三个审稿人，两个同意，一个不同意，最后被录用希望大吗？
首先，两位审稿人表示赞同，这无疑是一个非常积极的信号。他们认可了您研究的价值、方法的可行性以及结果的意义，这说明您的论文在很大程度上已经达到了发表的标准，并且能够引起学术界的兴趣。这种普遍的认可，是论文被录用的重要基石。
然而，那位持不同意见的审稿人，他的反馈同样至关重要。他的保留意见可能涉及到论文的某些方面，例如：
方法的严谨性或解释的充分性： 他可能认为您的实验设计、数据分析或者结论的推导过程中存在一些不足，需要进一步的阐释或补充。
结果的普适性或局限性： 他可能对您的研究结果是否具有广泛的代表性，或者是否充分讨论了研究的潜在局限性提出疑问。
理论框架或文献综述的深度： 他可能觉得您的论文在理论根基不够扎实，或者与现有研究的联系不够清晰，需要加强相关的论述。
表述的清晰度或论证的逻辑性： 也有可能是审稿人未能完全理解您的意思，或者认为您的论证过程存在一些不连贯的地方。
编辑在做出最终决定时，会非常重视所有审稿人的意见，尤其是那位持不同意见的审稿人的评论。他可能会根据以下几个方面来权衡：
1. 不同意见的性质和严重程度： 如果那位审稿人的意见只是针对一些细节的修改或表述上的小调整，并且可以通过有针对性的回复和修改来解决，那么对录用的影响会相对较小。但如果他的意见触及了研究的核心问题，例如方法上的根本性缺陷或结论的可靠性，那么这可能会成为一个较大的障碍。
2. 您的回应和修改： 您的回应信是扭转局面的关键。您需要仔细、逐条地回应那位持不同意见审稿人的每一个问题，并提出具体的修改计划。如果您的修改能够有力地打消他的顾虑，或者解释清楚您坚持原方案的理由，并且其他审稿人也认可您的修改，那么论文被录用的希望就会大大增加。
3. 编辑的判断： 最终的决定权掌握在期刊编辑手中。编辑会综合审稿人的意见、您对这些意见的回应以及他自己对论文质量的判断来做出决定。如果编辑认为论文的优点远远大于缺点，并且您的修改能够有效解决所有审稿人的疑虑，他很有可能支持录用。
总的来说，虽然有审稿人持不同意见，但两位审稿人的肯定已经为您奠定了坚实的基础。关键在于您如何充分利用这次修改机会，用有说服力的解释和细致的修改来回应那位持异议审稿人的意见。如果您的回应和修改能够让编辑和所有审稿人信服，那么论文被录用的希望是相当大的。这是一个“有惊无险”的局面，关键在于您后续的处理方式。
网友意见
非常赞同 @司马懿 老师说的：
投稿最终决定权在编辑，不在审稿人。
去年我投稿了IEEE trans系列的某杂志，收到审稿意见后也是看到了司马懿老师的这篇回答，坚定了我的信念，也决定了我写response的方向，最终论文被接收。故在此也特别鸣谢一下。
总的来说，我认为在回复中不仅是要「说服审稿人」，也要「说服编辑」。如果不能完全「说服审稿人」，那一定要想办法「说服编辑」，争取得到编辑的支持。
再回到问题：三个审稿人，两个同意，一个不同意，最后被录用希望大吗？
我觉得这个问题可以引申为，「如果审稿意见中有非常消极的意见，录用的希望大么？」
我认为，既然给你修改的机会了，如果你能说服那个不同意的审稿人或者是编辑，那最后被录用希望还是很大的。审稿人现在不同意，不代表你修改后他不同意，审稿人不同意不代表编辑不同意。虽然编辑通常都会非常看重审稿人的意见，但是确实决定权是在编辑手上。一篇论文录用与否，还是要看编辑的态度。
接下来就是我的现身说法时间，拿我之前投稿IEEE trans某杂志的经历来说，也是一直有一个审稿人死磕要拒，经历几轮battle后，最终还是被录用了。下面我就详细说说我这篇论文的投稿历程。
