现在流行的德尔塔与与 B.1.1.529 毒株，与最初发现的毒株相比病毒基因组序列相似度大概有多少？
好的，咱们来聊聊德尔塔和奥密克（B.1.1.529），它们跟最初在武汉发现的那个新冠病毒“老祖宗”，基因序列上到底有多大的变化。这事儿，得从病毒的“生命蓝图”——基因组说起。
病毒的“生命蓝图”：基因组序列
我们知道，病毒感染人体后，会在我们体内大量复制。复制的过程就像是复印文件，虽然大部分都一样，但偶尔也会出现一些小小的“印刷错误”，这就是病毒的突变。随着病毒不断传播、复制，这些小错误一点点累积起来，就形成了不同的病毒株。病毒的基因组序列，就是记录了这些“错误”的完整信息，就像是一本详细的说明书。
最初的武汉株：病毒的“原版说明书”
在2019年底到2020年初，科学家们最早测序并公布了最早一批新冠病毒的基因组序列。这就是我们常说的“最初的武汉株”，或者“野生型株”。这就像是我们拿到的病毒基因组的“原版说明书”，里面详细记录了病毒的所有遗传信息，指导它如何感染细胞、如何复制等等。
德尔塔（Delta）和奥密克（Omicron）的出现：一本“修改得比较多的说明书”
随着病毒在全球范围内的传播，一些具有特定突变组合的病毒株开始占据主导地位。德尔塔和奥密克就是其中最典型的例子。它们之所以能成为流行株，很大程度上是因为它们携带的某些突变，让它们在传播速度、免疫逃逸能力（对疫苗或既往感染产生的免疫力产生抵抗）等方面有了“优势”。
那么，它们和最初的武汉株相比，基因组序列的相似度到底有多少呢？
关键在于“突变点”的多少
要回答这个问题，我们得看它们在病毒基因组“说明书”上，有多少个地方和“原版说明书”不一样了。新冠病毒的基因组是一个RNA病毒的基因组，大约有3万个“字”（核苷酸碱基）。
虽然病毒在不断变异，但大家普遍认为，新冠病毒在从一个宿主传播到另一个宿主的过程中，平均每天的突变率可能在10的负4次方到10的负3次方左右（这是一个粗略的估计值，具体会受多种因素影响）。这意味着，在短短几个月或一两年的传播过程中，病毒的基因组会累积一定数量的突变。
德尔塔株：一些重要的“修订”
德尔塔株（B.1.617.2）之所以能掀起全球性的波澜，是因为它在病毒的几个关键位点上发生了突变，特别是刺突蛋白（Spike protein）上。刺突蛋白是病毒用来结合和进入人体细胞的“钥匙”。德尔塔株在刺突蛋白上的关键突变，比如 P681R 和 L452R，就被认为显著增强了病毒的传播能力和感染效率。
与其他病毒株相比，德尔塔株的基因组序列与最初的武汉株相比，核苷酸水平上的相似度大约在99.5%到99.8%之间。这听起来很高，但别小看这0.2%到0.5%的差异。对于一个拥有3万个“字”的基因组来说，这代表着大约150到1500个核苷酸发生了改变！而且，这些改变并非随机分布，而是集中在对病毒功能至关重要的区域，比如刺突蛋白，这足以让它在传播上“更胜一筹”。
奥密克株（B.1.1.529）：一场更“激进”的基因编辑
奥密克株可以说是迄今为止，基因组变异最密集的一个流行株。它在刺突蛋白上携带了超过30个突变，这在之前的变异株中是前所未有的。这些突变，尤其是在刺突蛋白的受体结合域（RBD）和N端结构域（NTD）的突变，极大地增加了它逃避疫苗和既往感染产生的抗体的能力，也可能影响了它与细胞ACE2受体的结合效率，导致其传播速度惊人。
与最初的武汉株相比，奥密克株的基因组序列的核苷酸相似度可能在99%到99.3%之间。这意味着，它比德尔塔株和最初的武汉株的差异更大一些，核苷酸层面的变化数量可能达到了200到300个，甚至更多，具体取决于比较的算法和参考毒株。这进一步解释了为什么奥密克株在传播性和免疫逃逸方面表现得如此突出。
总结一下：
最初的武汉株： 病毒基因组的“原版”。
德尔塔株： 在此基础上，主要是在刺突蛋白等关键区域发生了一些显著突变，导致传播能力增强。基因组相似度约99.5% 99.8%。
奥密克株： 相比之下，奥密克株是基因组变异更密集的一个变异株，尤其在刺突蛋白上有大量突变，显著增强了免疫逃逸能力和传播速度。基因组相似度约99% 99.3%。
重要提醒：
这个相似度百分比是一个宏观的描述。真正影响病毒行为的是突变发生的位置和性质。即使是很小的比例差异，如果发生在对病毒功能至关重要的基因区域，也会带来巨大的影响。
病毒的基因组序列是持续变化的，新的变异株也可能不断出现。这里的百分比是基于当时科学家们对这些流行株的分析得出的。
“相似度高”并不意味着病毒就没有改变。正如修改了一点点文字的说明书，虽然大部分内容相同，但关键的步骤或提示可能已经完全不同了。
希望这样的解释能让你对德尔塔和奥密克与最初毒株的基因差异有一个更清晰的认识。
病毒的“生命蓝图”：基因组序列
