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南非发现新冠病毒新毒株「存在大量突变,或躲避人体防御」,具体情况如何?人类应当如何防御? 第1页

        

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谢各位老铁邀。


主要的内容前两天已经发公众号了,

(知乎这边则是一些零碎信息发在这几天的个人想法里)

想看大长篇的话,请移步公众号品鉴,每日一更:

这边贩卖一些之前没提到的边角余料小八卦吧:


小八卦一:为啥是Tom Peacock老师最先发现B.1.1.529?

因为最近Peacock老师刚好在搞一个重磅paper,

研究免疫缺陷病例长期无法转阴的状态下,病毒体内演化的机制,

所以他需要收集各种疑似长期感染的测序记录。

于是他写了个即原始又好用的小东西,

定期在GISAID数据库抓测序记录,

然后自动跟主流毒株的突变位点作比对,

只保留那些差异明显的。

(因为抓东西太频繁,这逼长期担心被GISAID封号……)

所以香港那边刚刚把这货上传上去,

就被Peacock老师抓了个正着……

然后顺势一搜,又搜到博茨瓦纳有三个匹配记录,

正好他跟Pango team的几位又是老熟人……

所以当场就提交了~


不过吧,这货造型如此引人瞩目,

只要它上了GISAID,

就算不靠自动抓包小外挂,

也会很快被发现的……

毕竟那么多双眼镜盯着呢,大概率不用等到第二天。

不会再出现当初B.1.617那种耽误半年时间的闹剧了。


小八卦二:反应神速的南非KRISP测序团队

说到这里,要大力表扬一下以Tulio de Oliveira老师为代表的南非基因测序团队。

现在回头来看,B.1.1.529差不多是在十月底开始在南非各地冒头,然后迅速攀升。

——请品鉴:

↑ 上图是南非各省通过PCR检测的SGTF特性间接确认的B.1.1.529流行率走势。

或者用人话来说,就是带有刺突蛋白69/70缺失突变的PCR检测结果,在全体结果中的比例。

另外顺便说一句,2021年10月份之前的69/70缺失突变,基本都是Alpha的锅。

所以B.1.1.529的病例10月底开始大量冒头,

Tulio老师和NICD/KRISP11月10号左右开始组织针对性的社区筛查,

相关测序结果则在11月23日上传GISAID。

恰好Peacock老师的小外挂也给力,

他又跟Pango network背后大佬Rambaut老师挺熟,

所以这口瓜我们才能这么快吃到嘴(划掉)

或者说,所以各国才能及时对南部非洲地区采取临时断航等措施,阻止局势糜烂。

从这种意义上来说,B.1.1.529的全球扩散进程,一开始就远远不如当初Delta那么酣畅淋漓。

毕竟,Delta那时候,印度的检测机制和病毒学界集体做大死,

整整晚了5个月左右才发现B.1.617的存在,

而后期英国佬更是推波助澜,协助Delta快速传遍全世界……


总之,南非虽然防疫相对拉胯,阴间变异株也层出不穷吧,

但在祸害全球的程度上,比英美巴印实在是差了八条街。


小八卦三:南部非洲可能已经全部沦陷

刚刚得到的最新悲报。

B.1.1.529已经登陆以色列。

(碰巧就是以前提到过的好基友Shay老师亲手给揪出来的~)

——请品鉴:

更大的悲报在于,

以色列一口气揪出来了四例……

三例南非输入、一例马拉维输入~

马拉维这种鸟都不拉屎的小地方,都能输出B.1.1.529了,

这形势,各位品品?


说到这里,咱不得不帮南非再洗一洗地。

虽然咱常年押注说全世界最大的蛊王一定是南非,

但这种说法其实有两层考虑,

第一是大家都懂的,突破天际的HIV流行率,以及因此产生的全人口规模的免疫缺陷状态;

第二点大伙儿可能没太留意——南非是整个非洲地区最大的交通枢纽之一,同时也是南部非洲劳务和商务中心。

换句话说,每天都有全非洲各国人民在南非(尤其是豪登省)流动,而这些人的HIV患病率(也就是免疫缺陷比例)通常并不会比南非人低太多。

所以之前南非出产的那些阴间变异株吧,有一些可能根本不是南非的锅……

举个略跑题的例子,就比如说C.1.2吧,

当初咱都以为这玩意儿是土生土长南非种,

——结果……后来……请品鉴啊:

演化树补完之后,明显看得出来,

C.1.2压根儿就不是C.1(南非特产)的子毒株,

反而跟C.1隔了八条街远~

这货是C.38(埃及特产)的好基友,

(所以排资论辈的话,本来应该叫C.39才对)

