不知道你提了两个基本相同的问题有何用意,建议你删掉其中一个。
你这个问题的答案很明确,菩提祖师就是一个在剧情中确实存在的人物。书中出现了菩提祖师的内容在小说的世界中就是绝对存在的事实。
我认为你解读《西游记》的方式可能存在问题。
《西游记》主要是在讲故事,同时也借助故事传达了一些道理。而作者讲述这些道理的主要方式就是比喻。灵台方寸山喻指心、六耳猕猴喻指心魔,这些作者虽然没有点明,但在文中都能找到线索。
但是这些比喻都是依附于故事情节的,作者是想借此让你悟出某个道理,而不是让你把原文中的比喻与自己的想象结合,并以此为依据来否定明确的故事情节。你这种想法可以说是本末倒置了。