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如何评价钟南山称「疫情首先出现在中国,不一定发源在中国」? 第1页

        

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其实这个看法很早就有了,就是:病毒宿主很大可能是非中国拥有的马来穿山甲,也就是钟院士提到的发源问题。

基本上三杀:

First blood纯粹生信分析发现马来穿山甲最有可能,接下来分别从广东海关和广西海关抓到的穿山甲身上检测到了冠状病毒,其核心区域和2019ncov非常相似,而中华穿山甲却不感染可以说是double kill和triple kill!

真是非我华夏产,其身可带毒啊!

还是要声明:这依然是一种可能性,除非我们真的找到了那只和人类病毒基本一样的动物身上病毒。


First blood——1个月前,首篇分析:病毒可能来自马来穿山甲

这是我1个月前写的一个草稿,但是我胆子太小,所以就没敢发出来。

当时这个草稿是想法是来自这篇文章

在文章中,作作者比较石正丽研究员的文章时候发现,尽管这次病毒和蝙蝠相似度极高,高达96% 。但是,spike病毒这个关键的东西结构域(S1 Receptor Binding Domain (RBD))却明显的不一样,尤其是在第350-530氨基酸序列,相似度仅有91%

作者怀着怀疑,决定去寻找一个更加接近的中间宿主。办法当然是生物信息学了,他们把这次新型冠状病毒的序列丢到公共数据库上进行寻找,结果意外发现,这段序列,竟然和穿山甲的病毒库最像,高达97%的相似度,远超过和蝙蝠91%的相似度

因此,作者认为,马来穿山甲很有可能是宿主。

当然,这篇文章被淹没在了互联网中,毕竟是专业分析,大部分人看不懂,像我这种看懂了又不敢发~


Doublekill—华南农大发表文章,论证了广东海关抓到的穿山甲身上有冠状病毒

2月7日,华南农业大学的沈永义团队开了个发布会,会议上介绍

攻关团队通过分析1000多份宏基因组样品,锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主;继而通过分子生物学检测,揭示#穿山甲#中β冠状病毒的阳性率为70%;进一步对病毒进行分离鉴定,电镜下观察到典型的冠状病毒颗粒结构;最后通过对病毒的基因组分析,发现分离的病毒株与目前感染人的毒株序列相似度高达99%。

前两天,他们的文章也出现在预印本上了,研究使用了2019年3月-12月被广东省海关和林业部门没收的29只死亡穿山甲的组织标本,其中4只中国穿山甲和25只马来穿山甲[2]。

结果是,马来穿山甲大部分有病毒,但是中华穿山甲都没有,而且关键是,核心区域相似度老高了,如下图所示(反正你也不看,我凑个数)


Triplekill—管轶发表文章,论证了广西海关抓到的穿山甲身上有冠状病毒——————

管轶是大家非常熟悉的人了,如今更是有了一丝神秘色彩。

2月18日,预印本网站bioRxiv发表论文“中国南方马来穿山甲2019-nCoV相关冠状病毒的鉴定”[3]

他们从走私的穿山甲中进行检测,发现了2019-nCoV相关冠状病毒。穿山甲身上携带的冠状病毒属于2019-nCoV相关冠状病毒的两个亚型,其中一个的受体结合域(RBD)与2019-nCoV非常接近,达 97.4%,比蝙蝠的RaTG13还高。

这些图你们也别看了,凑数用的

反正到目前为止, 没发现比马来穿山甲相似度更高的了。而马来穿山甲,不是中国本土的!

下图黄色区域是马来穿山甲的生活地方,他们被走私后进入了中国,最后到了武汉。

为什么要走私呢?因为中华穿山甲被人们干的濒危了,属于国际保护上的极危动物,几乎就要野外彻底灭绝了(CR,Critically Endangered表示该物种所面对的威胁及危机等级为极高,是仅次于灭绝及野外灭绝的评级)。


但是,这里有个问题难以解释,就是,为什么沿途没有爆发,到了武汉爆发了呢?

