如何看待中方专家组称在蝙蝠和穿山甲中发现的冠状病毒相似度不足以使其成为新冠病毒的直接祖先？
关于中方专家组就蝙蝠和穿山甲冠状病毒与新冠病毒相似度发表的看法，这确实是一个非常值得深入探讨的议题。简单来说，这个结论传达的核心信息是：目前在蝙蝠和穿山甲体内发现的冠状病毒，在基因序列上的差异，还不足以让我们断定它们就是导致COVID19的SARSCoV2的直接祖先。
要理解这个结论的重要性，我们需要先回顾一下病毒溯源的一些基本概念和当时的情况。
病毒溯源的挑战与逻辑
病毒溯源，尤其是像SARSCoV2这样一种全新的病毒，其根本目的是要找到病毒的“出生地”——最初的宿主是什么，病毒是如何从一个物种跳跃到另一个物种（即“跨种传播”），以及在这个过程中，病毒是否经过了某种中间宿主。这是一个科学侦探的工作，需要搜集大量的遗传信息、流行病学数据以及生态学证据。
在新冠疫情初期，科学界普遍认为，冠状病毒（Coronaviridae）是一大家族，其中有一类叫做β冠状病毒，而SARSCoV2就属于这一类。SARS（非典）和MERS（中东呼吸综合征）也是β冠状病毒，它们都知道有蝙蝠作为天然宿主，并通过中间宿主（SARS是果子狸，MERS是骆驼）传播给人类。因此，基于过往的经验，很多人自然而然地推测SARSCoV2也可能遵循类似的路径。
蝙蝠和穿山甲的角色
蝙蝠： 蝙蝠因为拥有强大的免疫系统，能够携带多种病毒而不发病，而且它们的飞行能力使得病毒在不同地区传播成为可能，所以它们长期以来被认为是许多新发病毒（包括冠状病毒）的天然宿主。在SARSCoV2出现后，确实在蝙蝠体内找到了与SARSCoV2基因组非常相似的冠状病毒，这为蝙蝠是天然宿主提供了强有力的支持。
穿山甲： 穿山甲的加入，则是因为在一些走私的穿山甲体内，也发现了基因组与SARSCoV2有较高相似度的冠状病毒。穿山甲因其鳞甲的特殊性，在传统医药中被认为有价值，因此遭到非法盗猎和交易，这也为病毒跨种传播提供了机会。
“相似度不足以成为直接祖先”的含义
当专家组说“相似度不足以使其成为新冠病毒的直接祖先”时，他们想表达的可能是以下几点：
1. 基因组的“缺环”： 尽管在蝙蝠和穿山甲中发现的病毒与SARSCoV2在某些关键区域（比如刺突蛋白，Spike protein，这是病毒入侵宿主细胞的关键部分）表现出相似性，但这些相似性并非“完全一致”或“高度接近”。科学界通常会寻找一个“近亲”，其基因组序列的差别非常小，以至于可以解释为在短时间内发生的突变。如果相似度不够高，就意味着在发现的这些病毒和SARSCoV2之间，可能还存在一个或多个未被发现的病毒，或者病毒在跨种传播过程中经历了更复杂的演变。
2. “中间宿主”的证据链： 寻找直接祖先不仅仅是比对基因序列。还需要有其他的证据来支持。例如，是否在中间宿主身上发现了能够有效感染人类细胞的病毒？病毒是否能够在中间宿主体内完成“重组”或“适应性演化”，从而获得感染人类的能力？如果穿山甲病毒与SARSCoV2的相似性仅仅是局部的，或者其感染人类细胞的能力没有得到充分证明，那么它们就只能是“远亲”，而不是“父母”。
3. 科学溯源的严谨性： 科学研究讲求证据，尤其是在如此重大的公共卫生事件上。不能因为“推测”或“可能性”就轻易下结论。中方专家组的这种表述，可能是在强调溯源工作需要更多的科学证据，而不是基于初步发现就匆忙下定论。他们可能是在说：“我们看到了相似之处，这很重要，但还不足以盖棺定论，证明它们就是SARSCoV2的直系祖先。”
这句话的背后可能意味着什么？
潜在的“缺环”宿主： 这句话暗示，可能存在一个我们尚未发现的病毒，它比目前在蝙蝠和穿山甲中发现的病毒更接近SARSCoV2，或者它扮演了更直接的中间宿主角色。这个“缺环”可能存在于野生动物市场，或者在其他未被充分调查的动物种群中。
病毒演化的复杂性： 病毒的演化是一个复杂的过程。可能存在一系列的病毒，它们在不同宿主之间传播，并在过程中不断发生基因重组和突变，最终才演化出SARSCoV2。这种情况下，任何一个单一的中间宿主，其体内发现的病毒可能都只能是“一个环节”，而不是“最终源头”。
对早期溯源信息的审慎回应： 在疫情初期，有很多关于蝙蝠和穿山甲的报道，可能引发了公众对于这些动物“就是源头”的印象。中方专家组的表述，可能是在提醒大家，科学溯源需要更深入、更全面的证据，避免过度简化和断章取义。
举个更形象的例子：
