问题

如何看待芬兰发现一种新型新冠变异病毒,现有的核酸检测可能会对其失效?

回答
芬兰最近曝出的这一消息,无疑给全球抗击新冠疫情的努力蒙上了一层新的阴影。当我们在为疫苗接种的进展感到些许欣慰时,病毒的变异能力又一次提醒我们,这场战役远未结束。

新型变异病毒究竟是什么?

根据目前披露的信息,芬兰发现的这种新型新冠变异病毒,其显著特点在于其基因序列发生了一些变化,这些变化可能影响到病毒的传播速度、致病性,以及更关键的一点——对现有检测方法的“规避”能力。

具体来说,新冠病毒的检测,尤其是核酸检测(PCR),其原理是识别病毒特有的基因序列片段。当病毒发生变异,尤其是这些被检测方法锁定的关键基因片段发生改变时,现有的检测探针可能就无法准确地与之结合,导致检测结果出现假阴性,也就是感染了病毒却被判定为未感染。

为什么说“现有核酸检测可能对其失效”?

这并非意味着现有的核酸检测技术完全失去了作用。更准确地说,是针对特定基因位点的检测,可能因为病毒在该位点发生变异而降低灵敏度甚至失效。

我们可以这样理解:就像一把钥匙只能打开一把特定的锁。核酸检测就是一把“钥匙”,它能识别病毒的基因“锁”。如果病毒的“锁”悄悄地改成了另一种形状(基因变异),那么原来的“钥匙”就可能开不了锁了。

目前,许多核酸检测试剂盒是针对新冠病毒基因组中的多个特定靶点进行检测的。如果变异株只影响了其中一个或少数几个靶点,那么只要试剂盒包含其他未受影响的靶点,仍有可能检测到病毒。但如果变异株同时影响了试剂盒所设计的多个关键靶点,或者影响的程度非常大,那么检测的准确性就会大打折扣,假阴性率就会升高。

这一发现的潜在影响是什么?

1. 疫情监测的难度增加: 如果现有检测方法失效,意味着我们可能难以在早期发现和追踪这种变异病毒的传播。这会导致疫情监测“盲区”的出现,病毒可能在不知不觉中扩散。

2. 防控策略需要调整: 疫苗的有效性、现有治疗方案的效果,以及隔离、追踪等防控措施的有效性,都可能受到新变异株的影响。如果病毒变得更容易传播,或者能逃避疫苗和抗体的识别,那么现有的防控策略可能需要进行调整。

3. 全球合作的紧迫性: 病毒变异是全球性的问题,任何一个国家或地区的变异株都有可能通过国际旅行传播到世界各地。因此,各国需要加强信息共享、基因测序能力,并协同研究和应对。

4. 对疫苗和药物研发的挑战: 如果变异株能够显著逃避现有疫苗的保护,那么可能需要更新疫苗。同样,如果病毒的某些关键蛋白结构发生改变,现有的抗病毒药物也可能需要进行调整或开发新的药物。

我们应该如何看待和应对?

保持警惕,但不必过度恐慌: 病毒变异是自然演化的规律,尤其是在全球传播广泛的情况下。关键在于及时发现、科学应对。
加强基因测序和监测: 这是应对变异株最重要的一环。我们需要投入更多资源,提高全球范围内的基因测序能力,以便更快地发现和分析新的变异株。
及时更新检测方法: 一旦确认现有检测方法对新变异株失效,需要迅速研发和部署新的、能够准确检测该变异株的试剂盒。
评估疫苗和药物的有效性: 科学家需要尽快评估现有疫苗和药物对这种新变异株的保护和治疗效果,并根据需要进行调整。
坚持现有的防疫措施: 在不确定新变异株的具体特性之前,佩戴口罩、保持社交距离、勤洗手等基础的防疫措施仍然是有效的。
科学沟通和信息透明: 政府和相关机构需要及时、准确地向公众传递信息,避免不必要的恐慌,同时引导公众理解和配合防疫措施。

