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新的变异体毒株 BA.4 和 BA.5 都有什么特点?会对目前的疫情形势造成什么影响? 第1页

  

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具体会造成什么影响,现在还不知道,我们可以看看已经知道的内容。先说结论:

BA.4已经在多个国家发现了,并且在南非稳定增长,频率为9%;BA.5目前仅在南非发现

BA.4这个毒株根据英国的报告[1],最早的样本出自南非,时间是2022年1月10日。但是最近,在多个国家都发现了:南非(41个基因组)、丹麦(3个基因组)、博茨瓦纳(2个基因组)以及英格兰和苏格兰各报告1个基因组。英国报告里没有显示的是,德国、美国、波多黎各也有发现BA.4。

BA.4和BA.5在2022年4月6日被VTG分别分类为V-22APR-03和V-22APR-04。

V-22APR-03与BA.2具有相同的突变/缺失,但以下情况除外:

  • NSP4蛋白: L438F还原为WT(野生型);
  • S蛋白: 69/70缺失,L452R, F486V, Q493 (WT);
  • Orf 6蛋白: d61 (wt);ORF 7 b: L11F;
  • N蛋白: P151S。

BA.5与BA.4有相同的突变/缺失,但以下情况除外:

  • M 蛋白: D3N;
  • ORF 7b 蛋白: L11 (WT);
  • N 蛋白:P151 (WT);
  • 同义snp: A27038G和C27889T。

以上这些突变有什么影响并不知道

BA.5 这个毒株目前发现有27个序列,全部来自南非。

目前南非豪登省(Gauteng)是最长报告BA.4的省份,在最近的样本中超过 35%。最开始奥密克戎是在此地最先被发现。

BA.4在南非稳定增长,频率高达9%,在之前的回答中,英国报道的XE毒株频率为8%[2],这个似乎更高。

BA.5占南非近期样本的15%

不过这两个毒株、还有XE会不会成为接下来的主流毒株,现在并不能下结论;甚至接下来的主流毒株有可能会是一个全新的新冠毒株(注意再新它也是新冠病毒),而与omicron无关。

参考

  1. ^ https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1067672/Technical-Briefing-40-8April2022.pdf
  2. ^ https://zhuanlan.zhihu.com/p/490263910

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————2022年4月12日第一次更新————

一、昨天提到BA.4和 BA.5各自有两组分支,

今天凌晨就走完命名流程了……

分别是BA.4.1、BA.4.2、BA.5.1和BA.5.2。

——请品鉴:

每次Pango team动作这么快,都不是啥好兆头……


二、鲁汶大学Wenseleers老师的多项式拟合结果也出来了。

——请品鉴:

Wenseleers老师预测:

在南非,BA.4相对于BA.2的增长率为每天0.11 [0.09-0.14],而BA.5相对于BA.2的增长率为每天0.13 [0.09-0.17],

双双高于当初BA.2相对于BA.1的增长率。

This is our life from now on, in waves.

————以下是2022年4月11日原回答————

谢各位老铁邀。

但问题描述是错的。

所以先做个短文改错吧:

首先,以色列那个重组株是XJ,跟BA.4/BA.5无关;

然后,BA.4也不是BA.1和BA.3的重组产物,而是一个和BA.2平行演化且相近的Omicron子毒株。

关于BA.4=BA.1+BA.3重组的谣言源头,可能是Haseltine老爷博客上的某篇翻车文章……

——来龙去脉:


答题之前首先划个胖。

关于BA.4和BA.5,咱又一不小心抢跑成功了……

——请品鉴:

咱公众号4月5号抢跑,

比Pango早一天,比UKHSA早5天,被WHO早一周~

/摊手~


划胖完毕,下面正式开始吹水。

BA.4和BA.5的焦虑点有四个。


首先,之前简单提到过一嘴,

BA.1到BA.5一共五兄弟,外加上面Haseltine老师抢跑翻车的那个暂时没拿到命名的,

整整6个分支,全都来源于同一个MRCA(最近共同祖先),

大佬们跑Beast的结果显示,

BA.1和BA.2大概9月份分家,BA.3稍晚,BA.4更是晚到了2022年1月份。

这说明了啥?

