为何日本历史上大多是将军统治的，天皇却能一直存在？
首先，要理解这种看似矛盾的并存，我们需要回顾一下日本天皇制度的根基。日本天皇的血统号称万世一系，这在东亚乃至世界历史上都是非常罕见的。这种源远流长的历史，本身就赋予了天皇至高无上的神圣性。从神话时代的天照大神（太阳女神）的后裔说，天皇就被定位为沟通天地、守护国家的“活神”。这种神权色彩，使得天皇不仅仅是一个政治领袖，更是一个民族的精神象征，拥有深厚的民众基础和宗教权威。
当武士阶层崛起，尤其是镰仓幕府、室町幕府、江户幕府等幕府政治时期，实际权力落入了将军手中。但即使是那些实力强大的将军，他们也很少尝试废黜天皇，另立门户。这是因为，天皇的“神圣合法性”是任何一个掌握实权者都难以获得的。将军们统治国家，很大程度上是“挟天子以令诸侯”的模式。他们通过获得天皇的“征夷大将军”称号，以及其他名义上的任命，来为自己的统治披上合法的外衣。这就像是给他们的权力一个“官方认证”，即便这个认证的颁发者已经失去了实际控制力。
想想看，如果一个将军想要彻底推翻天皇，另立一个世俗的君主，那么他必须面临一个巨大的挑战：如何获得民众的认可？如何解释自己合法性的来源？而继承天皇的血脉，即便只是名义上的，也能省去这些麻烦。将军们可以对外宣称自己是天皇的忠实臣子，受天皇委托管理国家，这样既能维持社会秩序，又能巩固自身的统治。
此外，天皇制度也为日本社会提供了一种稳定的“轴心”。在幕府将军频繁更迭、战乱不断的时期，天皇的存在就像是历史长河中的一个锚点，象征着国家的延续和统一。即便将军们在争夺权力，他们也默认了天皇的地位不可动摇。这种潜在的共识，使得即使在最混乱的时期，天皇也从未真正消失。
还有一点很重要，那就是天皇在很大程度上扮演了“精神领袖”的角色。他们的生活方式、仪式活动，往往与世俗的政治斗争保持一定的距离。这种“不染尘埃”的形象，反而增强了他们在民众心中的神圣感。当国家面临危机，比如外敌入侵时，天皇的号召力，尽管不直接体现在军事命令上，却能成为凝聚人心的力量。
举个例子，在江户时代，德川幕府实行锁国政策，将军掌握着绝对的军事和经济大权。但天皇依然住在京都的皇宫，继续履行其宗教和礼仪职责。幕府将军的权威，在很大程度上是来自于对天皇名义上的服从，以及对朝廷的政治支持。直到明治维新，当日本走上近代化道路时，天皇才重新回归政治舞台的中心，但这并非推翻，而是“王政复古”，将权力从幕府手中“奉还”给了天皇。
所以，日本历史上将军统治与天皇并存，并非偶然，而是一种深思熟虑的政治安排，也是历史文化长期积淀的结果。将军们利用天皇的神圣合法性来巩固自己的统治，而天皇则依靠其独一无二的地位和精神象征作用，在复杂的政治格局中得以延续，并在某些关键时刻，成为国家凝聚力的象征。这种“形存神不灭”，或者说是“精神主导，权力附庸”的模式，是理解日本政治史的一个重要视角。
网友意见
首先要弄明白日本古代的权力构成。
最初的天皇，本质上只是“大和”地区，也就是关西的统领。公元3世纪开始，大和王权逐渐向全日本扩张。但日本古代交通很不发达，加之日本地形狭长，山地也多，很容易形成封闭领国，这就使得日本的封建社会是一种拼图状，一直到明治维新中后期才彻底解决。所以扩张的时候，大和王权主要是靠了皇族外放成员（后来形成了各家族）与各地区大家族融合来完成。
