「恐龙演化成鸟」的理论成立吗？若成立，我们能说「恐龙并未灭绝」吗？
那么，当我们说“恐龙演化成鸟”时，到底是什么意思？这并不是说某一只恐龙突然“变异”成了现在的麻雀或者老鹰。演化是一个漫长、渐进的过程，通常需要数百万甚至数千万年的时间。这个理论的核心观点是：今天的鸟类，就是从一类特定的、有羽毛的恐龙——特别是兽脚类恐龙——演化而来的。
想想看，什么是恐龙？在科学的定义里，恐龙是一个非常庞大的类群，它包含了我们熟知的那些庞然大物，比如霸王龙、三角龙，但同时也包括了体型小巧、敏捷灵活的种类。而这个“恐龙演化成鸟”的理论，重点在于那些在身上长有羽毛的恐龙。
我们是怎么知道这些的呢？科学的证据就像一层层剥开的洋葱，层层叠叠，最终指向一个清晰的结论。
首先，化石证据是最直接、最震撼的。在过去的几十年里，尤其是在中国和世界其他地方发现的许多保存完好的恐龙化石，彻底改变了我们对恐龙的认知。过去我们以为恐龙都是皮肤光滑、身上覆盖鳞片的爬行动物，但这些新发现的化石，例如“中华龙鸟”、“未羽龙”、“赫氏近鸟龙”等等，都清晰地显示了它们身上覆盖着羽毛！而且，这些羽毛的结构多种多样，有些像是我们今天鸟类身上的飞羽，有些则更像是绒毛。这些化石就像是时间胶囊，直接为我们展示了恐龙向鸟类过渡的每一个细微步骤。我们可以看到，某些恐龙的骨骼结构也在发生变化，比如胸骨变得越来越像鸟类那样呈龙骨状（适合肌肉附着以支持翅膀的运动），锁骨愈合形成“Y”形的叉骨，手骨也逐渐发生了变化，以便于更好地支撑翅膀。
其次，解剖学上的相似性也提供了强有力的支持。虽然我们看到的大型恐龙（比如霸王龙）和现代鸟类在体型上相差甚远，但仔细观察，兽脚类恐龙与鸟类在骨骼结构上有着惊人的相似之处。就像前面提到的，叉骨（我们常说的“许愿骨”）在很多兽脚类恐龙化石中都被发现了，这可是鸟类标志性的骨骼结构之一。它们的脚部结构、头骨特征、生殖方式（比如鸟类是下蛋的）等等，都与鸟类有着高度的同源性。
再者，基因和分子生物学也从侧面证实了这种联系。虽然我们不可能从化石中提取出恐龙的DNA来直接比对，但通过比较现存鸟类与它们最接近的爬行动物（比如鳄鱼）的基因组，可以推断出它们在演化上的亲缘关系。鸟类和鳄鱼同属于一个更大的爬行动物分支——主龙类，而恐龙也属于主龙类。这就像是在家谱上找到共同的祖先一样，证明了它们之间有着深厚的血缘关系。
所以，从化石证据到解剖学对比，再到基因信息，所有这些证据都指向一个方向：鸟类确实是恐龙演化而来的后裔。用科学的说法，鸟类就是存活至今的恐龙。它们是恐龙家族中一个非常成功的、特化分化出来的分支。
那么，如果鸟类就是恐龙的后代，我们能说“恐龙并未灭绝”吗？
严格意义上来说，大部分恐龙确实灭绝了。 那场发生在6600万年前的大规模灭绝事件，也就是白垩纪古近纪灭绝事件，毫不留情地带走了包括霸王龙、三角龙在内的绝大多数恐龙类群。它们赖以生存的环境瞬间被改变，无法适应，最终消失在历史的长河中。
但是，如果我们将“恐龙”这个概念理解得更广阔一些，从演化的 lineage（谱系）角度来看，我们当然可以认为恐龙并未完全灭绝。 为什么这么说？因为那些演化出羽毛、体型变小、体温也可能逐渐恒定的恐龙，最终成功地度过了那场灭绝事件，并继续繁衍至今。它们就是我们今天能够看到、听到、喂养的——鸟类。
换句话说，鸟类就是从灭绝事件中幸存下来的恐龙后裔，它们继承了恐龙的生命延续了下来。 就像你不能说某个家族的某个分支灭绝了，如果它在另一个地方以另一种方式继续繁衍下去一样。
