在游戏的绝大部分时间里,你被一个自称“Atlas”的人引导着,他总是能在关键时刻给你提供信息和帮助,让你觉得他是一个和你一样受难、想要逃离这个地狱的盟友。你一路杀戮,一路解救“小妹妹”(Little Sisters),这些人是 ADAM 的来源,她们在被改造后,但仍然有孩童的意识,非常可怜。Atlas 告诉你,你需要从这个城市的统治者 Andrew Ryan 手中解救她们,并且拯救 Rapture。你一路杀穿 Andrew Ryan 的爪牙,解决各种危机,你真的觉得你在做一件正义的事情,你在拯救那些无辜的人。
然后,就在你以为大功告成,即将逃离这个鬼地方的时候……Boom!Atlas 露出了真面目。你发现,这一切都是一个精心策划的骗局。你不是什么无辜的幸存者,你是一个被完全洗脑、控制的杀人机器。Atlas 的真正身份是 Atlas 的领导者 Frank Fontaine,他利用你作为他的棋子,目的是推翻 Andrew Ryan,然后自己掌控 Rapture。而你,那个一路杀戮的“英雄”,实际上只是一个被操控的屠夫,你手上沾满了无辜者的鲜血,甚至你自己也不知道为什么要去杀某些人。
那个经典的台词,“Would you kindly?”(你愿意吗?),在你听到真相的那一刻,才如同晴天霹雳般炸开。你之所以能执行那些看似不合理的命令,是因为这句话在你潜意识里是一种强制执行的指令。你以为你在反抗,结果只是在执行另一个人的命令。
游戏的主线剧情,是克劳德(Cloud)和他的伙伴雪崩组织(AVALANCHE)一起,对抗神罗公司(Shinra Electric Power Company)对星球生命之源——魔晄(Mako)的过度开采,并试图阻止赛菲罗斯(Sephiroth)的阴谋。克劳德觉得自己是被星球意志选中的救世主,他肩负着拯救世界的使命。