做染色质免疫共沉淀ChIP一定要用ChIP级别的抗体嘛？
做染色质免疫沉淀（ChIP）时，选择合适的抗体至关重要。那么，一定要用ChIP级别的抗体吗？ 答案并非绝对的“是”，但强烈建议使用，尤其是在追求可靠和可重复的实验结果时。让我来详细解释一下原因。
首先，我们需要理解什么是“ChIP级别”抗体。ChIP级别的抗体，简单来说，就是经过专门验证，证明其能够有效地在ChIP实验条件下识别并沉淀目标蛋白DNA复合物的抗体。这意味着该抗体不仅能够结合目标蛋白，还能够在特定实验流程中保持其结合能力，并且能够与目的蛋白结合的染色质（即被固定、超声打断或酶切后的DNA片段）一起被拉下来。
为什么强烈建议使用ChIP级别抗体？
1. 特异性与有效性是关键： ChIP实验的目的是精确地找出特定转录因子、组蛋白修饰或其他蛋白在基因组上的结合位点。这意味着抗体需要：
高度特异性： 只结合目标蛋白，不与基因组上的其他蛋白发生交叉反应。如果抗体非特异性地结合了其他蛋白，那么沉淀下来的DNA就不是你真正想研究的蛋白的结合位点，导致假阳性结果。
高效识别和结合： 在ChIP实验的复杂环境中（涉及细胞裂解、染色质打断、洗涤等多个步骤），抗体仍然需要能够有效地识别并紧密结合目标蛋白。一些在Western Blot（WB）或其他检测方法中表现良好的抗体，可能在ChIP实验的条件下结合能力会显著下降，甚至失效。
2. ChIP实验的特殊条件： ChIP实验的流程与WB等标准免疫学实验有很大不同，对试剂的要求也更苛刻：
固定（Fixation）： 通常使用甲醛等交联剂固定蛋白质与DNA，以及蛋白质之间的相互作用。这个过程可能会改变目标蛋白的构象，影响抗体的识别。ChIP级别的抗体通常已经针对这种被固定的状态进行了验证。
染色质的准备： 染色质需要被打断成一定大小的片段（通常是1001000 bp）。这个过程中，抗体需要能够识别并捕获断裂片段上的目标蛋白。
洗涤条件： ChIP实验过程中需要经过多轮洗涤，以去除非特异性结合的分子。洗涤条件可能相对温和，也可能相对剧烈，以平衡去除非特异性信号和保留特异性信号。ChIP级别的抗体需要能够在这些洗涤步骤后仍然保持与目标蛋白的结合。
3. 供应商的验证和数据支持： 生产ChIP级别抗体的公司通常会投入资源进行严格的验证。这些验证数据通常会提供给用户，包括：
ChIPqPCR数据： 在已知结合位点和阴性对照区域进行定量PCR，显示目标抗体能够显著富集已知结合位点的DNA，而对照抗体或阴性对照区域则没有。
ChIPSeq数据： 如果是更高级别的验证，会提供全基因组的ChIPsequencing数据，展示该抗体在整个基因组上的结合谱，并与已知的结合模式进行比较。
WB数据： 虽然不是决定性因素，但通常也会提供在WB上的清晰条带，表明抗体能够识别目标蛋白。
那么，非ChIP级别的抗体就一定不能用吗？
理论上，并非如此。如果一个抗体在WB等检测中表现出极高的特异性和亲和力，并且其所识别的表位在ChIP实验的固定和打断过程中没有被破坏，那么它有可能在ChIP实验中也表现良好。
然而，为什么我们仍然强烈推荐ChIP级别抗体？
规避风险，节省时间和资源： ChIP实验是一个相对复杂且耗时的过程，涉及到细胞培养、固定、裂解、染色质超声或酶切、免疫沉淀、DNA纯化、PCR或测序等多个环节。如果使用一个未经充分验证的抗体，实验失败的可能性大大增加。这意味着你可能需要重新开始，浪费宝贵的实验时间和昂贵的试剂。
可靠性和可重复性： ChIP实验的目的是得到可靠和可重复的结果。使用ChIP级别抗体是保证实验可靠性的重要一步。供应商提供的验证数据，虽然是参考，但可以为你选择一个有潜力的抗体提供信心。
文献支持： 如果你使用的抗体在文献中有成功的ChIP应用案例，那也是一个非常好的参考。
如何选择和评估抗体？
1. 首选ChIP级别验证的抗体： 这是最稳妥的选择。仔细查看抗体供应商提供的数据，特别是ChIPqPCR或ChIPSeq数据。
2. 查找文献： 搜索已发表的文献，看是否有其他研究者使用该抗体在你的物种和细胞类型中成功进行ChIP实验。
