有没有根据核酸序列预测蛋白质结构的软件或者网站？ 第1页

就目前来说，蛋白质三维结构预测还没有一个通用的解决方案，对于蛋白结构预测只能得到相对精确的“近似解”。实现精准预测的目标尚未达到。

当前预测结构的主要技术分为两种：

• 第一种是Template-free Modeling，即不使用模板，从头开始（ab initio methods），此类方法主要基于物理原理以及几十年来积累的经验。
• 第二种是Template Modeling，即根据已知模板推断结构信息，此类方法主要基于同源建模（Homology Modeling）实现。

对于第一种Template-free Modeling，常使用的网站和工具包括：

1. Rosetta@home（强大，推荐）

内容介绍：Rosetta@home 是一个基于伯克利开放式网络计算平台（BOINC）的分布式计算项目，由华盛顿大学贝克实验室（David Baker）开发和维护，用于蛋白质结构预测、蛋白质-蛋白质对接和新的蛋白质设计的研究。截至2016年7月29日，全球共有6万多台计算机是这一项目的活跃志愿者，平均每秒浮点运算次数达210万亿（210 teraFLOPS）。
——维基百科

网址：https://www.rosettacommons.org/

2. Foldit：Solve Puzzles for Science

内容介绍：Foldit是一个实验性的蛋白质折叠电子游戏，结合了众包与分布式计算的思想。由华盛顿大学的计算机科学和工程学系和生物化学学系联合共同开发。
Foldit提供一系列教程，让用户试着操纵简单的类蛋白质构造，并定期更新以真实蛋白质结构为基础的谜题。该程序让用户在工具辅助解谜，就能够得出实际的蛋白质模型。每当结构被变动，一个“分数”会根据折叠的完善程度给出。Foldit用户可以创立加入小组，分享各自的方案。也有小组高分榜。
——维基百科

网址：https://fold.it/portal/

3. The Folding @ Home

内容介绍：The Folding @ Home 是用于疾病研究的分布式计算项目，其主要的目的是模拟蛋白质折叠，计算药物设计和其他类型的分子动力学。
——维基百科

网址：https://foldingathome.org/

对于第二种Template Modeling，常使用的网站和工具包括：

1. Swiss-Model（方便，推荐）

介绍：这是我个人最常用的结构模拟网站，无论是从可视化程度还是操作上都十分方便快捷。此工具也是通过同源片段模拟蛋白质的三维结构。

网址：https://swissmodel.expasy.org/

2. Template Modeling：Modeller

介绍：Modeller主要用于蛋白三级结构的同源建模或者结构比对。用户提供要用已知相关结构建模的序列的比对，MODELLER自动计算包含所有非氢原子的模型。

网址：https://salilab.org/modeller/

参考资料：

1. 相关工具主页
2. 维基百科