取决于物种。
许多进行冬眠的动物(主要是啮齿类、部分灵长类)在冬眠期间会有一定规律地醒来,改变姿势、排尿、排便、吃点周围储备的东西。保温性能较好的冬眠环境会让这唤醒的周期更稳定。
也有一些动物(例如熊)在冬眠期间不用排尿和排便,它们会浓缩尿素并回收,以死细胞和分泌物组成的一截坚硬大便暂时防止排便,在春天起来后大规模排泄。一些科学家在考察熊于冬眠状态下保持肌肉不萎缩、健康地代谢脂肪并从中取得生存所需份量的水的机制,希望将来能用在更多哺乳类身上。
还有一些变温动物(主要是鱼,少数两栖类和爬行类亦可)以抗冻蛋白等机制在体内的水被冻结时坚持不死亡,在气温升高后恢复活动。将冻结状态视为“冬眠”的话,它们不会在冻结状态排泄。
冬眠不是睡眠,结束冬眠后的动物会表现出睡眠剥夺的症状,在一段时间内需要额外长的睡眠时间来偿还睡眠债务。