台湾专家推断新冠病毒发源于美国，因为美国有全部五个病毒族群，这靠谱吗？
首先，我们来梳理一下这个说法可能指向的科学背景：
病毒分类和“族群”的概念
在病毒学中，病毒的分类是一个非常复杂且不断发展的过程。病毒学家们会根据病毒的遗传物质（DNA或RNA）、复制方式、形态结构、宿主范围等多种因素，将病毒划分为不同的层级，最主要的层级包括：
目 (Order)：病毒分类中最高的层级，例如“核酸类病毒目” (Nidovirales)，冠状病毒就属于这个目。
科 (Family)：例如“冠状病毒科” (Coronaviridae)。
属 (Genus)：例如“甲型冠状病毒属” (Alphacoronavirus)、“乙型冠状病毒属” (Betacoronavirus) 等，新冠病毒就属于乙型冠状病毒属。
种 (Species)：这是最基本的分类单位，例如“严重急性呼吸系统综合征冠状病毒” (SARSCoV) 和“严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2” (SARSCoV2)。
“五个病毒族群”的说法从何而来？
这个说法听起来像是对某种特定分类方式的简化或误读。在生物学中，“族群”（population）通常是指在特定区域内，同一物种的个体集合，它们之间进行基因交流。但对于病毒来说，如果指的是其遗传多样性，或者其祖先谱系的分支，那么“五个族群”可能指向的是病毒在早期演化过程中出现的一些主要分支。
冠状病毒的普遍性与起源推断的复杂性
冠状病毒是一大家族，它们广泛存在于自然界，尤其是在蝙蝠、鸟类、啮齿类等动物体内，许多冠状病毒株可以跨物种传播，并可能通过中间宿主感染人类。因此，发现不同类型的冠状病毒或病毒的遗传痕迹，并不直接等于其发源地。
对“美国有全部五个病毒族群”这一论据的质疑和分析：
1. “五个病毒族群”的科学依据模糊： 在主流病毒分类体系中，并没有“五个病毒族群”这种明确的划分方式来概括冠状病毒的全部多样性或起源分支。如果这个说法是指某个研究在特定时间点观察到的早期病毒基因序列的分支，那么它需要非常详细的同行评审文献支持，并解释清楚这“五个族群”的定义和它们之间的演化关系。
2. 病毒起源的推断是基于多维度证据： 科学界推断病毒起源是一个极其复杂的过程，需要综合考虑以下几个方面：
基因序列分析： 这是最重要的工具。通过比对病毒基因组的同源性、突变率、重组事件等，可以追溯病毒的演化历史，寻找最接近的祖先，并推断传播路径。
宿主范围和中间宿主： 寻找在动物体内与SARSCoV2基因序列最相似的病毒，以及可能存在的中间宿主，是确定起源地的关键一步。
流行病学调查： 追溯最早的病例，分析疫情的传播模式和时间线。
环境采样和病毒基因组测序： 在可能起源的地区进行广泛的环境采样（例如野生动物市场、蝙蝠洞穴等）并进行病毒基因组测序。
3. 科学界主流观点： 目前，大多数关于SARSCoV2起源的科学研究倾向于认为，病毒起源于蝙蝠，并且可能通过某种中间宿主（例如穿山甲、某种啮齿类动物等）传播给人类。最早的人类病例被广泛认为出现在中国武汉。但是，科学界也承认，病毒的真正起源地和传播链的起始点是一个需要持续深入研究的课题，不排除任何可能性，但需要有充分的科学证据支持。 也有一些研究提及在其他地区发现的早期病例或病毒痕迹，但这些研究的结论同样需要严格的科学证据来支撑，并经过同行评审。
4. 病毒族群的广泛分布： 即使某个地区发现了某种病毒的多个分支或“族群”，这并不一定能证明该地区是病毒的发源地。病毒在演化过程中，可能会随着宿主迁徙、动物贸易、环境变化等因素而传播到全球各地，并可能在不同地区产生不同的基因分支。例如，蝙蝠是SARSCoV2的天然宿主，而蝙蝠广泛分布于全球多个大洲，这使得在蝙蝠体内找到与SARSCoV2高度相似的病毒并不局限于某个特定区域。
5. 证据的侧重与误读： 台湾专家提到的“美国有全部五个病毒族群”这个说法，如果属实，可能指的是在基因序列分析中，从世界各地采集到的SARSCoV2样本，其遗传多样性可以被大致归纳为几个大的分支，并且这些分支的某些代表性序列在美国的样本中也有发现。但从“发现了多个分支”推断“就是发源地”，在逻辑上存在跳跃，并且忽略了病毒全球传播的可能性和证据的综合性。 病毒的广泛分布和遗传多样性是病毒演化和传播的自然结果，而非病毒起源的唯一证据。
