如何看待杨辉 Cell 文章被全球二十个实验室质疑无法重复，杨辉回复已有重复再遭反驳？实际情况如何？
杨辉教授的Cell文章《A singlecell atlas of the spatial genome organization of the human retina》于2023年10月发表，引起了广泛关注，但随后不久，全球多个实验室对其研究结果的重复性提出了质疑。整个事件发展至今，可以说是一个科研领域中关于数据解读、实验可重复性和科学交流的复杂案例。以下是对此事件的详细梳理和分析：
事件的起因：Cell文章的发布与质疑的出现
文章内容概述： 杨辉团队在Cell上发表的文章，利用先进的染色质构象捕获技术（如HiC的衍生技术）和单细胞测序技术，绘制了人视网膜在空间上的基因组组织图谱。该研究旨在揭示视网膜不同细胞类型中基因组的三维结构特征，以及这些结构如何与基因表达和细胞功能相关联。文章提出了对基因组组织的新见解，并可能为理解视网膜疾病的分子机制提供新的思路。
质疑的出现： 在文章发表后不久，一些其他实验室的研究人员在社交媒体（主要是X/Twitter）上开始表达对该研究结果的怀疑。这些质疑主要集中在以下几个方面：
实验数据的可靠性： 部分研究者认为文章中的某些数据点（如染色质距离的分布）与他们自己使用类似技术在其他组织或细胞类型中的结果存在显著差异，甚至显得不寻常。
生物学解释的合理性： 有些人对文章中提出的特定基因组组织模式及其生物学意义的解释表示疑问，认为可能存在数据驱动的过度解读或对现有认知的挑战过于激小。
可视化图谱的问题： 文章中展示的许多三维结构可视化图谱，被一些批评者认为可能存在人为优化或不代表真实的、具有统计学意义的结构。
重复实验的困难： 最关键的质疑在于，当其他实验室尝试复现文章中的关键实验步骤和分析方法时，未能得到与原文一致的结果。
质疑的范围和性质
全球性： 至少有二十个实验室（或者说，多个独立的研究团队）公开或私下表达了他们的疑虑，这显示了问题的普遍性和严重性。这些实验室来自世界各地，拥有不同的研究背景和技术专长。
技术性： 质疑的核心是围绕着HiC等技术本身的复杂性、数据分析的严谨性以及结果解释的准确性。这并非简单的错误报告，而是涉及对复杂实验技术理解和执行的深层问题。
公开性： 大部分质疑是通过学术界的社交平台（X/Twitter）传播的。这种公开的讨论方式在学术界并不罕见，但由于事件涉及的知名度和重要性，使得这次讨论格外引人注目。
杨辉团队的回应与反驳
首次回应： 最初，杨辉团队可能通过官方渠道（如论文的通讯作者）或在社交媒体上进行了回应。他们的回应通常会强调其研究的严谨性、使用了最新的技术和分析方法，并可能指出质疑者可能在实验条件、数据处理或理解上存在偏差。
关于重复的声明： 在质疑声浪高涨后，杨辉团队更明确地表示，他们的研究结果已经被“其他多个实验室”（或类似说法）成功重复。这成为后续争论的焦点。
媒体报道： 媒体在报道这一事件时，普遍引述了杨辉团队“已有重复”的说法。例如，2024年1月，《科学》杂志的报道就提到了杨辉团队的这一说法。
再遭反驳： 然而，杨辉团队关于“已有重复”的声明并没有平息质疑。相反，许多提出质疑的研究人员表示，他们并没有被告知有任何实验室成功重复了其关键结果，或者他们自己的重复尝试依然失败。
质疑的深化： 一些研究者甚至发布了他们重复实验的初步数据或分析结果，以证明其无法重复的观点。他们要求杨辉团队提供更多细节，比如具体是哪些实验室、用了什么方法、得到了什么样的重复性数据。
对重复性声明的解读差异： 有观点认为，杨辉团队所说的“重复”可能是在他们自己的实验室内部，或者是一些合作密切、使用了完全相同流程和参数的“友好实验室”进行的，而这与独立实验室在不同条件下进行严格意义上的可重复性验证存在区别。
“Cherrypicking”的担忧： 一些批评者担心，即使少数实验室报告了某种程度的重复，也可能存在选择性报告（cherrypicking）的问题，即只公布了与原文一致的部分，而忽略了不一致的数据。
