某种细菌在做为候选菌株被开发成益生菌之前,都要进行一系列的评估的,甚至基因组都要进行测底的测序分析。益生菌变成致病菌或条件致病菌的可能性微乎其微,除非是益生菌在体内通过其他细菌获得了一些致病基因。但严格意义上讲,这种获得其他细菌基因片段的细菌和食用的益生菌已经不能算是同一种菌株了。