美媒报道「奥密克戎或源自老鼠」，有哪些科学依据？真实性如何？
最近，一些美国媒体的报道将新冠病毒奥密克戎变异株的源头指向了老鼠，这确实是一个引人关注的科学话题。不过，在深入探讨其科学依据和真实性之前，我们需要明确一点：目前科学界对于奥密克戎变异株的起源，主流的观点仍然是认为它起源于人类，并且在人类群体中经过了多次传播和变异，最终形成了我们现在所知的奥密克戎。
然而，关于病毒跨物种传播（zoonotic spillover）的可能性，特别是从动物到人类的传播，一直是科学家们研究新冠病毒起源和演变的重要方向。老鼠作为一种广泛分布且与人类接触频繁的哺乳动物，自然也成为了研究中的一个潜在宿主。
那么，关于“奥密克戎或源自老鼠”的说法，究竟有哪些科学依据呢？
1. 病毒在老鼠身上的变异特征与奥密克戎的某些突变相似性：
这是该说法最核心的科学论据。研究人员观察到，一些在老鼠身上发现的冠状病毒，在实验室条件下，可以通过“适应性进化”产生一些与奥密克戎变异株相似的突变。
例如， 有些研究指出，病毒在老鼠体内长期传播时，可能会经历一些特定的突变，例如与病毒刺突蛋白（Spike protein）结合能力相关的突变。刺突蛋白是病毒入侵人体细胞的关键，它的结构变化往往会影响病毒的传染性和致病性。
奥密克戎的特点之一就是其大量的突变， 尤其是在刺突蛋白上，这使得它比之前的变异株更具传播力，并且能够一定程度上逃避人体免疫系统的识别。
支持“源自老鼠”论点的科学家， 比如一些在论文中提出此假说的研究者，可能会在实验中观察到，将某种冠状病毒引入老鼠体内，经过一段时间的传播和适应，病毒的刺突蛋白出现了与奥密克戎相似的突变模式。他们认为，这种模式可能在自然界中也发生过，只是我们尚未捕捉到确凿的证据。
2. 理论上的病毒跨物种传播可能性：
宿主适应性： 病毒需要能够有效地感染和在新的宿主体内复制，才能实现跨物种传播。老鼠作为哺乳动物，在生理结构上与人类有相似之处，理论上存在病毒从一种哺乳动物宿主（可能是蝙蝠）传播到另一类哺乳动物（老鼠），再从老鼠传播到人类的可能性。
接触机会： 老鼠与人类的接触非常普遍，尤其是在城市环境中，这为病毒的跨物种传播提供了潜在的机会。
然而，我们需要非常谨慎地看待这些“科学依据”，并评估其真实性：
“或”字的重要性： 报道中使用的“或”字至关重要。这表明这只是一个假说（hypothesis），一个可能性（possibility），而非已证实的事实（fact）。科学研究的进步往往是从提出假说开始，然后通过大量的实验和数据来验证或否定。
实验室研究与自然界现实的差异： 实验室的实验条件是人为控制的，可以在短时间内诱导病毒产生某些突变。但自然界的病毒演变是一个极其复杂的过程，受到多种因素的影响，包括病毒本身的遗传稳定性、宿主的免疫系统、病毒在不同宿主间的传播效率等等。在实验室中诱导出的突变，并不等于在自然界中也必然会发生，或者说就是奥密克戎的实际起源。
证据链的完整性： 要证明奥密克戎“源自老鼠”，需要一个完整的证据链。这包括：
发现与奥密克戎高度相似的病毒株在老鼠群体中广泛流行。
能够追溯这些病毒株的演变路径，明确证明其是从老鼠传播到人类。
排除在人类群体中已经发生变异的可能性。
目前，这样的直接、确凿的证据仍然是缺乏的。
主流科学界的共识： 如前所述，目前绝大多数关于新冠病毒起源的研究，包括世界卫生组织（WHO）及其合作伙伴进行的调查，都更倾向于认为新冠病毒（SARSCoV2）最初是通过人畜共患病（zoonotic event）从蝙蝠传播到人类，然后在人类群体中经历了进一步的演变和传播，最终形成了包括奥密克戎在内的各种变异株。尽管对具体的中间宿主（如果存在的话）仍在探索中，但直接从老鼠起源的说法，尚未成为主流科学共识。
对科学报道的解读： 媒体在报道科学研究时，有时为了吸引眼球，可能会夸大初步的、尚不确定的研究结果。科学探索是一个严谨的过程，需要审慎的论证和充分的证据。
总结来说，关于“奥密克戎或源自老鼠”的说法，其科学依据主要来自于一些实验室研究中观察到的病毒变异模式与奥密克戎的相似性。 研究人员可能在实验中发现，特定冠状病毒在老鼠体内长期传播后，能够积累一些与奥密克戎相似的刺突蛋白突变。