而从这个病毒的序列和武汉病毒的一些差别来看,极有可能是,它们在武汉那个地方发生了变异。这也是为什么我们看到武汉病毒扩散的时候有个mv1[4]


关于病毒发生重组的事情我有点搞混了,请大家见谅。这里放上病毒学大佬@Vigorous Cooler 的一张图,这个图我觉得是概括的非常完美的一个分析。

顺便,穿山甲是哺乳动物!


参考文献就不放了吧

2 KP Xiao Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins. 2020

3 Tommy TY Lam Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China. 2020

4 WB Yu et al.Decoding the evolution and transmissions of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) using whole genomic data

最后,谢几位邀请


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这个剧本我看过,而且很熟悉。

不知道诸位还记得去年(2019年)10月份的英国货车39名遇难者惨案吗?

我们姑且称之为1.0版。

1、惨案发生,率先有媒体炒作。

2、美CNN向发言人华春莹提问:你之前提到,为庆祝中国过去70年取得的巨大成就和进步,本月初中方举行了国庆相关活动。但中国公民却通过这种极端危险的方式离开中国,他们是出于何种动机?外界应该如何理解?

3、XX:自我反思、呜呼哀哉,这国怎,定体问。

4、央视网、环球时报等官方媒体:“尚不能确认遇难者为中国国籍。”

5、“39名遇难者均为越南籍”

6、美CNN:“逝者安息,大家不要在意国籍。”

英BBC:“为什么他们一定要去英国?”


7、XX们安静了,新冠肺炎爆发,现在来了2.0版。



2.0版

1、新冠肺炎爆发,谣言四起,媒体炒作。

2、美国华尔街日报:中国是真正的亚洲病夫(China Is the Real Sick Man of Asia)

德国明镜周刊:“新型冠状病毒:中国制造。(CORONA-VIRUS Made in China)

3、XX:“自己制造出来的病毒还好意思丧事喜办,让别人抄作业!?”

“我们可不可以说话语调稍温和并带些歉意,向全世界鞠个躬,说声:对不起,给你们添乱了?”


4、央视网等官方媒体:“钟南山:疫情不一定发源在中国。”

目前到第四步了,后续我们再看,反正我是觉得整个流程无比熟悉。

如果事后证明了真的源自于国外,我恳请祖国拍一部电影。

《中国战“疫”》

让世界看看中国担当,看看医务工作者们、逆行者们的努力,看看14亿人上下一心共同抗疫的壮举,看看中华文化的精髓,更让世界看看,为什么世卫总干事会说:“在许多方面,中国实际上正在为疫情应对制定新的标准。”看看为什么,世卫专家会说“武汉人民,世界欠你们的。”

当然了,也让不客观的西方媒体、造谣的人、不论国家怎样都恨这个祖国的人,在影视作品里用国家的第一视角对号入座,好好看看自己。


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确定病毒传播者这个事很有意思。

看看今天北京发布的新增10个病例传染轨迹很有意思,定性外省输入聚集感染。输入者是一位确诊者的同事,河北邯郸人。

这位邯郸人2月3号入京上班,6号有呼吸道症状,9号回邯郸,而且已经自愈了。

哪怎么找到这位传播者呢,报道说北京让河北疾控中心配合给这位做了抗体检测,阳性。

估计是核酸检测阴性。才又

河北疾控中心应该很懵逼,这个要不要算进确诊人数?


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微博所截取的钟南山的话是有问题的,这个问题在于,它错误地把一个“补充说明的话”当成了一个“重点表达的话”

什么意思呢?钟南山的那段讲话,网上有视频,每个人都可以找到。我把他的发言内容,大致抄录如下。

“高峰,我们预测是2月中,接近2月底。2月10号左右,当时我讲这个话的时候,立刻有几个微信给我,他说,你的话将在几天之内被碾得粉碎。但是到了2月15号以后,果然下来了。我们现在的预测是6、7万,到现在为止(全国累计)是7万8吧,(还是)7万几。我们更接近于国外常规的预测结果。当时我们没有考虑到国外,现在国外的情况比较严重,我们还要考虑另外一方面。但首先要考虑中国,因为发源在中国。也可以这么说吧,首先出现在中国,不一定是发源在中国。他们的预测是最早5月底,但我们的预测4月底基本控制。那现在还没到,我们想比一比,到底谁更对。”

