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最近二十几年,自然科学领域有哪些常识或理论得到了修正? 第1页

  

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李雷说了后天遗传,那我就说说先父遗传吧,先限定一下什么是先父遗传,父本a和b,先后生下了子代,c和d。d身上可能会存在

父本a的基因,并表达。声明两点,d身上的a基因能否遗传,不考虑,d会不会和a很像,会不会表达出a的性状,不讨论。

当然我们都知道,原来的表述是错误的,但是随着研究的深入,发现母亲在怀孕期间会和孩子发生细胞的交换,形成微嵌合,就是说,母亲的细胞会跑到孩子身上并长期存活,增殖,不会引发排异反应。孩子的细胞也会跑到母亲身上,并长期存活,所以当母本怀c的时候c的细胞会和母本发生微嵌合,当母本怀d的时候,c的细胞也有可能跑道d的身上。,毫无疑问c的细胞是有a的基因的,至于基因表达,凡是活着的细胞,存在蛋白质的合成都是基因的表达,ok,qed。


贴个国内的综述papper吧,我记得有个国外的Papper,是在二胎雌性小鼠身上检测到y染色体的,一时之间找不到了,我再找找

胎源微嵌合的研究进展

马腾刘岩李海静

母体妊娠期间胎儿细胞通过胎盘进入母体形成胎源微嵌合,在母体中以这种特殊状态存在的胎源物质一直备受关注,这也引发了一场关于胎源微嵌合对母体健康利弊的讨论。本文拟从胎源微嵌合的分布、存在形式、动力学变化及其对母体的影响和临床应用等方面做一综述。


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表观遗传——后天遗传!

前排推荐一篇科普文:

表观遗传会不会为拉马克“平反”? | 科学人 | 果壳网 科技有意思

如果你经常关注生物科学的话,那么表观遗传、甲基化等词一定如雷贯耳,这些内容真的是经常见诸于各种研究报道。

这个内容事实上是非常颠覆性的一个研究。

我们都知道人类遗传是来自于父本和母本的DNA,这是遗传物质,属于先天的。而不用担心你的行为遗传。

但是科学家的研究却告诉你,不一定哦!后天的内容也可以遗传!

表观遗传就是发现了这个问题,比如,肥胖这种后天的行为,一样可以遗传。

我们知道人类的遗传是DNA的遗传,DNA的是个组成部分ATGC构成了基因本身代代传承。由于DNA双螺旋的稳定性和碱基互补,所以每一代DNA基本上保持一致,否则就不会是龙生龙凤生凤了。


然而科学家发现了一种新的遗传,那就是,哪怕DNA的序列不变,依然可以发生新的遗传。换句话说,我们看到的ATGC没有变化,然而事实上已经变了,这就是表观修饰。

给大家直观的看一个表观遗传的范例——甲基化:

如图,这是一个甲基化过程,如果简单的测序,我们会发现,这个碱基其实没发生改变,然而,右上角的CH3已经暴露了,事实上,这个碱基已经改变了。


通俗点讲,假如DNA是一个人的固定特征之一,就像我们的身份证,然而,事实上,随着岁月发展,我们变化了很多,虽然人还是那个人,但是已经面目全非了。

而这种面目全非,是后天行为可以写上去的,就像亚洲三大神器韩国的整形、日本的化妆和中国的美颜软件一样。


——————表观遗传定义————————


所以,这个时候,我们要引入表观遗传的定义了。

表观遗传(epigenetics)是指DNA序列不发生变化,但基因表达却发生了可遗传的改变。


这句话通常被一些人歪曲解读,有些人直接说,表观遗传是DNA没发生改变,而发生了遗传。


扯犊子,没改变咋遗传?隔壁老王啊


他们忽略了最关键的两个字:序列


因为这是一个历史性的概念,大概在上世纪70年代,人类终于发明了DNA测序的办法,于是大家知道我们的基因是ATGC之类的,但是这种测序方法事实上有个关键的问题,就是只看内不看外。

比如A=T,G=C,然而,这种测序其实是非常僵化的(虽然直到现在我们还在用。)

