合成生物学需要坚持工程学理念吗？如何看待关于合成生物学不应局限于工程学理念的看法？
合成生物学，这门将生命体视为可编程系统的学科，无疑是当前最令人激动的前沿科技之一。它的崛起，深刻地重塑了我们理解、设计乃至制造生命的方式。而围绕着它的一个核心议题便是：合成生物学是否应该且应该在多大程度上坚守工程学理念？同时，又该如何看待那些认为合成生物学不应被工程学理念所束缚的观点？这其中蕴含着深刻的哲学思辨和实践的张力。
工程学理念：合成生物学的基石与驱动力
毋庸置疑，工程学理念是合成生物学的天然驱动力，也是其不可或缺的基石。我们可以从以下几个方面来理解这一点：
模块化与标准化（Modularity and Standardization）： 传统的工程学强调将复杂的系统分解为可管理的、可互换的模块。合成生物学继承了这一思想，例如将基因、蛋白质、代谢通路等生物学元件视为“生物部件”（bioparts），并致力于开发标准化的接口和操作规范。这种模块化思维使得科学家能够像搭积木一样，组合不同的生物部件来构建全新的、具有特定功能的生物系统，极大地提高了设计的效率和可预测性。比如，设计一个能够生产药物的细菌，可以将其分解为“药物合成模块”、“信号响应模块”、“能量供给模块”等，然后通过标准化的DNA序列来编码和实现这些模块。
设计构建测试学习（DesignBuildTestLearn, DBTL）： 这是工程学中经典的迭代优化循环，在合成生物学中得到了广泛应用。科学家首先根据功能需求进行设计，然后构建出生物系统（通常是经过基因工程改造的微生物或细胞），接着进行严格的测试以评估其性能，最后通过测试结果来学习并改进设计。这个循环使得合成生物学能够不断地完善和优化其创造的生命系统，朝着更稳定、更高效、更可靠的目标迈进。举例来说，一个旨在高效降解污染物的工程菌，就需要经过多次的基因编辑、培养测试和性能分析，才能达到理想效果。
可预测性与鲁棒性（Predictability and Robustness）： 工程学的核心目标之一是实现系统的可预测性和鲁棒性，即在预期的条件下能够稳定地按照设计工作，并对一定范围内的扰动具有抵抗能力。合成生物学也在努力实现这一点，尽管生命的复杂性带来了巨大的挑战。通过对基因调控网络、蛋白质相互作用等进行精细的设计和模拟，科学家试图让构建的生物系统能够更加“听话”，减少意外的副作用。例如，设计一个能够精确响应特定化学信号的细胞，需要深入理解信号转导通路，并对其中的关键基因进行优化，以确保其反应的准确性和稳定性。
工程化可测量性（Engineering Measurability）： 工程系统往往需要有明确的量化指标来衡量其性能。合成生物学也需要将生物学的功能转化为可测量的参数，例如产量、转化效率、生长速率等。这使得科学家能够客观地评估和比较不同的设计方案，并为优化提供数据支持。没有这些可测量的指标，就无法进行有效的工程化改进。
从这些角度来看，工程学理念无疑是合成生物学得以发展壮大的重要推力。正是这些工程化的思维和方法，将原本混沌而充满未知的生命领域，带入了可设计、可构建、可优化的新时代。
超越工程学：合成生物学的广阔天地与哲学维度
然而，将合成生物学仅仅局限于工程学理念，也可能是一种狭隘的视角。生命并非纯粹的机械系统，它拥有内在的复杂性、适应性、演化能力以及深刻的伦理和社会维度。认为合成生物学不应局限于工程学理念的观点，恰恰指出了这些更广阔的领域：
生命的内在复杂性与涌现性（Inherent Complexity and Emergence）： 生命系统具有高度的非线性、反馈回路和意想不到的相互作用，这些使得它们展现出“涌现性”——即整体大于部分之和。即使我们能够完美地设计和构建生物部件，但它们的组合往往会产生远超预期的行为。纯粹的工程思维可能会低估这种复杂性带来的不确定性。例如，一个看似简单的基因回路，在细胞环境中可能与原有的代谢网络产生复杂的相互作用，导致意外的表型。这种涌现性是生命系统的魅力所在，但也要求我们超越简单的“零件组装”模式。