而且吧,C.1.2和C.38的共同祖先,最早在皿煮刚果现身……


所以情况就是这么一个情况,

南非作为整个非洲大陆极少数勉强有能力靠着测序机制监控毒株漂变的地区,

全非洲的阴间变异株都有可能从这里冒头,

而这次的B.1.1.529,

至少在前期爆发模式上,还有演化树的造型上,

也有一丢丢类似的苗头。

——请品鉴:

所以咱敢豪赌5兰特,B.1.1.529最早的发源地,

更可能是在南非和博茨瓦纳之外其他某个检测和测序双双拉胯的地方……

所以,总而言之,

整个南部非洲应该都悬了……


讲完小八卦,

下面进入贩卖焦虑的环节。


焦虑一,血清表型分化

其他某些答主还在纠结所谓的传染性和免疫逃逸。

naive~

对于B.1.1.529来说,传染性和免疫逃逸能力根本不重要。

——请品鉴:

↑ 这个是鲁汶大学Tom Wenseleers老师搞的毒株流行率多项式拟合,

各位不妨比较一下,

当初Beta取代屁民毒株时的曲线走势,

以及当初Delta取代Beta时的曲线形状,

再看看现如今B.1.1.529取代Delta时的曲线形状。

根本就没在一个频道好不好?

而且要说B.1.1.529比Delta传染性强这么多?

这个恕咱暂时没法接受……


这个造型吧,它反倒更像是B.1.1.529如入无人之境。

之前的各种预存抗体免疫力,统统一笔勾销。


——或者掉个书袋就是[1]

血清型:血清型之间没有交叉抗原-抗体反应,或抗原-抗体反应的同源/异源相互滴度比大于16。

请记住这个数字:滴度比16。

咱先不说B.1.1.529,

咱说说Beta和Delta~

——请品鉴[2]

↑ “delta变异株、beta变异株,以及某位长期感染病例体内演化出的变异株,分化成为不同的血清表型”

不同的血清表型可还行?

长话短说,Delta、Beta和某个HIV患者体内长期感染养出来的阴间变异株,

这三者到底有没有满足血清型分化的最低标准?

——请品鉴:

Beta康复者血清 vs Delta的滴度比:12.4

Delta康复者血清 vs Beta的滴度比:33.6

一边超标,另一边则差一丢丢才达到16的下限,

看来这篇文章作者是标题党无疑……

但是现在问题就来了,

Delta和Beta的RBD结构域只差了5个突变,结果Delta和Beta已然有12.4和33.6的滴度比,

那么现在Delta和B.1.1.529之间差了十几个突变,

或者说不管啥毒株的RBD都跟B.1.1.529差了十几个突变……

这个滴度比将会是啥造型?

能不能超过16的门槛?

够不够满足血清分型的硬标准?


焦虑二,免疫逃逸

昨天咱说B.1.1.529会导致市面上所有单抗无效化,

居然有一堆洗地党跳出来硬杠……

有啥意义呢……

还是让老夫一锤子把棺材板钉死得了。

下面是哈金森研究所大佬Jesse Bloom老师搞的B.1.1.529 vs RBD抗原表位深度突变扫描结果,

——请品鉴:

↑ 四个抗原表位,三个全军覆没(还有一个本身就不给力……)


——或者具体到市面上的单抗产品来说:

↑ 再生元,死字写脸上

↑ 礼来,死字又写脸上

摊手~


哦对了,

小道消息,以色列揪出来那四个病例里头,

有一位已接种三针BNT(最后一针9月份接种),

还有一位已接种两针J&J(最后一针也在9月份接种)

……

……


焦虑三,B.1.1.529的诞生模式

这个问题其实之前已经提醒过了,比如说:

这就是为啥咱从来就不认为印度是蛊王……

一句话总结就是,光凭人多传播猛是不够的,

免疫缺陷人群的养蛊功力,一个能抵成百上千个~

而关于这次的B.1.1.529,

最大的焦虑之处就在于,

它的上一辈毒株,是B.1.1~

——请品鉴:

这玩意儿差不多在2020年4-6月达到流行率巅峰,之后就慢慢绝迹。

如果我们姑且同意B.1.1.529起源于免疫缺陷病例长期感染这个假说的话,

那么这次长期感染很有可能经历了一年甚至更久的文火慢炖,

才最终炼出毒王。


所以现在问题来了。

南非差不多有超过1千万人处于潜在的免疫缺陷状态(通过HIV流行率随口盲猜的),

非洲以及全世界其他地方的免疫缺陷人口更多得多。

他们当中的每一位,都是定时炸弹,

都有可能维持长达一年以上的长期感染。

这些定时炸弹拿B.1.1这样的上古弱鸡毒株做种子,

养上一年,就有可能开出B.1.1.529这样的惊吓盲盒,

那么如果有定时炸弹拿Alpha或者Beta这样的VOC做种子,

养到明年的话,

到时候会开出怎么样的惊吓盲盒呢?