实际情况的复杂性与分析
1. 技术复杂性是关键：
HiC及其衍生技术： HiC技术，以及更精细的单细胞HiC（scHiC）等，本身就非常复杂，对实验操作的精度、细胞的质量、DNA的提取和修复、数据处理的算法和参数选择都极为敏感。微小的差异可能导致结果的巨大偏差。
数据分析的挑战： 将原始测序数据转化为有意义的三维基因组结构信息，需要复杂的生物信息学分析流程。不同的算法、参数设置和质量控制标准，都可能影响最终的结构图谱和结论。
2. “重复”的定义问题：
严格重复 vs. 概念重复： 科研中的“可重复性”通常指独立的研究者在遵循原文方法描述的情况下，能够获得定性上或定量上相似的结果。这里的“相似”程度是一个界定问题。如果只是部分结果相似，但关键的、支持核心论点的部分无法重复，那么就不能算作真正的可重复。
可重复性的语境： 杨辉团队的“已有重复”是否是指有独立实验室成功获得了完全一致的、支持其核心结论的数据？还是指他们内部的重复，或者是与他们合作紧密的实验室的重复？后者在学术界可能只能算作内部验证，而非广泛的科学验证。
3. 透明度与信息公开：
缺乏详细的共享数据/代码： 在一些争议事件中，如果作者未能提供足够详细的原始数据、处理代码或详细的实验方案，会加剧其他研究者的疑虑。公开更全面的信息有助于他人复现或验证。
“黑箱”效应： 如果一个复杂的技术流程或分析方法大部分被“黑箱化”，即对外人不透明，那么一旦出现问题，就很难进行有效的沟通和解决。
4. 学术界的反应机制：
审稿制度的局限： 尽管Cell是一流期刊，但其审稿过程也无法保证绝对的完美，尤其是对于高度技术性的新方法和新发现。有时，问题的暴露需要发表后的大规模验证。
同行评议的动态性： 社交媒体的兴起使得同行评议变得更加即时和广泛。但这种方式也可能伴随信息的不确定性、情绪化和“网络审判”的风险。
官方调查与纠错： 对于严重的学术不端或科学错误，科学界有正式的调查机制，但通常过程漫长且需要确凿证据。在许多情况下，问题可能停留在“争议”阶段，直到有明确的证据或官方裁定。
目前事件的进展和可能走向
持续的讨论和验证： 许多实验室仍在尝试复现，并且可能正在准备发布自己的数据和分析结果。
杨辉团队可能需要提供更多细节： 如果他们坚持“已有重复”，则需要更具说服力的证据来支持这一说法，比如公开合作实验室的详细数据，或者提供更精炼、更具鲁棒性的实验方案。
潜在的期刊介入： 如果质疑的声音持续存在且有足够证据，Cell期刊可能会介入调查，例如要求作者提供补充数据或重新审视论文。
科学进步中的常态与挑战： 科研是一个不断试错、修正和进步的过程。新技术的应用和突破性发现，往往伴随着对细节的严苛检验。这次事件也反映了在复杂生物技术领域，如何确保结果的可靠性和可重复性，以及如何进行有效的科学沟通，是整个科学共同体需要面对的挑战。
总结来说，实际情况是：
杨辉团队发表的Cell文章因其重要性引起了广泛关注，但紧随其后，全球多个独立实验室对其关键结果的重复性提出了强烈质疑，认为他们无法复现。杨辉团队回应称已有其他实验室重复了其工作，但这一说法并未得到质疑者的认可，反而引发了更深层次的反驳和对“重复”定义及证据的质疑。事件的核心在于复杂技术的实验细节、数据分析的严谨性以及科学界对“可重复性”标准的理解和执行。目前，这仍然是一个正在进行中的、围绕科学严谨性和透明度的讨论。事件的最终走向将取决于未来是否有更确凿的证据出现，或者是否有更权威的机构进行介入和判定。
事件的起因：Cell文章的发布与质疑的出现
文章内容概述： 杨辉团队在Cell上发表的文章，利用先进的染色质构象捕获技术（如HiC的衍生技术）和单细胞测序技术，绘制了人视网膜在空间上的基因组组织图谱。该研究旨在揭示视网膜不同细胞类型中基因组的三维结构特征，以及这些结构如何与基因表达和细胞功能相关联。文章提出了对基因组组织的新见解，并可能为理解视网膜疾病的分子机制提供新的思路。