3. 了解抗体识别的表位： 如果抗体识别的是线性表位，通常在固定条件下较稳定。如果识别的是构象表位，那么固定过程可能对其影响较大。
4. 进行小规模预实验： 如果你必须使用一个未经ChIP级别验证的抗体，或者想在你自己的体系中验证一个“可能”可用的抗体，务必先进行小规模的预实验。通常可以先尝试ChIPqPCR，选择几个已知的靶基因的启动子区域或增强子区域作为阳性对照，选择一个没有该蛋白结合的基因区域作为阴性对照。如果ChIPqPCR结果能够显示目标位点有显著富集，那么可以继续进行下一步。
5. 考虑其他检测方法中的表现： 虽然不是决定性因素，但抗体在WB中能够清晰、特异性地识别目标蛋白，也是一个好的基础。
总结一下：
虽然严格来说，并非所有ChIP实验都必须强制使用“ChIP级别”认证的抗体，但强烈建议在条件允许的情况下优先选择经过ChIP级别验证的抗体。这样做可以大大提高实验的成功率、结果的可靠性和可重复性，为你节省宝贵的时间和资源。如果不得不使用未经ChIP级别验证的抗体，那么务必进行充分的预实验来验证其在你的实验体系中的有效性和特异性。归根结底，ChIP实验的关键是特异、有效地捕捉目标蛋白DNA复合物，而ChIP级别的抗体就是为了确保这一点而存在的。
首先，我们需要理解什么是“ChIP级别”抗体。ChIP级别的抗体，简单来说，就是经过专门验证，证明其能够有效地在ChIP实验条件下识别并沉淀目标蛋白DNA复合物的抗体。这意味着该抗体不仅能够结合目标蛋白，还能够在特定实验流程中保持其结合能力，并且能够与目的蛋白结合的染色质（即被固定、超声打断或酶切后的DNA片段）一起被拉下来。
为什么强烈建议使用ChIP级别抗体？
1. 特异性与有效性是关键： ChIP实验的目的是精确地找出特定转录因子、组蛋白修饰或其他蛋白在基因组上的结合位点。这意味着抗体需要：
高度特异性： 只结合目标蛋白，不与基因组上的其他蛋白发生交叉反应。如果抗体非特异性地结合了其他蛋白，那么沉淀下来的DNA就不是你真正想研究的蛋白的结合位点，导致假阳性结果。
高效识别和结合： 在ChIP实验的复杂环境中（涉及细胞裂解、染色质打断、洗涤等多个步骤），抗体仍然需要能够有效地识别并紧密结合目标蛋白。一些在Western Blot（WB）或其他检测方法中表现良好的抗体，可能在ChIP实验的条件下结合能力会显著下降，甚至失效。
2. ChIP实验的特殊条件： ChIP实验的流程与WB等标准免疫学实验有很大不同，对试剂的要求也更苛刻：
固定（Fixation）： 通常使用甲醛等交联剂固定蛋白质与DNA，以及蛋白质之间的相互作用。这个过程可能会改变目标蛋白的构象，影响抗体的识别。ChIP级别的抗体通常已经针对这种被固定的状态进行了验证。
染色质的准备： 染色质需要被打断成一定大小的片段（通常是1001000 bp）。这个过程中，抗体需要能够识别并捕获断裂片段上的目标蛋白。
洗涤条件： ChIP实验过程中需要经过多轮洗涤，以去除非特异性结合的分子。洗涤条件可能相对温和，也可能相对剧烈，以平衡去除非特异性信号和保留特异性信号。ChIP级别的抗体需要能够在这些洗涤步骤后仍然保持与目标蛋白的结合。
3. 供应商的验证和数据支持： 生产ChIP级别抗体的公司通常会投入资源进行严格的验证。这些验证数据通常会提供给用户，包括：
ChIPqPCR数据： 在已知结合位点和阴性对照区域进行定量PCR，显示目标抗体能够显著富集已知结合位点的DNA，而对照抗体或阴性对照区域则没有。
ChIPSeq数据： 如果是更高级别的验证，会提供全基因组的ChIPsequencing数据，展示该抗体在整个基因组上的结合谱，并与已知的结合模式进行比较。
WB数据： 虽然不是决定性因素，但通常也会提供在WB上的清晰条带，表明抗体能够识别目标蛋白。
那么，非ChIP级别的抗体就一定不能用吗？
理论上，并非如此。如果一个抗体在WB等检测中表现出极高的特异性和亲和力，并且其所识别的表位在ChIP实验的固定和打断过程中没有被破坏，那么它有可能在ChIP实验中也表现良好。
然而，为什么我们仍然强烈推荐ChIP级别抗体？