我第一次投这个杂志是三个审稿人：
reviewer1 是小修同意接受；
reviewer2 提出不少问题，至少是大修或者拒；
reviewer3 意见划水，提的不痛不痒的问题，应该是大修或者小修。
然而编辑给了拒稿重投。并告知修改后重投还会送给相同的审稿人。考虑三个审稿人的意见不是很难改，就决定重投。认真回复了每个审稿人的问题，response写了20多页。重投后很快就送审了。
第二轮审稿仍然是三位审稿人，其中两位是第一轮的审稿人，这次均同意接受。新增了一位审稿人，质疑论文的创新性，给拒。但是意见说的比较含糊并不具体。
一般这种有明显给拒的审稿意见，尤其是质疑创新性的，编辑肯定都是给大修或者拒稿的，然而这次很意外的是编辑给了小修（Minor revision）。我琢磨了一下，那这意思就是编辑看中了我文章的内容呗，是倾向于接受的，只是碍于reviewer1 坚决不同意啊。那我要做的就是尽量争取第一个审稿人的支持，然后也要牢牢拴住编辑的心，让编辑看到我的态度。于是我就根据自己的理解（毕竟没有具体意见）认真详尽地写了十多页回复。主要围绕两个方面。一是向审稿人解释论文的创新性，二是让编辑看到审稿人的质疑是不合理的。然后就返修提交了。
接下来就是第三轮审稿，这次就只有二轮审稿中的那一个审稿人了。不过令人遗憾的是这一次他虽然肯定了我上一次的回复，但还是要给拒，并说我这个更适合IEEE access？离谱，我要是想投access我早就投了，还在这费什么劲。好在这次这位审稿人给了几条具体的意见，列出了12345。
然而，最关键的是，这一次编辑仍然给我的是小修。咱就开始琢磨了，编辑这是啥意思？还在给我机会，想让我继续说服这个审稿人？可是大家心里都清楚，如此执着的，质疑创新性的审稿人一般是不可能说服的。那我这时就明白了，我只要按要求修改和说明，力图说服编辑，证明我这篇文章没毛病，是审稿人在那死磕就行了。
于是我就按照审稿人这次提的具体意见进行解释、补充和修改，又写了二十多页的回复信。然后在投稿系统中，在给编辑的回复中（审稿人看不到，只有编辑部能看到）也明确说明审稿人是“无理取闹”，这样下去我说服审稿人是不太可能的。然后也对审稿人所质疑的部分一一进行了驳斥，同步给编辑。然后便提交了。
我想的是，虽然这个审稿人一直给这么严厉的意见，可编辑却一直给我小修，这就说明了编辑的态度。既然如此，只要我说清楚，争取编辑的支持，那审稿人那边的问题就应该不是问题。
接下来就是胆战心惊的等待。果不其然，这一次编辑没有送审，直接接收。
说这么多，目的就是为了给拿到消极审稿意见的同学一些信心。我们要注意的是，决定我们文章命运的不仅仅是审稿人，虽然他们的意见很重要，但是更重要的是编辑。我们的回复不仅为了说服审稿人，让审稿人满意，也是在向编辑传递我们的态度，也是要争取编辑的支持。对于不太公平的审稿意见也不要认怂，据理力争，要及时和编辑进行沟通。机会都是争取来的，别管希望大不大，你不努力一点希望就没有，只要有一丝希望也不要放弃啊。
祝大家都好运。
我觉得题主可能搞错了主要的矛盾了，投稿最终决定权在编辑，不在审稿人。
审稿人写的回复，包括给编辑的意见，对文章本身是否被录用，是否给修改机会，并没有决定性的效果，只是去影响编辑的判断。包括自己审稿的时候，最好也要有这个意识，那就是自己写的东西其实并不是仅仅写给读者看的，而是同时写给读者和编辑看的。
一般来说，当所有审稿人都一致同意的时候，编辑很少做恶人来否决——因为这个逻辑很简单，如果编辑对文章非常的不喜欢，他完全可以行使权力直接拒绝，不进入审稿环节。进入了审稿环节，意味着编辑认为这篇文章有发表的可能，这个时候审稿人都一致同意，编辑是基本不会拒绝的。