适应性与演化（Adaptability and Evolution）： 与静态的工程系统不同，生命具有内在的适应性和演化能力。即使是人工设计的生物系统，在经过一段时间后，也可能在自然选择的压力下发生变异和演化，使其行为偏离最初的设计。这既是生命的韧性，也带来了潜在的风险。因此，合成生物学需要考虑如何管理和引导这种演化，而不仅仅是实现初始的设计目标。例如，设计一个能够长期在特定环境中稳定工作的工程菌，就需要考虑其在环境变化下的适应性以及可能的演化轨迹。
伦理、社会与哲学考量（Ethical, Social, and Philosophical Considerations）： 这是合成生物学最深刻也最容易被工程学思维忽略的维度。当我们开始设计和创造生命时，我们不仅是在进行科学实验，更是在扮演“造物主”的角色。这引发了一系列复杂的伦理问题：我们是否有权利改变生命的基本蓝图？我们创造的生命是否会威胁到现有的生态系统？谁来决定什么样的生命是可以被创造的？这些问题涉及人类的价值观、对生命的敬畏以及社会责任，远远超出了工程学的范畴。例如，设计一种能够生产抗生素的工程菌，就需要考虑其在环境中的释放是否会加剧耐药性问题。
科学发现与基础研究（Scientific Discovery and Fundamental Research）： 合成生物学不仅仅是为了制造特定的产品，它也是探索生命本质的有力工具。通过构建和操纵生命系统，我们可以检验关于生命起源、演化和功能的假说。在这种情况下，好奇心和对未知世界的探索欲可能比工程化的目标更加重要。例如，通过构建一个简化的、从零开始的细胞，科学家可以更深入地理解生命的基本原理。这个过程可能不直接服务于某个工程目标，但其科学价值不可估量。
艺术与创造性（Art and Creativity）： 将生命视为一种“媒介”，合成生物学也可能包含着艺术和创造性的维度。创造出具有新颖美学特征或独特生命形式的生物系统，本身就是一种创造性的表达。这种创造性可能不遵循传统的工程逻辑，而是更侧重于新颖性、独特性和审美体验。例如，一些研究者在尝试创造能够发出荧光或具有特定图案的微生物，这更像是生物艺术而非传统的工程应用。
因此，那些认为合成生物学不应局限于工程学理念的观点，并非是对工程学贡献的否定，而是强调了合成生物学更深层次的内涵和更广阔的视野。它们提醒我们，生命是一个复杂且动态的系统，其研究和应用必须同时融入科学的严谨性、工程的实用性以及人文的关怀和哲学性的反思。
如何平衡与融合？
面对这种“工程学的驾驭”与“超越工程学的视野”之间的张力，关键在于如何找到一个健康的平衡点和有效的融合方式：
1. 明确应用场景的工程需求： 对于许多直接面向应用的合成生物学项目，例如生产生物燃料、设计新型药物或开发诊断工具，工程学理念仍然是核心驱动力。我们需要利用工程学的思维和方法，确保这些生物系统的效率、稳定性和可控性。
2. 拥抱生命的复杂性与不确定性： 在设计和构建生物系统时，必须充分认识到生命的内在复杂性。不能简单地套用机械工程的思维，而需要结合生物学、化学、计算机科学等多学科的知识，并预留对系统行为的探索和意外情况的应对空间。这可能意味着需要发展更先进的模拟工具、更精细的调控手段，以及更鲁棒的设计策略。
3. 建立跨学科的合作与对话： 合成生物学的发展离不开不同学科的专家参与。科学家、工程师、生物学家、化学家、计算机科学家、伦理学家、社会学家甚至艺术家都需要进行深入的对话和合作，以确保技术的进步能够兼顾科学的严谨性、应用的实用性以及社会的责任感。
