意大利 2019 年 12 月口咽拭子中发现新冠病毒，与武汉的病毒序列 100%相同，说明了什么情况?
关于意大利在2019年12月发现的新冠病毒（SARSCoV2）口咽拭子样本，与武汉病毒序列100%相同这一情况，它确实为我们理解新冠病毒的起源、传播路径以及早期疫情提供了非常重要的线索。要详细解读这一点，我们需要从几个层面来分析。
1. 病毒序列的“100%相同”意味着什么？
首先，我们需要理解“100%相同”在病毒学中的含义。病毒，特别是RNA病毒，在复制过程中会发生变异，积累突变。所以，两个病毒样本之间存在细微的序列差异是很常见的，即使它们来自同一个早期传播链。
然而，当说两个病毒序列“100%相同”时，通常指的是在当时可用的技术和基因组测序深度下，所有的核苷酸（病毒遗传物质的基本单位）都完全一致。这可能意味着：
极近的共同祖先： 这两个样本的病毒株是从一个非常接近的共同祖先病毒株分离出来的，时间间隔非常短，短到足以使它们在基因组层面上尚未产生可检测到的差异。
同一个传入事件： 最直接的解释是，在2019年12月，意大利的这个样本所代表的病毒，就是直接或间接从中国武汉地区传入的，而且很可能传入的时间非常早，传播范围也相对有限，尚未发生显著的变异。
罕见的巧合（可能性极低）： 理论上，病毒在不同地方独立演化出完全相同的序列的可能性微乎其微，尤其是在这么短的时间内。基因组序列的复杂性和特异性使得这种巧合几乎不可能发生。
2. 意大利2019年12月样本的发现有什么意义？
这一发现，如果被科学界广泛接受和确认，将对我们重塑早期疫情图景产生深远影响：
关于起源的有力证据： “100%相同”直接指向了武汉地区是病毒的起源地，并且该病毒在2019年12月就已经存在并开始传播。这与武汉在2019年底首次报告聚集性肺炎病例的时间线吻合。
早期传播的可能性： 意味着新冠病毒在2019年12月就已经存在于意大利，并且可能在人群中进行了早期传播。这挑战了当时一些关于病毒何时开始在欧洲传播的认识。通常，在2020年2月左右，意大利才开始出现大规模的疫情爆发，而这个发现将疫情在意大利的“萌芽期”往前推了至少两个月。
病毒传播的全球性： 证明了病毒在2019年底就已经突破了地域界限，悄无声息地传播到了欧洲。这提示了在报告大规模疫情爆发之前，病毒可能已经在全球范围内进行了隐匿传播。
对疫情溯源研究的补充： 这一发现可以作为重要的佐证材料，与全球其他早期样本的基因组数据进行比对，帮助科学家更精确地描绘病毒的全球传播网络和时间线。
3. 细节上的考量与延伸思考：
要深入理解这一点，我们需要关注一些关键的细节：
样本的来源和确证： 这个口咽拭子样本是如何被发现的？是在什么背景下被采集和检测的？是谁进行的检测？样本的储存条件和后续的基因测序过程是否严谨？这些都需要科学研究的严谨性来支撑。通常，科学研究会经过同行评审，发表在权威的科学期刊上，以确保其可靠性。
“100%相同”的绝对性： 在科学研究中，“100%相同”是一个非常强的论断。在对病毒基因组进行比对时，研究人员通常会关注关键的基因区域，特别是那些编码病毒重要蛋白质（如刺突蛋白）的区域，因为这些区域的变异可能影响病毒的传播和致病性。如果所有公开的基因组数据库中，确实没有发现其他与武汉样本同源但稍有差异的样本，并且意大利样本的完整基因组都与早期武汉样本一致，那其意义就非常重大。
传播途径的推测： 如果病毒在2019年12月就已在意大利，那么其传入意大利的途径是什么？是通过旅行者吗？这个样本的个体是否有旅行史？这些信息对于理解病毒如何在国际间传播至关重要。
对早期防控的启示： 如果这一发现属实，它也间接说明了病毒在早期可能具有很强的隐匿性，并且可能在人们对病毒的认识和警惕性不高的情况下就已经开始传播。这对于未来的公共卫生监测和疫情应对策略有着重要的借鉴意义。
总结来说， 意大利2019年12月发现的与武汉病毒序列100%相同的口咽拭子样本，如果经过科学的验证和同行评审，将是一个强有力的证据，支持新冠病毒的起源于武汉，并且在2019年底已经开始向外传播，甚至在早期就已经到达了欧洲。它不仅加深了我们对疫情早期进程的理解，也对全球病毒溯源和未来公共卫生体系的建设具有重要的警示和指导意义。这表明，病毒的全球传播可能比我们最初设想的要更早、更隐蔽。
1. 病毒序列的“100%相同”意味着什么？
首先，我们需要理解“100%相同”在病毒学中的含义。病毒，特别是RNA病毒，在复制过程中会发生变异，积累突变。所以，两个病毒样本之间存在细微的序列差异是很常见的，即使它们来自同一个早期传播链。
然而，当说两个病毒序列“100%相同”时，通常指的是在当时可用的技术和基因组测序深度下，所有的核苷酸（病毒遗传物质的基本单位）都完全一致。这可能意味着：
极近的共同祖先： 这两个样本的病毒株是从一个非常接近的共同祖先病毒株分离出来的，时间间隔非常短，短到足以使它们在基因组层面上尚未产生可检测到的差异。
同一个传入事件： 最直接的解释是，在2019年12月，意大利的这个样本所代表的病毒，就是直接或间接从中国武汉地区传入的，而且很可能传入的时间非常早，传播范围也相对有限，尚未发生显著的变异。
