日本人的起源是哪里？
让我们把时间拨回到遥远的过去，那时候的日本列岛，还不是我们今天所熟知的那个样子。最初，到达这片土地的，是一些来自亚洲大陆的狩猎采集者，他们可能是因为冰河时期海平面的变化，或者仅仅是追逐猎物的脚步，一步步踏上了这片新大陆。这批人，我们称之为“绳纹人”，他们留下了许多至今令人惊叹的绳纹陶器，那些粗犷而充满生命力的纹饰，仿佛诉说着他们与自然共舞的生活。
然而，故事并没有止步于此。大约在公元前3世纪左右，另一批重要的人群来到了日本列岛，他们带来了新的技术和文化，尤其是先进的农业——水稻种植，以及冶炼青铜和铁的技术。这些人，通常被认为是来自朝鲜半岛，他们带来了“弥生文化”。这次迁徙不是一次性的事件，而是持续了相当长的一段时间，不同时期、不同方向的人群，带着各自的知识和习俗，如同涓涓细流汇入大海，逐渐影响并融合了这片土地上原有的居民。
这种融合，并非是简单的一方吞并另一方，而是一个漫长而复杂的“混血”过程。来自亚洲大陆的移民，特别是那些带来了更先进技术的弥生人，在人口和影响力上可能占据了优势，但绳纹人并没有完全消失。他们的基因和文化，以一种不易察觉的方式，深深地融入了后来日本人的血脉之中。你可以想象成，一个古老的陶器，在被新的材料重新塑造时，依然保留着原先那份独特的质感和韵味。
随着时间的推移，这种融合继续发展，形成了我们今天所说的“大和民族”的基础。生活在日本列岛的不同区域，也可能受到不同源头的影响。比如，北部的虾夷人（Ainu），虽然也受到大和文化的影响，但他们保留了更多与绳纹人相似的特征，这使得他们与主体民族在体貌、语言和文化上都有一些差异。而在九州南部，可能也曾有来自琉球群岛，甚至更远南方的海洋民族的足迹。
所以，当我们谈论日本人的起源时，与其说他们是单一某个地方的移民后代，不如说是一个“大熔炉”的产物。它是由许多不同时期、不同地域的人群，在这片土地上，经过无数代的繁衍、交流、融合，最终沉淀下来的独特成果。就像一坛陈年的老酒，初尝时可能有某一种味道突出，但细细品味，却是各种元素的巧妙结合，层次丰富，回味悠长。
现代的基因研究，也一直在试图描绘这幅更精细的图景，试图量化不同人群对现代日本人基因库的贡献。但无论科学如何发展，历史的长河中，那些古老的声音和身影，都以一种无形的方式，存在于每一个日本人的身体里，存在于他们所创造的文化和习俗之中。这是一种既有大陆的广阔，又有岛屿的独特，既有古老的坚韧，又有融合的创新的复杂而迷人的故事。
网友意见
要回答这个问题，首先第一个碰到的，就是从哪个角度来切入
1、如果是从父系血统的角度来切入，那么日本人的起源，比较主要的有这几块
（1）列岛起源，根据Nonaka（2007）的数据，日本关东地区的男性有48%携带单倍群—D2，这些人的父系祖先从旧石器时代开始就居住在日本列岛，是绳文人的主体
（2）朝鲜半岛起源，关东地区有31%的男性携带单倍群—O2b，这些人的父系祖先从旧石器时代开始就居住在朝鲜半岛，铁器时期大规模进入日本，是弥生人的主体
（3）中国大陆起源，单倍群—O3的比例为15%，这些人的父系祖先在旧石器时代的时候，居住在中国大陆，新石器时代有部分已经进入朝鲜半岛，剩下的部分在铁器时期分批次通过朝鲜半岛进入日本
==> 这里必须强调一点，这些不同的单倍群并不可能「单独行动」，进入新石器时期后，一个族群内部出现单倍群混合的情况越来越常见
==> 也就是说，弥生人登上日本列岛的时候，虽然以O2b为主体，但这个集团里同样也会有很多O3
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不过我想，大家关注的焦点，显然并不是上面那个四平八稳的描述
而是「日语」来自哪里？最早最早讲日语的，是一群什么人？
于是，这里就需要从第二个角度，也就是语言的角度，来讲一讲日语
2、日语
日语在语言分类上，属于孤立语言，意思是他除了琉球语外，没有其他亲属语言
这个倒是没什么特别，原因无非就是他的亲属语言都已经灭亡了
