月,因为母亲的手术和国内的博士学位,他选择回国。

正是在2012年6月,杜德娜和她的合作者瑞典于默奥大学的埃马纽埃尔·卡彭蒂耶(Emmanuelle Charpentier)在线发表了关于利用原核生物的CRISPR系统在体外编辑试管中的DNA的论文。林帅亮说,张锋和丛乐是在看到杜德娜的论文后,在不告知林帅亮的情况下,迅速将研究方向转向了CRISPR,而在此之前的CRISPR实验并不成功。

在2013年以前,美国的专利归属实行的是先发明制度,谁更早地发现CRISPR,谁就获得专利归属。按照林帅亮的说法,张锋在CRISPR上取得进展是在杜德娜发表论文之后,现在的专利归属是“误归”。

林帅亮在2015年2月28日发给杜德娜的邮件,主题为“博德研究所的CRISPR专利以及申请贵实验室的职位”。


林帅亮的版本和此前张锋公开表示的说法相矛盾。

据张锋此前接受美国媒体STAT的访谈中提到,2011年2月,他在一场研究报告中第一次接触到CRISPR,随即和丛乐决定跳过原核生物,直接在老鼠和人类的细胞中研究CRISPR系统的有效性,并在2012年春完成基础工作,但为有更重大的进展突破,暂时没有发表。

直到2012年6月,杜德娜发表论文,张锋实验室争分夺秒,在2012年10月向《科学》投稿,并在2013年1月3日在线发表。

专利之争也在那时拉开帷幕。科学专利一般在论文发表前夕开始申请。2012年5月25日,加州大学伯克利分校向美国专利与商标局提交了与CRISPR相关的专利申请。同年12月12日,张锋与博德研究所也向美国专利与商标局提交了申请,申请对象是在哺乳动物细胞的基因组上进行CRISPR-Cas9基因编辑这一方法。

尽管在申请时间上,张锋比杜德娜晚了近7个月,但由于专利申请周期长,杜德娜没有因此得势。反而,张锋通过缴纳70美元的快速审核通道,凭借能证明自己比杜德娜更早做出实验的实验记录本,在2014年4月15日,获得了美国专利与商标局关于CRISPR的第一个专利授权。专利权限包括在真核细胞或者任何细胞有细胞核的物种中使用CRISPR。这意味着张锋拥有在除细菌之外的所有生物,包括老鼠、猪和人身上使用CRISPR的权力。

但杜德娜和加州大学伯克利分校并没有就此让步,并一直积极寻找更多证据证明自己才是CRISPR的第一发现者。

CRISPR专利到底花落谁家算实至名归?张锋和杜德娜各有落脚点。杜德娜和加州大学伯克利分校认为,张锋只是诸多杜德娜论文的跟进者之一,将CRISPR运用到老鼠和人类细胞上只需要常规技术。但张锋一方的理由是:杜德娜只是预测CRISPR会在人类细胞上有效,自己是第一个将CRISPR运用到人类细胞中的人。

2016年1月11日,美国专利与商标局宣布重启将CRISPR-Cas9关键专利授予博德研究所的决定。


对邮件风波的回应

邮件的公开,让科学界这场一波三折的专利之争又添了不少火药味。这不仅因为这是来自张峰实验室前工作人员的披露,更是因为,在2012年12月,张锋和博德研究所的CRISPR专利申请名单中,林帅亮在列。

2011年10月至2012月6月,在张峰实验室时,林帅亮的身份是北京大学、清华大学和北京生命科学研究所联合培养项目的博士生,经北京大学教授饶毅推荐,进入张峰实验室。离开博德研究所后,林帅亮在哈佛大学生物学家Norbert Perrimon实验室工作。据悉,林帅亮现在是加州大学旧金山分校医学院的博士后。

对于林帅亮在邮件中披露的信息,美国时间8月17日,博德研究所的发言人Lee McGuire在该研究所官网发文回应。文中对林帅亮当时在张锋实验室时的情况进行介绍,提到说,林帅亮是在张锋的指导下进行了CRISPR研究,并表示,大量证据显示,林帅亮的指控是错误的。

为证明这点,Lee McGuire列举了一系列张锋和林帅亮之间的邮件沟通,比如:2011年8月,张锋向其介绍了Cas9在基因编辑方面相关方面信息;2011年10月他向其解释tracrRNA在crRNA二聚体装载在Cas9过程中的重要性等;2011年11月,他承认由于未能完全遵循张锋等人设计的实验计划操作而导致了部分实验的失败。

针对专利的归属质疑,Lee McGuire反驳道,大量例子表明,在2011年初,杜德娜发表论文之前,张峰团队就已经成功设计出了在真核基因组上的CRISPR-Cas9系统。