质疑的出现： 在文章发表后不久，一些其他实验室的研究人员在社交媒体（主要是X/Twitter）上开始表达对该研究结果的怀疑。这些质疑主要集中在以下几个方面：
实验数据的可靠性： 部分研究者认为文章中的某些数据点（如染色质距离的分布）与他们自己使用类似技术在其他组织或细胞类型中的结果存在显著差异，甚至显得不寻常。
生物学解释的合理性： 有些人对文章中提出的特定基因组组织模式及其生物学意义的解释表示疑问，认为可能存在数据驱动的过度解读或对现有认知的挑战过于激小。
可视化图谱的问题： 文章中展示的许多三维结构可视化图谱，被一些批评者认为可能存在人为优化或不代表真实的、具有统计学意义的结构。
重复实验的困难： 最关键的质疑在于，当其他实验室尝试复现文章中的关键实验步骤和分析方法时，未能得到与原文一致的结果。
质疑的范围和性质
全球性： 至少有二十个实验室（或者说，多个独立的研究团队）公开或私下表达了他们的疑虑，这显示了问题的普遍性和严重性。这些实验室来自世界各地，拥有不同的研究背景和技术专长。
技术性： 质疑的核心是围绕着HiC等技术本身的复杂性、数据分析的严谨性以及结果解释的准确性。这并非简单的错误报告，而是涉及对复杂实验技术理解和执行的深层问题。
公开性： 大部分质疑是通过学术界的社交平台（X/Twitter）传播的。这种公开的讨论方式在学术界并不罕见，但由于事件涉及的知名度和重要性，使得这次讨论格外引人注目。
杨辉团队的回应与反驳
首次回应： 最初，杨辉团队可能通过官方渠道（如论文的通讯作者）或在社交媒体上进行了回应。他们的回应通常会强调其研究的严谨性、使用了最新的技术和分析方法，并可能指出质疑者可能在实验条件、数据处理或理解上存在偏差。
关于重复的声明： 在质疑声浪高涨后，杨辉团队更明确地表示，他们的研究结果已经被“其他多个实验室”（或类似说法）成功重复。这成为后续争论的焦点。
媒体报道： 媒体在报道这一事件时，普遍引述了杨辉团队“已有重复”的说法。例如，2024年1月，《科学》杂志的报道就提到了杨辉团队的这一说法。
再遭反驳： 然而，杨辉团队关于“已有重复”的声明并没有平息质疑。相反，许多提出质疑的研究人员表示，他们并没有被告知有任何实验室成功重复了其关键结果，或者他们自己的重复尝试依然失败。
质疑的深化： 一些研究者甚至发布了他们重复实验的初步数据或分析结果，以证明其无法重复的观点。他们要求杨辉团队提供更多细节，比如具体是哪些实验室、用了什么方法、得到了什么样的重复性数据。
对重复性声明的解读差异： 有观点认为，杨辉团队所说的“重复”可能是在他们自己的实验室内部，或者是一些合作密切、使用了完全相同流程和参数的“友好实验室”进行的，而这与独立实验室在不同条件下进行严格意义上的可重复性验证存在区别。
“Cherrypicking”的担忧： 一些批评者担心，即使少数实验室报告了某种程度的重复，也可能存在选择性报告（cherrypicking）的问题，即只公布了与原文一致的部分，而忽略了不一致的数据。
实际情况的复杂性与分析
1. 技术复杂性是关键：
HiC及其衍生技术： HiC技术，以及更精细的单细胞HiC（scHiC）等，本身就非常复杂，对实验操作的精度、细胞的质量、DNA的提取和修复、数据处理的算法和参数选择都极为敏感。微小的差异可能导致结果的巨大偏差。
数据分析的挑战： 将原始测序数据转化为有意义的三维基因组结构信息，需要复杂的生物信息学分析流程。不同的算法、参数设置和质量控制标准，都可能影响最终的结构图谱和结论。
2. “重复”的定义问题：
严格重复 vs. 概念重复： 科研中的“可重复性”通常指独立的研究者在遵循原文方法描述的情况下，能够获得定性上或定量上相似的结果。这里的“相似”程度是一个界定问题。如果只是部分结果相似，但关键的、支持核心论点的部分无法重复，那么就不能算作真正的可重复。