当所有审稿人都拒绝的时候。大部分情况下，编辑也会选择拒绝，因为逆着所有审稿人的意见给修改，编辑一般犯不着去承担这个压力。但是有些例外——比如这个研究课题非常好，论文执行的非常差，但是编辑认为如果执行好了，发表之后可以收获很多的引用，或者编辑自己还是很喜欢这篇文章的时候，是可能给一个非常严厉的修改决定的。
比较微妙的就是题主的这种情况：审稿人意见不统一，有支持，有反对。这个时候编辑的空间是最大的，因为无论是支持还是反对，都不需要承担太大的压力，总能在审稿人里面找到自己的同盟。这个时候编辑一般会在读完三份报告，和三份私人意见（只有编辑看得到，论文作者看不到，一般会写的比较直接）之后，根据三个人支持的点，反对的点，结合自己的观点，综合做出一个决定。因为三个审稿人的身份编辑是知道的，三份私人意见的支持和反对力度编辑也是知道的，所以三份报告未必在编辑眼里是同样的权重。
比如说，如果两个是junior，其中一个是非常著名的senior，然后这个senior提出了非常强烈的反对，编辑完全可能在两个支持，一个反对的情况下，做出最终拒绝的决定；反之，如果两个反对的多是技术细节，而支持的人德高望重，认为这篇文章非常具有潜力并且编辑也认同的话，编辑完全可能在一个支持两个反对的情况下照样给机会修改。
并且，现在很多杂志基本上都在加速审稿流程，意思就是第一次的修改至关重要。如果第一次修改没有能够让审稿人的意见更加的接近，或者说有至少有接近的苗头，那么这篇文章发表的概率就下降了。所以在修改的过程中，一定要尽可能的满足那个更苛刻的审稿人的要求，这是非常重要的。这样有两点好处：
- 可能让苛刻的审稿人转变意见；
- 如果苛刻的审稿人不转变意见，也更容易得到编辑的同情和支持
一定不要因为审稿人的尖酸刻薄的评论而在回复意见中反唇相讥，对审稿人不尊重非常容易招致编辑的反感。
审稿不是投票，编辑有决策权。
看审稿人不爽，叫编辑换个审稿人重审也行。
记住你是在争取Editor，审稿人负责提问题，决定录用的编辑。
好好回复审稿人的问题，不要管祂关于论文质量/创新性的评价因为这是祂个人观点，除了祂别人不需要认同；但如果有评述不对的地方一定大胆驳斥。回复和驳斥务必以事实为基础，尽量提供实验证据，不得已时提供尽量多的研究型论文作为论据支撑。
第一轮完了以后，审稿人可能还会接着提问题，你就接着拿事实回复，回复到祂同意为止或者只剩嘴硬：我的问题都被回答了，但我还是认为这篇文章不该发表 - 你猜编辑最后听祂的还是自己做决定？
录用希望大小取决于你回复的证据力度和修改后的论文质量。
我是分割线--------------------------------------------------------------------------------
@sunlight评论指出顶刊有审稿人一票否决的情况，可能吧。这里我给一个反例。我们所最近有一篇 Nat Comm 靠rebuttal 刊出的，教科书级别的审稿回复。开局也是2比1，2拒1收的2比1，两轮回复后竟然接收了！大家猜猜关键点在哪儿？
这篇文章的审稿和回复是公开的，在这里：
按我多年rebuttal的经验（别问，这是个悲伤的故事），这很大程度上取决于审稿人批评你的角度。
第一种情况，如果是批评你工作的意义/创新性不足，这种情况你最需要说服的是编辑，其次才是第三个审稿人。你需要在回稿的coverletter里清晰明了的说明你这篇工作的贡献在哪，跟前人相比取得了什么样的进步和优势，有哪些应用价值......