假如你把C变得面目全非,只要保留配对的部位即可,事实上,依然可以测出来是C。

这个时候问题就来了,事实上,它已经不是标准的C了。

所以,对于表观遗传的内容,其实认识一直比较肤浅。

然而,表观遗传事实上是非常强大的。


我给大家举个简单的例子

吸烟可以遗传,无论是父亲还是母亲,长期吸烟均可以遗传到后代身上。

还有肥胖也是可以遗传的。

这不是那种天生胖,而是来自于后天吃胖的人发现的,比如那些早期移民他们本身比较瘦弱,然而获得大量营养物质后,迅速变的肥胖,而这种肥胖得到遗传,直接传承到下一代,导致下一代成了天生胖,其原因就是通过了表观遗传实现的。


————举个栗子————

(qq手机版输入举个栗子有惊喜哈哈,以前经常玩)

1944年至1945年的冬季,荷兰(不是河南,虽然河南有个1942)


被称为“饥饿的冬天”。当时荷兰流亡政府估计纳粹德国行将崩溃,于是发动了铁路工人大罢工。纳粹德国因此切断了食物和燃料供应,引发饥荒。1945年初饥荒结束。这个对荷兰人来说是无比苦难的一个冬天,导致了大量的死亡,据称,就鹿特丹,一天就有超过400人饿死。
Hongerwinter
Dutch famine of 1944–45

对于这些经历,大部分人已经离去,但是,基因却忠实的记录了这些内容。
在本文中,作者选择了一个核心的基因胰岛素样生长因子 II (IGF2). IGF2 是一个发育关键的因子,对于母体印迹非常关键。
这里的研究对象是大饥荒时期怀孕的人的后代,对照是非饥荒时期出生的兄妹。因为这样可以最大限度的排除了出生后的影响以及遗传背景不一致的问题。怀孕期间,胎儿的营养供给都是来自母体,所以,可以直接的反应母体受到的影响,就像本文的饥荒。
首先介绍下时间,荷兰大饥荒的时间是1944年11月左右,持续到1945年5月盟军解放荷兰,所一个重要的界限是1945年6月,这在基因上完全体现出来。

一定要记住,这是2008年,也就是饥荒发生了60年后的实验。
这个研究是依据女性怀孕前最后一次月经来计算的,因为,在最后一次月经前,他们尚未意识饥饿即将发生。所以这份记录可以反映早期饥饿带来的影响。

我们可以清楚的看到,在12月到5月之间,食物供给绿色部分明显低于6月。而对应的甲基化水平比例(饥饿vs非饥饿)一直位于0以下。
这是数据
同时,饥饿直接对胎儿的身体指标产生了影响,包括体重,年龄,当然,也包括出生率。
好了,这篇文章讲完了。
总结一下:饥荒年间出生的成年人携带有独特的表观遗传学标志,这种表观遗传学改变减少了胰岛素样生长因子 IGF2 的合成,它在人体中保持了六十年。
而我在另外一个答案也提到了类似的内容
后天的改变会影响基因的传承吗? - 李雷的回答

——————一点额外的内容—————

讲了这么多了,大家应该有所了解了吧?