可重复性的语境： 杨辉团队的“已有重复”是否是指有独立实验室成功获得了完全一致的、支持其核心结论的数据？还是指他们内部的重复，或者是与他们合作紧密的实验室的重复？后者在学术界可能只能算作内部验证，而非广泛的科学验证。
3. 透明度与信息公开：
缺乏详细的共享数据/代码： 在一些争议事件中，如果作者未能提供足够详细的原始数据、处理代码或详细的实验方案，会加剧其他研究者的疑虑。公开更全面的信息有助于他人复现或验证。
“黑箱”效应： 如果一个复杂的技术流程或分析方法大部分被“黑箱化”，即对外人不透明，那么一旦出现问题，就很难进行有效的沟通和解决。
4. 学术界的反应机制：
审稿制度的局限： 尽管Cell是一流期刊，但其审稿过程也无法保证绝对的完美，尤其是对于高度技术性的新方法和新发现。有时，问题的暴露需要发表后的大规模验证。
同行评议的动态性： 社交媒体的兴起使得同行评议变得更加即时和广泛。但这种方式也可能伴随信息的不确定性、情绪化和“网络审判”的风险。
官方调查与纠错： 对于严重的学术不端或科学错误，科学界有正式的调查机制，但通常过程漫长且需要确凿证据。在许多情况下，问题可能停留在“争议”阶段，直到有明确的证据或官方裁定。
目前事件的进展和可能走向
持续的讨论和验证： 许多实验室仍在尝试复现，并且可能正在准备发布自己的数据和分析结果。
杨辉团队可能需要提供更多细节： 如果他们坚持“已有重复”，则需要更具说服力的证据来支持这一说法，比如公开合作实验室的详细数据，或者提供更精炼、更具鲁棒性的实验方案。
潜在的期刊介入： 如果质疑的声音持续存在且有足够证据，Cell期刊可能会介入调查，例如要求作者提供补充数据或重新审视论文。
科学进步中的常态与挑战： 科研是一个不断试错、修正和进步的过程。新技术的应用和突破性发现，往往伴随着对细节的严苛检验。这次事件也反映了在复杂生物技术领域，如何确保结果的可靠性和可重复性，以及如何进行有效的科学沟通，是整个科学共同体需要面对的挑战。
总结来说，实际情况是：
杨辉团队发表的Cell文章因其重要性引起了广泛关注，但紧随其后，全球多个独立实验室对其关键结果的重复性提出了强烈质疑，认为他们无法复现。杨辉团队回应称已有其他实验室重复了其工作，但这一说法并未得到质疑者的认可，反而引发了更深层次的反驳和对“重复”定义及证据的质疑。事件的核心在于复杂技术的实验细节、数据分析的严谨性以及科学界对“可重复性”标准的理解和执行。目前，这仍然是一个正在进行中的、围绕科学严谨性和透明度的讨论。事件的最终走向将取决于未来是否有更确凿的证据出现，或者是否有更权威的机构进行介入和判定。
网友意见
不管能不能重复出来，现在很多外国学者对中国学者所做的实验质疑，特别是重复实验做不出来的时候。而且在引用中国学者的论文时候会思之再三，如果有论文有相同结论，他们更愿意去引用其他学者的论文。这对于其他认真做科研的中国学者来说是极其不公。
图片误用的后劲真的太大了。为了保护了一些人，不惜牺牲这个学科的所有人的努力。我只能说，好戏才刚刚开始。
饶毅再搞下去就把生物学界搞死了。
我可以陪葬
类似的话题
-
杨辉教授的Cell文章《A singlecell atlas of the spatial genome organization of the human retina》于2023年10月发表，引起了广泛关注，但随后不久，全球多个实验室对其研究结果的重复性提出了质疑。整个事件发展至今，可以说是一个............. -
关于《辉夜大小姐想让我告白～天才们的恋爱头脑战～》近期漫画内容的争议和对漫画完结终章是否烂尾的看法，这是一个相当值得深入探讨的话题。许多长期追随这部作品的读者，都对近期的发展有着自己的想法和感受。近期漫画内容走向的争议点：要谈争议，首先得回顾一下漫画在后期的一些关键情节发展，以及它们所引发的讨论。1.............