我们知道，病毒感染人体后，会在我们体内大量复制。复制的过程就像是复印文件，虽然大部分都一样，但偶尔也会出现一些小小的“印刷错误”，这就是病毒的突变。随着病毒不断传播、复制，这些小错误一点点累积起来，就形成了不同的病毒株。病毒的基因组序列，就是记录了这些“错误”的完整信息，就像是一本详细的说明书。
最初的武汉株：病毒的“原版说明书”
在2019年底到2020年初，科学家们最早测序并公布了最早一批新冠病毒的基因组序列。这就是我们常说的“最初的武汉株”，或者“野生型株”。这就像是我们拿到的病毒基因组的“原版说明书”，里面详细记录了病毒的所有遗传信息，指导它如何感染细胞、如何复制等等。
德尔塔（Delta）和奥密克（Omicron）的出现：一本“修改得比较多的说明书”
随着病毒在全球范围内的传播，一些具有特定突变组合的病毒株开始占据主导地位。德尔塔和奥密克就是其中最典型的例子。它们之所以能成为流行株，很大程度上是因为它们携带的某些突变，让它们在传播速度、免疫逃逸能力（对疫苗或既往感染产生的免疫力产生抵抗）等方面有了“优势”。
那么，它们和最初的武汉株相比，基因组序列的相似度到底有多少呢？
关键在于“突变点”的多少
要回答这个问题，我们得看它们在病毒基因组“说明书”上，有多少个地方和“原版说明书”不一样了。新冠病毒的基因组是一个RNA病毒的基因组，大约有3万个“字”（核苷酸碱基）。
虽然病毒在不断变异，但大家普遍认为，新冠病毒在从一个宿主传播到另一个宿主的过程中，平均每天的突变率可能在10的负4次方到10的负3次方左右（这是一个粗略的估计值，具体会受多种因素影响）。这意味着，在短短几个月或一两年的传播过程中，病毒的基因组会累积一定数量的突变。
德尔塔株：一些重要的“修订”
德尔塔株（B.1.617.2）之所以能掀起全球性的波澜，是因为它在病毒的几个关键位点上发生了突变，特别是刺突蛋白（Spike protein）上。刺突蛋白是病毒用来结合和进入人体细胞的“钥匙”。德尔塔株在刺突蛋白上的关键突变，比如 P681R 和 L452R，就被认为显著增强了病毒的传播能力和感染效率。
与其他病毒株相比，德尔塔株的基因组序列与最初的武汉株相比，核苷酸水平上的相似度大约在99.5%到99.8%之间。这听起来很高，但别小看这0.2%到0.5%的差异。对于一个拥有3万个“字”的基因组来说，这代表着大约150到1500个核苷酸发生了改变！而且，这些改变并非随机分布，而是集中在对病毒功能至关重要的区域，比如刺突蛋白，这足以让它在传播上“更胜一筹”。
奥密克株（B.1.1.529）：一场更“激进”的基因编辑
奥密克株可以说是迄今为止，基因组变异最密集的一个流行株。它在刺突蛋白上携带了超过30个突变，这在之前的变异株中是前所未有的。这些突变，尤其是在刺突蛋白的受体结合域（RBD）和N端结构域（NTD）的突变，极大地增加了它逃避疫苗和既往感染产生的抗体的能力，也可能影响了它与细胞ACE2受体的结合效率，导致其传播速度惊人。
与最初的武汉株相比，奥密克株的基因组序列的核苷酸相似度可能在99%到99.3%之间。这意味着，它比德尔塔株和最初的武汉株的差异更大一些，核苷酸层面的变化数量可能达到了200到300个，甚至更多，具体取决于比较的算法和参考毒株。这进一步解释了为什么奥密克株在传播性和免疫逃逸方面表现得如此突出。
总结一下：
最初的武汉株： 病毒基因组的“原版”。
德尔塔株： 在此基础上，主要是在刺突蛋白等关键区域发生了一些显著突变，导致传播能力增强。基因组相似度约99.5% 99.8%。
奥密克株： 相比之下，奥密克株是基因组变异更密集的一个变异株，尤其在刺突蛋白上有大量突变，显著增强了免疫逃逸能力和传播速度。基因组相似度约99% 99.3%。
重要提醒：
这个相似度百分比是一个宏观的描述。真正影响病毒行为的是突变发生的位置和性质。即使是很小的比例差异，如果发生在对病毒功能至关重要的基因区域，也会带来巨大的影响。
病毒的基因组序列是持续变化的，新的变异株也可能不断出现。这里的百分比是基于当时科学家们对这些流行株的分析得出的。
“相似度高”并不意味着病毒就没有改变。正如修改了一点点文字的说明书，虽然大部分内容相同，但关键的步骤或提示可能已经完全不同了。
希望这样的解释能让你对德尔塔和奥密克与最初毒株的基因差异有一个更清晰的认识。
网友意见
新冠大约每年突变23.46个位点（对单个变体累积来说）。
- 下图右上那一堆绿的的是Delta，在回归期望附近，大约突变了45个位点左右
- 上面最高的几个，突变了59个位点
这是中国提交的第一个武汉株的序列，39903-33=39870nt（去掉poly(A)）
计算一下
(39870-45)/39870
照这个趋势，跌出99%还需要15年
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