更不用说,B.1.1流行的那阵,

市面上几乎没啥单抗可用,

而到了今天,在世界上某些奇葩地方,

滥用单抗就如何吃饭喝水一样……

——请品鉴:

所以,各位不要以为B.1.1.529就是最大的……

也许,更大的还在后面呢~


哦对了,还有一个问题~

人类应当如何防御?

这还用问吗?《新京报》是不是傻?

清零解百愁呗~

参考

  1. ^ https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/B9780122499517500109
  2. ^ https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.14.21263564v1

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北京时间2021.11.27 5:20更新:

WHO将全球第5个VOC命名为Omicron(O),而非之前大家几乎一致认定的Nu。


今晚看到的最重要消息,来自南非卫生部长就新变异体举行问答直播:There is NO EVIDENCE that the Nu variant evades our current vaccines.


(没有证据显示Nu逃逸了我们现在的疫苗)


另外根据南非Chris Hani Baragwanath医院(非洲最大医院)透露的消息,目前该院入院患者有几个特点:


-患者的特征正在发生变化;

-住院患者中有更多普通症/重症的年轻人;

-住院患者中65%未接种疫苗,35%部分接种疫苗。


还是那句话,Omicron是一个非常新的变异体,我们对它的了解还很有限。接下来几周会有更多研究数据出来,全球都在密切监测这个新晋VOC。

***********


今天有很多朋友咨询B.1.1.529这个新变异体。我中午看了生物信息学家Prof. Tulio de Oliveira在南非卫生部媒体简报会上放的PPT,结合之前我们对其他变异体的认识,一起说一下。

目前获得的大体情况是,从11月12日~20日这段时间,B.1.1.529已在数个国家和地区被检测到,包括南非(77例)、博茨瓦纳(4例)和中国香港(1例,去过南非的旅行者)。



对于新变异体来说,我们重点关注两方面,一是免疫逃逸能力(immune evasion),二是传播能力(transmissibility)。


这两者的变化主要是新冠病毒S蛋白上突变造成的,S蛋白是新冠病毒与宿主细胞ACE2受体连接的蛋白,更准确的说是S蛋白上的RBD区域。根据基因测序结果,B.1.1.529的S蛋白上面有超过30个突变,如果我们只看RBD区域的话,我们可以对比一下Beta和Delta在这个区域的突变,Beta有3个突变,Delta有2个,而B.1.1.529有多少个呢?


11个。


所以根据之前其他变异体的研究结合计算机模拟的结果,由于S蛋白(以及RBD)是中和抗体的结合靶点,B.1.1.529可能有很强的免疫逃逸能力,这也就意味着目前的抗体药以及新冠疫苗(包括mRNA疫苗、重组蛋白疫苗、腺病毒载体疫苗以及灭活疫苗)在面对B.1.1.529时有效率可能都会有所下降。


具体下降多少,取决于体外实验(检测中和水平)和真实世界的研究(检测有效率)。由于目前对这个B.1.1.529的研究还很少,因此这个问题暂时没有答案。但是需要强调的一点是,中和水平下降XX倍不意味着有效率下降XX倍,只要中和抗体水平足够高,疫苗仍然是可以提供有效保护的,尤其是在预防重症方面。




而相对于免疫逃逸能力,决定一种变异体是否会大规模扩散、甚至全球肆虐的更重要因素,是其传播能力。


目前全球四大VOC(受关注的变异体)里面,最重要的就是Delta,实际上Delta的免疫逃逸能力并不如Gamma和Beta,而后两者在全球造成的影响远不如Delta。


Delta的主要问题在于其高度传染性,次要问题才是免疫逃逸能力。


流行病学的研究表明, 相对于原始毒株,Alpha的传染性提高了高50%,而Delta的传染性比Alpha还要高出60%。而假病毒试验结果表明,相对于其他变异体,Delta的S蛋白可以在低水平的人体细胞ACE2受体更有效的融合细胞膜,感染靶细胞的速度比其他所有测试变异体都更快,这可能可以解释为什么Delta能在更简短的人际接触中传播,并且迅速感染更多的宿主细胞。


所以回到B.1.1.529上,现在更关键的问题是,它的传播能力究竟如何?