想象一下，把恐龙比作一个庞大的王国。在某个时期，这个王国遭遇了巨大的灾难，绝大多数的地区都遭到了毁灭性的打击，许多重要的城市和人口都消失了。但是，在王国的一个偏远角落，有一批人因为各种原因（比如生活在特殊的地理环境中，或者拥有更强的适应性）得以幸存，并逐渐发展壮大，最终形成了新的社会形态。尽管他们已经和曾经的王国大相径庭，但从血脉和起源上看，他们依然是那个古老王国的延续。
鸟类就是这样的幸存者。它们保留了恐龙的一些关键特征，又发展出了新的、适应飞行生活的方式。所以，我们可以非常自信地说：今天我们看到的每一只鸟，都是从恐龙这个大家族中走出来的活生生的代表，是恐龙生命延续的证明。
所以，当有人问“恐龙演化成鸟”的理论是否成立时，答案是“成立的，而且证据确凿”。而当我们问“恐龙是否未灭绝”时，回答则需要更 nuanced（细致）一些。可以说，大多数恐龙灭绝了，但作为恐龙一个分支的鸟类，并未灭绝，而是作为现代鸟类，繁衍至今。 这也是为什么许多古生物学家会开玩笑说，下次你看到一只麻雀在窗外飞过，不妨向它致敬，因为它是一位有着数亿年历史的恐龙后裔！
网友意见
题主的问题，包含两个子问题：
一，鸟类是不是恐龙演化而来？
二，如果鸟类是恐龙演化而来，那么能不能说“恐龙已经灭绝”了？
第一个问题，目前学界的主流看法是，是，鸟类是由恐龙演化而来，具体地说，是由兽脚类恐龙的一支演化而来。当然，也有少数人持不同看法，也不排除以后有别的新发现推翻这种说法的可能，但是目前来说，就现有的证据，学界的主流看法是认为鸟类由恐龙演化而来。
具体的证据可以看看维基百科相关页面，我转载附在本文末尾了。
第二个问题我想详细讲讲，因为这涉及到定义和分类原则的问题。有些遗憾的是，一般民众心目中的概念，或者说咱们中学学的那些知识，跟生物学领域的新认识已经相去甚远了。
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动物的分类，咱们中学是这么学的，有门、纲、目、科、属、种这六级，其中脊索动物门下面的脊椎动物亚门分为鱼纲、两栖纲、爬行纲、鸟纲、哺乳纲等若干个纲。
随着人类认识的不断深入，这种分类已经不足以反映生物之间关系的亲疏远近关系。现在讲究一个 monophyletic group 的概念，又叫 clade，中文叫单系群。一个单系群中包含一个共同的祖先及这个共同祖先的所有后代。
与之对应的，有 paraphyletic group（侧系群，也译作并系群、旁系群）和 polyphyletic group（多系群）。
侧系群，此群中包含了共同祖先及其一部分后代，但未包含此共同祖先的所有后代。
多系群，此群中不包含该群中的所有成员的共同祖先。
打个比方，小明的爸爸有且仅有三个孩子，老大叫大毛，老二叫二毛。（提问：老三叫什么？）
爸爸、大毛、二毛、小明，这四个人在一起，就构成一个单系群。爸爸是共同祖先，这个共同祖先的所有后代，三个孩子，都包括在此群中了。
爸爸、大毛、二毛，这三个人是一个侧系群，有共同祖先爸爸，但没有包括此共同祖先的所有后代，没有包括小明。
大毛、二毛、小明，这三个人是一个多系群，此群中不包含该群中的所有成员的共同祖先爸爸。
下面是维基百科上的例图，依次是单系群、侧系群和多系群。
总之，现在生物学家希望尽量能够按照单系群来分类，保证每个类别都是一个单系群。以前的分类，有许多类别实际上是侧系群和多系群。