4. 保持开放的探索精神： 合成生物学仍在不断发展之中，我们对生命的理解也日益加深。保持一种开放的心态，愿意探索生命系统的未知领域，并从中汲取灵感，而非仅仅被工程化的目标所束缚，是推动学科持续创新的关键。
5. 审慎的伦理与社会评估： 任何合成生物学项目都应伴随着严格的伦理和风险评估。在追求技术突破的同时，必须认真思考其潜在的社会影响，并建立相应的监管和治理框架。
总而言之，工程学理念为合成生物学提供了强大的工具箱和方法论，使其能够从零散的知识走向可设计的系统。然而，生命本身的魅力和复杂性，以及其与人类社会和伦理的深刻联系，都要求我们不能将合成生物学仅仅视为一项工程任务。真正的合成生物学，应该是在坚实的工程学基础上，不断探索生命本质的奥秘，并以负责任的态度，将其应用于造福人类和社会的广阔领域。这是一种驾驭，也是一种超越，是科学理性与人文关怀的完美结合。
网友意见
这个文章的作者是爱丁堡大学的，文章出来的第一时间我就问了在那里当教授，同样是syn bio领域的好朋友。他说这个作者原先是非常“原教旨”的合成生物学研究者，也就是说他对于合成生物学的模块化、标准化这些从传统工程学引入的理念近乎狂热，但后来在科研实践中遇到一系列挫折，然后冷静思考了很多，写下了这篇文章。这是文章的背景。
所以，这篇文章并不是挑战合成生物学的檄文，而是一个狂热者的反思。事实上大约5年前，合成生物学领域最前沿的学者就已经认识到这个问题，但意识到问题距离解决问题是需要时间的，所以直到近两年，才有一系列非常出彩的成果呈现出来。这个作者只不过是把大家很早就意识到的问题说了出来，本身也有了解决方案。
生物系统到底要不要工程学思想，生物技术要不要具有可预测性的数学模型，模块化的功能结构，良好表征的标准化元件和其他标准化方法呢？
毫无疑问，是需要的。整个人类现代文明的基石就是工程学思想，“去掉不想要的，保留必须要的，定好不确定的”，工程学把“如何创造一个事物”简化成了“选择什么材料，如何组装”，这是人类目前为止唯一一个应对复杂问题的可靠方法论。不论是几千年前的金字塔，还是现在的超级计算机，甚至流浪地球里的聚变发动机，都是基于工程学思想。
基于“进化-选择”思想的定向进化方法目前应用范围很有限，在生物医药和计算机领域有一些应用，并不成为有体系的方法论，归根到底，还是我的导师欧阳颀院士（他是世界上第一个在实验上证明了图灵理论的人）说的一句话直击要害：定向进化的问题在于无法准确定义“选择压力”，草原上的兔子耳朵变长了可以解释为耳朵长可以更好地听见大灰狼，耳朵短了可以解释为耳朵太长就会被大灰狼看见，反正怎么说都有道理，没法像物理里面的“势能”“吉布斯自由能”这样去对系统变化的趋势进行一个定量表述。因此，定向进化想要发展成为一套方法论，恐怕得等基础数学和非线性动力学等非常基础的学科有大的进展才行。
工程学思想是笨拙的，因为它要求实践者必须先投入相当的精力在开发基础元器件（材料）和制定标准（如何组装）上，而这两个工作是没有直接的产品产出的，就像高通直接卖芯片给消费者，没人愿意买单一样。如果基础打好了，在这个基础之上发展出来的事物，就不可估量了。但想要打好这个基础并不容易，就像我们国家也不可能明年就解决自主生产芯片的问题，这里面有非常多的技术细节需要打磨。整个芯片产业每年的研发投入比合成生物学整个领域历史上的总投入还高，合成生物学作为一门工程学科，不能指望奇迹发生的，也是要慢慢打磨，然后突然爆破的。
事实上，生物细胞是人类最晚着手的工程对象之一，如果把生物细胞这个概念推广到生物系统，那连之一都可以去掉。生物系统里有大量的工程化红利还没有释放。比如，这几年在医药领域很火的CarT，就是对免疫细胞信号转导蛋白质进行工程化改造的成果的。再比如，A16Z这么一个引领世界技术变革的创投基金也都认为，传统的药物筛选方法已经走到了尽头，未来是合成生物学做出来的“编程药物”。