我们刚才提到过,B.1.1.529的S蛋白有超过30个突变,其中11个位于RBD,这些突变中的一部分我们比较熟悉(因为在四大VOC上也有发现),比如N501Y和K417N(Beta上出现过)以及T478K(Delta上出现过),但是还有很多点位的突变我们并不熟悉,它们是否会对病毒传播能力造成显著影响,需要进一步的研究。


不过从南非国内的扩散速度来看,我个人认为B.1.1.529的传播能力可能超过Beta,但是否会达到Delta的水平,在未来几个星期内我们就会有答案。



另外除了免疫逃逸能力和传播能力以外,除了还有两点很多人关心的,一个是B.1.1.529对药物的影响,另外一个是对检测的影响。


基于病毒学的基础知识以及目前我们对它的了解,这两个问题大家可能不太需要担心。


B.1.1.529可能影响的药物是抗体药物(原因同疫苗),但是对于口服的小分子抗病毒药物几乎不会有影响,因为小分子抗病毒药物(3CL蛋白酶抑制剂或核苷类似物)并不作用于S蛋白,这就像流感病毒年年突变,疫苗年年更新,但达菲仍然一直有效一样。


同样对于其他治疗来说,比如激素以及吸氧等支持治疗来说,基本不太考虑B.1.1.529的影响。但B.1.1.529对治疗的一个潜在威胁是,如果它真的出现大规模扩散,在某个国家或地区出现医疗挤兑,很多患者无法得到及时治疗,这时候重症率可能就会快速上升,这种现象在原始毒株以及Delta上都有出现过。


另外检测方面,由于核酸检测(rt-PCR)的靶序列之一是新冠病毒相对保守的ORF1a/b区域,四大VOC的突变都不影响核酸检测。因此B.1.1.529仍然可以被核酸检测追踪,并且目前有特定的核酸检测可以直接检测到B.1.1.529,让我们快速了解这个变异体的扩散范围。


还有一点,实际上新冠病毒增加其传染性、复制能力的突变,与其增加免疫逃逸能力的突变之间是存在一定拉锯战的,S蛋白上过多的突变可能导致它与ACE2受体结合力的下降,降低病毒适应性。


所以像Delta这样几乎「完美」的变异体是很少见的,B.1.1.529是否会在这两个属性上都超越Delta,我觉得难度很大。



最后,我们应当如何防范B.1.1.529?


首先要明确的一点是,目前我国面临的主要威胁仍然是Delta,B.1.1.529是否会发展起来,需要接下来几个星期的观察。


现在观察到的现象是,B.1.1.529在南非已经迅速超越Delta成为主要变异体了,但过去的经验告诉我们,一种变异体在某个国家或者地区击败Delta,并不意味着它在其他国家也是——Delta在一些南美国家也曾被Gamma或者Lambda压制过。

面对这个可能在将来产生威胁的变异体,我们需要采取的措施有两方面,一是NPI(非医学干预),二是疫苗和药物。


在说NPI之前,我们先看看中国香港的那例感染者。


这名感染者曾在南非停留了大约20天,他在从南非返回香港3天后,在第2次核酸检测中呈阳性,但是他没有出现症状,这意味着他很可能是在登机之前感染了B.1.1.529。目前所有已知B.1.1.529感染者都指向非洲南部几个国家,包括南非和博茨瓦纳。


因此为了避免病毒扩散,英国已经迅速切断了6个非洲国家飞往英国的航班,我个人认为将来如果更加明确B.1.1.529的威胁,可能会有更多国家采取英国的措施。我国在适当时机也可以参考这个措施。


第二方面是疫苗和药物。其实无论有没有B.1.1.529,加速药物的研发,加速新型高效疫苗的研发,加大加强针的接种力度都是这个冬天我们必须要做的事情。


目前疫苗在接种几个月后预防感染的有效率明显下降,甚至预防重症的有效率都在下降,如果B.1.1.529真的成为了VOC威胁到我国境内,并且确有较强的免疫逃逸能力和传播能力,那么两针疫苗接种构筑的防线就可能被击穿,因此接种加强针的意义就更重要了。


在威胁尚未到来之时,我们既要尽快了解敌人,也要尽快磨好自己的刀枪。其实大家可以放眼过去,这半年来我们曾经担心过的(以及媒体曾经热炒的)C.1.2、Lambda、Mu等变异体都未成气候,我们预想的威胁都只是虚惊一场。


但关键问题是,当真正的战争来临时,你是否已经准备好了?