这种根据演化树分支的顺序来排列物种的分类法叫做亲缘分支分类学，又叫种系发生系统学。现代的系统学研究会收集各方面的资料，包括 DNA 序列、生化数据和形态学上的数据等。
为了准确表达物种之间亲疏远近的关系，原来的六级分类是远远不够的。所以又有什么总纲、超目、下目、亚科、族等等名目，但还是不太够……
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根据种系发生学的分类，下面是恐龙及其相关的生物的分类表，这是一个极其简化的表，省略了很多中间层次。
在生物学上，只有恐龙总目（Dinosauria）及其下属的物种才是恐龙（dinosaur）。
天上飞的翼手龙（pterosaur），水里游的鱼龙（ichthyosaur）和蛇颈龙（plesiosaur），其实都不属于恐龙。
翼手龙和恐龙的关系还算相对比较近，蛇颈龙和恐龙的关系就非常远，鱼龙更远，这两者都比恐龙与鳄鱼的关系还远。
蜥蜴和鳄鱼的关系，比鳄鱼和恐龙的关系还远。
恐龙分为蜥臀目和鸟臀目，然而鸟类并不是由鸟臀目演化而来，而是由蜥臀目中的一支演化而来，具体地说，是由蜥臀目中的兽脚类恐龙的一支演化而来。
上面是生物学家的分类。那普通民众眼中呢？
大众的认识恐怕是这样的：鱼龙、蛇颈龙、翼龙属于恐龙，蜥蜴、鳄鱼、鸟不属于恐龙。说白了，就是现在存活的不属于恐龙，已经灭绝的就属于恐龙……
如果灭绝了的才叫恐龙，那恐龙当然都灭绝了，这不是循环论证嘛……
大众的认识，和生物学以前的传统分类当然也不无关系。传统的分类常常出现侧系群和多系群，比如爬行纲、鸟纲这样的分类，爬行纲就不是单系群，它没有包括一个共同祖先的所有后代。
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为什么要讲这个种系发生学的分类原则，就是因为：
在有这个原则之前，即使鸟是由恐龙演化而来，也可以不认为鸟类属于恐龙，比如以前人们认为两栖类是由鱼类演化而来，爬行类是由两栖类演化而来，而鱼类、两栖类、爬行类都属于不同的类，并不互相隶属。
然而按照种系发生学的分类原则，如果鸟是由恐龙演化而来，鸟是恐龙的后代，那么鸟就应该属于恐龙。
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种系发生学的分类在理论上虽然更合理，但在实践中有时不是很方便。比如我就是想聊聊那些已经灭绝了的史前爬行动物，我应该怎么说呢？我就想说说恐龙总目中非鸟类的那些，我该怎么说呢？维基上用的是“non-avian dinosaurs”（非鸟类的恐龙），多么拗口费劲的词汇啊……
这反映出科学术语与日常用语之间的矛盾。在科学上，随着人们不断做出新的发现，修改论述和定义是常有的事，一个生物可以今天属于这一类，明天属于那一类。但是日常用语不可能跟着那么快地改变。科学家做出了新发现，我说了几十年的话就得跟着改吗？我就想用一个词概括这个分类的某些物种和那个分类的某些物种的混杂集合，不行吗？
类似的问题，比如经常有人说“鲸鱼”，接着就会有人纠正说“鲸不是鱼”。可是谁规定汉语的“鱼”一定得是“用鳃呼吸的冷血脊椎动物”？老祖宗造字的时候，恐怕更多的是类似“生活在水里，体型有点像纺锤的动物”这样的想法吧……按这个定义，鲸当然是鱼……