但目前可以很肯定的说
日语是一门来自朝鲜半岛的语言，并且他跟韩语不是一个语系
日语在朝鲜半岛的亲属语言残迹，大部分体现在古国——高句丽灭亡前的地名里
从这些高句丽的地名，我们能从中得知，
这门语言的「三，五，七，十，口，谷」， 用汉字记为「密，于次，难隐，德，古次，旦」
古日语的这几个词是「mi，itu，nana，towo，kuti，tani」
古韩语的这几个词是「səih，tasəs，nirkop，yərh，ip，kor-」
所以，日语在朝鲜半岛曾经存在过亲属语言，
由于朝鲜半岛并不存在单倍群—D2，所以，日语是由弥生人带上列岛的
3、汉语，日语，在更大的框架里
现在有一个靠谱而艰深的方向，叫做「华澳超语系」，或者「东亚超语系」
说他靠谱，是因为他在人类学的意义上，
已经在生物血统谱系方面，获得了 父系单倍群—O 的支撑
大致方向是：O诞生于大约3万年前的一个男人身上，他所在的部落，他所说的语言
后来形成了 南岛、壮泰、孟高棉、日琉、苗瑶、汉藏缅 六大系统
之所以说艰深，是因为旧石器时代的性质，
决定了3万年前的语言，一路发展到今天，99%的词汇都已经被代谢干净
即便有任何线索，也是非常零散而难以寻找的
在常用核心词的范围内，靠谱的同源词依然只有「目」
==> 换句话说，这个词可能至少诞生于3万年前
语音方面，观察这六大成员，多少可以估计出，
这个「东亚祖语」的语音系统接近南岛语系
如果C代表辅音，V代表元音，那么东亚祖语的词汇形式以 CVCV、CVCVC 为主
后来，这套音系走向了2个方向的简化，以purak这个发音为例
A类，是单音节化、声调化（汉藏、苗瑶、壮泰、孟高棉、占婆），purak=>prak（汉语的二等入声）
B类，是五十音化（日本、波利尼西亚），purak=>pura
朝鲜语的 nirgop、ərgur、gɯrpɯi、darpi、orci、yərmai、sərgo
满语的 sargan、ilha、orho、tarhun、olho、talman、fulgi、olhon
这种语音CVRCV形式，「华澳超语系」是没有的
最后贴一个东亚诸语言「目」的全家福
同意高票回答的结论。
但是，想讲日本人的起源，只看日本是不行的，本回答希望把视野放到广阔的东亚，把韩国人的起源，日本人与炎黄部落的关系等一并讲明。
历史隐藏在层层谜团中，谁都不能得出百分之百正确的结论，如有错误，欢迎指出。
结论先奉上
35％祖先为矮黑人
35％祖先为生活在中国东北的扶余部落（原本为炎帝部落的一支）
20％祖先为典型华夏汉人
以下是全文目录
（1）东亚的杀戮与征服
（2）伟大的东北大地
（3）日本的起源
（1）东亚的杀戮与征服
研究人种起源与变迁最准确的是Y染色体检测，有一个段子，表白时男生对女生说，我有一条祖传的染色体想送给你。这条染色体，就是男性独有的Y染色体。Y染色体只传男，突变少，易检测，而父系又代表着权利与支配，因此Y染色体检测祖先受到人们的认可。2001年，人类基因组计划基本完成，人类历史的大幕被揭开，人种的变迁呈现在人们眼前。
全部人类起源自非洲，10万年前，最古老的一支矮黑人，其基因标记为D，走出了非洲，最早在5万年前，就到达了亚洲，他们广泛分布在东南亚，过着采集与渔猎的悠闲生活。
纯种矮黑人长这样
但不久后，与其差不多同时期走出非洲的棕色人种C，也到达了亚洲，C立刻开始了对D的杀戮与征服，D或被同化，或被驱逐到亚洲的各个犄角旮旯，现在东亚D基因只集中存在于日本（35％），西藏（40％）。
C集团也并没能统治亚洲多久，3万年前，黄白种人的祖先走出非洲，一支向北，成为白种人，一支向东进入亚洲，他们就是华夏汉人的祖先—O集团。O集团具有良好的技术与文明，C与D根本不是其对手，O集团旗下的O1、O2，迅速占领了中原最肥沃的土地，开始农业耕作，人口爆炸增长，建立了灿烂的文化，而C集团则被驱赶到了北部，成为了蒙古，女真等族的祖先，值得一提的是，韩国也存在大量的C，这些C也构成了韩国本土文化的基础。
