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澳大利亚报告全球首例奥密克戎变种亚型「难被 PCR 识别,传染性强」,将对全球疫情产生哪些影响? 第1页

  

user avatar   paizhaorushi 网友的相关建议: 
      

谢老铁邀。

卫报和ABC又后知后觉了……

我这边已经在12月6日抢跑了,

不好意思又比主媒早了两天,

比昆士兰卫生署早了一天~

——请品鉴:

简单来说,昆士兰这个Omicron分支已经被命名为BA.2,

相对地,其他的Omicron被命名为BA.1。

之前的Pango编号B.1.1.529已经停用。


BA.1和BA.2在的突变列表区别如下:

↑ 如上图,

  • 第一列是核酸突变,
  • 第二列是突变所在基因,
  • 第三列是对应核酸突变的氨基酸残基变化,
  • 第四列是BA.1特有突变,
  • 第五列是BA.2特有突变,
  • 第六列是两者共有的保守突变,
  • 最后是一列备注。

所以可以看出,

ANU的Peter Collignon老师又在谎报平安了……

这尼玛也叫“基因片段稍有区别”?

BA.2的63个突变里面有27个是特征突变,

这明明应该叫做“基因片段连亲妈都不认识”好吧~


下面咱来撸一撸演化树。

——请品鉴:

↑ 上图是Omicron的(无根)演化树,其中:

主干上的蓝色小圆点都是BA.1;

  • 分支上的两个蓝色小圆点则是BA.2(这张图略过时了,现在应该有8个小圆点了);
  • 大佬Rambaut老师认为,BA.2与BA.1有比较晚近的共同祖先(疑似MRCA?);
  • BA.2和BA.1的分家大概发生在2021年年中;
  • BA.1当中分出来了一支橙色小圆点是尚未走完命名流程的BA.1.1(比BA.1额外多出一个S:R346K突变)。
  • 比BA.2更靠左的那个黄色小圆点,那玩意儿于2021年7月底在豪登省检出,疑似与Omicron有共同祖先(2020年5月左右分的家,比BA.2更早)。

问题就在于,

2021年7月底检出的那个疑似和Omicron有共同祖先的神秘毒株(演化树上的黄色小圆点),

其实已然突变得很厉害了,

或者说全身上下都是阴间突变也不为过。

——请品鉴:

只看刺突蛋白数量的话,足足有21个:

T95I+G142L+V143N+Y144N+N210DEL+L212I+R346K+N440K+N450D+T478K+E484R+N501Y+D614G+P621S+H655Y+I670M+E748Q+S839H+N856K+T859N+T1027I

甩了Delta八条街。

所以我们可以合理假设,

这玩意儿和Omicron的共同祖先,

可能已经经历过一轮偶发快速突变了

或者用人话来说,

就是已经踩中过武林奇遇,

或者已经完成超级赛亚人一段变身了。


而我们已经知道,

BA.1和BA.2的突变列表又甩了上面这奇葩玩意儿十八条街……

所以很有可能,

BA.1和BA.2(或者它们的共同祖先)都是第二轮偶发快速突变的产物。

或者继续用人话来说,

就是BA.1和BA.2(或者它们的共同祖先)已经踩到了第二坨武林奇遇,

已经完成超级赛亚人第二段变身。


所以之前Emma老师接受《Science》采访时的那个说法可能是错的[1]……

——请品鉴:

Omicron并没有从2020年中就开始暗搓搓地躲在平行世界里憋大招,

而是至少冒了两次头。

我们之前没有发现,

只能怪我们监控得还不够严密~


至于说BA.2没有S:69/70DEL,

没法用赛默飞的试剂盒检出SGTF,

这个没啥大不了的。

以色列中央病毒实验室的Shay老师他们,

已经搞出来可以特异性检出Omicron的PCR产品了,

——请品鉴[2]

——引物设计如下:

这玩意儿同时针对S:210DEL, N:29/31DEL,以及ORF1a:3675/3677DEL三处缺失突变。

可以说是万无一失了。


但是……

说句丧气话吧,

靠PCR检测快速揪出Omicron这种走捷径行为,

可能并没有什么卵用。

因为根据多个不同模型预测,

最迟到12月底(很有可能更早),

Omicron就会成为全球主流毒株。

到时候随便碰到一个阳性的都大概率是Omicron……

——比如说,请品鉴:


从现在到月底只有不到20天了,

中间还要放圣诞大假

从头开始生产新试剂盒也来不及了,

还不如两眼一闭,两腿一分,

躺平了吧~


(至于说国内咋办?

