如果穿山甲是SARS-CoV-2病毒（新型冠状）的中间宿主，那么病毒可能是怎么来的？
关于新冠病毒（SARSCoV2）的起源，以及穿山甲是否作为中间宿主这一假说，这是一个非常复杂且仍在深入研究的科学问题。如果穿山甲确实是这一病毒传播链上的重要一环，那么病毒的产生和传播路径可以从几个关键的环节来梳理。
首先，要理解病毒的起源，我们需要回溯到病毒的“诞生地”——蝙蝠。大量的基因组学研究已经表明，SARSCoV2与蝙蝠身上发现的冠状病毒高度相似，尤其是某些蝙蝠冠状病毒株，它们的基因组与SARSCoV2有很高的同源性。蝙蝠被认为是许多冠状病毒的天然宿主，它们能够携带这些病毒而自身并不表现出明显的疾病症状。这种“宿主兼病毒携带者”的角色，使得蝙蝠成为了研究病毒起源的关键线索。
那么，病毒是如何从蝙蝠转移到人类，或者说，穿山甲是如何介入这一过程的呢？这通常涉及到病毒在不同物种间跳跃（跨物种传播）的机制。病毒的传播离不开两个关键的“钥匙”：病毒表面的刺突蛋白（Spike protein）以及宿主细胞表面的受体蛋白。
刺突蛋白是病毒用来“解锁”并进入宿主细胞的关键结构。它会与宿主细胞表面的特定受体结合，就像一把锁配一把钥匙一样。对于SARSCoV2而言，它的刺突蛋白能够有效地结合人类细胞表面的ACE2（血管紧张素转化酶2）受体，从而引发感染。
现在，假设穿山甲是中间宿主。这意味着病毒可能先从蝙蝠传播到穿山甲。这个过程很可能是通过接触传播实现的，例如，蝙蝠的排泄物（粪便、尿液）或者直接接触（比如在同一区域活动、觅食）导致病毒感染了穿山甲。
穿山甲之所以被认为是潜在的中间宿主，是因为研究人员在某些走私的穿山甲身上发现了与SARSCoV2高度相似的冠状病毒。这些病毒在基因组上，特别是在刺突蛋白编码区域，与SARSCoV2表现出一定的相似性。这种相似性可能体现在：
1. 刺突蛋白的重组或变异：在蝙蝠冠状病毒进入穿山甲体内后，病毒在穿山甲的细胞内复制和演变。在这个过程中，病毒的基因组可能会发生随机的突变，也可能与其他在穿山甲体内存在的其他冠状病毒发生基因重组（就像卡牌游戏一样，将不同的牌组合起来）。如果这种重组或突变恰好使得穿山甲携带的冠状病毒的刺突蛋白，能够更有效地结合人类细胞上的ACE2受体，那么这个“新”的病毒株就获得了跨越物种屏障感染人类的能力。
2. 适宜的宿主环境：穿山甲的生理环境和细胞结构可能为病毒的复制和演变提供了一个“温床”。某些病毒在特定物种体内能够获得更有效的复制机会，并在此过程中积累有利于跨种传播的突变。
那么，病毒是如何从穿山甲进入人类的呢？ 这通常发生在人类与受感染的穿山甲发生密切接触时。例如：
非法野生动物交易：在一些地区的野生动物市场，活体动物被近距离地收集、交易和宰杀。如果穿山甲是病毒携带者，那么市场上的经营者、屠宰工或者购买者就可能因为直接接触穿山甲的血液、体液或被污染的环境而感染。
食用野生动物：在某些文化中，野生动物被视为珍稀的食材。如果人们食用了未充分煮熟的、携带病毒的穿山甲肉，也可能导致感染。
其他接触形式：例如，在野外捕猎或处理野生动物时，意外的暴露也可能发生。
病毒的“诞生”并不能简单地视为一个孤立的事件，它更像是一个自然演化和生态相互作用的结果。 蝙蝠可能已经携带着一种“前体”病毒，这种病毒本身并不能有效感染人类。通过中间宿主（如穿山甲）的演化，病毒的刺突蛋白获得了关键的变异，使其能够解锁人类细胞的大门。这个过程可能经过了漫长的时间，也可能是一个相对快速的突变累积过程。
总结一下，如果穿山甲是SARSCoV2的中间宿主，那么病毒的“来源”大致是这样的一个流程：
1. 源头宿主（蝙蝠）：蝙蝠体内携带有与SARSCoV2基因相似的冠状病毒。
2. 中间宿主（穿山甲）：病毒通过某种途径（如直接接触、环境污染）从蝙蝠传播到穿山甲。在穿山甲体内，病毒经历了复制和演变，可能通过基因重组或突变，获得了能够高效感染人类细胞（通过结合ACE2受体）的刺突蛋白。
3. 偶然的跨种传播事件：人类与受感染的穿山甲发生密切接触，可能是通过非法野生动物交易、食用等途径，导致病毒从穿山甲首次传播给了人类，并由此开启了人际传播的链条。
需要强调的是，虽然穿山甲是SARSCoV2中间宿主是目前一个重要的科学假说，并且在一些研究中发现了支持性的证据，但关于病毒的确切起源，科学界仍在进行广泛而深入的调查和研究。这个过程可能比我们想象的要复杂得多，也可能涉及其他尚未被发现的环节或物种。追踪病毒的每一个细微的基因变异，并将其与不同物种的病毒进行比对，是破解这一谜团的关键方法。
