这个问题其实挺有意思,答主好早之前看地图的时候就发现了这个问题,经过一番考据才搞明白原因。虽然甘孜州和阿坝州的情况看似一样(州与州下辖的县同名,但州府却不在该县),但背后的原因却完全不同。我们得分开讨论:
甘孜州的前身是西康省藏族自治区,并不属于四川省。康定是当时的西康省省会,也是传统上康区的中心,因此1950年设立西康省藏族自治区时仍将自治区首府定在康定,1955年3月改名西康省藏族自治州。
1955年4月14日,康定县发生7.5级特大地震,房屋倒塌严重,城乡共倒房屋600余间,裂坏500余间,城区机关、公私房均裂缝或局部倒塌[1]。地震灾害使得州机关无家可归,难以开展工作,遂计划搬迁(建国初期因为灾害而搬迁行政中心的情况并不少见)。而甘孜县是传统上康区北路的中心,交通便利,商贸发达,而且不像康定一样在自治州辖区的边缘,是一个较为理想的州府驻地,于是自治州便开始筹备向甘孜搬迁。10月,西康省撤销,整体并入四川省,而四川省当时已经有了一个四川省藏族自治州(即阿坝州),两州都得改名以作区分。康定的州机关考虑到已经准备搬去甘孜县了,就决定先将州名改成甘孜藏族自治州[2],省得搬完州府还得再改名。
但很快,比搬迁州府更紧要的事情就来了:农奴制改革。1955年冬天开始,四川省民族地区开始推进民主改革,但遭到了当地上层反动阶级的顽抗,自治州的大部分资源和精力都投入了改革中,州府搬迁一事被完全搁置了。直到1959年,甘孜州的民主改革才正式完成,此时康定县城已经重建得差不多,没有必要再搬了;但甘孜州的名字却一直留了下来,没有再改。
所以,甘孜藏族自治州得名的原因就只是自治州起名的时候正好想要搬迁到甘孜县:康定地震、西康省撤销,康区民主改革这同一年内先后发生的三件大事共同导致了这一名称的出现。实际上“甘孜”这个地名最初指的只是今甘孜县境内的甘孜寺,但却阴差阳错地成为了指代整个康区的名词。
阿坝州得名的原因相对没那么复杂。“阿坝”这个名词最初指的是阿曲河流域(今阿坝县城一带),这一带属于麦桑土司管辖,于是当地藏民逐渐将“阿坝”和“麦桑”两名混用。麦桑家族凭借与宗教势力的联合发展壮大,领土范围也不断扩张,到了民国时期,包括今阿坝、红原、马尔康几个县在内的广大地区都已属于麦桑势力范围,遂也被称为阿坝[3]。1951年,末代麦桑土司华尔功臣烈向解放军投诚,阿坝地区和平解放,解放军进驻阿坝地区南部的刷经寺,并在此设置了工作机构。
而阿坝藏族自治州的前身是四川省茂县专区,1953年3月茂县专区改为四川省藏族自治区。茂县不是藏族聚居区(茂县少数民族大多是羌族),又和康定一样位于自治区辖区的边缘,不利于开展工作,于是自治区首府次年就搬迁到了位于全区正中,又是军队驻地的刷经寺。1955年西康省并入四川省,四川省藏族自治州也要改名,而刷经寺属于阿坝地区,于是自治州也就起名为阿坝藏族自治州。
(为什么不直接叫刷经寺藏族自治州?刷经寺只是个镇,1955年尚没有拿镇给地级区划起名的;为什么不以刷经寺所在县起名?因为刷经寺当时属于理县,而理县是个单字县,自治州名字里带个县也太奇怪了……)
而阿坝县是阿坝地区和平解放时设立的几个县之一,它的辖区是“阿坝”这一名词最初所指的区域,即阿坝地区的核心区域:阿曲河流域。换句话说,阿坝藏族羌族自治州是以广义的阿坝为名,而它下属的阿坝县则是以狭义的阿坝为名。而随着阿坝州得名,阿坝这个名词的含义又一次被扩展了,即使是原本不属于广义阿坝地区的汶川、南坪,现在也成了阿坝的一部分,“阿坝”这个词现在有了三重含义;而随着时间的推移,原本的广义阿坝代表的含义会逐渐被人遗忘,提起阿坝,人们只会记得阿坝州和阿坝县了。
地名的偏移就是这样慢慢产生的,甘孜和阿坝这两个地名发生的变化是一个新近的例子,尚且会有题主这样的好奇之人产生疑问;而更早的地名偏移,到了今天已经成为了我们概念中的“本来如此”,仿佛它们从来就是指的那一个地方。
具体原因其他几个答案已经说的不错了,但根本问题是现有的甘孜州、阿坝州太大了,涵盖了多个不同历史文化的区域。
还有个更深层次的原因是民族识别问题,在川西的羌藏彝之间,有大量说羌语支、彝语支但多数信仰藏传佛教或苯教的小民族,包括九寨沟白马人、黑水人、嘉绒人、康定木雅人、木里普米人等,四川省一股脑都划进了藏族。如果把这些民族细分出来,则川西可以如此划分:
阿坝藏族自治州 红原、阿坝县、若尔盖、壤塘 安多藏族为主 信仰藏传佛教格鲁派(主寺郎木寺/格尔底寺)
四土嘉绒族自治州 马尔康、金川、小金、丹巴 嘉绒语支地区 信仰苯教(广法寺)
茂汶羌族自治州 茂县、汶川、理县、黑水、松潘藏族自治县、九寨沟氐族自治县 羌族地区,包括部分汉族、藏族、氐族和嘉绒族 各种宗教混合或不信教 (黄龙寺,道教佛教融合)
康定木雅族自治州 康定、雅江、九龙、泸定、道孚 羌语支地区,以木雅语为主,还有很多其他小语言 信仰藏传佛教格鲁派 (惠远寺)
甘孜藏族自治州 甘孜县、德格、白玉、石渠、色达、炉霍、新龙 南部康巴藏族、北部安多藏族、东部有羌语支 信仰藏传佛教多个教派( 宁玛派五明佛学院、萨迦派德格印经院、噶举派八邦寺、格鲁派白利寺)
理塘藏族自治州 理塘县、巴塘、稻城、乡城、得荣 康巴藏族为主 信仰 藏传佛教格鲁派(理塘长青春科尔寺)