关于以色列目前流行的毒株B.1.617.2+S:T791I (AY.12)，目前已知的信息有哪些？ 第1页

说说情况。

一个半月，从0干到40%+。这是标准的新老交替。老毒株在新毒株的压倒性优势下，如果没有人为干预，下不存在反抗能力。在来一个半月，说不定能占比80%

哦对了，以色列是人口五百万以上的国家中接种率非常高的。人工的选择压非常大。新毒株要搞掉老的，要么体内复制速度进一步加快，凡在免疫系统反应过来前就先让人具有传染能力；要么，进一步搞砸抗体的有效率。

我希望是后者，因为目前对所有变种的统计来看，加速复制速度会导致重症率和致死性进一步上升。

另外，那里是中东，考不考虑和本土一直在低水平流行的mers结个亲？mers不强，才30%的致死率而已。

周末到了，老夫来例行贩卖个稍微大号的焦虑吧。

一、

没人知道AY.12相对于原版delta有什么特殊变化，也没人知道刺突蛋白T791I有什么特异功能，现在还太早了。

但这不是问题重点。

问题重点其实是——

为什么AY.12出现在以色列？并且（几乎）是以色列独有的变异株？

二、

AY.12的特征突变（lineage-defining mutation）不止刺突蛋白T791I，还包括了ORF1a:K261N和ORF3a:P42S，同时还有时隐时现的ORF7a:P45L，以及其他几个同义突变。

如果用ORF1a:K261N加ORF3a:P42S来定义的话，AY.12的地域特点更明显。

——请品鉴：

如上图，截止8月12日，全世界一共测序了824例AY.12，其中820例都在以色列。

——剩下4例里面，日本那一例还是以色列输出的：

同理，如果用ORF1a:K261N加ORF3a:P42S来定义的话，AY.12一共占了以色列delta的65%。

————下面正式进入贩卖焦虑环节————

所以细思极恐的问题就来了。

通常我们认为，以色列这种地方很难养出什么变异毒株。

原因无他，就在于以色列人口太少了，盘子实在不够大。

但AY.12的出现却无情地打了我们的脸。

以色列不仅养出了变异毒株，而且还尼玛是独家限定款的变异毒株。

三、

更不可思议的是，delta 4月8日才输入以色列。AY.12居然在6月份就出现并且定型了。

然后，6月份和7月份的大部分时间，以色列新增确诊基本维持在平均每百万人每天10例以下，甚至经常每天5例以下，其中还包括了输入病例。：

并且这段时间以色列检测阳性率不超过0.1%（也就是说，基本不存在大范围漏检）：

这就实在太反直觉了。

撮尔小国，每天一丢丢新增，社区传播链几乎断掉，又没啥漏检，凭啥能产生变异毒株？？？

delta截止目前一共13个子毒株，除了以色列的AY.12以外，其他哪个不是靠着大规模持续社区爆发慢慢养出来的？？？

凭啥以色列就能不劳而获？？？

如果每百万人每天新增十例就足以产生变异株的话，那凭啥新加坡、土澳，甚至扬州就没有？？？

————高浓度焦虑警告————

四、

下面继续加一点独家猛料。

这次可是真·原创啊，全网别无分店，内网外网都没有。

各位你们看，老夫为了周末能贩卖一个大号焦虑，真的是豁出去了……

总之，各位想必知道，在delta之前，以色列的流行毒株是alpha。

但各位可能不知道，以色列的alpha，也TM变异得亲妈都不认识了。

不过一般人可能发现不了，因为刺突蛋白上几乎看不出痕迹。

当然也不是完全没有痕迹…比如多了个F490S出来。

F490S这货虽然是个根正苗红的高风险突变（lambda同款），但这货同时也是alpha挺常见的非特征突变。比如在肯尼亚和德国都有不少测序记录。

正因为如此，可能专业人士拿uSHeRTree工具也很难发现端倪，因为如果不手动揪出关键突变的话，以色列/肯尼亚/德国的测序记录会被自动划分到一起……

（注：uSHeRTree是UCSC搞的一个新冠病毒演化树自动生成工具）

要不是老夫手贱乱点着玩儿，估计很难发现，

以色列的这个神秘变异alpha，它的突变点位几乎全尼玛在核衣壳蛋白（N蛋白）上……

——请品鉴：

alpha自带四个，再一口气突变出来四个，整个一只N蛋白八突变的大怪兽……我的妈呀。

（注：核衣壳蛋白是冠状病毒中含量和 保守性最高的蛋白 ，是病毒粒子的核心成分。N蛋白不仅能识别病毒RNA并将其包装成核糖核蛋白（RNP）复合体，还能通过与病毒或宿主蛋白结合，参与病毒转录、复制、免疫调节等多个进程。）

