这个主要是最初姓氏来源不同。
今天韩国人普遍采用的「漢字姓氏命名」是起源于公元6世纪时的新罗王室。
民间广泛采用则要到10世纪高丽时代。
越南如今的命名方式则是起源于漢军进入越南之后,不过长期停留于上层。
真正在民间普及,要等到丁朝之后。
他们在「姓氏架构阶段」就采用漢字。
而日本则是先出现自己的命名体系(大和的王权统一日本之后),才开始引入漢字为其注名,保留了原生命名方式。
中国对日本的影响力不如对韩国和越南,所以才导致日本命名方式的不同。
不过只是漢字写法容易导致搞混。
对非东亚国家来说,拉丁字母注音书写的差别还挺明显的,一般不会认错。