5000年前左右，生活在藏羌的另一个O集团—O3，大举东进，一举征服与同化了在中原进行农耕的兄弟集团O1,O2，占领中原，成为了现在汉族的主流。现今的河北，山东等都为O3的天下，O1则被赶到了中国南方，O2现在只集中存在于东北的满族和日本韩国等。这一时期中国已有了记载，皇帝炎帝战蚩尤、周武王伐纣等，是不是就在说的这一段历史呢？
至此，现代亚洲的雏形就已经显现，各个民族的构成也清晰起来，汉族的血缘最统一，70％以上的O基因，其中03占50％以上，可以说我们不仅是文化上的民族，还是地地道道血缘上的民族。日本人除了55％的O之外，还有35％的D，这也构成了大和民族的独特之处，韩国除了大量的O也有2成C，文化独树一帜也有相应的基础。蒙古有高达5成的C，并把其C基因传到了欧洲各地，足见蒙古帝国的伟大。值得一提的是，蒙古王氏基因C3（蒙古人20％），和日本本土基因D2（日本人35％），在汉族中完全没有出现，看来汉族对于侵略者的抵抗很彻底，而蒙古和日本，却各有20％的O3存在，汉民族强大的影响力可见一斑。
东亚各个民族的兴衰史，其实就是一部基因的兴衰史，基因战争远没有结束，以后的进程值得期待。
（2）伟大的东北大地
作为土生土长的吉林人，读书时，课本里全都是中原王朝的兴衰史，我对于东北大地的历史完全没有了解。
最近在翻阅了各种资料后，我不禁感到，原来这片土地这么牛○
东北大地上主要生存着三族人
东胡—蒙古的祖先
肃慎—女真，满族的祖先
夫余—创立高句丽，后被灭国，语言消失。其中，东胡，肃慎，结合我们之前的基因分析，都是被O集团赶到北部的C集团，游牧为生。而夫余不同，是O集团的一支，地地道道的农耕民族，其基因极有可能是现今已不存在与汉族O2b。
在这里援引李德山老师对于扶余历史的研究。
夫→番
余→徐
番国，与徐国，合并称夫余国，而番国与徐国都来自于共通的祖先——炎帝部落，该部落本来农耕于中原（一说于江南），战败后北上，于东北最终建立了自己的国家。势力遍及辽宁吉林朝鲜半岛，而起源与炎帝一说，又恰恰可以解释其O2基因与农耕文明的来源。朝鲜半岛三国鼎力时，百济与高句丽都为扶余后裔。而新罗则以韩国原住民C为主，文化与扶余不同。最终，新罗政权统一韩国，虽然他们后来建立了高丽王朝，但其本身与高丽没有任何关系，他们的新罗语言也成为了主流，也就是现今韩语的前身。扶余最终灭亡，但扶余的血统O2b,还大量留存在韩国（35％），中国满族（20％），日本（35％）。
（3）日本人的起源
讲到这里，大家也基本推测出日本人的起源了吧。
日本人的基因检测结果如下
35％D 矮黑人。
35％O2b ，汉民族基因O的兄弟，只大量存在日本，韩国，满族（满族是O2还是O2b目前还没有确切资料），上课追溯到炎帝部落。
20％O3 典型的汉民族基因。
其它还有一些棕色人种的C，不过和蒙古人的C也不相同
D与O3的来源已经不必说，但是O2b的来源是否是扶余还存在很多争论。
对此，语言上的分析为我们指明了方向。
语言种类上看，学者白桂思的研究指出，与日语最相近的语言就是古高句丽语，这是O2b旗下的扶余人的语言，也就是说，扶余人的语言在韩国被C集团的韩语取代，而在日本却被保存了下来，这正好解释了日语与韩语的不同之处，也佐证了基因研究的结果。
可以看到，他们的外貌有非常大的区别，某种程度上也代表着O系与D系基因的区别。
一直以来，日本都是绳文人的天下，弥生时代，来自朝鲜半岛的O2b与O3登陆日本九州，他们带着先进的农耕技术与文化，不断同化与驱逐着D集团，现在也能看到这种趋势，九州地区O较多，古代权力中心关西的O也比较多，北海道与冲绳则D比较多。
最后上一张平成天皇的照片，典型的弥生脸
天皇家是哪里来的？
大家猜猜看
是O3还是O2b呢？
参考：
图片百度百科
数据分子人类学论坛
复旦大学有很多相关研究，感兴趣的可以去围观
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