意义/创新性这种东西是非常主观的，编辑不会完全听一个审稿人的，而是会结合你的回复和其他人的意见综合考虑。在有两个审稿人给了正面评价的情况下，最后接收的概率还是很可观的。
第二种情况，则是审稿人从科学和技术的角度，批评你工作的可靠性/有效性。这种情况下，你要从科学事实出发，正面回复/反驳审稿人的技术问题，否则编辑不会轻易接受你的文章。
编辑和作者的研究往往领域相差较大（有的甚至是全职编辑，不参与一线科研），所以编辑大概率看不懂你文章的技术细节，多半会依赖审稿人的评价来判断你的文章是否有技术硬伤。
所以，哪怕有两个审稿人给了很正面的评价，编辑也不会轻易忽略第三个审稿人的批评意见。这种情况下，要么你的回复能够让审稿人满意让所有人皆大欢喜，要么你能够说服编辑，让他相信你是对的，是审稿人自己傻x。
这种问题的标准答案就是：行业不同，杂志不同，甚至编辑不同，结局差别极大。
我曾有一篇文章，2个大修，1个拒，编辑大修，修完就接受了
还有一篇文章，2个大修，1个小修，编辑反而拒了，说不够好。
还有好的杂志编辑就很苛刻，因为不愁稿源，往往是按照最差的那一个意见看齐的。
其实我什么都见过，结论就是编辑的权力挺大的，编辑喜欢的工作，即使不行，他也会让你往死了修（除非你主动放弃），编辑本身就不喜欢这种工作，评的好他也会找出吹毛求疵的问题给拒掉（但这种我比较疑惑为什么要送审。。。）
这样回复审稿人，让你的SCI快速accept
文章返修是离文章接收的最后一公里。在生信类文章返修时，除了掌握必备的生信背景知识和数据分析经验，熟悉一定的返修原则和技巧，可以大大增加文章录用的概率。
一.返修三原则
1.首先，最重要的是：认真，认真，认真!有理有据。认真的态度是我们返修必备的前提，在文章有返修意见的时候，我们可以小小开心一下，但绝对不能掉以轻心，只有拿出十二分认真的态度出来，才有机会让我们的返修让审稿人满意并且最终使文章接收；
2.其次是回审稿信的时候言语的语气一定要诚恳谦和。注意礼貌用语，尤其不要因为审稿人一些问题觉得对方不专业就直接态度很差地回复审稿人，要记住，我们的唯一目的就是使文章成功发表；
3.最后是意见归类，采用先易后难的顺序。
这里给大家把审稿意见做了一个简单的归类，分别是：
第I类 简单的意见
这种意见需要我们积极回应后接受建议并修改，也就是这类审稿意见的内容是必须改；
第II类 复杂的意见
积极回应后接受建议并尽量修改，这一类意见我们尽量改，但如果实在困难，可以进行相应的说明，说明无法完成审稿意见内容的原因；
第III类 特别困难、跟全文意义相悖或者“非专业性”的意见
这种意见我们积极正面回应后进行相应的解释并举证，也就是即使我们不改，也要有理有据地论证我们地正确性和合理性之后有理有据地不改。
二.返修格式技巧
1、返修回复的时候，要提交给编辑有修改痕迹的文档还是没有修改痕迹的文档呢？
其实可以直接提交两份文档，其中一份保留修稿痕迹，另一份为修改后的终稿，这样编辑一眼就能看出我们进行了哪些修改，方便其在后续进行相应的排版，而且也能体现出我们修稿的工作量和认真的态度；
2、在审稿人答复信中加上论文修改部分内容
如：page11，line9（修稿内容），这样审稿人就不需要回去看你的原文，只需要知道你针对他的问题做了哪些修改然后直接判断修改的结果是否满意是否要建议杂志接收文章了。
三.返修意见分类及回复
接下来我们结合具体例子来看看不同分类的返修意见有哪些。
第I类：“必完成型”
1）标点符号问题或正文结果与图片结果不符合等笔误问题，这一种我们只需要在自己的文章中核实后进行改正即可；
2）稿件语法不地道，语法问题较多：毕竟我们的母语不是英语，所以出现这种情况也正常，这时候我们需要查看杂志指南或邮件询问编辑有无指定的润色公司，然后进行润色后在二次投稿的时候提供相应的润色证明；
3）文章整体统计方法存疑，需要提供统计审查证明：这种一般是文章使用了一些比较少见的统计方法或者审稿人认为文章用的统计方法有争议，所以我们需要寻找具有能够出具统计审查证明的统计教研室出具相关证明