罕见的巧合（可能性极低）： 理论上，病毒在不同地方独立演化出完全相同的序列的可能性微乎其微，尤其是在这么短的时间内。基因组序列的复杂性和特异性使得这种巧合几乎不可能发生。
2. 意大利2019年12月样本的发现有什么意义？
这一发现，如果被科学界广泛接受和确认，将对我们重塑早期疫情图景产生深远影响：
关于起源的有力证据： “100%相同”直接指向了武汉地区是病毒的起源地，并且该病毒在2019年12月就已经存在并开始传播。这与武汉在2019年底首次报告聚集性肺炎病例的时间线吻合。
早期传播的可能性： 意味着新冠病毒在2019年12月就已经存在于意大利，并且可能在人群中进行了早期传播。这挑战了当时一些关于病毒何时开始在欧洲传播的认识。通常，在2020年2月左右，意大利才开始出现大规模的疫情爆发，而这个发现将疫情在意大利的“萌芽期”往前推了至少两个月。
病毒传播的全球性： 证明了病毒在2019年底就已经突破了地域界限，悄无声息地传播到了欧洲。这提示了在报告大规模疫情爆发之前，病毒可能已经在全球范围内进行了隐匿传播。
对疫情溯源研究的补充： 这一发现可以作为重要的佐证材料，与全球其他早期样本的基因组数据进行比对，帮助科学家更精确地描绘病毒的全球传播网络和时间线。
3. 细节上的考量与延伸思考：
要深入理解这一点，我们需要关注一些关键的细节：
样本的来源和确证： 这个口咽拭子样本是如何被发现的？是在什么背景下被采集和检测的？是谁进行的检测？样本的储存条件和后续的基因测序过程是否严谨？这些都需要科学研究的严谨性来支撑。通常，科学研究会经过同行评审，发表在权威的科学期刊上，以确保其可靠性。
“100%相同”的绝对性： 在科学研究中，“100%相同”是一个非常强的论断。在对病毒基因组进行比对时，研究人员通常会关注关键的基因区域，特别是那些编码病毒重要蛋白质（如刺突蛋白）的区域，因为这些区域的变异可能影响病毒的传播和致病性。如果所有公开的基因组数据库中，确实没有发现其他与武汉样本同源但稍有差异的样本，并且意大利样本的完整基因组都与早期武汉样本一致，那其意义就非常重大。
传播途径的推测： 如果病毒在2019年12月就已在意大利，那么其传入意大利的途径是什么？是通过旅行者吗？这个样本的个体是否有旅行史？这些信息对于理解病毒如何在国际间传播至关重要。
对早期防控的启示： 如果这一发现属实，它也间接说明了病毒在早期可能具有很强的隐匿性，并且可能在人们对病毒的认识和警惕性不高的情况下就已经开始传播。这对于未来的公共卫生监测和疫情应对策略有着重要的借鉴意义。
总结来说， 意大利2019年12月发现的与武汉病毒序列100%相同的口咽拭子样本，如果经过科学的验证和同行评审，将是一个强有力的证据，支持新冠病毒的起源于武汉，并且在2019年底已经开始向外传播，甚至在早期就已经到达了欧洲。它不仅加深了我们对疫情早期进程的理解，也对全球病毒溯源和未来公共卫生体系的建设具有重要的警示和指导意义。这表明，病毒的全球传播可能比我们最初设想的要更早、更隐蔽。
网友意见
这是在新冠早期传播问题上的一个巨大进步。
测序结果不同于之前很多研究使用的免疫技术，不但准确程度更高，而且信息量要大得多，可以提供近似关系的信息。
100%的identity说明就是同一个东西，而且时间上间隔极近。这个研究扩大了最早期病毒株在地理上的定位范围，说明新冠在国外的流行引发注意之前就已经存在了，并且说明了武汉和意大利在病毒传播上的紧密联系。
后续什么样的发现可能更有价值？如果能发现更早时间的病毒序列，并且和现有序列不是100% identity，而是存在差异，那么会是更有价值的。
另外：我十天之前就提问了完全相同的问题，完全没有流量。看来知乎现在的确已经是官方推荐和大机构把控流量的时代了，个人用户毫无意义。不知道有什么替代品？
补充：看了一下原文，位于https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/2/20-4632_article
研究团队测试了39个19年9月到20年1月之间的咽拭子样本，PCR并Sanger测序了S蛋白上面的四百多个bp，其中一个样本为阳性，其它都是阴性。序列ID是MW303957，有兴趣可以去参观比对。
所以这不是全基因组测序，那么它提供的信息量其实是下降了的，不能说是同一个病毒。但这依然说明了这个意大利株和早期国内株之间的亲密关系（何况S蛋白很重要），我前文的论述效力大致不变。
PCR+Sanger测序是实验室里常用的操作套路，用来低成本检验一些先期问题。如果能对阳性样本做高通量测序，获得更全的病毒序列，这个研究的价值还会更高一些。
另外，这个发现依然不能像很多回答期望的那样“洗清武汉污名”或者把锅推到国外，因为仅仅是紧密联系，并不能说明武汉的病毒是意大利传过去的，或者意大利的病毒是武汉传过去的。
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