首先，要理解病毒的起源，我们需要回溯到病毒的“诞生地”——蝙蝠。大量的基因组学研究已经表明，SARSCoV2与蝙蝠身上发现的冠状病毒高度相似，尤其是某些蝙蝠冠状病毒株，它们的基因组与SARSCoV2有很高的同源性。蝙蝠被认为是许多冠状病毒的天然宿主，它们能够携带这些病毒而自身并不表现出明显的疾病症状。这种“宿主兼病毒携带者”的角色，使得蝙蝠成为了研究病毒起源的关键线索。
那么，病毒是如何从蝙蝠转移到人类，或者说，穿山甲是如何介入这一过程的呢？这通常涉及到病毒在不同物种间跳跃（跨物种传播）的机制。病毒的传播离不开两个关键的“钥匙”：病毒表面的刺突蛋白（Spike protein）以及宿主细胞表面的受体蛋白。
刺突蛋白是病毒用来“解锁”并进入宿主细胞的关键结构。它会与宿主细胞表面的特定受体结合，就像一把锁配一把钥匙一样。对于SARSCoV2而言，它的刺突蛋白能够有效地结合人类细胞表面的ACE2（血管紧张素转化酶2）受体，从而引发感染。
现在，假设穿山甲是中间宿主。这意味着病毒可能先从蝙蝠传播到穿山甲。这个过程很可能是通过接触传播实现的，例如，蝙蝠的排泄物（粪便、尿液）或者直接接触（比如在同一区域活动、觅食）导致病毒感染了穿山甲。
穿山甲之所以被认为是潜在的中间宿主，是因为研究人员在某些走私的穿山甲身上发现了与SARSCoV2高度相似的冠状病毒。这些病毒在基因组上，特别是在刺突蛋白编码区域，与SARSCoV2表现出一定的相似性。这种相似性可能体现在：
1. 刺突蛋白的重组或变异：在蝙蝠冠状病毒进入穿山甲体内后，病毒在穿山甲的细胞内复制和演变。在这个过程中，病毒的基因组可能会发生随机的突变，也可能与其他在穿山甲体内存在的其他冠状病毒发生基因重组（就像卡牌游戏一样，将不同的牌组合起来）。如果这种重组或突变恰好使得穿山甲携带的冠状病毒的刺突蛋白，能够更有效地结合人类细胞上的ACE2受体，那么这个“新”的病毒株就获得了跨越物种屏障感染人类的能力。
2. 适宜的宿主环境：穿山甲的生理环境和细胞结构可能为病毒的复制和演变提供了一个“温床”。某些病毒在特定物种体内能够获得更有效的复制机会，并在此过程中积累有利于跨种传播的突变。
那么，病毒是如何从穿山甲进入人类的呢？ 这通常发生在人类与受感染的穿山甲发生密切接触时。例如：
非法野生动物交易：在一些地区的野生动物市场，活体动物被近距离地收集、交易和宰杀。如果穿山甲是病毒携带者，那么市场上的经营者、屠宰工或者购买者就可能因为直接接触穿山甲的血液、体液或被污染的环境而感染。
食用野生动物：在某些文化中，野生动物被视为珍稀的食材。如果人们食用了未充分煮熟的、携带病毒的穿山甲肉，也可能导致感染。
其他接触形式：例如，在野外捕猎或处理野生动物时，意外的暴露也可能发生。
病毒的“诞生”并不能简单地视为一个孤立的事件，它更像是一个自然演化和生态相互作用的结果。 蝙蝠可能已经携带着一种“前体”病毒，这种病毒本身并不能有效感染人类。通过中间宿主（如穿山甲）的演化，病毒的刺突蛋白获得了关键的变异，使其能够解锁人类细胞的大门。这个过程可能经过了漫长的时间，也可能是一个相对快速的突变累积过程。
总结一下，如果穿山甲是SARSCoV2的中间宿主，那么病毒的“来源”大致是这样的一个流程：
1. 源头宿主（蝙蝠）：蝙蝠体内携带有与SARSCoV2基因相似的冠状病毒。
2. 中间宿主（穿山甲）：病毒通过某种途径（如直接接触、环境污染）从蝙蝠传播到穿山甲。在穿山甲体内，病毒经历了复制和演变，可能通过基因重组或突变，获得了能够高效感染人类细胞（通过结合ACE2受体）的刺突蛋白。
3. 偶然的跨种传播事件：人类与受感染的穿山甲发生密切接触，可能是通过非法野生动物交易、食用等途径，导致病毒从穿山甲首次传播给了人类，并由此开启了人际传播的链条。
需要强调的是，虽然穿山甲是SARSCoV2中间宿主是目前一个重要的科学假说，并且在一些研究中发现了支持性的证据，但关于病毒的确切起源，科学界仍在进行广泛而深入的调查和研究。这个过程可能比我们想象的要复杂得多，也可能涉及其他尚未被发现的环节或物种。追踪病毒的每一个细微的基因变异，并将其与不同物种的病毒进行比对，是破解这一谜团的关键方法。
网友意见
20200207结尾更新彩蛋，快破案了？
——原答案——
今天（20200206），华南农的新闻发布会引爆了舆论，他们声称从穿山甲里分离到一株与新型冠状病毒2019-nCoV序列相似度在99%的病毒。
这给出了非常强烈的证据，暗示穿山甲是这次疫情主角新型冠状病毒的中间宿主。
我们以此为事实出发，来探寻新型冠状病毒起源于何处？
原文首发 知识星球·真知拙见 Knowledge Hot #武汉新型冠状病毒专题# https://t.zsxq.com/ByvNBQJ