最后，需要指出来的是，生物系统与人类以往所面对的绝大部分工程对象都不同，传统的对象往往是简单材料低程度聚合的产物，而生物系统是复杂材料的高程度耦合，其中充满了反馈，前馈和自反馈等复杂控制。所以，合成生物学作为一门新兴前沿学科是对于传统工程学的发展。实际上从早年工业革命时代的机械工程理论，电气革命时代的电子工程理论，到曼哈顿计划和两弹一星的系统控制论，再到互联网时代的网络动力学理论，工程学本身一直也在跟随人类社会的发展而不断丰富，合成生物学可以说背负继续发展工程学的这样一个使命。
谢邀
这篇文章出自本校，而且在实验室引起了一定的讨论。所以来勉强一答，展开说来话长，我就简单一写，抛砖引玉。
先说这篇文章引起的争议，相比于我，我们实验室的一位PhD措辞激烈地批判了这篇文章，对于文章中诸如
This article has argued that the dogma that synthetic biology already operates like, or that it must in the future operate like, conventional engineering is false.
这类相当不客气的结论十分不以为然。
而我的个人观点是非常和稀泥的，认为文章确实反映了一些现实问题。应该灵活处理，大方向上的坚定追求不能变成僵化坚持所谓的“工程学理念”。反之，一项学术活动如果完全抛弃“工程学理念”，恐怕很难被界定为合成生物学。所谓反对教条主义和机会主义，大抵如此。
实际上这牵涉到涉及合成生物学定义的一个主要矛盾，即如何正确看待合成生物学被一部分人赖以区别于基因工程的所谓“工程学理念”，在学科发展资源分配的复杂环境下起到的（正负两方面的）作用。怎样看待过去近20年来围绕‘理性设计’的追求所发展出来的一系列方法在实践中的地位。
工程师追求的是工程目标，而不是方法本身，任何可以多快好省地达到工程目标的方法都应该被工程师无条件采用。评价方法的最大资格自然在方法的使用者身上。而合成生物学作为一个基于交叉学科的新兴工程学面对一个很大悖论：如果以苛刻定义界定合成生物学与传统生物工程学方法的区别，则容易造成方法论上的作茧自缚，并使得合成生物学实践偏离工程学本质；而开放包容的态度往往造成合成生物学方法与非工程化手段之间的界限模糊，进而引发合成生物学从业者自身的认同混乱。这种混乱是有现实代价的，有时甚至是门洞大开地将学科沿合理路线发展的历史机遇拱手葬送。
但抛开科学之外的因素，这种悖论又确确实实是伪命题。正所谓沉舟侧畔千帆过，科技进展和工程突破并不会停下来等我们划好成分，分组站队，也不会等我们去论辩清楚什么样的技术路线或方法是最优的——这种空中楼阁一般的论战实际上意义不大——如果说有，那就像我们实验室的一位PhD所言，更多的是“政治”（也即分配）上的，而非科学上的。如果一定要争一个姓资还是姓社，那么我也只能说黑猫白猫，抓到老鼠就是好猫了。当然，不赞成指狸为猫，主要是不能饱了狸死了猫。
合成生物学领域非生命科学科班背景研究者的大量参与、围绕合成生物学研究资源所发生的各种资源竞争、前沿学术领域赢者通吃的残酷法则如同三大汽油桶，正在助燃这种无谓的争议，尽管我不知道这篇文章的写作背景，但是当你仔细咀嚼下面这种句子，你是否仿佛闻到了一丝话语权战争的硝烟呢？
So, in conclusion, synthetic biology has not always used the classical engineering approach so far, and there is no good reason that this approach should define it in the future.