想象一下，你要找一个失散多年的亲人。你找到了一些亲戚，他们和你这位亲人长得很像，而且有些共同的家庭故事。但是，你发现他们和你失散的亲人之间，在某些特征上还是有明显差异（比如身高、血型、或者他们身上有你们家从未有过的特殊习惯）。这时，你就可以说：“虽然他们和我的亲人很像，但他们还不足以证明就是我的亲人本人。”这可能意味着，你需要在这些人之外，再找找有没有更近的亲戚，或者这些人身上的差异，需要更详细的解释。
总结来说， 中方专家组的说法是一种基于科学证据的审慎态度。它表明，虽然在蝙蝠和穿山甲身上发现了与SARSCoV2相似的冠状病毒，这为追溯病毒起源提供了重要的线索，但这些相似度还不足以让它们被确认为SARSCoV2的“直系祖先”。这项工作仍然需要更详尽的科学调查，去寻找更直接的证据，理解病毒是如何一步步演化到今天这个状态的。这并不否定蝙蝠和穿山甲在病毒传播链中的潜在作用，而是强调了科学溯源的复杂性和对证据的严谨要求。
要理解这个结论的重要性，我们需要先回顾一下病毒溯源的一些基本概念和当时的情况。
病毒溯源的挑战与逻辑
病毒溯源，尤其是像SARSCoV2这样一种全新的病毒，其根本目的是要找到病毒的“出生地”——最初的宿主是什么，病毒是如何从一个物种跳跃到另一个物种（即“跨种传播”），以及在这个过程中，病毒是否经过了某种中间宿主。这是一个科学侦探的工作，需要搜集大量的遗传信息、流行病学数据以及生态学证据。
在新冠疫情初期，科学界普遍认为，冠状病毒（Coronaviridae）是一大家族，其中有一类叫做β冠状病毒，而SARSCoV2就属于这一类。SARS（非典）和MERS（中东呼吸综合征）也是β冠状病毒，它们都知道有蝙蝠作为天然宿主，并通过中间宿主（SARS是果子狸，MERS是骆驼）传播给人类。因此，基于过往的经验，很多人自然而然地推测SARSCoV2也可能遵循类似的路径。
蝙蝠和穿山甲的角色
蝙蝠： 蝙蝠因为拥有强大的免疫系统，能够携带多种病毒而不发病，而且它们的飞行能力使得病毒在不同地区传播成为可能，所以它们长期以来被认为是许多新发病毒（包括冠状病毒）的天然宿主。在SARSCoV2出现后，确实在蝙蝠体内找到了与SARSCoV2基因组非常相似的冠状病毒，这为蝙蝠是天然宿主提供了强有力的支持。
穿山甲： 穿山甲的加入，则是因为在一些走私的穿山甲体内，也发现了基因组与SARSCoV2有较高相似度的冠状病毒。穿山甲因其鳞甲的特殊性，在传统医药中被认为有价值，因此遭到非法盗猎和交易，这也为病毒跨种传播提供了机会。
“相似度不足以成为直接祖先”的含义
当专家组说“相似度不足以使其成为新冠病毒的直接祖先”时，他们想表达的可能是以下几点：
1. 基因组的“缺环”： 尽管在蝙蝠和穿山甲中发现的病毒与SARSCoV2在某些关键区域（比如刺突蛋白，Spike protein，这是病毒入侵宿主细胞的关键部分）表现出相似性，但这些相似性并非“完全一致”或“高度接近”。科学界通常会寻找一个“近亲”，其基因组序列的差别非常小，以至于可以解释为在短时间内发生的突变。如果相似度不够高，就意味着在发现的这些病毒和SARSCoV2之间，可能还存在一个或多个未被发现的病毒，或者病毒在跨种传播过程中经历了更复杂的演变。
2. “中间宿主”的证据链： 寻找直接祖先不仅仅是比对基因序列。还需要有其他的证据来支持。例如，是否在中间宿主身上发现了能够有效感染人类细胞的病毒？病毒是否能够在中间宿主体内完成“重组”或“适应性演化”，从而获得感染人类的能力？如果穿山甲病毒与SARSCoV2的相似性仅仅是局部的，或者其感染人类细胞的能力没有得到充分证明，那么它们就只能是“远亲”，而不是“父母”。
3. 科学溯源的严谨性： 科学研究讲求证据，尤其是在如此重大的公共卫生事件上。不能因为“推测”或“可能性”就轻易下结论。中方专家组的这种表述，可能是在强调溯源工作需要更多的科学证据，而不是基于初步发现就匆忙下定论。他们可能是在说：“我们看到了相似之处，这很重要，但还不足以盖棺定论，证明它们就是SARSCoV2的直系祖先。”
这句话的背后可能意味着什么？
潜在的“缺环”宿主： 这句话暗示，可能存在一个我们尚未发现的病毒，它比目前在蝙蝠和穿山甲中发现的病毒更接近SARSCoV2，或者它扮演了更直接的中间宿主角色。这个“缺环”可能存在于野生动物市场，或者在其他未被充分调查的动物种群中。