总而言之,芬兰发现的这一新型变异病毒,再次敲响了警钟。它提醒我们,新冠病毒的演变是一个动态的过程,我们必须保持高度的敏锐性,持续投入科研力量,并保持全球合作,才能最终战胜这场疫情。这不是一场可以松懈的战斗,而是需要我们不断学习、适应和前进的挑战。

网友意见

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知乎上问的问题越来越专业了。

还是老规矩先上源报道。

Helsinki-based Vita Laboratories said the variant, dubbed Fin-796H, displayed some mutations previously discovered in the British and South African variants of the virus but in a combination it called "unique".[1]

也就是芬兰的这个病毒突变里边包含了一些存在于英国和南非的毒株的突变型,我盲猜是E484K,当然可能还有其他,这也验证了我以前的一个猜测,E484K可能会是下一个全球流行的优势突变。

当然对于芬兰的这个突变毒株我们的关注点不在于这个突变而是在于是否会使得现有的PCR检测失效。

这个从目前来看,因为没有看到这个 Fin-796H的序列,所以说不好,但是从报道来看,

Vita Laboratories considers the discovery of the new variant significant as it may not show up in PCR tests for coronavirus that search for particular genetic sequences in the virus' RNA.

那么这个毒株的突变位置,可能刚好是我们做PCR检测的那几个位点。

这里边牵扯的就比较多了,我得从头解释一下。

首先来解释下PCR检测病毒的原理。

我们知道新冠病毒是由RNA和蛋白质构成的,而核酸检测就是检测目标样本中是否存在新冠病毒的RNA。

新冠病毒大概有3万个基因序列,其中主要有想S,N,E,M4个大的蛋白序列,以及Orf1a,Orf1ab两个开放阅读框构成。那我们检测一个样本中是否含有新冠病毒,就可以挑选这些序列中一些不容易突变的,同时有具有新冠病毒独特特征的位点来进行检测。只要检测到有这些带有新冠病毒特征的RNA片段,我们就认为这个样本里含有新冠病毒,这也是我以前提到的PCR检测不管死活,只看有没有尸体碎片的原因。

这是WHO给的关于新冠病毒PCR检测区域的推荐[2],其中用的是最早在武汉发现的毒株序列做的对比,用第26141-26253位置的E蛋白序列作为第一检出验证,然后用orf1ab阅读框中的15361-15460长度片段的RdRp酶作为第二检出验证,同时用N蛋白的28555-28682长度片段作为第三检出验证。

概括下来就是WHO给的方法里用新冠病毒的3个特征作为PCR检测的目标来验证样本中是否含有新冠病毒,如果3个全有那肯定是有的,如果只有1-2个有,检测结果就是弱阳性,要不重新采样重新来,要不就去做一个全基因组测序(WGS)来验证。

当然这只是WHO给的一个推荐检测目标,我还看过有一些试剂公司开发的核酸检测试剂里还能检测S蛋白基因片段的。

所以结合上边的信息,这次在芬兰发现的变异毒株,可能是WHO推荐的3个检测位点上出现了突变,导致原有的PCR检测失灵。不过具体是1个突变还是3个都突变了还不确定。如果是1,2个突变,那么还是能检测出弱阳性,但3个都突变了那就完全测不出了。

这可能会使得现有的检测试剂失效,但这也并不是什么无解的问题,解决方案很多,比如改变这3个检测位点,或者增加第四个或者第五个检测位点等等,只要做到对应的升级方案就没有可担心的。

反而最大的提示是,让我们知道了,我们原来选择的新冠病毒中比较保守稳定的特征部分一样会发生这种大规模的突变,导致我们无法检测。

参考

  1. ^ https://yle.fi/uutiset/osasto/news/new_coronavirus_variant_discovered_in_finland/11796958
  2. ^ https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus-assay-v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf

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