并同步发布于个人知乎专栏—— 病毒学笔记
一、病毒源头在哪？
一篇国际杂志编辑部在去年（2019）9月30号收到的手稿，是第一次证实穿山甲可以携带冠状病毒的报道[1]。【记住时间节点】
这里面作者提到，广东野生动物救助中心在2019年3月24日从缉私局处获得了21只马来亚穿山甲。而绝大多数穿山甲的健康状况都很糟糕。【记住时间节点】，虽然救助中心做了很大努力，但是还是死了16只，而且绝大多数穿山甲的症状有肺肿胀并含泡沫样积水, 肺纤维化、部分个体还有肝脾肿大。随后作者对其中死亡的11只个体采样，包括肺脏、淋巴和脾脏进行高通量测序。结果比对发现很多病毒的阅读序列，包括副黏病毒（比如仙台病毒），其中有两只个体发现有冠状病毒的序列。
而后他们又对测到的冠状病毒与现有的冠状病毒进行比对，发现在穿山甲里测序出来的冠状病毒与蝙蝠里面的SARS样冠状病毒的序列相似度非常接近。
他们把相关序列提交至NCBI，代码是PRJNA573298。
二、病毒怎么进化的？
而几天前，在流感病毒序列分享网站（最早的新型冠状病毒序列分享的网站）[2]上出现了一篇预印本论文的数据集[3]。他们干的事是把2019-nCoV上面S蛋白结合受体的结构域——RBD进行了比对，发现这部分氨基酸的序列与广东野生动物救助中心提交的、从穿山甲里面测序出来的冠状病毒的RBD序列的相似度在97%！！！
而之前武汉病毒所石正丽团队提交的论文表示[4]，2019-nCoV的全序列与一株蝙蝠来源的RaTG3毒株相似度很高，达到96.2%。但是最大的差异在S蛋白上。其中与S-RBD的序列相似度在93.1%。
这两部分的结果表明在武汉开始传播的新型冠状病毒很可能是从蝙蝠跳跃至穿山甲，并在穿山甲中可能发生了病毒重组，利用了穿山甲中冠状病毒的S蛋白的受体结合结构域。
三、病毒是如何在武汉传播开来的？
根据上面的结论，病毒的传播路径已经比较清晰了。
缉私局查获的马来亚穿山甲来自于东南亚，而石正丽研究员分离到序列最接近的毒株RaTG3也是来自于云南的一个蝙蝠洞。云南紧贴西南边境，而野生动物并不会被国境线所限制，蝙蝠可以飞，穿山甲也可以过。所以在这里可能因为蝙蝠与穿山甲的接触导致了冠状病毒的第一次种属跨越。
而缉私局查获的这批21只穿山甲可能并不是当时的全部赃物。
可能有其他的漏网之鱼，而这些漏网之鱼很可能通过一定的运输途径运到了武汉华南海鲜市场，并且进行这批穿山甲走私的人员很可能就是第一批被感染人群，而接手穿山甲并进行运输的人员可能也是比较早期的患者，0号病人可能就在这两种人群中间。而在海鲜市场的聚集性病例，是我们第一时间得知病毒发生第二次种属跨越的结果。
也就是说，走私、运输穿山甲可能导致了病毒的第二次跨越种属，这时候病毒可能就具备了人传人的能力。这些人群作为最初的传染源导致了后续的病例暴发。
但是也不能排除海鲜市场在接货时候，海鲜市场相关人群是被人传人感染的，还是在这里又一次发生了病毒的种属跨越，也就是病毒从穿山甲到市场相关人员人。
所以，现在回溯调查穿山甲走私和运输情况很可能能确定最初的传染源。
可以准备拍电影了。
四、想说的话！
没有买卖就没有杀害！！
有人评论里提供了一个关键信息——
时间点非常吻合，难不成真是电影导演。
（不保证准确性）
这难道就是0号病人？因为找“药方子”传染了海鲜市场？
相关链接：
参考
- ^ Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica). Viruses 2019, 11(11), 979; https://doi.org/10.3390/v11110979
- ^ http://virological.org/t/ncov-2019-spike-protein-receptor-binding-domain-shares-high-amino-acid-identity-with-a-coronavirus-recovered-from-a-pangolin-viral-metagenomic-dataset/362
- ^ Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV. doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.22.915660
- ^A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7
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