日本古代经常能看到这种场景：要征服（或稳住）一个新的地区，皇族就会有一个成员脱离皇族为臣，然后率军出征，之后就留在当地了。比如平清盛的祖先平高望，最早就是高望王，脱离皇族身份以后前往上总国（千叶县中部）当官，然后与当地的豪族联姻，逐渐形成了坂东平氏。
外派多了，地方政权逐渐强大起来，风头自然会盖过京都。所以从1179年平清盛囚禁后白河法皇开始，关西一带就再也没有出过大势力，相反，越是边境地带，越容易凭借着对外贸易而强大起来，形成足以颠覆中央的力量。平清盛靠着日宋贸易起家，源赖朝靠着东国武士团的辛勤起家，双方各自形成了队伍。
那为什么不废掉天皇呢？个人认为还是投入产出比太低。
在镰仓幕府（1192-1333）初期，天皇并不完全是个摆设，各地民政依然捏在公家手中，所以幕府即便干掉了天皇，也要重新建立一个完全一样的机构管理民政。而且同时，为了统治原有的武士团体，还要再设立一个机构专门管理武士。由于武士基础并不在京都，而在关东，这么一来，幕府就需要同时运转两套班子，以镰仓时代的技术条件太费劲。
总体而言，镰仓时代的动员能力非常差，因此当整个国家开足马力应对13世纪蒙古入侵之后，没过几十年就只能靠着盘剥底层武士来维持运转，于是镰仓幕府在二号家族——足利家的反戈一击之下土崩瓦解。
1336年开始，由于日本在政治上分成了南北朝，足利家的首脑足利尊氏（1301-1358）不得不在京都与镰仓同时运转两套班子，一边应对南朝势力，一边管理关东足利家的龙兴之地。南北朝时代于1392年结束之后，这种制度在一段时间内达成了稳态，足利家第3代将军足利义满也基本架空了天皇，个人认为，如果这个时点能够持续一百年左右，天皇真的有可能被足利家所取代。
但问题在于，足利家在京都与镰仓的两套班子很快起了矛盾，东西矛盾剧烈非常，加之继任的几位将军办事太急，激起了混乱的战国时代（1467-1603）。
1603年，德川家康（1542-1616）在关原之战中取胜，开辟了江户幕府，由于战国时代关西一带几乎完全被摧毁掉，所以这一时期的公家最为虚弱。但在当时，德川家康的主要敌人并不是公家，而是丰臣家，于是他的首要目标就是将丰臣家纳入自己的体系或者干脆瓦解。
但两边最终还是交了战，1615年大坂夏之战结束之后，德川家康终于战胜了丰臣家，一统天下。
那为什么这时候不废天皇呢？其实与丰臣家有关。
丰臣秀吉由于非高级武士出身，无法开辟幕府，只得加入公家体系，成为关白。但在德川家看来，正是这一举动使得丰臣家沾染了京都公家的脂粉之气，丧失了武家的质朴风范；更远一点的足利家也是因为长期在京都生活而导致动乱。而且如果要颠覆天皇取而代之，为了稳定京都，势必又要开两个幕府，这样又会导致足利家的问题，重新回到战国时代。
所以德川家康的想法很简单：留下天皇，但剥夺除皇家祭祀之外的一切权力。
整个江户时代，日本人只知将军，不知天皇。甚至1853年黑船来航时期，美国海军将领佩里先后来了两次，居然也只听过将军，却根本不知道还有天皇。
天皇都这么没能力了，废了他又有什么好处呢？
日本在戰國時代之前，一直是以天皇為中心的氏族社會。公卿（文官），武士（武官）等貴族基本上都是天皇的一族。那時候史書上常見的姓氏如橘，源，平，追到根源都是某個天皇的兒子，因為兄弟太多所以封個地分出去的支系。天皇就是這些貴族們的正宗，本家。在那個貴族支配的年代，大家也以擁有天皇血統為榮，也是自己支配權力的根本。