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剧情越来越像哈利波特了


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新毒株B.1.1.529已经在豪登省广泛传播并占据主流,对全球危害较大,需要考虑更新疫苗和严格的NPI隔离管控

一、基因测序结果和病毒学家Prof. Tulio de Oliveira的分析

翻译:

  • 毒株存在多个 RBD 和 NTD 突变,影响中和抗体(和治疗性单克隆抗体)的有效性
  • 靠近 S1/S2 弗林蛋白酶切割位点的突变簇 (H655Y+N679K+P681H),更有效的进入细胞,更强的传播能力。
  • nsp6 删除 (A105-107)-类似于 Alpha、Beta、Gamma、Lambda的突变,可能与逃避先天免疫有关(干扰素拮抗)→ 也可以增强传染性。
  • 核衣壳中的 R203K+G204R 突变 - 见于 Alpha、Gamma、Lambda-与传染性增加有关。


二、在南非的流行情况

1.B.1.1.529已经成为主流

灰色为原始毒株、绿色为beta,灰色是alpha,红色为delta,黄色为C.1.2,蓝色为新出的B.1.1.529。

据FT网报道,该毒株在南非竞争力较强,已经引发新一轮波峰。[1]

可见夏季Delta导致的疫情波峰后,由于多数居民在接种疫苗或感染后,都产生了抗体,Delta疫情已经很难继续传播。

而B.1.1.529基本不受之前抗体的影响,才能异军突起。


2.本次突变株出现和印度疫情大爆发之前的情况类似

印度各毒株的占比变化图显示,在2021年年初,超过一半的德里居民已经有抗体,当地政府认为已经取得防疫胜利。

而可以突破免疫的B.1.617(和Delta B.1.617.2 同源)出现后,在2021年春季迅速占领“市场份额”,从时间线上与印度4月疫情大暴发重合。[2]


3.病毒在博茨瓦纳、香港、以色列[3]都有发现,全球扩散只是时间问题

据报道,B.1.1.529感染于11月11日第一次在博茨瓦纳被采集,该国目前已有3个相关确诊病例。3天后,11月14日,南非记录了全球首个B.1.1.529感染病例,另有5人已在南非确诊。此外,香港也发现了1例。一名前往南非旅游的36岁男子,于10月22日至11月11日在南非逗留,返回香港时检测为阴性,但在11月13日隔离期间检测为阳性。[4]

周四(11月25日)英国卫生大臣萨吉德·贾维德宣布,南非和其他五个南部非洲国家即纳米比亚、津巴布韦、博茨瓦纳、莱索托和埃斯瓦蒂尼将进入英国的旅游红色名单。飞往这些国家的航班被停止,而从这些国家返回英国的旅行者将不得不接受检疫。以色列也做了同样的事情,它的名单中还有第六个国家--莫桑比克。[5]

但由于非洲地区检测量不足、测序量不足,加上其他国家没有坚决防疫的决心,很难将变异毒株限制在南部非洲,疫情传播到其他国家只是时间问题。

三、影响

1.Prof. Tulio de Oliveira的总结

该变种的影响尚不明确,可能的影响有:

  • 更容易传播
  • 削弱疫苗和中和抗体的效果
  • 造成更轻或者更重的症状


  • ·流行病学数据表明,南非豪登省的 COVID-19 发病率持续上升,这可能是由集群爆发推动的
  • 在豪登省的多个样本中检测到新变异(B.1.1.529)
  • 豪登省的公共和私人检测实验室注意到该突变的检出数量迅速增加,现在其他省份也在增加
  • 突变谱预测,该突变会产生显著的免疫逃避和更强的传播能力——为了了解其全部意义,科学家开始紧迫的工作
  • 我们可以对该变体突变的影响做出一些预测,但意义不确定,疫苗仍然是关键


2.可能出现血清分型

按照 @拍照稀烂帮帮主 的文章

四、防控措施

1.如果原有疫苗效果被严重削弱,就需要开发全新的疫苗

2.公共卫生措施不受突变毒株影响,找到感染者和他们的密接,再隔离就能解决问题

防疫三要素:传染源、传播途径、易感者,只需要控制一个就可以彻底切断疫情传播

原图链接:防疫三要素

五、应当考虑全球清零

1.在Delta爆发初期,以色列首席防疫专家Salman Zark曾经说过

This is our life from now on, in waves.

从今以后,这就是我们的生活,一波未平一波又起。


2.新冠还在不断进化,进化方向难以预测

病毒的传播力越来越强,对抗体的适应性更好,但致病性没有减弱。

图片可点击放大,或者访问:新冠病毒演化趋势

流程图工具链接:ProcessOn


3.防疫和医疗资源增长速度很慢

疫苗研发周期无法无限缩短,批量生产和流通速度也是有限的。而特效抗病毒药物的研发需要经过三期临床试验,开发周期也以年为单位。

在任何一个地区,有经验的医务人员数量、设备数量、符合要求的传染病病房数量也是有限的。

而培养一个医生至少要5年时间。

各地经济发展情况不同,医疗支出也是有限的。即使像我国一样对新冠病人免费医疗,医保也仅仅能承担少量病例的医药费。


4.用线性增长甚至对数增长的防疫资源、医疗资源和支付能力打危害性指数增长的病毒,只能争取速胜,不能速胜的话劣势会越来越大。


5.“共存”导致工业生产不正常

新冠的致死性不高不低,很多国家选择“共存”,而新冠疫情导致绝大多数国家陷入疫情恶化-->停工-->疫情好转-->开工-->疫情恶化的恶性循环中。

在宣布“共存”后,200万越南工人逃离城市返乡,造成工厂的部分停工。

以越南的鞋厂巨头宝成集团为例,在10月6日的时候,宝成集团正式宣布了复工的消息。但是进展却不尽人意,有着超过40000名工人拒绝返工。受此影响,该鞋厂的返工率还不到30%。