这段话,但凡你有点阅读理解能力,你都能明白钟南山在重点表达什么。

钟老整段所表达的意思是,之前他和他的团队预测疫情高峰,预测结果是对的;在预测全国累计人数时,他们的看法也比较接近现实情况;而现在预测疫情的基本控制时间,他有信心比国外预测得准。

也就是说,钟南山这段话的中心思想是:我和我的团队,对于这次疫情的几个判断是靠谱和相对准确的。为了证明他的这个论点,他举了几个数据的例子来佐证。

这是一个很正常的表达流程,就是当我在试图表达一个观点时,我会用论据去论证我的观点。

而人民日报所截取的那一部分,并不是钟南山这段话想要表达的内容,它只是口语中的一个补充说明。

钟南山并不是想告诉大家“疫情不是发源于中国”,因为假如他想表达这个意思,他一定会围绕这个观点,给出几个用来论证的论据。

“首先出现在中国,不一定是发源在中国”,这句话当时的语境是:钟南山预测的新冠累计病人数和现在的情况比较接近,但是当时他在说这个数据时,并没有考虑到国外,而是首先考虑的中国,因为发源在中国。

而当他说出“因为发源在中国”这句话时,他忽然意识到这句话不妥当,因为目前还没有明确证据可以证明新冠发源在中国,于是他立即做出了一个补充:“也可以这么说吧,首先出现在中国,不一定是发源在中国。”

这是一个非常严谨的补充,因为人的口头表达,在准确性与严谨性上是一定不如书面表达的。钟南山一开始的那句“因为发源在中国”,这句话的意思,在他脑袋里更接近于“因为最早的病例出现在中国”。

为什么有些领导人说话非常慢?就是因为他们要在脑袋里考虑清楚那句话说出来的意思,会不会引发歧义,能不能准确表达自己的想法。

钟南山当时那番话说得很快,所以当他说出“因为发源在中国”时,那不是他的本意,他也意识到这句话容易引发歧义,于是才做了补充说明。

把这段用做补充说明的话,当做钟南山的发言中心思想来截取,本质上是一种断章取义。

——————————————————————

因为答案被顶上来了,所以为了防止有人曲解我的意思,我必须做出一些补充。

1、“我指出钟南山的话被断章取义“ 不等于 “我认为病毒发源在中国”,也不等于“我跪舔国外”,我只是就事论事。

2、钟南山说“病毒不一定发源在中国”,这句话不等于“病毒一定不发源在中国”。

3、有人说这句话就算被单独拎出来,意思也是对的。不,不是这样的。

在没有明确证据证明病毒发源于中国之前,“病毒不一定发源在中国”无论在逻辑上,还是在现实中都是不言自明的。但是,当人民日报孤立地把这句话拿出来发表时,不明白(也不去求证)上下文的观者,就会以为钟南山团队找到了证据,可以证明“病毒一定不发源在中国”。

这时观者的理解,就和说者的原意出现了偏差,而那条微博下的各种评论所呈现的,就是理解偏差后的结果。

4、即便未来可以证明“病毒确实不发源在中国”,也不代表此刻“人民日报断章取义钟南山”是正确的,这是两码事。

5、尊重一个人的体现,是认清他到底说了什么,而不是断章取义别人的话。

6、在任何事情上,永远不要立场先行,因为一旦你认定了阴谋论,你永远都能为其找到证据。最重要的是要就事论事,实事求是,这样才不会被带偏。


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之前我提问说源头可能不是海鲜市场,

一坨人说是海鲜市场老板让science写文章给海鲜市场洗地,


转发个日本新闻,说美国流感中可能有一部分人是新冠,

一坨人坚信他Měi·diē 就是优秀,就算是,也是中国人传的,


我再回答,日本也就那样吧,我觉得措施挺好的,

这次,我又被扣成了 Jīng·rì


抡键盘的这些张口就喷的是更能思考么?那显然不是,

两个特征是明显的:一是随着大流不断复读;复读机当个机器人就算了,第二点才是可怕的,他们不允许有何他们想法不一致的存在,这还真是以为大流无所不能,有卵用?