最后讲讲达尔文和拉马克吧,其实拉马克是个可怜人,他是生物学奠基人之一,而且他最先提出生物进化的学说,是进化论的倡导者和先驱。

可惜他生不逢时。

不仅生前不得安生,被很多人冷嘲热讽,临终时又病又盲,尸首则被扔在石灰坑里。

死后还被很多人踩着上位,进化论的后来者华莱士,谈笑间把他批的一文不值,后来更是遭受了来自达尔文的讽刺。


其实拉马克的想法一定程度上也是有道理的,那就是“获得性遗传”,相信很多人都知道这个名词。

表观遗传证明获得性遗传是可行的


当然这个获得性遗传和拉马克还是有区别的,毕竟获得性遗传还是有要求的,但至少不会像当年那么矢口否认获得性遗传的存在。

事实上,这也是历史的局限,如果把《物种起源》拿出来,用现代生物学的眼光去看,一样全是筛子眼。


一个学科的发展不是一蹴而就的,而是不断经历的。


拉马克对于生物的贡献是非常大的,至少他在生物学上撬动了宗教这块基石,为后来的生物学打开了一个豁口,他不应该被一直当做反面教材来嘲笑


当然,今天做生物的人已经烂熟于心了,表观遗传属于我们常见的分析办法,而且还有专门的杂志

《Epigenetics》4.77分,《EPIGENET CHROMATIN》4.87分,《CLINICAL EPIGENETICS》4.33分。

—————深度阅读————

表观遗传有三个层面,目前研究最多的是第一个

第一:表观遗传调控

研究最多的是DNA甲基化,当然也有做乙酰化的,比如sirt等。

比如做DNA 甲基化酶家族,他们的异常会导致基因发生改变。

第二:代谢网络调控

甲基化一般关注不同区域甲基化差异,比如癌症和正常人基因某个区域甲基化的改变等。

第三:后天遗传

主要是环境因素和习惯因素。

比如抽烟饮酒之类的或者肥胖之类的,近视也有人在做。

最后附上部分文献

1,一篇综述,玩表观的必备,5000多次引用:Bird A. DNA methylation patterns and epigenetic memory[J]. Genes & development, 2002, 16(1): 6-21.

2,荷兰那嘎子
Heijmans B T, Tobi E W, Stein A D, et al. Persistent epigenetic differences associated with prenatal exposure to famine in humans[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2008, 105(44): 17046-17049.

3一篇博客致敬David Allis--杰出的表观遗传学家

另, @赵三川 评论的很好

物质的分子结构直接决定其化学性质,即便是细微的基团改动也会成为另一种不同的物质。所以甲基化之后的碱基,即便和前体很相似,但化学性质很不一样了,该碱基所在基因区域所承载的遗传信息也会发生很大改变,甚至失效、相反。这样说来,表观遗传,应当是“个体突变”的子集,只是几十年前科学界还没认识到遗传物质的突变形式竟会如此多样,意料之外,情理之中。


偷偷的立个flag:表观遗传迟早会拿一块诺奖的。


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在生物医学领域进行大幅修正、甚至颠覆的例子的确很多。不然怎么说二十一世纪是生物的湿季捏?!

先举几个跟生活比较相关的吧。


1.精准医疗(precision medicine) 很精准

精准医疗的概念是本世纪、特别是最近几年医学领域的创新性概念,是指将个人的基因、具体生理状况(比如年龄、性别等等),甚至环境与生活习惯等变量考虑进去的疾病预防与治疗方法。

其核心基础是应用越来越普遍的基因测序和大数据处理。没有这两条精准医疗就是空谈。


这个概念可以说是颠覆性的,在医学护理的每一个领域都会有影响。先说一个发展最为迅猛、疗效显著的分支:癌症的精准医疗

也就是指对癌症的分类、治疗、护理从从以发生的组织器官为依据,变成以基因变异的分子基础为根据。传统上我们都把癌症按照发生的器官分类并加以治疗,比如肺癌、胃癌、肝癌等等。但是随着基因测序的普及,现在发现按照癌细胞的基因变异分类加以治疗才更有效。

比如同样是酪氨酸激酶变异引起的,那么原则上说无论是长在哪儿的癌症都应该用酪氨酸激酶抑制剂作为一线治疗 (注意是原则上!)。而虽然同样是肺癌,不同分子基础的亚型,比如小细胞肺癌亚型和非小细胞亚型的治疗则截然不同。

所以用不了几年,这种新的分类法就会变成基本的医学常识。基因型会做为器官的前缀来定义癌症,比如BRCA1型乳腺癌、BRCA1卵巢癌,三阴型乳腺癌,等等。1和2的相似度远大于1和3.

