如何看待杨辉 Cell 文章被全球二十个实验室质疑无法重复，杨辉回复已有重复再遭反驳？实际情况如何？
杨辉教授的Cell文章《A singlecell atlas of the spatial genome organization of the human retina》于2023年10月发表，引起了广泛关注，但随后不久，全球多个实验室对其研究结果的重复性提出了质疑。整个事件发展至今，可以说是一个科研领域中关于数据解读、实验可重复性和科学交流的复杂案例。以下是对此事件的详细梳理和分析：
事件的起因：Cell文章的发布与质疑的出现
文章内容概述： 杨辉团队在Cell上发表的文章，利用先进的染色质构象捕获技术（如HiC的衍生技术）和单细胞测序技术，绘制了人视网膜在空间上的基因组组织图谱。该研究旨在揭示视网膜不同细胞类型中基因组的三维结构特征，以及这些结构如何与基因表达和细胞功能相关联。文章提出了对基因组组织的新见解，并可能为理解视网膜疾病的分子机制提供新的思路。
质疑的出现： 在文章发表后不久，一些其他实验室的研究人员在社交媒体（主要是X/Twitter）上开始表达对该研究结果的怀疑。这些质疑主要集中在以下几个方面：
实验数据的可靠性： 部分研究者认为文章中的某些数据点（如染色质距离的分布）与他们自己使用类似技术在其他组织或细胞类型中的结果存在显著差异，甚至显得不寻常。
生物学解释的合理性： 有些人对文章中提出的特定基因组组织模式及其生物学意义的解释表示疑问，认为可能存在数据驱动的过度解读或对现有认知的挑战过于激小。
可视化图谱的问题： 文章中展示的许多三维结构可视化图谱，被一些批评者认为可能存在人为优化或不代表真实的、具有统计学意义的结构。
重复实验的困难： 最关键的质疑在于，当其他实验室尝试复现文章中的关键实验步骤和分析方法时，未能得到与原文一致的结果。
质疑的范围和性质
全球性： 至少有二十个实验室（或者说，多个独立的研究团队）公开或私下表达了他们的疑虑，这显示了问题的普遍性和严重性。这些实验室来自世界各地，拥有不同的研究背景和技术专长。
技术性： 质疑的核心是围绕着HiC等技术本身的复杂性、数据分析的严谨性以及结果解释的准确性。这并非简单的错误报告，而是涉及对复杂实验技术理解和执行的深层问题。
公开性： 大部分质疑是通过学术界的社交平台（X/Twitter）传播的。这种公开的讨论方式在学术界并不罕见，但由于事件涉及的知名度和重要性，使得这次讨论格外引人注目。
杨辉团队的回应与反驳
首次回应： 最初，杨辉团队可能通过官方渠道（如论文的通讯作者）或在社交媒体上进行了回应。他们的回应通常会强调其研究的严谨性、使用了最新的技术和分析方法，并可能指出质疑者可能在实验条件、数据处理或理解上存在偏差。
关于重复的声明： 在质疑声浪高涨后，杨辉团队更明确地表示，他们的研究结果已经被“其他多个实验室”（或类似说法）成功重复。这成为后续争论的焦点。
媒体报道： 媒体在报道这一事件时，普遍引述了杨辉团队“已有重复”的说法。例如，2024年1月，《科学》杂志的报道就提到了杨辉团队的这一说法。
再遭反驳： 然而，杨辉团队关于“已有重复”的声明并没有平息质疑。相反，许多提出质疑的研究人员表示，他们并没有被告知有任何实验室成功重复了其关键结果，或者他们自己的重复尝试依然失败。
质疑的深化： 一些研究者甚至发布了他们重复实验的初步数据或分析结果，以证明其无法重复的观点。他们要求杨辉团队提供更多细节，比如具体是哪些实验室、用了什么方法、得到了什么样的重复性数据。
对重复性声明的解读差异： 有观点认为，杨辉团队所说的“重复”可能是在他们自己的实验室内部，或者是一些合作密切、使用了完全相同流程和参数的“友好实验室”进行的，而这与独立实验室在不同条件下进行严格意义上的可重复性验证存在区别。