那这次我就喜闻乐见了,看看这话由平时他们追随的钟院士口中说出,他们该怎么选,非常有趣。

至于「疫情首先出现在中国,不一定发源在中国」这种话,

显然的呀,那么多国家无中国直接/间接接触史病例的发现,做出这一推测合情合理,稍微有点思考能力的人都会信的,

但是,我还是想看他们怎么演。


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细思极恐?美国去年爆发的不明原因肺炎是怎么回事?

从疫情爆发以来,各种关于病毒来源的说法就层出不穷。从最初华南海鲜市场的蝙蝠汤视频在微信群里流传,到指责武汉P4实验室病毒泄露的消息刷屏朋友圈,再到美国利用武汉军运会散播生物武器的阴谋论,故事情节都引人入胜,各有拥趸。最近,一向谨言慎行的日本媒体更是爆出“猛料”,矛头直指美国CDC,称美国目前大流行的流感病人中,其实包含了大批新冠病人,而CDC并没有把他们检测出来,直到最近才宣布开始在个别城市中进行常规新冠病毒检测。

美国CDC立马进行了“辟谣”,称到目前为止,美国CDC没有证据支持日本方面的相关猜测。美国CDC一直把流感监测工作的作为自己的招牌,牵头成立了各种监测网络,用于收集流感数据,并以周报的形式发表在官网上。从目前的数据来看,有个地方值得我们关注。下面左边的图反映的是门急诊病人中因流感或者流感样症状而就诊的比例,右边的图则显示住院确诊的人数。可以看到今年的出现流感样症状的病人比例很高,基本达到了17/18年度的水平,但住院确诊的却远不及17/18年度。那么那些没有确诊为流感却又有流感症状的病人是得了什么病呢?

事实上,从去年8月份开始,美国便爆发了一种不明原因肺炎。这种肺炎以发热、咳嗽、呼吸困难等流感样症状为主要特点,也可伴有腹泻、乏力等症状,部分患者会发展为重症,需要呼吸机支持治疗。短时间内各地纷纷出现类似病例,常见的细菌、病毒、真菌等病原体感染或者自身免疫性肺病等均无法解释其病因。

于是美国CDC出手调查,发现这波肺炎病人里大部分人(但不是全部)都吸过含有四氢大麻酚(THC)的电子烟产品,认为吸入含THC的电子烟雾与该病具有相关性,并在10月份将其命名为EVALI(e-cigaretteor vaping product use-associated lung injury),后续的研究表明THC产品中非法添加的维生素E乙酸酯可能是真正的罪魁祸首。但从一些已公开发表的论文来看,一线医生可能并不买账。

这波肺炎于去年9月达到巅峰,最终波及至全国50个州,甚至海外军事基地。截止到2020年2月25日,已有2807例确诊,68例死亡。其中,确诊病例还只计算了住院治疗的病人。照美国人小毛小病不看医生的尿性,恐怕真实数目有待商榷。这肺炎威力,是不是可以和新冠一较高下?


那EVALI是不是就是新冠肺炎呢?

首先,必须承认EVALI和新冠肺炎相似程度的确很高。当我们描述一个病理生理机制尚不明确的新发疾病时,通常可以从流行病学、症状体征、辅助检查、诊断标准和治疗方式等多个方面去进行。两相比较,不难发现,在没有可靠病毒检测方法的情况下,很难将二者区别开来。而且从治疗方式上看,两者均无特效药物,采用治疗新冠肺炎的手段可能也能治愈EVALI。

但是也必须指出,在目前所有公开的证据中,暂时还不能证明EVALI具有传染性,也没有报道说出现了医务人员感染。我们常常诟病武汉1月初的专家否认人传人,但其实要确认并公布一种新发的可以人传人的传染病是需要非常谨慎的。可能存在聚众吸烟共同发病的病例,但无法判断他们是因为互相传染还是因为共同暴露在同种环境中导致了发病。

那会不会EVALI其实是某种传染性不强的病毒引起的呢?这种病毒漂洋过海来到武汉后发生了某种基因突变,或者在华南海鲜市场的某种动物身上发生了基因重组,从而点亮了传播技能,然后变得一发不可收拾,直到中国的专家们发现了它并将其命名为新型冠状病毒?

