我给你整理清之前的新疆蒙古人情况。
当年成吉思汗给儿子们封地时期,新疆的西部(南边疆)归了察合台,北疆北部的额尔齐斯河以北归窝阔台,新疆东部的回鹘汗国成为蒙古汗国中原属国保留其体制。
察合台得到四个蒙古千户,大概8000户左右4万人口的蒙古人(其中两个是蒙古化突厥千户),以及10万左右的蒙古草原突厥部人。他们两部的融合形成了后来的中亚蒙兀儿人,他们主体部分放牧的地方(北疆+哈国阿拉木图州江布尔州部分+吉国七河州)叫蒙兀儿斯坦。
察合台的早期封地跟喀喇汗王朝版图大致重合,其主体居民维吾尔人又被为察合台人,南疆地区蒙古叫向阳之地,维吾尔人叫六城地区和东**,其他中亚和z西亚人叫东**,库车以东和伊犁以东叫维吾尔斯坦。
南疆和河中地区(包括阿富汗西北的赫拉特等地)的蒙兀儿人不到50年就伊斯兰化和**化。
蒙兀儿斯坦的还保留原始文化习俗的蒙古人和蒙古草原来的突厥语部落,到秃黑鲁帖木儿时期改教改俗,不改教不改俗的要么被屠要么逃出新疆去。
1408年,瓦剌蒙古人进犯新疆,一度侵占国都别失八里和哈密吐鲁番地区。1422年乌外思汗驱逐瓦剌人光复失地。
16世纪初瓦剌蒙古人又进犯北疆,并占据了准噶尔盆地北部地区。中亚大混乱时期乘机又进一步占领伊犁地区,后来被赛义德汗驱逐出伊犁。形成了叶尔羌汗国、吐鲁番汗国和瓦剌三国鼎立北疆局面。
赛义德汗去世汗国内乱,吐鲁番汗国乘机占领库车和和田东部,瓦剌人又占领伊犁。热师德汗跟吐鲁番汗国和解一起北非对抗瓦剌人,不仅收回了伊犁塔城和北疆南部,把瓦剌人赶回到额尔齐斯河以北地区,并娶瓦剌公主。
1570年,热师德汗,阿不都克里木继位。不久吐鲁番汗国的沙汗死后,阿不都克里木趁机出兵占领吐鲁番、哈密等东部地区,重新统一新疆大部。阿布都克里木汗去世后不久瓦剌人重返,重新占据北疆大部分地区。
1627年,阿不杜拉继位,带领叶尔羌汗国军队出兵吐鲁番和伊犁河谷,在巩乃斯草原打败了准噶尔汗国军队,重新控制伊犁河谷和巴尔喀什湖一带,叶尔羌汗国再次进入塔什干和费尔干,恢复鼎盛时期的版图(本地史料还记载打到甘肃的内容)。
阿卜杜拉汗去世,汗国陷入教派内乱,逐渐失去对北疆和东疆地区的控制,并在葛尔丹时期准噶尔人吞并南疆。
葛尔丹之前叶尔羌汗国多次击退过准噶尔人的入侵,甚至反攻到伊犁。
葛尔丹去世后,准噶尔人对南疆的控制下降,他们忙着应对清军时期还攻入伊犁城,俘虏了三万余蒙古人。
到那个谁时期准噶尔人又南下吞并了南疆。