此外,Lee McGuire对林帅亮发邮件的动机表示怀疑。Lee McGuire透露,2015年2月28日,正值林帅亮3月1日美国签证过期的前夕,林帅亮向杜德娜发送求职邮件,表示愿意提供更多关于博德研究所CRISPR实验的数据,并在3月2日,得到了加州大学旧金山分校的职位。

北京大学教授饶毅对媒体表示,对自己突然被卷入此事表示意外(林帅亮在邮件中提到自己是饶毅的学生),并透露林帅亮应该曾在他的实验室当过轮转学生,对林帅亮的学术印象是正面的,因其对科学前沿很敏感。


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首先祝贺CRISPR基因编辑技术和两位获奖科学家的工作获得了诺贝尔奖的认可。

利益相关:本科在清华生物系/电子系师从饶子和院士学习,到哈佛大学医学院读博士,是MIT/Broad Institute张锋实验室的第一个学生,毕业后在麻省理工学院Aviv Regev教授指导下完成博士后,现在是斯坦福大学医学院助理教授。博士期间从2011年开始在张锋实验室做CRISPR研究,我们的工作首次实现了人类细胞中的CRISPR基因编辑(论文最终发表于2013年),也是一部分相关基因编辑专利申请中的共同发明人(CRISPR一系列专利存在争议,法律范畴无法评论)。希望分享一些自己的科研经历,不代表官方言论。我很喜欢知乎,从读博时就是忠实用户,也愿意通过这个平台分享(虽然大部分时间看的是和生物医学研究无关的问题,很感谢各位知乎大神的回答)。

下面从我个人的经历回顾了张锋实验室从2011年开始进行CRISPR基因编辑研究的过程,从概念提出到技术设计、反复试错、最终首次实现人类细胞基因编辑,都早于并独立于2012年诺贝尔奖得主的论文,所以非常遗憾张锋未能分享诺贝尔奖,不过这次的颁奖帮助传播和揭示了CRISPR基因编辑技术的影响力和重要性。


1. CRISPR生物学原理的研究 - 基因编辑开发的起点:和很多改变我们生活的重大发现一样,开始时经常是少数人,在孤独寂寞中的坚持与努力。其他知乎大号/知乎大神答案中所陈述的,日本,西班牙,匈牙利,奥地利,美国等早期研究组从1993年到2011年的一系列研究发现帮助我们理解了CRISPR是什么,在细菌中如何工作等(CRISPR科研发展的时间线可以参考这篇Cell的综述论文)。很多早期文章并不是在顶级杂志,我刚接触这个领域时,经常找文献的原文都很困难,但这些都是极重要的起点研究。 因为多年的科学积累,这些开创性的CRISPR生物学研究让我们早在2011年之前,就已知道了Cas9为代表的CRISPR蛋白是DNA切割酶。比如2007年时,科学家已经发现CRISPR可以切断噬菌体DNA保护细菌,从而防止酸奶变质(这个很有趣有机会单独分享)。

但一个本质的区别是, 这些工作并不是着眼于将CRISPR用于进行基因编辑,所以这些生物学理解为CRISPR基因编辑技术打下了理论基础,类似我们对于干细胞的生物学理解,为诱导干细胞iPSC这一技术打下了基础。诱导干细胞使用了著名的四个基因Oct4, Sox2, Klf4, cMyc (OSKM),虽然对于这四个基因的生物学研究极为重要,但是iPSC技术的关键一步是实现诱导干细胞技术的科学家完成的。

(类似科学发现中的坚持,如果有兴趣可以参考:诱导干细胞iPSC,我至今还记得本科上课时清华的吴畏老师告诉我们,想法不一定没人想到,但大部分人都没有耐心恒心去这么努力坚持做,也记得看到中国科学家各种干细胞顶尖成果时的激动)。

2. 我在MIT,Harvard参与的ZFN/TALE等早于CRISPR的前一代基因编辑技术:我2009年先在George Church实验室和张锋、Sriram Kosuri、Paula Arlotta几位科学家共同工作时第一次接触到基因编辑技术。最开始,我们主要研究ZFN/TALE基因编辑技术,这是早于CRSPR的前一代基因编辑技术。2011年,我们首次在哺乳动物/人类细胞实现了TALE基因调控编辑(论文2011年发表在Nature Biotechnology),而同期Miller等人的论文也开发了类似的TALEN技术。基因编辑领域的很多工作都是多个研究组独立进行。