惨淡的蛋白酶君的评论加了参考文献。不过相关文献简直太多了。上一个美国癌症研究所的科普海报吧,直观好记。简单说就是基因变异指导用药方案


2. 心理疾病是真病 (Depression is a real disease)

比如抑郁症、躁狂症、成瘾这种神经系统的疾病越来越被认同为像心脏病、高血压一样的生理疾病,而不是古怪甚至恶意的行为选择。

比如抑郁症。虽然它在历史上很早就有描述 —— 最早甚至可以追溯到古希腊的希波克拉底时代,但是由于找不到可以客观、量化的生理学指标,在医学领域一直处于主观臆想和客观病变的边缘模糊地带。直到最近二十多年,随着脑成像技术的普及以及分子、细胞学的进展,对于这一类传统上属于纯粹心理学范畴的疾病终于有了客观的诊断、治疗标准。

所以抑郁症不仅仅是情绪低落、脾气古怪,成瘾也不是单纯的意志力薄弱。它们就像其他疾病一样需要专业的医疗咨询和治疗,如此而已。

这个海报很不错,(相对)简单明了。其实涉及神经学方面的疾病比身体上的比如高血压、糖尿病等等要复杂多了,从分子、到细胞、到脑区,都有明显的生理水平的变化。(红字翻译部分)

是真病啊!


参考:专业文献有人真看吗?加两个综述吧。不然实在是浩如烟海啊。

Depression as a microglial disease Raz Yirmiya, Neta Rimmerman, Ronen Reshef, Trends in Neuroscience, v28(10), p637-658, 2015

Checks and balances on cholinergic signaling in brain and body function Hermona Soreq, v38(7), p448-458, 2015


3. 基因可以很强大。

行为到底是由先天还是后天决定的问题也许永远都不会有定论。如果严谨一些,最近二十年来的具有颠覆性的发现是在一部分即使看来很复杂的行为特征中,在某些情况下(虽然这个situation很多时候并不很清楚),基因可以起着决定性的作用。比如性取向(没错,就是性取向!),在一部分个体和基因组成中,可能只由屈指可数的几个(甚至一个)基因决定。

基因是可以决定命运的!

复杂的求偶行为竟然会由单基因决定,而且是性激素/信息素信号通路之外的基因,这在二十多年前纯粹属于开脑洞的想法。所以1996年关于基因和求偶行为的论文在遗传和神经学领域算是一篇经典论文(1)。它首次证明复杂的交配行为、甚至性向是有着极深的遗传倾向的:敲除了fru 基因的雄性开始搞基 。虽然有着(看似)正常的男儿身,却对雌性不理不睬,而瞄着同性转不开眼 --这是性取向改变的定义。

好吧,这是在果蝇中发现的。不过请不要鄙视人类以外的生物好吗。传宗接代对于人家来说经常是比生存更重要的头等大事。

虽然是在“低等”生物中发现的,但是自从这个验证性结果发现并重复(重要的是重复!)出来以后,一系列的相关发现,即使是在小鼠这样的“高等”哺乳动物中,也没有当初的震撼性效果了。尤其是关于性激素信号通路上的相关基因调控,包括那些并不影响生理性征、却影响相关性行为的基因多样性的发现,现在已经数不胜数了。

举两个比较近的吧:

在一部分神经中去除催产素受体(oxytocin receptor) 的雌性小鼠失去对异性的兴趣。(简单说就是有“女同”倾向)(2)

FucM 基因缺失的小鼠显示出雄性求偶行为。(3)

当然了,这种关于基因决定性倾向的观点推广到人,目前就只能是相关性研究了(4,5)。说到底,总不能像进行动物实验一样随便改变人类的基因,然后放到社会上去观察行为吧?

因此,总体来说,自从70年代neurogenetics(可以翻译成神经遗传学)这个当时属于开脑洞的概念提出来以后,在过去二十多年里已经获得了长足的进展。尤其是本世纪以来,基因在越来越多的复杂行为模式中似乎扮演了定调的角色,远远超过当初的想象。

不是说环境和后天努力没有作用。 最起码的,我们可以通过后天的努力和改变(生存)环境来修饰自己的基因,造福下一代吗!(请参照同一题目下@李雷的表观遗传,也就是基因的化学修饰作用。)

参考文献:

(1) Control of Male Sexual Behavior and Sexual Orientation in Drosophila by the fruitless Gene Cell, v87(6), p1079-1089 1996

(2) Oxytocin Modulates Female Sociosexual Behavior through a Specific Class of Prefrontal Cortical Interneurons Cell,v159(2),p295-305, 2014.