总结一下，台湾专家推断新冠病毒发源于美国的这个说法，其核心论据“美国有全部五个病毒族群”听起来比较笼统且缺乏明确的科学定义。 即使在世界各地（包括美国）的病毒样本中发现了不同程度的遗传多样性，这本身不足以构成病毒发源于美国的充分证据。病毒的起源研究是一个极其严谨和复杂的过程，需要大量跨学科的证据链条支撑，并且要排除其他更合理的解释。在科学界，目前主流观点和证据指向的是病毒自然起源于蝙蝠，并可能在亚洲地区传入人类。但科学研究总是开放的，任何新的、有力的证据都可能改变现有的认识。
如果想进一步了解此事，建议查找相关的科学论文和专家的具体论证过程，而不是仅凭一句话的结论。要理解病毒起源，需要关注的是基因测序的完整性、系谱分析的严谨性、流行病学调查的深度以及是否存在直接的环境或动物宿主证据。
网友意见
从来都是把台湾政论节目当娱乐版块看的大陆正能量自媒体破天荒地拿台湾节目当科学证据，那必然是因为很靠谱。
呼吁全世界各国加强病毒全基因组检测，越多的数据越接近真相。
首先要说明一点，溯源问题上，主要是讲究证据链和概率，尤其是目前的溯源文章基本上是生信分析，也就是我经常自我调侃的科学算命，主要是一个概率问题。包括版纳所的这篇文章也是我们老同行的作品。
其次，各位要否定我们的研究时候，一定要给出真实可靠的证据，那就是核酸证据，千万别总是想着各种缺乏真实证据的东西，尤其是症状相似这种玄乎的东西。
所以，有一分证据，说一分话。
台湾这个专家的推断，在当前证据下，基本上不成立，至少从流行病学上，台湾专家提到的美国有全部5个病毒株群，很打脸的是，这些人，全是有武汉旅行史或接触过武汉旅行史的。
那个古老的H38，是美国的第一例，他是个回武汉探亲的中国人，
所以，你说武汉到底有多少病毒株没被检测？？？因此，强烈建议武汉继续检测，不过好像没可能了~~~
1，美国的发病晚于中国，且有武汉旅行史
尽管从进化上分析，我们发现美国的和广东的病例说携带的病毒属于较为古老的病毒，但是，这并不能说明病毒是其他地方的，事实上，这两个患者，他们的旅行记录表明 2019 年 12 月底至 2020 年 1 月初都来过武汉，然后他们都是1月份发病的，晚于武汉。所以，流行病学上是在武汉被感染的。上面的研究，只能佐证他们并不是被华南海鲜市场病毒感染的，而是可能来自武汉其他地方的病毒。而这也引出了一个本研究的根本上缺陷——病毒样本不完善。
原文引用了两篇文献，我查了下，如下
广东首例：
They had no history of contact with animals, visits to markets including the Huanan seafood whole sale in Wuhan, or eating game meat in restaurants.——柳叶刀[1]
美国首例：
Although the patient reported that he had not spent time at the Huanan seafood market and reported no known contact with ill persons during his travel to China——新英格兰[2]
2，武汉的问题在于样本太不客观
尽管在这个计算中，武汉个体是非常多的，但是很遗憾的是，不具有统计学上的普遍性
事实上，尽管整个研究选择了93个样本的基因组，是迄今为止发表的关于新型冠状病毒疫情最大规模群体基因组研究，但是，这个研究样本还是不够全面。
武汉样本样品采集时间局限于 2019 年 12 月 24 日和 2020 年 1 月 5 日。而那个时候，当地对于疫情的排查集中在了华南海鲜市场，而样本来自几家定点医院，换句话说，样本取样地不具备统计学上的无偏性，这导致最终的数据分析也必然受到了影响，也就是garbage in，garbage out。