然而，这些都还只是一个尚未得到充分证实的假说。 要确定奥密克戎的真正起源，需要更多的实地调查、病毒基因测序以及跨学科的研究。目前，主流科学界仍然认为奥密克戎是在人类传播过程中演变形成的，而从老鼠起源的证据尚不足以推翻这一观点。
因此，对于此类报道，我们需要保持科学的审慎态度，区分假说与事实，理解科学研究的渐进性，避免过早下结论。病毒溯源是一个极其复杂且敏感的科学问题，需要持续的、不受政治干扰的国际合作研究。
然而，关于病毒跨物种传播（zoonotic spillover）的可能性，特别是从动物到人类的传播，一直是科学家们研究新冠病毒起源和演变的重要方向。老鼠作为一种广泛分布且与人类接触频繁的哺乳动物，自然也成为了研究中的一个潜在宿主。
那么，关于“奥密克戎或源自老鼠”的说法，究竟有哪些科学依据呢？
1. 病毒在老鼠身上的变异特征与奥密克戎的某些突变相似性：
这是该说法最核心的科学论据。研究人员观察到，一些在老鼠身上发现的冠状病毒，在实验室条件下，可以通过“适应性进化”产生一些与奥密克戎变异株相似的突变。
例如， 有些研究指出，病毒在老鼠体内长期传播时，可能会经历一些特定的突变，例如与病毒刺突蛋白（Spike protein）结合能力相关的突变。刺突蛋白是病毒入侵人体细胞的关键，它的结构变化往往会影响病毒的传染性和致病性。
奥密克戎的特点之一就是其大量的突变， 尤其是在刺突蛋白上，这使得它比之前的变异株更具传播力，并且能够一定程度上逃避人体免疫系统的识别。
支持“源自老鼠”论点的科学家， 比如一些在论文中提出此假说的研究者，可能会在实验中观察到，将某种冠状病毒引入老鼠体内，经过一段时间的传播和适应，病毒的刺突蛋白出现了与奥密克戎相似的突变模式。他们认为，这种模式可能在自然界中也发生过，只是我们尚未捕捉到确凿的证据。
2. 理论上的病毒跨物种传播可能性：
宿主适应性： 病毒需要能够有效地感染和在新的宿主体内复制，才能实现跨物种传播。老鼠作为哺乳动物，在生理结构上与人类有相似之处，理论上存在病毒从一种哺乳动物宿主（可能是蝙蝠）传播到另一类哺乳动物（老鼠），再从老鼠传播到人类的可能性。
接触机会： 老鼠与人类的接触非常普遍，尤其是在城市环境中，这为病毒的跨物种传播提供了潜在的机会。
然而，我们需要非常谨慎地看待这些“科学依据”，并评估其真实性：
“或”字的重要性： 报道中使用的“或”字至关重要。这表明这只是一个假说（hypothesis），一个可能性（possibility），而非已证实的事实（fact）。科学研究的进步往往是从提出假说开始，然后通过大量的实验和数据来验证或否定。
实验室研究与自然界现实的差异： 实验室的实验条件是人为控制的，可以在短时间内诱导病毒产生某些突变。但自然界的病毒演变是一个极其复杂的过程，受到多种因素的影响，包括病毒本身的遗传稳定性、宿主的免疫系统、病毒在不同宿主间的传播效率等等。在实验室中诱导出的突变，并不等于在自然界中也必然会发生，或者说就是奥密克戎的实际起源。
证据链的完整性： 要证明奥密克戎“源自老鼠”，需要一个完整的证据链。这包括：
发现与奥密克戎高度相似的病毒株在老鼠群体中广泛流行。
能够追溯这些病毒株的演变路径，明确证明其是从老鼠传播到人类。
排除在人类群体中已经发生变异的可能性。
目前，这样的直接、确凿的证据仍然是缺乏的。
主流科学界的共识： 如前所述，目前绝大多数关于新冠病毒起源的研究，包括世界卫生组织（WHO）及其合作伙伴进行的调查，都更倾向于认为新冠病毒（SARSCoV2）最初是通过人畜共患病（zoonotic event）从蝙蝠传播到人类，然后在人类群体中经历了进一步的演变和传播，最终形成了包括奥密克戎在内的各种变异株。尽管对具体的中间宿主（如果存在的话）仍在探索中，但直接从老鼠起源的说法，尚未成为主流科学共识。
对科学报道的解读： 媒体在报道科学研究时，有时为了吸引眼球，可能会夸大初步的、尚不确定的研究结果。科学探索是一个严谨的过程，需要审慎的论证和充分的证据。
