中世早期,馆和城有明显区分。
布局上:馆的布局遵循条坊制方整的原则,城则遵循依山借勢形状错落的原则;
体量上:馆内空间开阔,城内空间狭小;
建筑形态上:馆以门、塀、殿、箭台等建筑为主,而城则更多的依靠堀、土垒、马出等土石构造,辅以栅、望櫓、屋敷。
功能上,馆以居住为主,城以防御为主。
中世中晚期进入战国时代,社会变革使得馆与城的区别减弱,这一时期大量的馆出现城化趋势,同样的,城的馆化也很普遍。这种馆城不分的建筑是中世城郭的典型。
这一时期,通常对大名的居所名称混淆使用馆与城两种记载。与我们现在看到的名称不同,当时人们并不太在意究竟如何称呼一个特定的建筑,如小田原城,当时文书中的叫法有"小田原之馆"、"小田原之城"、"其居馆"等,人们并不在意到底是城还是馆,因为在外观上两者已经完全融合了。少数保持早期样式的城,在这一时期通常称"砦"。
后世的文学作品中沿用了安土桃山时期或江户时代对城的理解,混淆近世城郭与中世城郭的区别,因此普遍称为"城",除少数例外如踯躅ヶ崎馆等。然而如踯躅ヶ崎馆,其规模已经很大,甚至晚期已经有独立的天守类建筑。
总之对于中世城郭而言,往往是馆城不分的,一种并有防御与居住,不排除其他功能的综合建筑体系。