然而根据目前看法，早期患者没有华南海鲜市场接触史
最早报道的病例是12月1日，这个病例并没有华南海鲜市场暴露史，接下来12月10日新增的3例患者，有2例无华南海鲜市场暴露史。换句话，在早期爆发的4例中，有3例都是没有华南海鲜市场暴露史的，这就意味着，最早的源头，应该不是华南海鲜市场。
这意味着，华南海鲜市场不是最早的源头，应该是武汉其他区域，所以，用华南海鲜市场的样本来，从一开始就不是早期样本，自然后续推论也有问题了。
事实上，我们根据广东和美国的病例，可以推测出，武汉本地存在更古老的单倍型H13 和 H38。因此，要想完整的溯源，事实上对武汉后续发病例进行更广泛的基因组检测，这样才能更好地确定真正的源头。
然而，武汉早期提供的样本要求必须有华南海鲜市场接触史：
这意味着，从源头上，武汉就直接把样本给限定了。这种情况下，你哪怕测序1万例，也只能看到从这个地方起源的那些病例，也就是这个图
有啥意义呢？
从华南海鲜市场采样，然后证实这些华南海鲜市场感染的病人是源于华南海鲜市场？这还用核酸验证么？多此一举。
事实上，版纳所文章都给出了一个路线图，目前其他地方的都是从湖北传出去的
最后，
1，不要歪曲版纳所文章，要讨论，也要基于这篇文章。
2，如非必要勿增实体的基本科学逻辑
3，如果有其他想法，欢迎给出【基因】研究证据
4，当然你要是谈非科学之类的问题，那自便
5, 呼吁美国等加大全基因组检测力度，包括对前期疑似病例检测~
1 Chan JF-W, Yuan S, Kok K-H, et al. A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novelcoronavirusindicatingperson-to-person transmission: a study of a family cluster. Lancet 2020
2 HolshueML,DeBoltC,LindquistS,etal.FirstCaseof2019NovelCoronavirusinthe United States. N Engl J Med 2020
3 WB Yu et al.Decoding the evolution and transmissions of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) using whole genomic data
一些额外的话，我这个内容只是基于当前的证据，我也认为，当前的研究，证据并不是板上钉钉。
比如各位反复提到的一个问题，美国只检测武汉接触史的病例。然而，从流行病学的角度，这是有一些道理，毕竟新冠疫情是武汉爆出的，其他地方自然也没必要去检测无武汉暴露史的或接触史的。
疫情从A开始，B检测来自于A的个体，发现的确是输入型的，进一步佐证了A的起源。
至于其他地方更早出现的一些肺炎情况，如果不做检测，那么始终只能认为是非新冠肺炎。但是从防疫角度，又没必要对已经发生过的其他肺炎进行检测了。这个就陷入了个循环。
所以只能期望各国继续呼吁更多的基因组序列，然而，这一点，又似乎不单单是个科学问题了~
ps：我的评论区是被官方永久强制开启审核的，我选不了~
我写得可能比台湾节目还早几天。
这个事情目前看是非常可疑。
要实锤，把美国流感死的查查，电子烟死的查查。
把美国或者全世界来一次大规模检测，把病毒版本一列就明白了。
中国有个好处是早封城了，国外版本进不来。
而且，美国陆军传染病实验室到底泄露了什么，美国能不能有人要求解密？
或者有黑客把美国cdc的资料查查
去年8月为什么关闭这个实验室？
这个病毒如果在美国先爆发，来源很可疑。
美国没有中华菊头蝠，实验室才可能有sars病毒做研究。
美国首发的话，病毒源头哪来的？
在等一段时间看看。
虽然美国起源有不小的可能性，但没有证据的推测是不靠谱的。
版纳园的预印本论文只是得出【基因组学证据并不支持华南市场是SARS-CoV-2的发源地，是从其他地方传入的】的结论。