即使在生物学界，也还有大量的分类遗留着侧系群、多系群的问题，没来得及都改成单系群的分类。真的都按单系群分类，起名字还是个严重的负担呢……
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总之，关于恐龙与鸟这个问题，严谨的说法应该是：“恐龙中有一支变成了鸟，其他都灭绝了。”（忽然发现这句话读起来可能有歧义，得注意是“一支”不是“一只”……）
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顺便说一下另一个关于恐龙的误解：大众一般以为恐龙是行动迟缓的冷血动物，然而近些年的研究表明，恐龙可能是活跃的温血动物。
注：对国内学界的观点不了解，以上所说的都可在维基百科相关页面找到根据，恕不一一注明了。英文维基一般会标明可查证的专业文献来源，所以还是相对比较可信的。中文维基的有些条目是直接从英文翻译过来的，也比较可信。关于恐龙的纪录片，似乎一般都推崇 BBC 的 Walking With Dinosaurs，这片是在我硬盘里舍不得删的那种，唉，拍得太虐心了，虽然一开始就知道结局是悲剧，但还是会被虐到，编剧心太狠了……
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下面是转载自中文维基的恐龙条目，鸟类起源部分（
http:// zh.wikipedia.org/wiki/% E6%81%90%E9%BE%8D%E7%B8%BD%E7%9B%AE#.E8.88.87.E9.B3.A5.E9.A1.9E.E7.9A.84.E9.97.9C.E4.BF.82）：
恐龙可能是鸟类祖先的理论，是在1868年由汤玛斯·亨利·赫胥黎（Thomas Henry Huxley）首次提出[94]。在20世纪早期，格哈德·海尔曼（Gerhard Heilmann）出版了一本书，《鸟类起源》（The Origin of Birds）。海尔曼根据恐龙缺乏叉骨（接合的锁骨），而认为鸟类与恐龙间没有关系，他进而假设鸟类演化自鳄形超目或槽齿目的祖先，而非恐龙[95]。后来发现的恐龙化石则发现了锁骨或叉骨[25]，例如1924年发现的偷蛋龙，但在当时被误认为是间锁骨[96]。在1970年代，约翰·奥斯特伦姆（John Ostrom）重新提出鸟类演化自恐龙的理论[97]。随者这几十年来亲缘分支分类法研究的增加，以及更多小型兽脚类恐龙与早期鸟类的发现[16]，这个理论得到更多的支持[98]。其中最重要的是发现于义县组的有羽毛恐龙化石，已发现过多种不同型态的羽毛[25]。鸟类与兽脚类恐龙具有上百个共同的生理特征，它们目前被普遍认为是近亲[99]。鸟类与手盗龙类的关系更为亲近[25]。少数科学家则提出不同的演化途径，例如艾伦·费都加（Alan Feduccia）与赖瑞·马丁（Larry Martin），他们提出类似海尔曼的鸟类演化自原始主龙类假设[100]，或是鸟类起源于手盗龙类，但手盗龙类并非恐龙，而是与恐龙的趋同演化结果[101]。
有羽毛恐龙
著名的印石板始祖鸟标本，位于德国。
始祖鸟发现于1861年的德国南部，是第一个所谓的“有羽毛恐龙”。这个标本出土于索伦霍芬石灰岩矿床，这个地层因为挖出了许多状态极良好的化石而著名。始祖鸟是个过渡化石，明显具有现代爬虫类与鸟类的中间特征。而就在两年前，查尔斯·达尔文（Charles Robert Darwin）发表了《物种起源》（The Origin of Species）一书，始祖鸟的发现使得演化论与创造论的争论更为激烈。这种早期鸟类非常像恐龙，至少有一个标本，因为周围没有明确的羽毛痕迹，而被误认为是美颌龙[102]。