3. 从2011到2014年在张锋实验室进行CRISPR基因编辑技术开发的过程

张锋2011年初设想可以用CRISPR来代替TALE进行基因编辑。我们经过非常长期的努力和试错,加上团队一起合作的努力,实现了这一预想。

尽管CRISPR概念潜力巨大,在2012年之前,科学家仅在原核细胞或体外试管实验中成功检测到了CRISPR的编辑活性(包含本次诺奖得主们2012年的重要论文)。然而,我们最感兴趣的是哺乳动物和人类细胞的基因编辑。人类细胞的结构和环境复杂度远远高于细菌细胞,所以在生物学历史上,大量技术虽然适用于细菌或体外,但未能在人类细胞中实现。本届诺奖获得者Jennifer Doudna在采访和其他场合提到其2012发表的关键论文时,表达了“techniques for making these modifications in animals and humans have been a huge bottleneck”,她们团队当时在这个方向的尝试遇到了 “many frustrations”(原文链接1链接2)。

在张锋实验室,我们从2011年开始开发能在人体细胞进行基因编辑的CRISPR系统,积累早期的经验,在2012期间我们终于提交了论文,最终2013年在Science发表。在这篇文章中我们首次证实了CRISPR在哺乳动物细胞的编辑能力(同期的Science杂志上,也发表了George Church实验室的精彩工作,所使用的系统与两位诺奖得主2012年的论文一致,但与张锋2011年原始设计不同,这也从侧面验证了我们的研究独立于这些工作)。随后发表的Keith Joung,Jin-soo Kim等各个研究组的工作也推动了领域的前进,这些研究也再次验证了前面第2点中提到的科学正是在大家的共同努力下进步的。

事实上,张锋实验室从2011年初开始的CRISPR基因编辑研究,在2011年2月就有了真核细胞CRISPR基因编辑技术的概念设计(并有公开的存档证明,链接)。所以,从概念提出到技术设计、再到反复试错、最终实现人类细胞基因编辑,都早于且不依赖于2012年诺奖得主论文的发表。由于真核细胞中CRISPR基因编辑的复杂性、不可控性和我们工作的原创性,这篇2013发表的工作收获了大量的关注和广泛祝贺,也为之后一系列推动CRISPR基因编辑领域前进的研究铺下了坚实基础。所以,张锋实验室基于这一工作开发的基因编辑工具盒被大量实验室和公司广泛用于研究和基因治疗中(如其他回答中提到的PX330等),而2013年的突破性论文目前是CRISPR基因编辑领域引用最高的文章。

这是为什么张锋也被学界中很多同仁期待为最可能的诺奖得主之一。

感想:两位得奖人Emmanuelle/Jennifer实至名归。同时,非常遗憾张锋未能分享诺奖。和很多领域一样,有时会有不同研究组,科学家在不同地点,相近的时间,独立发现/开发类似或者相关的结果。在诺奖历史上,因为人数限制等原因,有大量的杰出科学家与诺奖失之交臂,其中有不止一位华人科学家。其他CRISPR领域的早期先驱,比如欧洲的Virginijus Šikšnys, 以及为CRISPR生物学作出了突出贡献的科学家,Rodolphe Barrangou, Philippe Horvath等等亦做出了重要的工作。

关于专利问题的更新:有一些知友询问关于专利的问题,我并不专业但是在这里分享一些我所了解的信息。所有张锋实验室相关基因编辑专利的权益所有人都是大学和研究所,发明人能够分享其中的小部分而大部分专利所得都会被用于支持学校和研究工作。我们进行基因编辑技术开发的目标是让所有的科研人员都可以方便高效、开放开源的使用所有我们的基因编辑工具,从而治疗疾病,改善环境,让我们生活的更健康,这也是我们科研的动力。谢谢大家的关注!


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我努力工作,年收入突破百万。我楼下小卖部老板眼红了。

他说他每天7点开店,晚上10点关店,工作时间比我长,收入却比我低,这不公平。为此,他甚至发展出了一套小卖部老板人权理论,要求将卖给我的可乐从一瓶2块钱涨到100块钱。

他说之前他受太多委屈了,等他觉得委屈弥补回来了,他会把价钱降到一瓶4块钱的。但想像原来一样2块钱一瓶那是永远不可能的。

我默默想了一下,走多一百米,用2块钱在另一家店买了一瓶可乐。

这件事被小卖部老板知道了,他生气了,他跑去骂另一家小卖部老板,骂他不尊重小卖部老板人权理论,并且在我家楼下贴大字报隐晦地骂我。

你说我为啥讨厌他?

我不只讨厌他,我甚至想报警呢。可惜警察说这事他们管不了。

……

这件事还有后续。

后来,小卖部老板人权组织找到了我,跟我说我楼下的小卖部老板的小卖部老板人权理论不是正宗的,他们才是正宗的。

我说,那你们的是怎么样的?

他们说,我们卖3块。




  

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