(3) Park, D., et al. (2010). Male-like sexual behavior of female mouse lacking fucose mutarotase. BMC Genetics11 (1) DOI: 10.1186/1471-2156-11-62.

(4) Homoseuxality may be caused by chemical modifications to DNA. Michael Balter, Oct, 08, 2015, Science.

(5) Genome-wide scan demonstrates significant linkage for male sexual orientation Psychological Methods 2015 May; 45(7):1379-88.

4. 细菌才是“另一半”

自从发现青霉素以后,愚蠢的人类就不自量力地对我们身周庞大的微生物王国发起了一场又一场战斗。

而在几十年的屡败屡战、屡战屡败之后,人类终于开始反省自身,然后发现自己的打击面实在是太大了。致病菌在我们身边的微生物族群中的数量和能力大概跟恐怖分子差不多,而许多原来温和有益的微生物却被大量的抗生素和各种围剿弄得“人逼菌反”。

所以对于健康人来说,各种所谓灭菌肥皂之类的东西绝对是有害无益,抗生素更是尽量少碰。消灭是不可能的,这些东西唯一起的作用就是把温和有益的细菌剿灭,逼成顽固有害的“超级细菌”。


于是在体会到了“知己知彼,百战不殆”的医疗实战意义之后,本世纪人类终于决定开始认真地了解自己体内体外的各种微生物。然后就有了测绘人体微生物图谱的雄伟计划:人类微生物组计划 (Human Microbiome Project) 以及全新的概念:人体微生物相(Microbiota)。

它的严格定义为:“实实在在地和我们共用身体空间的共存、共生、以及致病的微生物群的生态圈。”

Microbiota: the ecological community of commensal, symbiotic and pathogenic microorganisms that literally share our body space"

这个五年计划于2008年由美国健康总署(NIH)启动,到2013年第一个阶段完成,共收集了242名健康志愿者身体内外各处的5000份微生物样本,经过确认、编目、测序等等,建立了一个初步的“健康”微生物组的基准值。


单从这个系统性的先导研究中就已经有了无数的没想到。比如:

我们体内以及体表的各种微生物的数量和我们体内的细胞在一个数量级(50万亿)上,大致误差在1-5倍之间;

这些微生物的活动对于某些生理功能的影响要比我们自身基因的影响还要重要(下文会举例子);

我们的自带微生物组会随着生活习惯、环境、以及各种生理病理(比如怀孕、衰老等等)的变化而变化,和我们自身共生、共荣、共衰。

显然,这些初步结果揭开的是一个浩瀚未知世界的序幕,在今后几十年内随着各种跟进研究的深入,对于我们身体内外的这个隐秘王国的了解会不断地带来各种医学上的修正和颠覆。

(海报来源:NIH)


而目前已经比较确认的微生物组的“神奇”影响,已经可以说无所不包了,从肥胖、心血管疾病等各种代谢类疾病,到抑郁症等神经和大脑的功能。就用这张图代替吧。(重点在右边)


Source: The microbiota–gut–brain axis: neurobehavioral correlates, health and sociality. Front. Integr. Neurosci., October 2013 The microbiota-gut-brain axis: neurobehavioral correlates, health and sociality


各种文献简直太多了。有兴趣的童鞋去看一下2012年《自然》上的这个系列专题报道:Gut microbes and health, V489,No.7415,p219-257.


关于医学应用,目前最成功的就是治疗炎症性肠炎 (Inflammatory Bowel Disease) 这类耗人又难治的痼疾,尤其是对其中一类称作克罗恩氏症的(Crohn’s disease),通过接种健康人肠道内的菌群,竟然首次出现了根治的效果!而且比起其他所有疗法来,几乎没有副作用。


当然,目前这种疗法还处于临床试验阶段,具体操作规则和适应症人群也在探索之中。

Bacterial imbalance in Crohn’s disease. Nature Reviews Microbiology 12, 312-212(2014).


所以细菌才是我们最亲密的另一半啊!!




  

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