90年代以来，发现了更多的有羽毛恐龙，为恐龙与鸟类的关系提供了更多的证据。大部分的新标本被发现于中国辽宁省的义县组，该地在白垩纪的时候，属于一个小型大陆。虽然有羽毛恐龙仅发现于少数地区，但有可能当时全球各地都出现了有羽毛恐龙。各地的化石纪录很少羽毛痕迹与有羽毛恐龙，可能是因为在化石化的过程中，羽毛与皮肤等脆弱部份，很难被保留下来。原始的羽毛细而缺乏羽枝，已出现在原始的虚骨龙类恐龙，例如美颌龙科的中华龙鸟，与暴龙超科的帝龙[103]，而有羽枝的羽毛出现在虚骨龙类的手盗龙类，例如：偷蛋龙下目、伤齿龙科、驰龙科、以及鸟类[25][104]。但是，有羽毛恐龙本身也有一些争议，其中最重要的是艾伦·费都加（Alan Feduccia）与蒂纲·索拉（Theagarten Lingham-Soliar）所提出的，他们指出这些看起来是原始羽毛的物体，其实是胶原纤维腐化而成的，这些胶原纤维在身前位于恐龙外表覆盖物之下[105][106][107]。他们并提出手盗龙类都不是恐龙，而是与恐龙平行演化的结果[101][106]。但他们的大部分意见不被其他研究人员所接受[108]。
骨骸
因为羽毛被认为与鸟类有关联，有羽毛恐龙被视为是恐龙与鸟类之间的失落环节。除此之外，恐龙与鸟类之间还有许多骨骼上的共同特征，例如：颈部、耻骨、腕骨、手臂、肩带、叉骨、以及龙骨。借由亲缘分支分类法研究，两者之间的共同骨骼特征，加强了恐龙与鸟类的关系与连结。
气腔龙的各部位骨头，呈现许多空洞空间
软组织
根据俄亥俄大学的古生物学家派崔克·欧康纳的研究，大型肉食性恐龙具有复杂的空腔，类似现代鸟类的气囊。这些脚踝类似鸟类的二足兽脚类恐龙，其肺脏可将空气送往骨头内的空腔，如同现代鸟类。气囊过去被认为是鸟类的专有特征，但目前已发现某些恐龙具有类似的气囊系统[109]。在2008年7月份的《公共科学图书馆·综合》（PLoS One）杂志中，科学家宣称发现一种新恐龙，气腔龙，具有类似鸟类的呼吸系统。电脑断层扫描显示气腔龙骨头的内部具有中空空间[110][111]。
恐龙与鸟类有接近亲缘关系的另一个证据则是沙囊石头。这些动物会吞食石头以协助消化，并磨碎胃中的食物与坚硬纤维。发现于化石中的沙囊石头，被称为胃石[112]。
繁殖
一个近几年发现的暴龙化石，其腿部骨头被发现有骨髓骨。这被视为恐龙与鸟类演化自共同祖先的证据，也是首个可鉴定出性别的恐龙化石。雌性鸟类在产卵时，四肢骨头的外部骨质与骨髓之间会产生一种特殊骨层，称为骨髓骨（Medullary bone）。骨髓骨富含钙，只存在于鸟类体内，可在产卵期用来制造蛋壳[113]。目前已在兽脚亚目的暴龙与异特龙、以及鸟脚下目的腱龙化石上发现骨髓骨。因为这三者与鸟类的所属支系，在相当早的时候就已分开演化，因此可推论恐龙普遍会制造骨髓组织。由于曾在亚成年体化石发现过骨髓骨，这显示恐龙达到性成熟的时间很快[114]。
行为证据
一个近年发现的伤齿龙科化石，显示它们睡觉时，头部塞在手臂内侧，类似某些现代鸟类[115]。这种睡姿可使头部保持温暖，是现代鸟类的特征之一。
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