为什么没有给人体带来增益的病毒呢？ 第1页

先问是不是。有。

2016年，一项研究^[1]认为病毒是人类演化的主要驱动力：

• 自“人猿相揖别”以来，人体合成的蛋白质在结构和组成上的变化有30%由病毒导致，与病毒相互作用的蛋白质发生适应的速度是其它蛋白质的三倍。
• “近亲物种产生不同机制来执行DNA复制、膜细胞器生成等相同细胞功能”的现象，就可以用病毒带来的选择压去解释。

人类和人类在历史上的各个祖先物种的大量性状是内源性逆转录病毒基因在长期的随机突变里搞出来的。在你的基因组里，有一千多个古代逆转录病毒打进来的基因片段，占了约29亿碱基对中的8%，其中一些在发挥重要的生理功能，另一些还能制造具有感染力的病毒；而你自己编码蛋白质的基因占了1.5%，算上调控序列和功能已知的RNA基因也只有3%；以基因组稳定性计算，人基因序列中的80%不应有直接功能。这些可辨认的病毒片段可能是30~40次感染带来的，而“某病毒感染全人类或全体人类的遥远祖先”的事情在历史上可能反复发生了成百上千次。

• 人的记忆力可能关系到病毒片段，现在Arc基因的行为仍然很像病毒^[2]。
• 内源性逆转录病毒编码的BANCR可能通过增大心脏塑造了人类的体型。
• 人内源性逆转录病毒在胚胎含有1~2个细胞时最为活跃，调控人类胚胎的发育。随着发育进行，病毒基因的活性逐渐下降，但仍在一部分细胞里表达。检测病毒基因活性可以判定胚胎发育阶段^[3]。
• 人内源性逆转录病毒HERV-K从人类胚胎含有个位数细胞的阶段开始表达，指导产生病毒蛋白和激活胎儿发育的关键基因，这些病毒蛋白可以干扰外源病毒进入胚胎细胞的过程。该病毒进入人类基因组的历史可能只有20万年^[4]。
• 人内源性逆转录病毒HERV-H指导产生的RNA负责开关早期胚胎的一些基因。研究发现^[5]13个HERV-H开关帮助保持早期胚胎细胞的多能性，阻断这些病毒基因的活动会造成胚胎停止发育。进一步实验发现，这些RNA能将成人细胞逆转为多能干细胞。
• 合胞蛋白由胎盘中直接接触子宫的一部分细胞产生，引导胎盘结合母体组织。合胞蛋白与逆转录病毒包膜蛋白env^[6]几乎一样。在人类基因组中，指导产生合胞蛋白的基因看起来就是内源性逆转录病毒基因，旁边还有两个目前看来无功能的病毒基因（gag和pol）^[7]。哺乳动物合胞蛋白基因有许多种，可能来自不同的病毒^[8]，其它许多病毒基因也有差异^[9]。
• 根据2015~2016年的遗传学研究，约6500万年前作为我们祖先的早期哺乳动物没有胎盘，该构造可能整个都是内源性逆转录病毒搞出来的。另一些研究显示，胎盘相关的事件或许有1.5亿~2亿年历史。
• 多种内源性逆转录病毒参与了免疫系统的开关。

不限于逆转录病毒，各种病毒从冥古宙以来便在不同物种间传递信息、是水平基因转移的重要来源，增加了所有物种的基因多样性，自然也涉及人类和人类在历史上的所有祖先物种的演化。早在地球生物的最后共同祖先演化为古菌、细菌、真核生物之前，病毒便在早期演化中发挥核心作用。现在，病毒仍然是地球上规模最大的未被探明的遗传多样性储存库。

致死的噬菌体在全世界·全历史上大量击杀细菌等微小生物，非致死的温和噬菌体一直在细菌等生物间传递基因片段、改变它们的性状，由此干涉人和人类祖先的消化道菌群和体表菌群，间接影响营养状况、疾病和行为。人肠道病毒组还在研究中。

比这再高一个层次，你可以理解，人类演化过程中互动的所有细胞生物都是病毒参与塑造的，你的食物，能伤害你的各种生物，各种来源于生物的工具·药物·日用品等，用来对付生物的武器·药物·防护用品等，各种仿生学制品和人体工学产品，都有病毒投下的影子。

最近几百年里，人类掌握了巨大的力量，对其它生物造成日益增长的影响。我们的猎杀行为·环境破坏行为·排污等造成了多个物种的濒危、灭绝和适应。我们的身体有一部分是病毒，表现出病毒的行为也是理所当然的。

关于BANCR：

斯坦福大学医学院的Kitchener Wilson博士与其心血管研究所所长吴庆明教授等科学家合作的一项研究^[10]发现，人类等大型灵长类动物心脏的增大是远古逆转录病毒打进人类基因组的DNA指导的长链非编码RNA“BANCR”操纵的。
该RNA只在上述动物胎儿发育中的心肌细胞和某些癌细胞里活跃。利用诱导多能干细胞技术，研究人员发现BANCR有助于发育中的心肌细胞迁移，并影响心脏尺寸。
啮齿类不会产生BANCR，在人工将其导入小鼠胚胎后，胚胎左心室异常增大。对大鼠心脏注入表达BANCR的病毒，也造成心脏增大。人类罕见的扩张型心肌病似乎也是BANCR表达水平超标引起的，患者心脏异常大且功能差、可能危及生命。
一系列证据表明，灵长类的远古祖先被病毒感染，导致一群灵长类有了更大的心脏、更强的血液供应能力，促进了体型的增大。

关于Arc：

Pastuzyn et al. The neuronal gene Arc encodes a repurposed retrotransposon Gag protein that mediates intercellular RNA transfer. Cell. January 11, 2018. doi: 10.1016/j.cell.2017.12.024.
Ashley et al. Retrovirus-like Gag protein Arc1 binds RNA and traffics across synaptic boutons. Cell. January 11, 2018. doi: 10.1016/j.cell.2017.12.022.

参考

1. ^ David Enard, Le Cai, Carina Gwennap, Dmitri A Petrov. Viruses are a dominant driver of protein adaptation in mammals. eLife, 2016; 5 DOI: 10.7554/eLife.12469
2. ^ Arc指导合成的蛋白质衣壳会随机地包裹上细胞里的短链RNA，就像病毒那样。
3. ^ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25658370
4. ^ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4503379/
5. ^ http://www.nature.com/ng/journal/v48/n1/full/ng.3449.html
6. ^ 该病毒蛋白帮助病毒侵入宿主细胞
7. ^ http://www.nature.com/nature/journal/v403/n6771/full/403785a0.html
8. ^ 小鼠和人的合胞蛋白基因就不一样
9. ^ http://www.pnas.org/content/109/7/2184.long
10. ^ https://doi.org/10.1016/j.devcel.2020.07.006