核衣壳蛋白是病毒中保守性最高的蛋白。

核衣壳蛋白是病毒中保守性最高的蛋白。

核衣壳蛋白是病毒中保守性最高的蛋白。

（重说三）

所以说好的保守性最高呢？格劳资一口气冒出来8个突变是想要干嘛？

五、

和AY.12的情况差不多，以色列这个变异得亲妈都不认识的alpha，最早出现的时间是6月28日；

7月份以后，变异株占了alpha总数的六成以上；

并且又是以色列的独家限定款，别无分店：

然后大家请回忆一下6月份以色列的岁月静好，至少是水面上的岁月静好。

谁想得到水面下竟是如此紧锣密鼓的病毒变异大赛？

在这种意义上，以色列人民也许应该感谢delta及时出现，把alpha给挤没了吧……

六、

那么六月份以色列究竟发生了什么，

导致alpha和delta先后疯狂变异？

老夫也不知道。

但老夫斗胆盲猜，说不定是这个——

6月1日，由于全民接种行动取得成功，疫情几乎消失，以色列解除了大部分管控措施。

七、

祝大家周末愉快！

————2021年8月14日第一次更新————

原回答提到的两个以色列的例子，看起来似乎都太不真实，

所以评论区有些朋友以及其他答主提供了一些假说，试图解释这种现象。

——比如以色列人与巴勒斯坦人之间可能存在不受控的交叉感染。

这点我完全同意，肯定不能排除巴以交叉传播的可能性，

但这个假说似乎没法解释所有细节。

比如AY.12和神秘alpha变异株两者的源头都明确指向了输入病例（所以至少源头上跟巴勒斯坦关系不大）；

再比如神秘alpha变异株的传播有聚集性，而主要涉及的地区刚好没挨着边境。

所以个人觉得，就算巴勒斯坦人对这两种变异株的演化过程做出来贡献，他们可能也算不上最主要因素。

话说昨晚睡不着刷paper，偶然刷到一篇讲澳洲RSV病毒的预印本，刚好跟以色列这情况挺相像，然后两边对比着一琢磨，顿时开窍了。

其实以色列的情况可能很简单，高中生物课就学过，

只不过被各种干扰信息晃花了眼，以至于一时没反应过来——这不就是典型的瓶颈效应/奠基者效应咩……

先简单说说土澳那篇略微跑题的预印本吧^[1]。大致讲的是——

去年土澳执行了很长时间的封城政策，以至于新冠清零的同时，其他一堆呼吸道传染病也被搞得几乎绝迹。

但随着土澳解封，新州和西澳都发生了罕见的RSV（呼吸道合胞病毒）反季大爆发。

（注：RSV是一种类似感冒的上呼吸道病毒感染，具有季节性，多发于儿童）

作者们进一步发现，这次爆发的病原体是两种以前从未见过的变异株：

并且由于土澳一直保持了严格的封国策略和入境隔离政策，所以几乎可以排除输入病例的可能性。

那么唯一的解释就是，存在一小撮隐秘传播的RSV病毒，在解除封城的短时间内就突变得亲妈都不认识，然后席卷了大半个土澳。

是不是跟以色列的遭遇很像？

——都是病毒几乎被清零（只不过土澳靠的封城，以色列靠的疫苗+NPI）；

——然后都是放松管控；

——再然后，土澳的RSV是小范围隐秘传播变成社区传播，以色列的新冠则是输入病例引发社区传播。

——最后结局都是亲妈不认的变异。

——这不就是典型的瓶颈效应：

顺便补充一个新鲜出炉的例子吧^[2]。

各位想必听说了，美国麻省旅游胜地Cape Cod，

7月3日之前已经连续零新增14天,

7月4日当地搞起了一年一度为期两周的基佬大会，

两周之后，当地累计中招469例（其中74%已完全接种）。

……

这事儿闹得沸沸扬扬的，知乎上也有过讨论：

以上算是各位知道的部分。

各位可能不知道的是：

这次聚会直接搞出了一种新的delta子毒株。

这次聚会直接搞出了一种新的delta子毒株。

这次聚会直接搞出了一种新的delta子毒株。

——请品鉴：

如上图，横轴是测序时间，纵轴是测序结果的演化树分支。
7月份麻省基佬大会搞出来的新毒株可以粗略地理解为delta的基础上额外发生了刺突蛋白G142D和S112R两个突变。
上图每个小圆点代表一个符合新毒株定义的测序记录，圆点的颜色代表不同的州（其中深蓝色代表麻省）。

怎么样各位，咱们好像不小心发现了一个快速高效制造变异毒株的捷径呢……

只要把感染者放进已经清零且接种率较高的地方自生自灭，一个月之后就可以打开盲盒，就可以稳定收获变异株耶~

惊不惊喜意不意外？

所以啊，结论就很明显了——

一旦清了零，后面又不小心拉胯的话呢，就等着品尝惊吓盲盒的滋味吧。

参考

1. ^ https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.21.21260810v1.full
2. ^ https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7031e2.htm?s_cid=mm7031e2_w