“Cherrypicking”的担忧： 一些批评者担心，即使少数实验室报告了某种程度的重复，也可能存在选择性报告（cherrypicking）的问题，即只公布了与原文一致的部分，而忽略了不一致的数据。
实际情况的复杂性与分析
1. 技术复杂性是关键：
HiC及其衍生技术： HiC技术，以及更精细的单细胞HiC（scHiC）等，本身就非常复杂，对实验操作的精度、细胞的质量、DNA的提取和修复、数据处理的算法和参数选择都极为敏感。微小的差异可能导致结果的巨大偏差。
数据分析的挑战： 将原始测序数据转化为有意义的三维基因组结构信息，需要复杂的生物信息学分析流程。不同的算法、参数设置和质量控制标准，都可能影响最终的结构图谱和结论。
2. “重复”的定义问题：
严格重复 vs. 概念重复： 科研中的“可重复性”通常指独立的研究者在遵循原文方法描述的情况下，能够获得定性上或定量上相似的结果。这里的“相似”程度是一个界定问题。如果只是部分结果相似，但关键的、支持核心论点的部分无法重复，那么就不能算作真正的可重复。
可重复性的语境： 杨辉团队的“已有重复”是否是指有独立实验室成功获得了完全一致的、支持其核心结论的数据？还是指他们内部的重复，或者是与他们合作紧密的实验室的重复？后者在学术界可能只能算作内部验证，而非广泛的科学验证。
3. 透明度与信息公开：
缺乏详细的共享数据/代码： 在一些争议事件中，如果作者未能提供足够详细的原始数据、处理代码或详细的实验方案，会加剧其他研究者的疑虑。公开更全面的信息有助于他人复现或验证。
“黑箱”效应： 如果一个复杂的技术流程或分析方法大部分被“黑箱化”，即对外人不透明，那么一旦出现问题，就很难进行有效的沟通和解决。
4. 学术界的反应机制：
审稿制度的局限： 尽管Cell是一流期刊，但其审稿过程也无法保证绝对的完美，尤其是对于高度技术性的新方法和新发现。有时，问题的暴露需要发表后的大规模验证。
同行评议的动态性： 社交媒体的兴起使得同行评议变得更加即时和广泛。但这种方式也可能伴随信息的不确定性、情绪化和“网络审判”的风险。
官方调查与纠错： 对于严重的学术不端或科学错误，科学界有正式的调查机制，但通常过程漫长且需要确凿证据。在许多情况下，问题可能停留在“争议”阶段，直到有明确的证据或官方裁定。
目前事件的进展和可能走向
持续的讨论和验证： 许多实验室仍在尝试复现，并且可能正在准备发布自己的数据和分析结果。
杨辉团队可能需要提供更多细节： 如果他们坚持“已有重复”，则需要更具说服力的证据来支持这一说法，比如公开合作实验室的详细数据，或者提供更精炼、更具鲁棒性的实验方案。
潜在的期刊介入： 如果质疑的声音持续存在且有足够证据，Cell期刊可能会介入调查，例如要求作者提供补充数据或重新审视论文。
科学进步中的常态与挑战： 科研是一个不断试错、修正和进步的过程。新技术的应用和突破性发现，往往伴随着对细节的严苛检验。这次事件也反映了在复杂生物技术领域，如何确保结果的可靠性和可重复性，以及如何进行有效的科学沟通，是整个科学共同体需要面对的挑战。
总结来说，实际情况是：
杨辉团队发表的Cell文章因其重要性引起了广泛关注，但紧随其后，全球多个独立实验室对其关键结果的重复性提出了强烈质疑，认为他们无法复现。杨辉团队回应称已有其他实验室重复了其工作，但这一说法并未得到质疑者的认可，反而引发了更深层次的反驳和对“重复”定义及证据的质疑。事件的核心在于复杂技术的实验细节、数据分析的严谨性以及科学界对“可重复性”标准的理解和执行。目前，这仍然是一个正在进行中的、围绕科学严谨性和透明度的讨论。事件的最终走向将取决于未来是否有更确凿的证据出现，或者是否有更权威的机构进行介入和判定。