完全有可能!

自从21世纪SARS、MERS陆续发生以来,人类就知道,新型冠状病毒的爆发是意料之中的事。冠状病毒是一种RNA病毒,只有一条核酸链,通俗点讲就是那种一人吃饱全家不饿的潇洒病毒,特点就是容易突变,产生无穷无尽的子子孙孙。最近的一篇研究就追踪了下世界各地所有新冠病毒的祖孙关系,结果惊奇地发现武汉华南海鲜市场的新冠病毒并不是最年轻的!那它的祖先在哪里呢?没错,就在太平洋的彼岸,美国发现的新冠病毒存在更古老的序列。

不过这还算不上石锤,如果要进行确认,需要对EVALI病人采样,寻找是否有和新冠病毒同源或相近的未知病毒。我们最开始是怎样发现新冠病毒的?下图是李文亮医生曾经发在微信群里的一份报告,从右上角可以看出这张最先吹哨的图其实是一份超广谱病原微生物NGS检测报告,这是一种利用二代测序方法来检查病人样本中所有可能病原体的技术。现有关于EVALI的报道都只声称检测了流感、副流感、腺病毒、呼吸道合胞病毒等常见呼吸道感染病毒以及HIV病毒等,是否进行过NGS检测、检测结果如何均未可知。

然而,美国CDC于2020年2月25日宣布不再发布EVALI周报,称归功于美国已禁止在电子烟产品中非法添加维生素E乙酸酯,EVALI病例已经逐渐减少。这也成为了部分人否认EVALI是新冠肺炎的论据。这个肺炎为何像当年的非典一样来势汹汹又悄然消失?表面上看像是通过颁布电子烟禁令去除了病因,但有没有人想过其实是因为丧失了易感人群?

新冠病毒侵入人体,是通过人体内一种叫ACE2的蛋白质,一项最新的研究发现吸烟人群中ACE2受体表达明显增高,意味着吸烟人群可能更容易得新冠肺炎。如果EVALI是一种病毒引起的传染病,因为在传到武汉之前没有点满技能树,平时只能感染少部分人或者只能引起隐性感染。而在维生素E乙酸酯等小分子物质的帮助下,能够更加容易地与人体的ACE2受体结合,使得这批吸电子烟的人群成为了易感人群。如此一来,这个故事就完全讲通了。现在病毒出去转了一圈变大变强后又卷土重来,美国CDC的最新表态已认为新冠病毒疫情随时会在美国出现大规模爆发。

当然,以上故事只是一个假说。但想想1918年源自美国的“西班牙流感”,再想想2009年源自美国的“墨西哥流感”,我想说的只有:


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武汉的航班一半飞东南亚,结果印尼到现在都没有发现一例新冠案例,菲律宾没有社区传播。这事儿你信吗?


反过来说,假设新冠源自印尼、菲律宾,新冠也一定会在他们之外的国家先爆发,例如中国。

我说的是"假设",假设检验是一个很好的证明方式。


很多朋友在评论区提到气温的作用,然而印尼的邻居新加坡也在热带现在98例了,一多半是社区传播案例,作为一个国家仅次于大爆发了的中韩日意伊,作为一个500万人口的现代化城市,跟比它冷的多的台北、香港、首尔、苏州、杭州相比也是毫无优势。

所以过高估计气温的作用,至少在新加坡的邻国中是不现实的。

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其实道理很简单,就难度而言,分三个层级:

"知道中国有新冠疫情后,发现本国源自中国的输入性新冠病例"

"知道世界上有新冠疫情后,发现本国社区传播的新冠病例而不是当流感处理"

"世界上还没有发现新冠肺炎,自行发现本国有未知肺炎并证实是新肺炎而不是当流感处理"