要知道,作为全球范围内最大的鞋厂,宝成集团为工人们提供了诸多返工福利,比如交通接送便利、提高工资待遇等等。但就算这样,也有超过40000名的工人拒绝返工,这使得宝成集团定下的“11月中旬前彻底恢复产能”的目标面临着落空的风险。

受疫情影响,越南多家企业都曾停产,居民消费出现了较大程度的下滑,使得第三季度的经济同比缩减了6.17%


6.共存还拖累了农业和第三产业

美国的机械化农业面临配件短缺的问题,新加坡共存后第三产业营业额大幅下降。

如果农业生产出现问题,则可能出现饥荒。


7.所以在现有防疫措施下,拖得时间越长,全球防疫局势越不利。

只有结束疫情,全球经济才可能全面恢复。

参考

  1. ^ https://www.ft.com/content/d42bcd3d-e70d-4e97-818b-40b92d89d7ff
  2. ^ https://user.guancha.cn/main/content?id=502078&s=fwtjgzwz
  3. ^ https://finance.ifeng.com/c/8BUC6z7BHW4
  4. ^ https://m.thepaper.cn/baijiahao_15554366
  5. ^ https://www.cnbeta.com/articles/science/1207635.htm

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哪怕我这么反对突变焦虑的人,也不得不说:B.1.1.529累积了足够多的突变,目前需要论证的是它的适应性(即能不能大面积传播)、它对传染性/免疫性的影响。——这些都要继续观察才能知道答案。

B.1.1.529

发现情况

它目前在四个地方发现了:博茨瓦纳、南非、以色列和中国香港(旅客)。

南非豪登省的阳性率在过去 3 周内从不到 1% 大幅增加到超过 30%。

在南非多个省份都能看见新毒株的比例迅速增加,可以看出它相较于delta毒株和之前南非出现的C.1.2毒株在南非有着明显的传播优势。

突变情况

这个新毒株S蛋白有30多个突变,在两个关键部位N端结构域(NTD)、受体结合域(RBD)也有很多突变,并且与中和抗体(和治疗性单克隆抗体)抗性相关;其中RBD的突变,delta毒株有2个突变,alpha毒株有3个突变,而这个新毒株有10个。

突变举例:

  • 邻近S1/S2 弗林蛋白裂解位的突变群(H655Y + N679K + P681H) ,增强了传导率,与更有效的细胞进入相关
  • nsp6的缺失(0105-107)-类似于Alpha, Beta, Gamma, Lambda的缺失-可能与先天免疫的逃避(干扰素拮抗)有关,也可以增强传播能力
  • 核衣壳中R203K+G204R突变(见于Alpha、Gamma、Lambda)与感染性增加相关

总结

猜测它起源于一个未经治疗的 HIV/AIDS 患者,它在南非可能已经广泛存在,但具体能否适应全世界的传播环境,还有待观察。

从已知的测序结果来看,它对疫苗、抗体药物的影响可能比之前的毒株要大,甚至有可能影响T细胞的防御,对小分子口服药物的影响较小。

它和alpha毒株一样有一个「S-gene dropout」,这种基因突变可以更方便的被检测到,也就可以更方便的监测,得到实时传播数据。


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谢。

不需要这么焦虑,或者说,中国人不需要这么焦虑。

中国采取的疫苗+动态清零,就是最好的防疫措施,当然,这种措施其他人想学也学不了。动态清零看似麻烦,但实际上减轻了基层防疫和群众的工作量,出现一起,扑灭一起。

事情明摆着:无论新冠病毒多么强大,最后肯定是要被人类客服并战胜的。问题在于,为了达到这么目标,需要大量的人命填进去试错和对照。目前已经填了几百万进去,未来很可能还要填几百万甚至更多。