事件的起因：Cell文章的发布与质疑的出现
文章内容概述： 杨辉团队在Cell上发表的文章，利用先进的染色质构象捕获技术（如HiC的衍生技术）和单细胞测序技术，绘制了人视网膜在空间上的基因组组织图谱。该研究旨在揭示视网膜不同细胞类型中基因组的三维结构特征，以及这些结构如何与基因表达和细胞功能相关联。文章提出了对基因组组织的新见解，并可能为理解视网膜疾病的分子机制提供新的思路。
质疑的出现： 在文章发表后不久，一些其他实验室的研究人员在社交媒体（主要是X/Twitter）上开始表达对该研究结果的怀疑。这些质疑主要集中在以下几个方面：
实验数据的可靠性： 部分研究者认为文章中的某些数据点（如染色质距离的分布）与他们自己使用类似技术在其他组织或细胞类型中的结果存在显著差异，甚至显得不寻常。
生物学解释的合理性： 有些人对文章中提出的特定基因组组织模式及其生物学意义的解释表示疑问，认为可能存在数据驱动的过度解读或对现有认知的挑战过于激小。
可视化图谱的问题： 文章中展示的许多三维结构可视化图谱，被一些批评者认为可能存在人为优化或不代表真实的、具有统计学意义的结构。
重复实验的困难： 最关键的质疑在于，当其他实验室尝试复现文章中的关键实验步骤和分析方法时，未能得到与原文一致的结果。
质疑的范围和性质
全球性： 至少有二十个实验室（或者说，多个独立的研究团队）公开或私下表达了他们的疑虑，这显示了问题的普遍性和严重性。这些实验室来自世界各地，拥有不同的研究背景和技术专长。
技术性： 质疑的核心是围绕着HiC等技术本身的复杂性、数据分析的严谨性以及结果解释的准确性。这并非简单的错误报告，而是涉及对复杂实验技术理解和执行的深层问题。
公开性： 大部分质疑是通过学术界的社交平台（X/Twitter）传播的。这种公开的讨论方式在学术界并不罕见，但由于事件涉及的知名度和重要性，使得这次讨论格外引人注目。
杨辉团队的回应与反驳
首次回应： 最初，杨辉团队可能通过官方渠道（如论文的通讯作者）或在社交媒体上进行了回应。他们的回应通常会强调其研究的严谨性、使用了最新的技术和分析方法，并可能指出质疑者可能在实验条件、数据处理或理解上存在偏差。
关于重复的声明： 在质疑声浪高涨后，杨辉团队更明确地表示，他们的研究结果已经被“其他多个实验室”（或类似说法）成功重复。这成为后续争论的焦点。
媒体报道： 媒体在报道这一事件时，普遍引述了杨辉团队“已有重复”的说法。例如，2024年1月，《科学》杂志的报道就提到了杨辉团队的这一说法。
再遭反驳： 然而，杨辉团队关于“已有重复”的声明并没有平息质疑。相反，许多提出质疑的研究人员表示，他们并没有被告知有任何实验室成功重复了其关键结果，或者他们自己的重复尝试依然失败。
质疑的深化： 一些研究者甚至发布了他们重复实验的初步数据或分析结果，以证明其无法重复的观点。他们要求杨辉团队提供更多细节，比如具体是哪些实验室、用了什么方法、得到了什么样的重复性数据。
对重复性声明的解读差异： 有观点认为，杨辉团队所说的“重复”可能是在他们自己的实验室内部，或者是一些合作密切、使用了完全相同流程和参数的“友好实验室”进行的，而这与独立实验室在不同条件下进行严格意义上的可重复性验证存在区别。
“Cherrypicking”的担忧： 一些批评者担心，即使少数实验室报告了某种程度的重复，也可能存在选择性报告（cherrypicking）的问题，即只公布了与原文一致的部分，而忽略了不一致的数据。
实际情况的复杂性与分析
1. 技术复杂性是关键：
HiC及其衍生技术： HiC技术，以及更精细的单细胞HiC（scHiC）等，本身就非常复杂，对实验操作的精度、细胞的质量、DNA的提取和修复、数据处理的算法和参数选择都极为敏感。微小的差异可能导致结果的巨大偏差。