规避风险，节省时间和资源： ChIP实验是一个相对复杂且耗时的过程，涉及到细胞培养、固定、裂解、染色质超声或酶切、免疫沉淀、DNA纯化、PCR或测序等多个环节。如果使用一个未经充分验证的抗体，实验失败的可能性大大增加。这意味着你可能需要重新开始，浪费宝贵的实验时间和昂贵的试剂。
可靠性和可重复性： ChIP实验的目的是得到可靠和可重复的结果。使用ChIP级别抗体是保证实验可靠性的重要一步。供应商提供的验证数据，虽然是参考，但可以为你选择一个有潜力的抗体提供信心。
文献支持： 如果你使用的抗体在文献中有成功的ChIP应用案例，那也是一个非常好的参考。
如何选择和评估抗体？
1. 首选ChIP级别验证的抗体： 这是最稳妥的选择。仔细查看抗体供应商提供的数据，特别是ChIPqPCR或ChIPSeq数据。
2. 查找文献： 搜索已发表的文献，看是否有其他研究者使用该抗体在你的物种和细胞类型中成功进行ChIP实验。
3. 了解抗体识别的表位： 如果抗体识别的是线性表位，通常在固定条件下较稳定。如果识别的是构象表位，那么固定过程可能对其影响较大。
4. 进行小规模预实验： 如果你必须使用一个未经ChIP级别验证的抗体，或者想在你自己的体系中验证一个“可能”可用的抗体，务必先进行小规模的预实验。通常可以先尝试ChIPqPCR，选择几个已知的靶基因的启动子区域或增强子区域作为阳性对照，选择一个没有该蛋白结合的基因区域作为阴性对照。如果ChIPqPCR结果能够显示目标位点有显著富集，那么可以继续进行下一步。
5. 考虑其他检测方法中的表现： 虽然不是决定性因素，但抗体在WB中能够清晰、特异性地识别目标蛋白，也是一个好的基础。
总结一下：
虽然严格来说，并非所有ChIP实验都必须强制使用“ChIP级别”认证的抗体，但强烈建议在条件允许的情况下优先选择经过ChIP级别验证的抗体。这样做可以大大提高实验的成功率、结果的可靠性和可重复性，为你节省宝贵的时间和资源。如果不得不使用未经ChIP级别验证的抗体，那么务必进行充分的预实验来验证其在你的实验体系中的有效性和特异性。归根结底，ChIP实验的关键是特异、有效地捕捉目标蛋白DNA复合物，而ChIP级别的抗体就是为了确保这一点而存在的。
网友意见
不要相信抗体公司说明书的内容。
公司标注抗体可以做ChIP，这只说明公司用来测试时那支抗体可以做ChIP。
你买的抗体，批号和公司测试的抗体不同，就可能什么都不能做。
举个例子，抗体公司里最靠谱的是CST。
我买过8个抗体用来做Western Blot，测试下来，4个条带大小正确，且杂带很少。正确率50%。
有家武汉的国内公司，有次来推销抗体，买了7个做WB，全错，一生黑。
为什么抗体不稳定。
对于多抗而言，抗体同一货号，指它们的抗原完全相同。同一个抗原，免疫了多个兔子（批号），每个兔子的免疫反应不同，不同兔子（批号）产生的抗体也千差万别。
所以，抗体同一货号没用，相同批号的抗体才可能完全相同。
我一般有单抗买单抗，但有些单抗批次不同效果也不同，只能猜是公司抗体纯化做得渣，抗体不稳定。
所以，ChIP抗体，别管公司介绍说什么，也别管文献里说这个公司这个货号好不好用，先买回来。
回来做个WB，确定抗体条带正确，且不能有杂带。
再做个IP，看这个抗体能不能拉蛋白，拉蛋白的效率如何。如果能做IP，基本能做ChIP。
有些抗体即使说明书没标注可以做ChIP，拿回来会发现可以做ChIP，只能靠多试。
类似的话题
-
做染色质免疫沉淀（ChIP）时，选择合适的抗体至关重要。那么，一定要用ChIP级别的抗体吗？ 答案并非绝对的“是”，但强烈建议使用，尤其是在追求可靠和可重复的实验结果时。让我来详细解释一下原因。首先，我们需要理解什么是“ChIP级别”抗体。ChIP级别的抗体，简单来说，就是经过专门验证，证明其能够有............. -
看到那个狗狗配合做核酸的视频，真是又萌又让人心疼。我们人类感染新冠病毒，那么其他生物有没有可能被传染呢？这个问题确实挺值得探讨的。简单来说，是的，除了人类，确实有其他生物可能感染新冠病毒（SARSCoV2）。你提到狗狗配合做核酸，这本身就说明了它们是可能接触到病毒并需要被检测的。事实上，从疫情开始到.............