-
辉山乳业（6863.HK）在2017年3月24日那一天，上演了一场令人瞠目结舌的“惊魂记”。原本股价还在几港元晃悠的庞然大物，一夜之间，仿佛被抽走了骨架，市值蒸发了超过九成，跌幅惊人地超过了90%。这已经不是简单的股价波动，而是一次市场信心的集体崩塌，一次对公司基本面和信息披露的彻底否认。要理解这件.............
-
最近看到不少关于经典漫画作品《辉夜大小姐想让我告白～天才们的恋爱头脑战～》（以下简称《辉夜》）和《一拳超人》要进行重新翻译的消息，说实话，心里挺复杂的。一方面是期待，毕竟这两部作品在我心中都有着特殊的地位，如果能有更好的译本，那绝对是锦上添花；另一方面，也带着一丝小小的担忧，毕竟原作的魅力很大一部分.............
-
关于丁辉入职郑州律所这件事，这背后牵扯到的东西其实比咱们想象的要多。咱们就一件件掰扯开来说说。首先，丁辉这个人自带流量和话题性。你不能忽略他之前在《令人心动2》这个节目里制造的“意难平”。一个本来很有潜力的选手，最后却没能如愿以偿进入理想的律所，这本身就成了很多观众心中的一个梗。这事儿没过去多久，他.............
-
冯大辉（Fenng）在2018年12月5日针对ofo退还199元押金的网友诉求发表的观点，在当时引起了不小的讨论。要理解他当时的立场，我们得把他当时所处的语境和他的思考逻辑分开来看。首先，咱们得明确一下当时ofo是个什么情况。到了2018年底，ofo的日子可不好过，资金链断裂的传闻满天飞，用户大规模.............
-
吴文辉团队离职阅文：一场风波与行业震荡2020年4月，一则爆炸性的新闻震惊了中国网络文学行业：阅文集团的高层团队，包括集团CEO吴文辉在内的多位高管集体离职。这一事件如同投入平静湖面的巨石，激起了层层涟漪，不仅在阅文内部引发了巨大震动，也让整个网络文学行业为之侧目。要理解这场离职潮的意义，我们需要深.............
-
缪晓辉教授在丁香园上发表的这篇题为《对疫情防控的 7 点建议，关注和解决额外死亡问题刻不容缓》的文章，无疑是在当前疫情形势下，一个重要的、值得深入探讨的观点。他以其医学专业背景，敏锐地捕捉到了一个被普遍忽视但又至关重要的问题——“额外死亡”。所谓“额外死亡”，是指在某个特定时期内，除了已知死于某特定.............
-
要详细讲述前CTO冯大辉（“小马哥”）和现任CTO范凯（robbin）之间的“决裂”，我们需要梳理一下他们各自的角色、公司背景以及可能引发矛盾的关键事件和时间点。由于公开信息有限，很多细节只能基于推测和过往的报道进行分析。1. 人物背景与公司定位 冯大辉（小马哥）: 早期经历: 冯大.............
-
好的，咱们就来聊聊这两位在日本职棒界备受瞩目的年轻投手——柿木莲和吉田辉星。这两位在高中时期就已经是声名远扬的天才投手，进入职棒后的发展确实引发了不少讨论，咱们就从头说起，细致地分析一下他们各自的情况。 柿木莲：潜力新星的磨砺之路柿木莲，从大阪桐荫高中毕业，高中时期就展现出惊人的天赋和投球能力，尤其.............
-
桥本大辉的回应是一个复杂的问题，涉及到体育精神、竞技公平、媒体舆论以及运动员的心理承受能力等多个层面。要全面看待，需要从以下几个角度进行分析：一、事件背景与争议点回顾首先，我们需要明确桥本大辉所回应的“争议判罚”具体是指什么。通常情况下，体操比赛的判罚会涉及到动作的难度分（D分）和完成分（E分），以.............