4）部分数据挖掘统计方法存疑，如小样本分析是用fisher检验还是用cox检验的问题：那我们可以寻找具有说服力的书籍或论文进行举证，告诉编辑我们用的统计方法有权威认证，是合理且正确的方法，或者查找差不多样本量且用了同样方法的论文进行举证，在回复审稿人的回信中附上相应的文章引用或者PMID码，做到有理有据；当然，如果统计方法确实有问题，那就要换成审稿人提出的统计方法进行分析了。
5）补充作者贡献：这一条一般是由编辑提出的内容，相对简单，只要查看杂志投稿声明或者已发表在该杂志的文章，按照格式补充作者贡献内容，但是注意，每位作者都须有文章相关贡献。
第II类：“尽量完成型”
1）文章来源于不同数据集，如何保证不存在批间差：这时候可以补充使用R语言中的sva包或其他相应的工具去除数据之间的批间差，并使用PCA图片呈现去除批间差后的结果，同时补上相应图片。
2）文章使用了UALCAN数据库进行分析，单个网站存在偏倚，需要使用其他工具进行互相验证：这个就很好解决了，可以补充使用GEPIA或者UCSC网站进行分析，同时补上相应分析结果，并与UALCAN结果进行对比验证
3）文章缺乏验证数据集，其中 GSExxx 和 GSSExxx 等都符合要求：这个比较复杂，首先我们要查看审稿人提供的GSE是否符合要求；其次再重新检索是否还有其他符合要求的GSE；最后用GSE数据集去验证文章结果，一样也要补上相应结果；
4）要求各种补充分析，比如：分子分型、GSEA、多因素分析等，这种意见呢首先就要查看返修时间及自身能力，评估是否能在规定时间内做完相关分析内容，如果自己无法完成，则返修中说明无法完成的原因，如果可以完成但是时间不够，可以跟编辑说明情况并要求多给一点修稿时间；然后根据要求补充相应分析结果即可；
5）加深文章深度类的意见，这种比较繁琐，如：与免疫浸润之间的关系、与相关突变基因之间的关系，那我们也有相应解决措施，首先判断审稿意见要求添加的这部分内容与文章主题是否相符；其次检索相应数据看是否适合进行相关分析；最后进行分析并查看结果是否阳性，需要注意的是，如果结果是阳性，则在正文相应位置进行相应补充，但即使结果是阴性，也需在审稿人回复信中补充相应阴性结果，体现我们已经认真修稿而不是忽略了该意见
第III类：“解释型”
上面两类其实对我们来说还是比较友好，因为合情合理而且也能够补充相关修改就能完成，第III类就棘手多了，我们暂且称其为“解释型”，意思是只能进行相应解释，说明我们无法按照审稿意见进行相应的修改，但是如何解释也是有技巧的，答得好能够让审稿人身心愉悦并且接收你的解释并建议杂志接收你的文章，如果回答得不好，那就对不起了，只能是之前白干，重头再来。鉴于“解释型”意见过于棘手，这里我们给大家总结了一条公式并给出了相应的实例，我们一起看看。
公式为：感谢+承认其审稿意见的指导性及正确性+目前完成该意见的局限性+但是我们采取了什么相应的措施补充到文章中。
其中，补充措施不一定为具体分析结果，也可以是引用已发表的文献进行说明，大家先记住这个公式，接下来我们来看两个实例看看应该如何回复审稿人的意见。
1）首先第一种情况，即审稿人意见与文章内容不相符或审稿意见不对，这种情况是有可能出现的，比如我是临床医学专业，但是就接到过审稿人问我愿不愿意审一篇植物方面的文章，当时我也是很尴尬，但是没办法，现状审稿人稀缺，能找到审稿人就很不错了，还要求同专业同方向，那确实为难编辑了，我们来看下下面这个审稿意见：
文章使用TCGA数据库进行基因组学分析，但是能否从蛋白组学层面进行相应的分析以增强文章结果的可行性。这个怎么办呢？文章目的就只是从基因组学层面分析，从蛋白组学层面分析是属于另一个文章的范畴了。
别急，按照我们的公式，回复内容可以这样写：
第一句话的感谢 加上 承认其审稿意见的指导性及正确性 加上 由于TCGA数据库缺乏相应的蛋白组学数据，所以xxx 加上 我们认为本文主要从基因组学角度进行阐述研究发现，这样的文章有xxx（引用1），xxx（引用2） 加上 此外，我们发现CPTAC数据库有蛋白组学数据，我们使用xxx对其进行分析并呈现在我们的修稿回复中，结果为xxx。这样回复审稿人，既进行了解释，说明了我们原文分析的准确性及合理性，又充分肯定了其审稿的能力，同时解释了客观条件的不足，以及体现了我们已经尽力按照他的要求进行修稿的诚意，既进行了相应解释，又让他感觉自己受到了尊重，体现了审稿人的价值并完成了他的任务，这样的回答，一般审稿人都会满意并且同意我们的修改同时建议杂志接收我们的文章，大家get到精髓了吗？