合成生物学理性设计的观念和方法都还处于摸索阶段，一方面要看到新成果和成果背后所暗示的巨大潜力，坚定追求矢志不渝；一方面也要避免夸大，一步一个脚印，用实打实的进展来证明自己。这个时候无论是机会主义者还是教条主义者画地为牢、自我设限显然是不明智的。在我看来，合成生物学目前已经存在的这一些理性设计方法或所谓的工程学标准，也都在不断自我否定和发展之中。事实上，定量基础上通用的标准、范式虽然是基因工程追求的目标和未来的发展方向，但是不讲发展规律地过度强调和吹嘘标准、统一、范式难免给人以跑马圈地的观感。从这个意义上而言，题目中所给的文章虽然话不好听，但是尚有积极的批判意义。
何况合成生物学的“工程学理念”本身就是一个边界模糊的大筐。同一种技术路线，在某实验室被称为‘工程的’，分分钟就会被同行在背后戳脊梁骨。“工程学理念”与“工程学理念”之间经常性地缺乏共识，即使文章中为了立靶子所定义的那一套，显然也只是一家之言。
所以对于过去近20年来围绕‘理性设计’的追求所发展出来的一系列方法，一方面应该努力拓展这些方法的能力和应用场景适应力，另一方面也承认其局限性，决不放弃使用包括但不限于定向进化、机器学习在内的其它手段解决问题。并且应该力促这些方法之间的结合应用。
完全拒绝“工程学理念”的传统研究硬蹭合成生物学，以及过度排斥传统研究方法的论调（恐怕没有人真的能在实践中排斥，所以也仅仅是论调）都是不可取的。然而上述现象却实实在在屡见不鲜，背后动因耐人寻味。
相比于这种理念之争，我可能更感兴趣文章里提到的另外一个质疑。就是以人类主观意志为基础的理性设计和生物系统自然进化策略之间的优劣之争。
之前Jerome Bonnet来我们这儿访问，聊天的时候也刚好谈到了一个相关的问题，就是如何理解生物系统非人工的演化逻辑和理性设计之间的关系。
这个话题多少映射了所谓的合成生物学是否应该坚持“工程学理念”。比如改变遗传物质序列很少被生物体用于基因表达调控和细胞信号的逻辑处理——而Jerome Bonnet的研究方向恰恰是寻求这类系统。我当时说这是一个涉及到合成生物学信心的问题，当我们设计一种人工生命系统的时候，难免会问一句为什么进化没有导致相同的策略？——进而，如果我们以同样的资源投入以进化原理为基础的工程手段，会不会导向更优解？反之呢？
我想这就是为什么我们应该兼容并包的重要原因之一。
说起这个话题，有些人，比如知乎上某大V就说过，说合成生物学可以让人们认识到进化的路径不是唯一的，有很多种平行的可能——我个人对这种说法有所保留。显然合成生物学的设计是物种间相互作用所带来的生物变异的一种，这些设计是否真的可以和经过自然选择考验而选择出来的那些性状、机制平起平坐，拥有平行的进化地位乃至上升到开创出“平行路径”，恐怕最后还要交给包括人类自身在内的整个自然界这个最终裁判。
最后放一句题目文章中的句子作为结尾，来时刻提醒我们新旧事物之间的冲撞时刻在发生。
我想即使历史证明了其中一方更能代表未来，恐怕胜利也很难说属于这其中的任何一方。
This way of working is anathema to most classical engineers, but it has served our species well for thousands of years—far longer than industrial engineering—and even now crop breeding can still outperform genetic manipulation
最后的最后，能读到这里的读者：我讲了这么多，大家也读了这么多，仿佛我们都沐浴在21世纪学科的光辉中，生命科学走向定量和理性设计的历史浪潮似已澎湃而来。收回目光，撸起袖子，实验室里的砖在呼唤着我们，像机器人一样搬到天亮——This way of working is anathema to most students, but it has served……well……
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