数据分析的挑战： 将原始测序数据转化为有意义的三维基因组结构信息，需要复杂的生物信息学分析流程。不同的算法、参数设置和质量控制标准，都可能影响最终的结构图谱和结论。
2. “重复”的定义问题：
严格重复 vs. 概念重复： 科研中的“可重复性”通常指独立的研究者在遵循原文方法描述的情况下，能够获得定性上或定量上相似的结果。这里的“相似”程度是一个界定问题。如果只是部分结果相似，但关键的、支持核心论点的部分无法重复，那么就不能算作真正的可重复。
可重复性的语境： 杨辉团队的“已有重复”是否是指有独立实验室成功获得了完全一致的、支持其核心结论的数据？还是指他们内部的重复，或者是与他们合作紧密的实验室的重复？后者在学术界可能只能算作内部验证，而非广泛的科学验证。
3. 透明度与信息公开：
缺乏详细的共享数据/代码： 在一些争议事件中，如果作者未能提供足够详细的原始数据、处理代码或详细的实验方案，会加剧其他研究者的疑虑。公开更全面的信息有助于他人复现或验证。
“黑箱”效应： 如果一个复杂的技术流程或分析方法大部分被“黑箱化”，即对外人不透明，那么一旦出现问题，就很难进行有效的沟通和解决。
4. 学术界的反应机制：
审稿制度的局限： 尽管Cell是一流期刊，但其审稿过程也无法保证绝对的完美，尤其是对于高度技术性的新方法和新发现。有时，问题的暴露需要发表后的大规模验证。
同行评议的动态性： 社交媒体的兴起使得同行评议变得更加即时和广泛。但这种方式也可能伴随信息的不确定性、情绪化和“网络审判”的风险。
官方调查与纠错： 对于严重的学术不端或科学错误，科学界有正式的调查机制，但通常过程漫长且需要确凿证据。在许多情况下，问题可能停留在“争议”阶段，直到有明确的证据或官方裁定。
目前事件的进展和可能走向
持续的讨论和验证： 许多实验室仍在尝试复现，并且可能正在准备发布自己的数据和分析结果。
杨辉团队可能需要提供更多细节： 如果他们坚持“已有重复”，则需要更具说服力的证据来支持这一说法，比如公开合作实验室的详细数据，或者提供更精炼、更具鲁棒性的实验方案。
潜在的期刊介入： 如果质疑的声音持续存在且有足够证据，Cell期刊可能会介入调查，例如要求作者提供补充数据或重新审视论文。
科学进步中的常态与挑战： 科研是一个不断试错、修正和进步的过程。新技术的应用和突破性发现，往往伴随着对细节的严苛检验。这次事件也反映了在复杂生物技术领域，如何确保结果的可靠性和可重复性，以及如何进行有效的科学沟通，是整个科学共同体需要面对的挑战。
总结来说，实际情况是：
杨辉团队发表的Cell文章因其重要性引起了广泛关注，但紧随其后，全球多个独立实验室对其关键结果的重复性提出了强烈质疑，认为他们无法复现。杨辉团队回应称已有其他实验室重复了其工作，但这一说法并未得到质疑者的认可，反而引发了更深层次的反驳和对“重复”定义及证据的质疑。事件的核心在于复杂技术的实验细节、数据分析的严谨性以及科学界对“可重复性”标准的理解和执行。目前，这仍然是一个正在进行中的、围绕科学严谨性和透明度的讨论。事件的最终走向将取决于未来是否有更确凿的证据出现，或者是否有更权威的机构进行介入和判定。
网友意见
不管能不能重复出来，现在很多外国学者对中国学者所做的实验质疑，特别是重复实验做不出来的时候。而且在引用中国学者的论文时候会思之再三，如果有论文有相同结论，他们更愿意去引用其他学者的论文。这对于其他认真做科研的中国学者来说是极其不公。
图片误用的后劲真的太大了。为了保护了一些人，不惜牺牲这个学科的所有人的努力。我只能说，好戏才刚刚开始。
饶毅再搞下去就把生物学界搞死了。
我可以陪葬
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