幕府將軍起源自鎌倉幕府的源賴朝。幕府的成立（或是說武士的抬頭，這要提早到平清盛掌權的時代）是武士和公卿爭奪政治權力的結果。原本政治權力只有公卿能夠參與，武士只是公卿的打手。源賴朝成立幕府的背景就是想遠離公卿影響力大的京都，而在鎌倉（自己的大本營）設立有武士掌權的政府，把公卿架空。對於全日本貴族的共同中心/老本家的天皇當然不敢碰，碰了大概立刻全日本的武士會立刻和幕府翻臉，把他剛成立的政權推翻吧……。
這裡補充一點，雖然日本的大化革新之後學習了很多中國的政治制度，但是到明治維新之前都沒有成立像中國一樣的高度中央集權政府，骨子裡還是封建制的社會（這裡的封建制和現代中國講的封建的意義不同，是像中古歐洲那樣的領主封建制）。幕府和各地的領主武士不是中央集權式的君臣關係，而像大領主與小領主的關係。各地領主擁有自己的武力，將軍自己的武力只限於直轄領招來的軍隊。
在鎌倉幕府垮台，日本進入南北朝時代，南朝北朝各擁天皇混戰了幾十年後，天皇的光環褪色很多。結束南北朝分裂的室町幕府第三代將軍足利義滿大權在握，內外權威直逼天皇。他對外接受明朝的冊封稱日本國王，對內使用只有天皇能用的紋樣，行使原本只有天皇能做的法事，雖然後世沒有直接的證據留下來，但看來義滿是很有取天皇而代之的意思（他死後朝廷還送上太上天皇的名號）。不過成為第四代將軍的他兒子跟他不和，在他死後把他訂下的種種規矩全廢了，天皇還是天皇。
在室町幕府末期，幕府衰敗而天下群雄並起，日本進入戰國時代。這時將軍和天皇家都因為收不到稅而過的很慘，京都的公卿們過的更是三餐不繼。戰國時代的一個特色是下克上，槍桿子出政權，各地的新興大名（領主）都不是什麽名門出身（到戰國後期，真正源平出身的大名大概只剩下島津，北條，佐竹這幾家）。雖然他們在全國各地割讓混戰，也不管天皇死活，但成名之後還是必須幫自己捏造個族譜（比如說織田信長號稱平氏出身，德川家康號稱源氏出身），來幫自己做一個掌權的大義名分。雖然這些新興大名早就沒把天皇放在眼裡（或者說，根本不清楚天皇有多偉大），但是天皇的血統還是社會上受人尊崇的地位象徵，也還是統治領地的正當名義。
真正把天皇家扶回萬人尊崇地位的，是豐臣秀吉。由於秀吉是貧民出身，而且大家都知道得很清楚，完全沒有捏造族譜的餘地，他沒辦法設立幕府（因為幕府按規矩是只有源氏能開）。再者，由於他貧賤的出身，即使在他掌握天下之後，也還是有很多人面從腹背，心中看不起他。秀吉想出來的辦法，就是抬出大家遺忘多年的天皇，以提高天皇權威的方式提高自己的地位。他不開幕府而走平安時代的舊制，由天皇賜姓豐臣就任關白，走出自己的路子。
秀吉死後天下由德川家康統一，成立江戶幕府。雖然家康和秀吉不同，並不禮遇天皇朝廷（而且干涉朝廷內部事務），但秀吉一代苦心重塑的天皇地位已經深入人心，德川代代的將軍也不能怠慢。到江戶末期，反幕府的大名/浪人以尊王（天皇）攘夷之名為倒幕的大義，維新成功之後成立明治政府，讓天皇回到1000年前的地位。但也因為明治政府廢除階級制度，統治階層和天皇的血緣關係斷絕，天皇轉向為更宗教性的存在。不過這是別話，在此不提了。
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