为何近代以来曾经与中国关系极为密切的越南、朝鲜等藩属国没有成为中国领土的一部分？

交州刺史部，七郡。137万2290人。
南海郡，县六。户万九千六百一十三，口九万四千二百五十三。
　　郁林郡，县十二。户万二千四百一十五，口七万一千一百六十二。
　　苍梧郡，县十。户二万四千三百七十九，口十四万六千一百六十。
交趾郡，县十。户九万二千四百四十，口七十四万六千二百三十七。
　　合浦郡，县五。户万五千三百九十八，口七万八千九百八十。
　　九真郡，县七。户三万五千七百四十三，口十六万六千一十三。
　　日南郡，县五。户万五千四百六十，口六万九千四百八十五。
——数据来源【汉书 地理志】

惊不惊讶？汉朝时期越南北部红河三角洲的发展程度要远远超过广东地区，交趾郡人口8倍于南海郡（治所广州）。

安南都护府，刺史充都护，旧领县八，户一万七千五百二十三，口八万八千七百八十八。天宝领县七，户二万四千二百三十，口九万九千六百五十二。
广州刺史，充岭南五府经略使。旧领县十，户一万二千四百六十三，口五万九千一百一十四。天宝领县十三，户四万二千二百三十五。
——数据来源【旧唐书 地理志】

而到了盛唐时期，广州一带的户数已经追平反超了安南都护的辖区。

足以说明一个问题，广东一带的经济与人口在汉至于唐这段时期内已经从原来的被交趾地区力压转为并驾齐驱并最终超越。

究其原因当是广州的海洋贸易发展，从南朝时的“广州刺史但经城门一过，便得三千万”到中唐之后海上丝路大放异彩“宝舶荐臻，倍于恒数”。交趾地区原本在岭南作为魁首的经济地位已经不复往昔。

可以理解为何之后的中国王朝（宋元明清）虽要兴兵收复越南地区，但都缺乏持之以恒的动力了。因为这里的经济价值已经远远不比从前。对于中国王朝来说需要的不过是来自热带地区的奢侈品（香料和当地工艺品），完全可以靠贸易得到，也不需要大动干戈。永乐帝时期攻陷交趾的举动更可以看出这一点：

永乐中，既得交阯，以绢，漆，苏木，翠羽，纸扇，沉、速、安息诸香代租赋。
——【明史 食货志】

再加上交趾当地人对北朝的厌恶情绪，使得中国最终不再有将他重新纳入版图的打算：

安南民情反复，胜国以前，郡县其地者，不久仍生变故，历有前车之鉴......
——乾隆帝

至于朝鲜嘛，题主可能并不了解朝鲜王朝的经济情况，不然你会非常理解为什么明清两代多有郡县朝鲜之议最后都无疾而终，因为实在得不偿失啊。

朝鲜经济有多薄弱呢，这里就要借用一个信纲公的数据了 @松平信纲

到了朝鲜王朝时期，由于向明朝进贡需要金银，而朝鲜本身的金银储备又不多，产量更是可怜。太宗12年（1412年），全国开采白银的数量合计为104两，才相当于区区6个银瓶），于是便废弃了以白银作为货币的想法。——【（松平信纲著）海东自有轻重宜：高丽王朝货币概述】

而笔者本人在【朝鲜王朝实录】中找到了号称黄金期的“英正时代”（朝鲜英祖和正祖在位时期，相当于中国乾隆嘉庆）时期的朝鲜国家收入，试举两例：

正祖 卽位年 12月 30日
○各司各營, 進丙申會簿。 戶曹、糧餉廳、宣惠廳、常賑廳、均役廳、兵曹、訓鍊都監、禁衛營、守禦廳時在黃金一百九十兩零, 銀子四十八萬四千七百兩零, 錢一百四萬一千五百兩零, 綿布七千一百八十同零, 苧布七同零, 麻布七百八十八同零, 米二十七萬六千一百石零, 田米一萬三千四百石零, 大豆三萬九千二百石零, 皮各穀六千四百石零。
正祖24年
各司、各營, 進己未會簿, 戶曹、糧餉廳、宣惠廳、兵曹、壯勇營、訓局、禁衛營、御營廳、摠戎廳時在黃金二百六十兩零, 銀子四十一萬四千七百兩零, 錢一百六十七萬一千二百兩零, 綿紬一百四十同零, 綿布六千四百九十八同零, 苧布五十八同零, 米二十六萬一千二百石零, 田米六千五百石零, 黃豆三萬三千四百石零, 皮雜穀一萬四十八石零。

朝鲜正祖时期，中央几乎所有重要的财务相关部门所储合计，黄金基本维持在200两，白银20到40万两的水平。说实在的，明清找一个大点的府，收入都能力挑朝鲜三千里江山。

到了朝鲜高宗时代（19世纪中期）更加恐怖，甚至中央所储白银有跌到8万两的惨剧出现。而到了1894年，据日本驻朝公使井上馨估算，以朝鲜王朝当时的财力要还清国内外各种债务，需要整整1727年！

明朝万历朝鲜战争时就受困于朝鲜的财物短缺，让明军多了不少麻烦。

而清朝直接指导朝鲜王朝进行近代化改革，对朝鲜的贫困状况更为了解。清朝将领聂士成的作品东游纪程就记载了朝鲜官员向他哭诉任内亏空难以计数的事：

朝鲜富宁府府尹：“自从就任该职，已经四年，如今亏空公款四千余贯，上国大人见到国王时，望代为吁恳”
聂士成对于甲午战争前夜朝鲜的观感是“城池荒陋至极，民苦可知……民情太惰，种地只求敷食，不思积蓄。遇事尤泥古法，不敢变通，读书几成废物”。当时朝鲜虽然已经开辟了仁川、元山等贸易口岸，但是“各海口出产稀少，不通商贾大道，无甚起色”。

对于这种食之无味弃之可惜的国家，直接管理实在是徒劳无功（实际上清末有很多次商议要是否需吞并朝鲜，甚至朝鲜国王生父兴宣大院君都有类似提议）。

朝鲜王朝的贫困其实也可以从王室待遇的低下看出来，朝鲜太宗的驸马吉昌君死后居然因为家贫要靠世宗赏赐才能举办丧仪。而朝鲜高宗的生父被尊为大院君之后，俸禄也不过每月米10石，钱100两而已。（是钱100不是银100，朝鲜钱100两也就是10贯钱）

今於吉昌君跬之喪, 依式禮葬外, 殯斂之具, 皆令官備。 單裌襦衣各三稱、襦衿一、單衿二、絞用白苧布三匹、銘旌紅絹十尺、魂帛一匹, 葬用中等。” 從之。 以跬家貧無所儲也。——【朝鲜王朝实录 世宗实录】

大王大妃敎曰: “大院君宮田結等節, 依例擧行, 已有成命, 而固辭不已, 不得不勉從。 其令度支, 月送米十石、錢一百兩, 以副儉約之意。”——【朝鲜王朝实录 高宗实录】

综上所述，相比直接统治而言，清末对于朝鲜的实际处理方式好比控制朝鲜海关，获取领事裁判权，加强宗藩关系等等应该更为合适。