国内反正都是100%测序,

完全没影响)

参考

  1. ^ https://www.science.org/content/article/where-did-weird-omicron-come
  2. ^ https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.07.21267293v2.full.pdf

user avatar   rewrgf 网友的相关建议: 
      

所谓“难被 PCR 识别”,并不是核酸检测不出来的意思,而是没有omicron标志性的SGTF,无法快速识别是不是omicron的意思。

貌似现在西方有一种声音,“要与delta共存,但要防控omicron”,这种论调,无疑是荒谬而没有实际操作性的。唯一的结局是转进“与omicron共存”。毕竟21世纪是生物的世纪,病毒传播的自由是21世纪最高的自由。

拜登已经在吹风了。

辉瑞说的很有言语的艺术,“三针辉瑞疫苗对omicron的效果,与两针辉瑞对delta的效果相当”,然后开动宣传机器就行了。至于“两针辉瑞对delta的效果”具体是多少,或者穿透一下这个问题——有多少美利坚耗材会死了或者后遗症,显然拜登和他的团队是不care的,反正是耗材。


user avatar   xing-wei-yi-zhu-zhuan-ye-bo-shi-dao-shi 网友的相关建议: 
      

核酸检测测不出来,就意味着疫情结束。

至于还是会有很多老弱病残因为不明原因的咳嗽发烧挂掉,那不是正常现象吗?比如14亿人口大国印度每年死亡一千万人,因为不明原因再多增加死亡一百万老弱病残,也不令人大惊小怪。

新冠在人类历史上的瘟疫中根本排不上号,这两年造成这么大影响完全是人类自己娇气给作的,当然核酸检测技术的普及是其中必备的条件。


user avatar   lengzhe1984 网友的相关建议: 
      

首先,这个题问的就有问题。

Omicron的新发现的变种,也就是BA.2,这个毒株不是不能被PCR检测到,目前所有的新冠变异毒株都能被PCR核酸检测发现。

现在发现的问题是,想通过PCR快速的区分毒株类型,说实在的这是一个取巧的方式,我们以前并不经常用这种方式。

比如我们平时看报道,都是某地发现了感染者,隔了2天左右,报道会说,经过基因检测,感染的毒株是Delta如何如何。这些都是经过了测序才确认的毒株的分型,PCR是做不到的。

那么为什么说BA.2这个毒株难以被PCR检测分型呢?是因为我们发现的最初版的Omicron毒株,也可以叫BA.1,他有一个S蛋白的69/70的氨基酸缺失突变,而这个刚好可以跟一些检测S蛋白的PCR试剂盒碰上了,也就是说这种特殊的试剂盒可以在检测是否阳性的同时,还能反馈一个是否有69/70的突变,来判断患者是否为Omicron毒株,但这玩意准吗?肯定不准啊,这个要是准了,还测序干啥。

为什么这么说?因为本身这个检测69/70的试剂盒,是以前开发出来检测Alpha毒株的。也就是说,你即便在这个试剂盒里反馈了阳性结果以及69/70的缺失,但你还是不确定这个是Omicron还是Alpha。

我们国内也开发过Delta专用的试剂盒,但为啥大家很少听说呢?因为从Delta大爆发以后,我们遇到的所有输入病例,几乎全是Delta毒株,就突然间没有用武之地了。

所以这并不是什么问题,即便发现了BA.2的这个情况,也只是把以前想图省事的一个方式堵死了而已,如果真的想专门检测BA.2,那依然可以开发专门匹配的试剂盒。但意义有多大呢?

我不理解的是,为什么Delta西方就觉得可以放过,可以躺平,Omicron就要严防死守。你这搞病毒种族歧视呢?瞧不起谁呢?

要么就一起躺平,要不就动态清零,试图人工筛选流行毒株?达尔文棺材板都压不住了好吗?




  

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