如果大多数国家都做不到第三点,甚至做不到第二点,那"先爆发就是源头"的逻辑就无疑十分可笑了。


另外补充一个信息,美国本土15号病例,疑似社区传播,在2月19号转院时已经上了呼吸机之后依然被加州大学戴维斯分校的医院拒绝检测新冠,到四天后2月23号才接受新冠测试,26号确诊。

医院的辩解是"是新冠的可能性很小"。

问题在于,就算不是新冠,可这也不是其他已知呼吸系统病毒感染呀。是新冠是大新闻,不是新冠更是大新闻吧。

如果不做新冠检测,那跑个病毒测序啥的,总是应该的嘛。

可见即使是加州,也不能保证做好第二个层级。毕竟有的人得了新冠不用上呼吸机就好了,有的人上了呼吸机等不了四天就走了。更谈不上第三个层级了。


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9月份儿之前,美国就有一些非常类似新冠肺炎症状的患者。

在武汉军运会期间有传染病患者。

然后武汉就爆发了…我觉得日本人的说法不是没有可能,搞不好美国的流感当中有很多人就是死于新冠肺炎。


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本答案偏技术,枯燥预警。

有新的结果会放在末尾,不定时更新。

先放主要结论

现阶段数据无法通过溯祖分析得到病毒从哪个国家传来的。

“随意的猜测是不负责任的”“应当避免在证据不充足的时候随意发布消息” ——张文宏

本答的目的在于:通过复现实验过程,来告诉你这些结论有多不靠谱

另外,说点与正文无关的东西。穿山甲是哺乳动物,蝙蝠也是哺乳动物!他们跟人类的系统发育关系都不算特别近!或许蝙蝠还稍微近那么一点点。参见下图(绿色蝙蝠、红色穿山甲、蓝色人类)。并不是说因为穿山甲是哺乳动物,所以它比蝙蝠更适合成为中间宿主,而是因为它身上的病毒的某些关键基因与人类病毒更加接近。但是,无论是穿山甲还是蝙蝠,目前检测到的他们身上的病毒离人类病毒都还有着相对较远的距离(4%~1%)。


正文开始:

这两天看了很多关于病毒发源地的猜测,连60多岁的老父亲都开始说“五毒尊者”了,主要的依据来源于下面这篇文章:

文章使用了生物地理的研究方法,分析了93个病毒基因组,计算了单倍型网络并进行了分组。有H13和H38因为在网络图中与蝙蝠的序列最为接近(见下图),被认为是祖先单倍型(ancestral haplotypes),而这两个单倍型不存在于中国,由此引发了一系列猜想。

然而作为一篇预印本的文章,其方法和数据都有很大的缺陷,不完善的结果很容易成为滋生各种阴谋论的土壤。下面我们来用最新的数据重复一下这个实验,看看会有什么样的结果,大部分人对分析过程不会感兴趣,可以跳到最后看结论。

首先亮数据,我们的数据来自Global Initiative on Sharing All Influenza DataNCBI以及新型冠状病毒信息库,共计171条全基因组数据,包括170条人类来源的SARS-CoV-2和1条蝙蝠的冠状病毒序列RaTG13,数据更新到今天早上(2020-2-28)。有5条数据质量由于质量较低而被删除,最终使用了166条全基因组数据。

在Geneious里面使用MAFFT插件进行排序并预测orf,拆分orf后使用自编脚本进行单倍型的计算(与DNASP的结果一致),算好的单倍型导入popart计算单倍型TCS网络(Medion Joining Network的结果基本一致)。

上图是全长13218的ORF1的结果。图中,红色表示中国,蓝色表示美国,绿色是蝙蝠的序列,其他的国家和地区都用黑白表示。在增加了大量数据的情况下,祖先单倍型(其实这么说是错误的,下文会解释)是Hap16,Hap22,Hap31,分别分布于新加坡、德国和韩国,图中也没有明显的分组。