中国目前所做的就是这样:先保护好本国国民不被填进去,然后跟进研发,争取用最小的代价拖到疫情结束的那一天。

既然有些国家标榜自已共存,既然他们愿意拿自已的人去填,我们除了感恩还能做什么呢。

现在仅仅从医学和病毒来谈论新冠已经不全面了,它造成的冲击是全方位的,经济、社会、政治、心理受到的影响更大。

就以这个南非新毒株而言,真心无所谓,人家都死了十几万、好几十万,早就死麻了。

甚至渲染夸大这种新毒株的危害,反而有利于许多国家的政府:1、夸大威胁,可以让那些防疫疲惫的国民提点神。2、比如某国死了80万,夸大威胁,就说这个新毒株可能造成400万死亡,所以我们不是死了80万,而是拯救了320万人的生命。

总之,死麻了的同时,他们也赢麻了。

顺便重申一下本人的观点:从遏制疫情来看,全球抗疫实际已经失败。造成这个问题的不是医学水平,而是社会政治水平,最重要的是政府公共管理水平的差异,也就是体制问题。

发达国家的所谓抗疫,只是一场政治秀。对于弱国而言,体制不如中国可以接受,但对于发达国家而言,它是绝无可能承认自已的体制和政府管理不如中国的 —— 这意味着他们在文化、社会、政治方面落后了。一旦让老百姓发现这一点,势必会引发波及整个西方社会的反思潮和政治危机。

所以,必须有人坐上火车,不停的摇晃,表明这辆火车还在正常的前进。

为什么要忽悠中国共存,为什么要诋毁中国的抗疫措施,为什么要甩锅中国,根本原因就在这里。

综上,新毒株更大的威胁在经济和社会政治方面。

譬如许多国家前段时间开放共存,准备重启经济。注意南非新毒株的消息出来后,欧洲和亚洲的股市应声暴跌,美国那边已经有人在“乱世存黄金”,冬天的到来和新毒株的产生,对于他们准备重启的经济,产生了极大的不确定因素。

这些问题,最终又会对他们的社会和国民心理造成什么样的影响或冲击,也是一个未知数。

至于咱们这边,坚持自已的正确做法就可以了。

动态清零,分区域全员核酸,中国政府的高效率,也意味着调整节奏很快。基本上运行一两次,各种实际工作中出现的问题就会发现并调整。

其实成本并不高,以全员核酸为例,目前国内差不多是3000-5000人设立一个检测点,一个检测点有4个检测台。通常情况下,每个检测台每小时能采集150-200个样本。单以这个点来说,最多2天就能完成全员核酸。

虽然各地条件不同,但平均而言,3天就能做完。现在只需要逐渐完善这套流程,譬如名册制定,特殊气候的应对,给特殊群体增设板凳,进单位做核酸等等。

越熟练,越配合,成本也就越低 —— 对中国的绝大部分民众而言,来一波疫情,涉及区域的抽时间去做1-2次核酸即可。

再怎么牛逼的病毒,也是要讲科学的:流调溯源、阻断传播、保护易感人群。

现在最大的威胁不是新冠病毒,而是政治病毒:各种新毒株的出现会打乱那些“躺平共存”国家的节奏,使他们无法如愿实现经济复苏,引发更严重的社会政治危机。

到那个时候,疫情控制得越好的国家,“罪责”也就越大:要么你跟我们一起死人,要么你就是罪人,否则为什么你不死人?

当年黑死病流行时,犹太人因为生活习惯较好损失不大,最后被扣上制造传播病毒的帽子被搞,这可是他们的祖传技艺了——也就幸好现代中国的棒子够大够粗.......

这个世界,早特么已经得病了。


user avatar   yi-zhi-zhu-ding-lou 网友的相关建议: 
      

分析都是虚的,大佬Ackman在 2020年3月,美股空头仓位2600万美金翻100倍变成26亿美金。

谁觉得要来波大的,就赶紧去发财,别拿着六合彩头奖号码上知乎吹水,万一最后发现号码中了,你觉得这是显得自己聪明到家了还是蠢到家了?


user avatar   maomaobear 网友的相关建议: 
      

如果不是一个厉害的病毒,那么就过去了。

但是,从基因突变的情况看,各个专家都说这个病毒很恐怖,南非的数据这个病毒也很恐怖。

现在的核心问题,是抗体有效性和重症率。

对人类来说,感染病毒并不可怕,可怕的是重症率和爆发性。

就是说,新冠轻症不可怕,但是重症会迅速挤兑医疗资源,提升死亡率。挤兑掉ICU资源,死亡率从0.x%,一下子就跳到2%以上。

挤兑干净氧气资源,10%不是梦,甚至20%也不是问题。

所以,西方采取的是拖延战略,等到挤兑严重了,就封城,挤兑死亡的没有那么多了,就解封。慢慢死,压低死亡率。

南非新变种也是这个问题,在一个普遍具有传统病毒和德尔塔病毒抗体的人群中(或者得病有抗体,或者疫苗有抗体),它的重症率是多少?它的传染性如何?