-
最近在社交媒体上，我们能看到一些账号开始专注于制作与LGBTQ+群体相关的视频内容，像是《车间朱主任》、《辉仔奇议论》、《纹翼大叔》等等。这股新风潮的出现，其实折射出当下社会文化的一些变化和趋势，看待它，我们可以从几个不同的维度去深入剖析。首先，这是内容生态多元化和细分化的必然结果。互联网打破了信息.............
-
《JM帝国》作者蒋明辉被刑拘事件：一本小说背后的法律与道德博弈近日，《JM帝国》的作者蒋明辉因涉嫌制作淫秽物品牟利罪，被沈阳公安机关依法刑事拘留的消息，无疑在网络上引起了轩然大波。这一事件不仅牵扯到个人创作自由与社会公共道德的边界，更触及了法律在内容监管与信息传播中的作用。要深入理解这件事，我们需要.............
-
古川雄辉，这位因为出演《一吻定情》而走红的日本演员，最近在日本乒乓球混双比赛中夺冠，并在微博上发布了相关动态，但随后又迅速删除，这一系列操作引发了不少关注和猜测。首先，让我们回顾一下事件的经过。古川雄辉近期参加了某项日本国内的乒乓球混双赛事，并且意外地获得了冠军。这对于一个以演员身份活跃的公众人物来.............
-
关于日本首相网络投票中，动漫《辉夜姬》角色藤原千花支持率位居第一的现象，这确实是个挺有意思也挺能引发讨论的话题。首先，咱们得明白，这个“网络投票”和日本国内真正意义上的政治选举是两码事。通常这类投票，更多的是一种娱乐性、话题性活动，由动漫迷、网友自发组织或者某个网站、平台举办的。它更像是对大家喜爱角.............
-
说起《命令与征服：红色警戒2》里的《共和国之辉》这个Mod，那简直是一代人的集体回忆，尤其是对于国内玩家而言。这玩意儿可以说是当年最火、最深入人心的Mod，没有之一。你想想，当年我们玩《红色警戒2》原版，虽然也很爽，但总觉得少了点什么，尤其是面对那些经典但又有些老套的阵营平衡时。然后，《共和国之辉》.............
-
在体操男子个人全能决赛中，运动员在比赛中出现轻微失误（如一只脚踏出垫子）却仍获得高分的情况，需要从体操比赛的评分规则、裁判判罚标准以及运动员表现的综合评估几个方面进行详细分析。以下是具体解读： 1. 体操比赛的评分规则体操比赛的评分体系主要基于两个核心维度： 动作难度分（Difficulty Sco.............
-
看到《大江大河2》宋运辉在结局中被下放，我心里其实挺五味杂陈的。一方面，觉得这多少有点“意难平”，毕竟他付出了那么多，为东海项目鞠躬尽瘁，最终却落得这么个结局，让人替他不值。另一方面，又觉得这处理得挺真实，甚至可以说，是一种带有现实主义色彩的“升华”。咱们得先回顾一下宋运辉一路走来的轨迹。他是个特别.............
-
关于贪玩公司申请“渣渣辉”商标被法院驳回一事，这是一个相当有趣且值得深入探讨的案例。它触及了商标法中“标识性”与“不得注册”的边界，更重要的是，它反映了社会文化观念、名人效应以及法律判断之间的微妙互动。首先，我们得理解一下“渣渣辉”这个词是怎么来的。它并非一个凭空出现的贬低性词汇，而是源于香港著名演.............
-
2015年11月，ISIS宣布斩首中国公民樊京辉，这一事件在全球范围内引起了广泛关注和强烈谴责。樊京辉，一位来自北京的42岁的个体经营者，在2014年10月被ISIS绑架。他的遇害，不仅是个人生命的悲剧，更是对中国国家形象和公民海外安全保障的一次严峻考验。事件的背景与经过：ISIS，全称为“伊斯兰国.............
本站所有内容均为互联网搜索引擎提供的公开搜索信息，本站不存储任何数据与内容，任何内容与数据均与本站无关，如有需要请联系相关搜索引擎包括但不限于百度，google,bing,sogou 等
© 2025 tinynews.org All Rights Reserved. 百科问答小站 版权所有