接下来,我们用蝙蝠病毒作为外类群对单倍型建ML树,建树的结果导入RASP中用DEC模型进行祖先分布区重建,因为图比较大,因此只保留的接近基部的位置。

在这张图里,中国、德国和韩国是最可能的祖先分布区。其他几个ORF这里就不做了,感兴趣的可以自己做来试试。

德国!?韩国!?显然不太可能。为什么我们增加了数据,完善了方法,却得到了更加奇怪的结果?原因是:虽然我们增加了很多数据,但是从蝙蝠病毒到人类病毒这部分依然是缺失的。蝙蝠病毒和人类病毒还有着遥远的距离,导致现阶段的溯祖分析无法得到稳定的有意义的结果。或者可以说:外类群离得太远了

结果不稳定到了什么程度呢?用不同ORF和全基因组数据做出来的结果各不相同。如果只看ORF1区,蝙蝠病毒和新冠的同源性是96%左右,这4%的差距在单倍型分析中意味着什么呢?如果仅仅考虑165个新冠病毒,可以获得146个变异位点,两两之间平均变异数量约为3个,但如果把蝙蝠病毒加上,其和其他新冠病毒之间的平均变异数量约为130个。这样的研究相当于在130米开外放一堆苹果,苹果之间平均间隔3米,让你蒙上眼睛走过去抓,当然是抓到哪个苹果都有可能啊。在之前的答案下有位答友也给了个很好的例子:这种研究相当于用红毛猩猩跟各色人种相比较,来推断哪个人种最先出现。显然是不可靠的!不可靠的!

那么,如上的研究能够相对准确的说明什么呢?

1、在全球范围内,SARS-CoV-2变异度依然很低。

2、增加了城市数据后(可以自己做做看),可以发现华南海鲜市场的数据全部集中在最主要的单倍型中(图中H1),这意味着华南海鲜市场只是病毒的一个扩散中心,并不是发源地。

3、增加时间数据后,可以发现病毒在2019年12月初就已经开始流行。

4、来自美国病毒的单倍型种类很丰富,仅次于中国。

不能说明的是(甚至无法进行合理推测)

1、某些某些病毒单倍型是“祖先单倍型”。

2、病毒从某个国家最先开始人传人。

3、对病毒单倍型的各种分组。


更新一下ORF合并分析的单倍型图和单倍型分布地图:


3月1日更新

关于美国的问题,现在主要有3种假说:

1、美国病毒的早期的单倍型主要来自于中国的直接输入。(截止到最后的基因组数据的采样日期2月23日)

2、美国病毒的早期的单倍型主要来自于中国的输入病例在本地爆发后的变异。

3、美国病毒的早期的单倍型部分源自于本土爆发后的变异,部分来自中国的输入和输入后的变异。

简单的说,假说1和假说2都是中国起源,区别是1认为美国并未爆发,2认为美国已经爆发。假说3是美国起源,也就是现在认为的阴谋论

目前的基因组数据不足以否定任何一个假说。

用BEAST基于全基因组建树,重新进行了分组,绿色的样本来自中国或者有中国旅行史(没有完全统计)。基于这张图和单倍型的分析,目前的数据更加支持假说1,但是因为分支的支持率较低,传播链不完善,不能否定假说23。

未来有了更多数据会怎样呢?

如果美国重新检测了11月或更早期的流感病人样本,在其中发现了新冠阳性,那么结论会倒向假说3,美国政府可以出来谢罪了如果中国也检测了11月或更早期的病人样本,在其中发现了新冠阳性,结论又会回到假说1和2

如果始终没有发现11月或更早期的样本,但有了更多12月及以后的基因组数据,并且完善了传播链,那么假说1或2会有更强的支持。其中:如果美国的样本分散在树的各个部位,那么假说1胜出,如果部分没有中国旅行史的美国样本聚成一支,那么假说2胜出。