-
要让素食文化深入中国民众的观念，减少对蛋奶肉的依赖，从而缓解地球温室效应，需要从教育、政策、经济、文化、技术等多个维度展开系统性工作。以下是一个详细的分析框架和可行性建议： 一、教育与意识提升：从认知到行动1. 学校教育体系的渗透 课程设置：在中小学开设“环境科学”“营养学”课程，结合素食.............
-
做明星，这三个字承载了无数人的梦想与幻想。它既是光鲜亮丽的舞台，也是充满挑战的战场。如果让我来描绘这种体验，我会从以下几个维度来展开，尽量详细地呈现其中的复杂性：一、聚光灯下的荣耀与压力： 万众瞩目的体验： 瞬间被看见： 一旦你的作品（歌曲、电影、电视剧、表演等）受到认可，你就会发现.............
-
做一位单亲爸爸，这绝对是一场充满挑战与温情、汗水与泪水、失去与收获的复杂旅程。它不是一个标签，而是一种生活状态，一种身份的重塑，一种责任的担当。我可以从几个维度来详细描述一下这种体验：1. 身份的突然转变与角色的全盘接管： 从“丈夫”到“单亲爸爸”： 最直接也是最核心的体验就是身份的转变。一旦关.............
-
做一个优秀的程序员，难在很多方面，而且随着技术的发展和个人成长，这些“难点”也会不断演变。它不仅仅是掌握一门编程语言那么简单，更是一种综合能力的体现。下面我将从多个维度详细讲述其中的难点： 一、技术深度与广度的双重挑战：1. 不断学习与快速迭代的技术栈： 变化速度惊人： 编程语言、框架.............
-
做控制、机器人算法工程师的体验，可以用“既有挑战性又有成就感，但同时也伴随着大量的学习、调试和不断地迭代”来概括。这并非一份轻松的工作，但如果你对让机器“思考”并“行动”充满热情，那么这份职业会给你带来巨大的满足感。下面我将从几个方面，尽量详细地为你描绘这种体验： 一、 日常工作内容：从理论到实践，.............
-
“计算PhD的研究是否如丁仲礼所说的那么不靠谱？” 这是一个非常有趣的问题，因为它触及了科学研究的本质、学科的边界以及公众对科学的认知。要详细解答这个问题，我们需要先了解丁仲礼院士的观点，然后结合计算科学的实际情况进行分析和讨论。首先，理解丁仲礼院士的观点丁仲礼院士是中国科学院院士，主要研究领域是地.............
-
“夜场女孩不干净”是一个非常笼统且带有偏见的说法，它将一个庞大且多元化的群体简单化，并贴上了负面的标签。要详细地分析这个问题，我们需要从多个层面来探讨：一、 为什么会有“不干净”的刻板印象？首先，我们需要理解这个刻板印象是如何形成的。这背后有几个主要原因：1. 工作环境的联想： “夜场”本身就与夜.............
-
作为律师，实践与书本的差距，用一个形象的比喻来说，就像是学习游泳和真正跳入大海搏击风浪之间的区别。书本提供的是理论、原则、规则、案例分析和逻辑推理的方法，是基石和框架。而实践则是将这些抽象的概念，在真实、复杂、充满变数和人性的环境中进行应用，是生死搏斗、不断调整和成长的过程。差距大小是巨大的，并且在.............