2）解释型的审稿意见还有一种情况，我们一起再来看看，当审稿人意见难度太大，我们无法在规定时间内完成或完成需要对整篇文章进行修改时，我们就只能进行解释了。
来看看这个例子。
审稿意见是：文章应添加免疫浸润内容，具体为使用R语言中的CIBERSORT包计算HCC中肿瘤细胞含量，再计算免疫浸润细胞与PD1之间的关系。这个审稿意见对于R语言玩的很6的学员来说可能没有什么，但是如果是不会生信，只看了咱们生信体系课上篇的同学，是不是很绝望？不会啊！那咋回复好呢？你可以这样回复：
首先第一句话是感谢 加上 承认其审稿意见的指导性及正确性 加上 不幸的是，R语言的CIBERSORT包难度较大，我们无法在1个月内完成相应分析 加上 但是，文献xxx和文献xxx（这里xxx领域高分文章）认为，PD1主要与CD8+T细胞关系最密切，而我们发现TIMER网站可以做到和CIBERSORT类似的分析 加上 TIMER为xxx（这里xxx为简单介绍TIMER数据库） 加上 我们利用TIMER网站计算HCC肿瘤中的6种免疫细胞含量，其中包含CD8+T细胞，并计算其与PD1之间的相关性，结果为xxx
这样一套回复，既完成了审稿人的要求，又避免自己再花费大量时间去学习代码的内容。需要再次强调，在审稿意见回复的时候，尽量不要和审稿人争吵argue，我们尽量去解释我们无法完成的原因，用诚恳探讨的态度去跟审稿人和编辑沟通，同时不必把审稿人想的那么可怕，要相信，总有一天，你自己也会成为审稿人。
四.返修实例
最后给大家再展示几个审稿意见实例，大家看看如果是你自己该怎么回答。
1）第一个：Please summarize the main findings of the study.
这个意见是非常友好了吧，按归类应该是I类意见，所以只要概括文章主要发现及意义，并指出在文章哪个位置提及或进行了补充即可。
2）接着看下一个：Many other genes affect the prognosis of liver cancer patients besides CBX2. Why not conducted the multiple stepwise Cox regression analysis to elucidate the significance of CBX2?
这个是让我们补充多因素cox的内容，相对复杂，按我们的分类属于II类，回复的话，需要先找到肝癌其他预后基因，再进行多因素分析，还可加做cox模型体现修稿诚意，模型构建的话根据大家能力选择是否要构建即可；
3）最后一个：The authors identified DEGs based on GEO datasets, however, they performed correlation analysis and prognosis analysis based on TCGA. Why not identified DEGs based on TCGA since the TCGA database contain associated clinical data, and the results could be more reliable.
这个意见如果要修改需要对文章整体设计以及分析过程全盘推翻，且新结果不一定与目前结果相同，按照分类属于第三类，因此可以进行解释并检索2-3篇用了同样方法的文章进行佐证，用我们前面给的公式模板进行套用并回复就好啦。
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嗨！五一去青岛玩四天，三个人，人均一千块，这预算有点儿挑战，但绝对可以玩得开心又地道！别担心，我这就给你把攒了好久的青岛攻略掏出来，保证不“AI”，全是实在话，希望能帮你们玩得舒坦，吃得过瘾，还把钱花在刀刃上！核心思路： 咱们这趟行程，主要以“体验青岛风情”为重，少去那些门票昂贵的景点，多感受海滨城.............
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