让我们拭目以待。


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前几天专门写了一个推测。


我们看到的事实包括

1、深圳和美国病例的病毒基因,早于武汉海鲜市场基因。

2、日本人发现日本病例有从夏威夷回来的,所以怀疑美国人带病毒,传染给日本人。

3、中国的零号病人一直没找到。

4、伊朗内地与中国联系不大的地方突然爆发,而且死亡很多,说明已经有一段流行时间了。

5、美国2019年下半年流行一种电子烟肺炎,症状和治疗问题与新冠非常接近。有兴趣的可以找找当时电子烟肺炎的资料。

6、肺炎的野生动物来源是中华菊头蝠,这个蝙蝠分布广泛,从印度接近伊朗的地方到东南亚和中国大部分地区都有。

7、新冠病毒是RNA病毒,非常容易变异。

8、意大利的那个小哥,接触的中国来源都是阴性,但是这个小哥去过夏威夷……


所以,我们可以这样推测。

1、这个病毒起源不在中国,而是中华菊头蝠有分布的不发达东南亚国家,初始病毒感染力、毒性都比较弱,可能已经在某地人群中流行过,并且当地人有抗体。

这个时候病毒已经有感染人的能力,但是当地人有抗体,不流行。当地的医疗系统也没有能力发现检测病毒。


2、病毒通过某些物品或者某些人传播,美国电子烟是第一次已知的流行。这次流行,病毒的重症率和致命性比较强,半数要重症监护。

当然,也有可能是轻症的时候,一些美国人不去看医生,靠自愈缓解。

此时病毒传染力可能很弱,部分重症人群混杂在流感数据之中。没有引起重视和研究,没有发现。

但是这个传播力比较弱的病毒也在变异,感染性也在加强。美国近期流感数据出现恶化迹象可能是这个原因。


3、武汉的病毒为输入型,但是在海鲜市场变异,感染性进化为超强,引发大规模流行。其他地区虽然存在,但是感染性不强,甚至毒性也不强,依然潜伏。

在武汉,这个病毒首先进化到超强感染性,挤兑医疗系统。

因为中国有比较强的医疗监控系统,做CT价格相对便宜。中国医生从大量异常CT影像中发现问题,揭开盖子,开始对病人监测。

武汉的科技力量比较强,在12月分离出新冠病毒,这才发现这种病毒。



4、伊朗的病毒,可能有一条单独的传播的途径。病毒变异的毒性可能更强。在中国发现之后,伊朗才可能检测这个病毒,并且发现是新冠病毒。伊朗这个病毒可能有一条单独的进化路径,其感染性和毒性也在进化。


5、目前已知武汉版本及其变种,进化出超强的感染性。能够压垮医疗系统。而且武汉这个超强感染性的进化是很晚才完成的,早期武汉流行期间可能时间长但是感染人数不多。但是1月份以后,武汉的情况急剧恶化。

美国电子烟版本可能也有很强的毒性,但是感染性一般,或者仍在进化之中,目前还没有压垮美国医疗系统。美国目前没有大规模检测,对非输入型的病毒情况不知情。

美国CDC的发言很有意思,这个南希可能知道一些未公开的信息,才会在美国仅仅公布少量案例的时候,就说情况可能很糟糕。

还有一种可能是美国知情,所以才在10月份找包括全球中国高院士在内的全球专家,搞了一个演习,预测新冠病毒对世界的影响。

美国已经知道这个病毒,但是无法防治,选择跪了。而且当时美国版本传染性没有武汉那么强。

所以美国模拟了病毒在巴西爆发。


6、世界可能多个国家有这个病毒,但是大部分都没进化成强毒性,强感染性,没有传播开。

或者已经传播,因为发病国家薄弱的医疗系统,未能发现。从新加坡的情况看,高温结界虽然不能消灭病毒,但是可能对减缓病毒的传播速度有一定效果。

目前,暴露出来的国家,无论是从哪传播的,都有强毒性,强传染性,能够压垮医疗系统。

未暴露出来的国家或者医疗系统弱,看病贵,穷人根本不治疗,体现不出来。或者没有科技能力,或者病毒尚未进化的这么厉害。

病毒进化路线,需要世界各地采集到病毒的样本,对其亲属关系进行分析,找到其最初从蝙蝠到人的传播和治病的情况。才会弄明白传播路径。

7、这个病毒在人类中传播,对全人类构成严重威胁,需要世界各国合作来消灭他。




        

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