如果重症率很高。

那么就完蛋了,它会无视疫苗,再次虐一遍全球。收割十万百万人头。

如果重症率不高,不足以挤兑医疗资源,那么还好。类似于英国面对德尔塔,虽然感染人数新高,但是医疗没被挤兑干净,死亡率还行,


中国还是要以不变应万变。

2020年以来的事实证明,动态清零策略看似劳民伤财,实际上是社会成本最小,收益最高的策略。

国内动态清零,保障了中国工厂上的制造能力。服务业有些影响,但是制造业能接受回流订单。

由于国际上防疫的拉跨,我们只能看病毒一轮轮变异,一轮轮收割人头。

把好国门,加强隔离,加强进口货物消毒。

不搞大规模聚集,出现漏洞及时清零。

利用防疫糟糕国家的困难,获得一个有利的、缓和的国际环境,尽可能多的通过商品输出,换取我们所需的技术,资源。

疫情期间,制造业无法从中国转移,这是最大的利好,要充分利用。


user avatar   hyenaking 网友的相关建议: 
      

说实话,我早就说过,这病毒变异是迟早的事情。

现在病毒又找到了帮手,艾滋病人。

晚期艾滋病人几乎没有任何免疫力,也就不会产生任何免疫抗体,病毒在病人身上几乎就是无限制繁殖,可以变异出各种各样的毒株出来,然后通过空气感染健康人。。。。。几十上百种毒株,总有一种适合你。。。

呃,目前来看,唯一有效的方案还是隔离,通通隔离起来,大伙一起关半年,病毒无法传播繁殖,就结束,但是除了中国,其他国家都是搞共存。那就没办法了。

所以等着吧。这新的毒株可能是最强的一种,但绝不会是最后一种。


user avatar   MarryMea 网友的相关建议: 
      

目前,我国针对新冠病毒使用的主要防御策略是物理隔离,在情报准确、信息交流畅通、众人比较配合的情况下可以抵御地球上的任何碳基病原体。身在国内的读者没必要对新冠病毒奥密克戎[1]变异株(B.1.1.529)产生恐慌或焦虑情绪。

我们可以像 2020 年做过的那样:佩戴口罩,注意手、口鼻、眼部卫生,与他人保持 2 米以上距离,避免聚集,家中勤通风,配合防疫隔离政策。

题目里的“或躲避人体防御”,主要指“通过疫苗接种或历史感染产生的特异性免疫对这个毒株的效果较弱”。人体免疫系统可以对新冠病毒奥密克戎变异株进行响应,它并不是“能绕过免疫系统直接无双”的情况。

  • 一些媒体将该毒株“可能来自艾滋病患者”的情报解读为“该毒株来自艾滋病”或“是新冠与艾滋病碰撞的产物”,那是有歧义的、夸大的,会让一些读者以为该毒株带有 HIV 的基因、能引起 HIV 的症状之类。
  • 你可以在知乎看到一些声称该毒株“躲避 T 细胞”的回答。其实,病毒没有主动移动的部件,所谓“躲避 T 细胞”指的是针对现存疫苗或旧毒株的特征的 T 细胞对该毒株感染的细胞的识别能力下降。免疫系统可以针对该毒株筛选出合适的免疫细胞,那需要的主要是时间。
  • 一些媒体和自媒体称该毒株带有人 mRNA、“会被人的免疫系统视为自体组成部分”,那是不对的——且不说病毒并没有“拿人 mRNA 将整个外壳裹起来、没有可识别的位点”,你当跑出细胞之外的 mRNA 在人体内能有什么好待遇呢。
  • 病毒随机夹带人类基因或 mRNA 是常见的事,流感病毒之类常见的病毒也能。那并不会引起特别的免疫逃逸。
  • 现有的核酸检测手段能检测到新冠病毒奥密克戎变异株,并根据其特性将其和其他毒株区分开。

现存疫苗对新冠病毒奥密克戎变异株提供的保护率看起来有所下降,网络盛传“疫苗无效”。不过,南非国家传染病研究所(NICD)声称现有疫苗“很可能”降低该毒株感染造成的重症率与病死率。

针对新冠病毒奥密克戎变异株研发新的疫苗并进行临床试验,需要数十天到一百多天。辉瑞、莫德纳等股票大涨。

跟国外的各种鬼扯谣言比起来,国内的这些“焦虑”其实还很轻。你可以在美国网络上看到宣称新毒株的感染力是德尔塔变异株的 500 倍的“医学博士”。

参考

  1. ^ Omicron(大写 Ο,小写 ο,中文音译:奥密克戎)是第十五个希腊字母。



        

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