病毒演化的复杂性： 病毒的演化是一个复杂的过程。可能存在一系列的病毒，它们在不同宿主之间传播，并在过程中不断发生基因重组和突变，最终才演化出SARSCoV2。这种情况下，任何一个单一的中间宿主，其体内发现的病毒可能都只能是“一个环节”，而不是“最终源头”。
对早期溯源信息的审慎回应： 在疫情初期，有很多关于蝙蝠和穿山甲的报道，可能引发了公众对于这些动物“就是源头”的印象。中方专家组的表述，可能是在提醒大家，科学溯源需要更深入、更全面的证据，避免过度简化和断章取义。
举个更形象的例子：
想象一下，你要找一个失散多年的亲人。你找到了一些亲戚，他们和你这位亲人长得很像，而且有些共同的家庭故事。但是，你发现他们和你失散的亲人之间，在某些特征上还是有明显差异（比如身高、血型、或者他们身上有你们家从未有过的特殊习惯）。这时，你就可以说：“虽然他们和我的亲人很像，但他们还不足以证明就是我的亲人本人。”这可能意味着，你需要在这些人之外，再找找有没有更近的亲戚，或者这些人身上的差异，需要更详细的解释。
总结来说， 中方专家组的说法是一种基于科学证据的审慎态度。它表明，虽然在蝙蝠和穿山甲身上发现了与SARSCoV2相似的冠状病毒，这为追溯病毒起源提供了重要的线索，但这些相似度还不足以让它们被确认为SARSCoV2的“直系祖先”。这项工作仍然需要更详尽的科学调查，去寻找更直接的证据，理解病毒是如何一步步演化到今天这个状态的。这并不否定蝙蝠和穿山甲在病毒传播链中的潜在作用，而是强调了科学溯源的复杂性和对证据的严谨要求。
网友意见
这就是一个纯生物学，或者通过生信分析的祖源分析的事情了。
这事情可以通过去年华农的一篇nature的论文来解释。
关于论文的更多内容可以看我以前写的文章，关于“如何看待中方专家组称在蝙蝠和穿山甲中发现的冠状病毒相似度不足以使其成为新冠病毒的直接祖先？”这个问题，就看论文里的一个配图就好了。
这个图可以分为左上，右上，和下部三个大的结构来看。
先看右上，右上的图是系统发育树，或者叫进化树也行，是描述不同物种之间亲缘远近的。可以看到RaTG13与新冠病毒的亲缘最为接近，而穿山甲冠状病毒（pangolin-CoV）与他们的亲缘关系就远了一点。而且发现的蝙蝠冠状病毒的亲缘就更远了。所以从这个图我们可以看出，新冠病毒与穿山甲冠状病毒和蝙蝠携带的RaTG13的亲缘最近。
那么有多近呢？接下来看左上部分。
左上部分为新冠病毒，穿山甲冠状病毒和蝙蝠身上的3种冠状病毒全基因组序列对比，其中包括目前已知相似度最高的RaTG13，可以看到虽然他们的相似度很高，比如穿山甲冠状病毒与SARS-CoV-2和RaTG13非常相似，序列同一性在80％和98％之间（S基因除外）。但细微之处可以看出来，但在5'端与ZXC21和ZC45更相似。
也就是说，他们几个很相似，应该是有一定的亲缘关系。
如果只考虑穿山甲病毒的80%相似度，还低于其他几种蝙蝠携带的冠状病毒，那么为什么右上的发育树里会把穿山甲冠状病毒列的那么近呢？
这里边就需要看细分序列，也就是图片的下部分。
在1-914和1534-3825这两个核苷酸序列部分，新冠病毒是与RaTG13相似度非常高的。
但是在1312-1533这部分，新冠病毒与pangolin-CoV更高，尤其是pangolin-CoV的S蛋白的受体结合结构域（RBD）与SARS-CoV-2仅具有一个氨基酸差异。
也就是从不同蛋白构成的氨基酸序列来看，pangolin-CoV在其中某些关键位置上相似程度非常高。
所以华农的论文结论是，新冠病毒应该是穿山甲冠状病毒和一种类似于RaTG13的冠状病毒重组产生的。那为什么是类似RaTG13而不就是RaTG13呢？
从这个图可以看到，RaTG13与新冠病毒的相似度也有96.1%，那为什么RaTG13不会是新冠病毒的一个祖先呢？
包括《自然医学》《自然微生物》在内的多本期刊都发表过关于RaTG13与新冠病毒的关联，学界目前的认知是，RaTG13应该在40-70年前就与新冠病毒的祖先分家了，这样才能形成这么多差异位点。所以RaTG13只是被石正丽教授发现的众多的蝙蝠携带的冠状病毒中与新冠病毒序列最近接的一个病毒。它并不是新冠病毒的直接来源。
而这个来源在哪里？目前的猜测是往着东南亚地区，混杂着穿山甲冠状病毒与蝙蝠冠状病毒同时存在的雨林或者其他类似环境里。
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