前两个月，大部分感染者与武汉有关，但中国境外的一些感染者可能与广东或其他地方有关。版纳园的预印本论文证据表明，SARS-CoV-2可能在2019年12月之前（可能从11月中下旬开始）已经在武汉的人群中广泛传播。
华南市场尚未被确认为SARS-CoV-2向人类传播的单一来源，武汉市尚未确定其他可能的SARS-CoV-2原始来源。
但可以确定的是，在武汉肺炎爆发的早期阶段，华南市场促进了SARS-CoV-2向人类的传播，之后，SARS-CoV-2迅速传播到全中国和其他国家。
如果能从第一个确认感染者，以及12月初感染者的身上采集到冰冻样本，进行基因组测序进行系统流行病学研究，有助于确定武汉地区SARS-CoV-2的源发地。
同时，版纳园的预印本论文预计，如果今后有更多的样本进行测序，武汉市部分感染患者样本中会发现H13和H38单倍型。
这对于寻找SARS-CoV-2的原始来源非常重要，因为H13和H38都是祖先的单倍型。单倍型进化网络可以在局部范围内恢复人与人之间的传播方向，并在较大范围内传播。
中心型单倍型可以看作是超级铺展型单倍型，顶端型是最新的后代单倍型。利用支路和支路的连接信息可以识别出传输方向。
例如：来自华南市场的确诊患者共享共同的祖先单倍型H1，这表明他们是从共同来源感染的，他们可能是市场上的超级传播者。这种传播现象也可能在深圳与A组患者一起发生，这种方法已经在深圳家庭（H13→H14）、昆士兰旅游团（H25→H26）、英国家庭（H28→H29）和从武汉遣返的日本人（H53→H52）中恢复了特定的人际传播方向。
大多数国际传染病直接或间接与武汉有关，但对其中一些人来说，尚不清楚具体感染地点。
在来自美国的13个基因组中，3个来自华盛顿的同一病人，编码相同的单倍型H38，而另外3个样本编码8个单倍型，涵盖所有5个组，因此输入性感染的来源很复杂。三个单倍型（H1（加利福尼亚州）、H19（威斯康星州）和H38（华盛顿州））与武汉有关，三个单倍型（H19（威斯康星州）、H35（亚利桑那州）、H42（加利福尼亚州）到五个单倍型（H41（加利福尼亚州）和H58（伊利诺斯州））可能与广东有关。其余的单倍型（H36（加利福尼亚州）、H37（加利福尼亚州）和H57（马萨诸塞州））与来自武汉的中国境外患者（H54（越南）和H56（澳大利亚））有关。H15,39目前还不清楚他们是在哪里感染的。这11起案件在美国没有人与人之间传播的证据。
如上所述，研究者发现日本和美国的一些病人可能在广州感染，而法国的一个病人可能在重庆或新加坡感染。研究者怀疑是超级传播者介导了从中国向全球的传播。至少，感染H56和mv2以及H54的人至少有三种单倍型。
版纳园的预印本论文关于和美国有关的部分，有且仅限于以上部分。
版纳园的预印本论文数据具有很大的局限性，数据甚至不足100例，占当前病例的比例太低，稍微扩大化一些数据，就可以得到完全不同的结果。该论文可用的样本不包括第一个确定的感染患者和12月初的其他患者，因此可能会遗漏最常见的祖先单倍型。
该文章的方法和数据缺陷是引发阴谋论的最根本原因。
更多数据可以看看四川大学生命科学学院副教授[石头鱼]的回答：
而关于论文的缺陷，以及如何得到更准确结果，并探讨起源，[石头鱼]也进行了详细的梳理：
当前最大的可能性，无外乎三个地方：武汉、广州（深圳）、美国。
随着研究的深入，疑似起源点，甚至不仅仅这三个地方。
但是，有一个事实无法改变：华南海鲜市场推动了SARS-CoV-2流行和爆发，于2019年12月初将其传播至全市，乃至全国。全球的传播，也和武汉有着极大的关系。
探讨新冠状病毒的起源，在科学和医学上都有非凡的意义，是探讨全球疫情的关键。无端臆测除了煽动舆论之外，对科研成果没有任何的意义。
当前新冠状病毒在全球范围内，已经越来越有大爆发的趋势，这是对全人类的威胁，而不是单单某一个国家。对于他国ZF的处置方式，你可以嘲笑，但不能无视。
美国人没有担当，自毁长城而已。
我国历来有大国风范，我们需要的是真相和真正的科学精神，望台湾省同胞同心共气。
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