这说明了那个不知道是免疫缺陷人类还是未知动物的神秘宿主,

他/她/它至少从9月份到1月份的小半年时间里,一直在制造外溢。

光是有蛛丝马迹的,就已经外溢了六次。

这尼玛谁受得了……

万一这位神秘宿主他/她/它还没消停咋办?

万一以后还会陆续冒出来BA.6/7/8/9/N咋办?


然后,之前咱还是简单提到过一嘴,

BA.4和BA.5刺突蛋白RBD结构域的那三个突变——L452R、F486V和R493Q,

拿Bloom老师的Deep Mutational Scanning数据库一查便知,

这仨的功效几乎可以肯定是针对BA.1和BA.2的免疫逃逸。

(以及进一步增强针对原始株的免疫逃逸)


简直可以说是一条路走到黑了……

所以问题就来了,

如果上一条假设成立——BA.4和BA.5是在某个神秘宿主体内持续憋大招的产物,

那么照理说它们应该是处于一种与世隔绝的闭关修炼状态,

不太应该对外界的immunity landscape有如此针对性的变异才对——毕竟,F486V和R493Q可都不是啥常见的突变,

要说这是巧合,打死咱都不信……

所以,最合理的解释有两条:

  • 第一,这位神秘的宿主,他/她/它一边在体内养蛊,一边还跟外界的immunity landscape互通有无,以至于可以针对1月份那阵的流行株搞针对性培养;
  • 第二,这位神秘的宿主,他/她/它持续不停地在制造溢出事件,只是刚好带有刺突蛋白L452R/F486V/R493Q组合的溢出病毒对当前的landscape最为适应,形成了持续感染链,所以才被南非目前极为拉胯的测序体系捕获~

(是的各位你们没看错,Omicron面世之后,南非似乎被全球禁运搞怕了,测序已经远不如当初那么积极了……)


接下来,之前咱又简单提到过一嘴,

Omicron大家族最近掀起了一股轰轰烈烈的趋同演化热潮……

而这一波趋同演化的主角,正是BA.4/BA.5都有的L452。

除了BA.4/BA.5之外,

现如今市面上额外多出S:L452的Omicron家族最新成员还包括:

BA.2.9.1:英国特产,特征定义突变S:L452M(以及其他9个保守突变);

BA.2.11:法国特产,特征定义突变S:L452R(以及其他1个ORF1ab突变);

BA.2.12.1:北美特产,特征定义突变为S:L452Q(以及S:S704L);

BA.2.13:比利时/荷兰特产,特征定义突变S:L452M(以及其他1个沉默突变)。

以上Omicron子毒株的共同特点是——流行率都在疯涨。

特别是BA.2.12.1,正在席卷纽约城~

——请品鉴:

BA.2.12.1在美国相对于BA.2的增长率高达75%可还行?

所以问题又来了:

按说应该是起源于关门养蛊的BA.4和BA.5,

到底是为啥如此紧贴时事,

跟一大堆侄子辈打成一片,搞起了亲密无间的趋同演化??


最后,终于有一点之前没提到过的了……

当初及时发现Omicron并向全世界发出预警的那个南非,

已经再也不存在了……

现如今的BA.4和BA.5,

是业余爱好者闲着没事儿翻GISAID玩儿翻出来的,

而正主儿Tulio老师则(又)在开开心心度假……

于是BA.4和BA.5刚刚面世,系统发生树就已经枝繁叶茂~


——请品鉴:


如上图,

BA.4和BA.5刚刚被发现,

就已经各自外溢多个国家/地区,

并各自拥有两个地理分隔明显的分支,

这就好比是,

刚刚查出癌症,就已然三期甚至四期~

……

……

没办法啦,这就是躺平的代价。


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共产主义政党长期治理的喀拉拉邦在印度处于人类发展指数的前茅,这就是共产主义对印度的影响。

印度及印占藏南、印占克什米尔的人类发展指数


另外,南亚人是非常非常喜欢取经名的。这也是一个地域特色了。




  

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