总结来说，关于“奥密克戎或源自老鼠”的说法，其科学依据主要来自于一些实验室研究中观察到的病毒变异模式与奥密克戎的相似性。 研究人员可能在实验中发现，特定冠状病毒在老鼠体内长期传播后，能够积累一些与奥密克戎相似的刺突蛋白突变。
然而，这些都还只是一个尚未得到充分证实的假说。 要确定奥密克戎的真正起源，需要更多的实地调查、病毒基因测序以及跨学科的研究。目前，主流科学界仍然认为奥密克戎是在人类传播过程中演变形成的，而从老鼠起源的证据尚不足以推翻这一观点。
因此，对于此类报道，我们需要保持科学的审慎态度，区分假说与事实，理解科学研究的渐进性，避免过早下结论。病毒溯源是一个极其复杂且敏感的科学问题，需要持续的、不受政治干扰的国际合作研究。
网友意见
谢老铁邀。
这个起源问题，我在公众号那边已经写得比较详细了。
免疫缺陷病例长期感染养蛊的假说见这里：
动物（特别是啮齿动物类）回传的假说见这里：
另外咱还搬运了一篇Kai老师发表在《Science》的综述，
里面也提到了题主问题描述所说KG Anderson老师的观点，可以见这里：
总结总结就是：
- Omicron的起源几乎不可能靠着回溯实锤；
- 但绝逼不是德班某病毒实验室泄露出来的；
- 主流意见分为三派：免疫缺陷病例长期感染假说、动物回传假说和长期隐匿流行假说；
- 注意以上三种假说并不互斥；
- 免疫缺陷病例长期感染假说的主要依据是几个眼熟的突变位点：刺突蛋白69/70DEL、144DEL、N440、G496、D796、核衣壳蛋白P13L、ORF1a:3675DEL等；
- 免疫缺陷病例长期感染假说的另一个依据是ins214EPE插入突变，插入片段的来源是灵长类动物的TMEM245，而整个南部非洲唯一有可能对人类造成新冠病毒传播的灵长类动物就是人类；
- 另外我们也初步观察到免疫缺陷病例身上的变异株相对屁民毒株出现NTD结构域插入突变的风险更大；
- 动物回传假说的主要依据则是另外几个眼熟的突变位点：刺突蛋白K417、G446、Q493、Q498、N501、Y505、H655等；
- 需要注意，动物回传假说涉及的那几个突变，发生频率比免疫缺陷病例长期感染假说涉及的那几个突变要低得多。
具体发生频率可以参考这个表（截止2021年10月30日）：
所以情况就是这么一个情况，
要说科学依据，
其实两种假说都各有一些间接依据，
但又都不够实锤，
估计以后也不可能实锤。
哦对了，再补充一下第三种假说（长期隐匿流行）的依据吧：
- 已经找到了疑似和Omicron有共同祖先的测序记录，推定演化树分支发生在2020年5月左右，现在一共两份测序记录，分别于2021年7月底和10月中旬在南非豪登省和西北省检出；
- 已经找到了高度疑似和Omicron有近期（最近？）共同祖先的测序记录，推定演化树分支发生在2021年中，现在一共8份测序记录，分别于南非、土澳、加拿大和新西兰检出（其中新西兰的疑似是南非输入病例）。因为这个表亲辈的存在，Omicron的命名将发生调整，由B.1.1.529变为BA.1，而表亲辈则命名为BA.2；
- 以前也发生过隐匿流行憋出阴间变异株的例子，比如A.30（在坦桑尼亚隐匿流行，在安哥拉/瑞典/英国检出）和B.1.640（在刚果隐匿流行，在法国检出）。
——请品鉴：
↑ 上面是截止昨天的Omicron演化树（unrooted tree），
- 其中绿色小圆点都是Omicron；
- 最左边标了数字1的分支，就是上面所说2020年5月左右分家出去的那一脉；
- 中间标了数字2的分支，则是今年年中分家出去的BA.2；
- 最右边标了数字3的分支，是已提交的Omicron子毒株，比Omicron额外多了个刺突蛋白R346K，预计将来的代码是BA.1.1。
所以这第三种假说，
其实和前面两种情况差不多……
都有一定的间接科学依据，
但不够实锤，以后也很可能没法实锤。
并且有可能三种情况全都有份……
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