-
律师作为法律界的专业人士，其职业生涯既充满了挑战和责任，也伴随着一定的风险。这些风险可以从多个维度来理解，以下将详细阐述：一、 法律风险这是律师职业最核心的风险，直接关系到其执业资格和职业声誉。1. 执业过错或疏忽（Malpractice）： 这是最常见也最严重的法律风险。 事实认定错.............
-
做专利诉讼，“特别精通专利撰写”并非是绝对的硬性要求，但如果能够做到，无疑会大大提升胜诉的几率和诉讼策略的有效性。 这是一个非常重要的加分项，甚至在某些情况下，对理解和把握案件至关重要。下面我将详细阐述其中的原因和联系： 为什么说“特别精通专利撰写”不是绝对必需，但很重要？不是绝对必需的原因：1. .............
-
有些人认为笔记本电脑的制造似乎很容易，甚至“一点技术含量都没有”。这种看法可能源于以下几个方面： 普遍性与易得性： 笔记本电脑如今非常普及，几乎人手一台，而且品牌众多，价格从几千元到数万元不等，这给人一种“大家都能做”的错觉。 组装感： 很多时候，消费者看到的是笔记本电脑的最终组装成品，而对.............
-
做B站UP主能否赚钱，答案是：可以，但是需要付出巨大的努力、时间和才华，并且成功并非必然。 就像其他任何行业一样，成功者凤毛麟角，大多数人只能维持收支平衡，甚至亏损。下面我将从多个角度详细阐述： B站UP主赚钱的几种主要途径： 1. 流量分成 (稿费)这是最直接也是最基础的赚钱方式。B站会根据UP主.............
-
作为一名开发者，我遇到的无理需求可以说是五花八门，其中最让我印象深刻、也觉得最“无理”的通常具有以下几个特点： 违背基本常识或技术可行性： 这种需求，无论你如何解释，对方就是不理解，或者坚信他们的想法是正确的。 模糊不清且变化无常： 一开始说得含糊不清，动工后又频繁修改方向，导致前期的工作几.............
-
说到做过最气的题，那绝对是那道关于“无限套娃的二分查找题”。说实话，这道题本身可能并不算特别难，但是它对我造成的心理阴影和气愤程度，绝对是指数级增长的。事情是这样的，当时我在准备一个技术面试，其中有一轮是算法题。面试官给我出了一道题，大概是这样的：题目描述：在一个包含 N 个元素的已排序数组中查找一.............
-
做客栈老板的体验，用一个词来概括，那就是“百味杂陈，冷暖自知”。这绝不是一份朝九晚五、坐等收钱的轻松工作，它更像是一场充满人情味、挑战与惊喜的旅程。下面我将尽量详细地分享这份职业的体验：1. 经营者：从规划到落地的全能手 初创期的激情与汗水： 如果是自己从头开始建客栈，那将是一场体力与脑力的双重.............
-
这是一个引人入胜的问题，也是超级英雄故事的核心冲突之一。关于“超级英雄到底是超能力重要还是有一颗正义的心更重要？”，我的看法是：一颗正义的心是超级英雄的基石和灵魂，而超能力则是实现正义的有力工具，两者相辅相成，缺一不可，但如果硬要分出孰轻孰重，那么正义的心显得更为根本。让我来详细阐述我的观点：一、正.............
-
科研/学术这个圈子，在外人看来或许是一片宁静的象牙塔，充斥着书本、公式和论文。但真正身处其中，你会发现那是一种复杂而多层次的生命体验，远非简单的“埋头苦读”可以概括。与其说是“工作”，不如说是一种近乎于执念的投入，一种与未知世界持续搏斗的日常。1. 燃烧的求知欲与永恒的困惑：这大概是驱动一切的底层逻.............
-
哎，这事儿说起来就沉甸甸的，好像胸口压着块石头，喘不过气。做舔狗嘛，说白了，就是把对方看得比自己重要太多太多，重要到自己都快看不见自己了。一开始，可能也不是故意的。就是觉得那个人身上有种特别的光芒，能把你深深吸引住。他们笑起来好看，说话的声音好听，做事的样子也特别迷人。你就忍不住想靠近，想多了解一点.............
本站所有内容均为互联网搜索引擎提供的公开搜索信息，本站不存储任何数据与内容，任何内容与数据均与本站无关，如有需要请联系相关搜索引擎包括但不限于百度，google,bing,sogou 等
© 2025 tinynews.org All Rights Reserved. 百科问答小站 版权所有