为什么明末对明朝最大的外敌是女真，而不是历史更为悠久的蒙古？
首先，我们必须理解为何蒙古在明朝早期曾是如此强大的威胁，以及为何这种威胁在晚期大幅减弱。
蒙古的荣光与衰败：从征服王朝到分裂势力
蒙古族在成吉思汗及其子孙的带领下，曾建立了一个横跨欧亚大陆的庞大帝国。元朝灭亡后，虽然其在中原的统治结束，但蒙古各部在漠北依然保持着相当强的军事实力。明朝建立初期，北方边境始终承受着来自蒙古各部的巨大压力。太祖朱元璋多次北伐，虽然取得了一些胜利，但也付出了沉重的代价。紧接着的“土木堡之变”更是明朝历史上的一场巨大灾难，五十万大军覆没，皇帝被俘，京师震动，这充分说明了当时蒙古骑兵的威力并未完全消失。
然而，随着时间的推移，蒙古帝国经历了一个漫长而复杂的解体和重组过程。统治中原的元朝虽然被赶走，但其内部也存在着巨大的矛盾，包括皇权继承的斗争、与汉族文化的融合以及各地封建势力的割据。元朝灭亡后，蒙古各部并未能形成一个统一的、能够重新征服中原的强大政治实体。
内部的分裂与权力斗争： 蒙古各部落之间，如鞑靼和瓦剌，虽然在对外关系上可能暂时结盟，但在争夺漠北的统治权上却矛盾重重。这种内部的权力斗争削弱了蒙古整体的军事和政治凝聚力。即使是强大的瓦剌首领也先，虽然在土木堡之变中展现了惊人的军事才能，但在其死后，瓦剌也迅速衰落，未能建立起持久的统一政权。
经济基础的限制： 蒙古族以游牧经济为主，其军事力量的扩张很大程度上依赖于马匹和草场。当其活动范围受限，或者遭遇类似明朝这样拥有更稳定农业经济和更强组织能力的国家时，其经济基础的脆弱性便显露出来。他们缺乏稳定的人力资源和技术支持来维持长期大规模的战争。
战略上的失误与明朝的防御体系： 尽管蒙古骑兵机动性强，但其作战方式相对单一，多为骑兵突袭和围困。而明朝在吸取了早期教训后，逐渐建立起了一套以长城为核心的、相对完善的边防体系。虽然长城并非坚不可摧，但它有效地迟滞了蒙古骑兵的进攻速度，为明朝集结兵力、巩固城池争取了时间。明朝也开始运用“以夷制夷”的策略，分化拉拢蒙古内部的势力，进一步削弱了其整体的威胁。
到了明朝中后期，特别是隆庆、万历年间，虽然蒙古各部仍时不时侵扰边境，但已经不再是能够威胁到明朝政权存亡的决定性力量。他们更多的是作为边境地区的掠夺者，或者被明朝利用来制衡彼此的政治工具。
女真的崛起：从边缘到中心
与蒙古的相对衰落形成鲜明对比的是女真族的崛起。女真族最初是明朝东北边境的一些相对分散的渔猎和半农半牧部落，明朝早期将其纳入羁縻统治，设置了卫所，将其视为朝贡体系下的附属民族。然而，这种看似稳固的统治下，潜藏着巨大的变革力量。
统一的领导与政治组织： 努尔哈赤的出现是女真崛起的最关键因素。他通过一系列战争和政治手段，统一了女真各部，特别是海西女真、建州女真等主要部落。他建立的八旗制度，不仅仅是一种军事组织，更是一种强大的社会动员和管理体系。八旗制度将分散的部落整合成一个具有统一指挥、严密纪律、高度忠诚的军事集团，这为对外扩张提供了坚实的基础。
军事上的革新与效率： 女真人在军事上学习并吸收了蒙古骑兵的优点，同时又结合自身特点，发展出更具效率的战术。八旗兵不仅保留了骑射的传统，还开始大量使用火器，并发展出攻城和野战相结合的战术。他们的军事行动往往更加迅速、有组织，并且能够进行大规模的协同作战。
经济基础的支撑： 尽管女真族仍保持着狩猎和采集的传统，但他们也逐渐发展起了一定的农业和畜牧业。更重要的是，他们通过与明朝的贸易，特别是“勘合贸易”和走私，获得了大量的物资，包括铁器、火器以及粮食等，这为他们的军事扩张提供了经济支持。当明朝因各种原因限制贸易或引发矛盾时，女真族的经济利益受到损害，这反而成为其发动战争的直接导火索。
民族认同与扩张的动力： 努尔哈赤不仅统一了女真部落，更重要的是他塑造了女真人的共同民族认同。他借鉴汉字创制了满文，颁布法律，并将女真族命名为“满洲”，这标志着一个新兴的民族国家的形成。这种强烈的民族认同感和对外界的野心，驱使着他们不断向外扩张，寻找新的生存空间和发展机会。
明朝自身的困境：内在的病灶削弱了对外抵抗力
女真之所以能成为明朝最大的外敌，很大程度上也源于明朝自身在晚期所面临的深刻危机。
政治腐败与党争： 明朝晚期，政治腐败到了令人发指的地步。宦官专权、官僚贪污、朋党之争，使得朝政混乱不堪。皇帝昏庸怠政，大臣们勾心斗角，中央政府的号召力和执行力大大削弱。在这样的环境下，国家无法形成统一的战略和有力的决策来应对边患。
财政枯竭与军备废弛： 连年的内耗和抵御外患，使得明朝的财政早已捉襟见肘。税收征集困难，军费开支浩大，导致军队装备落后、训练不足、士气低落。许多边军长期拖欠军饷，战斗力极差，甚至有“空饷”、“盗饷”的现象。当国家连基本的军饷都无法保障时，又如何能够有效地抵御一支充满战斗力、组织严密的新兴力量呢？
内忧外患的叠加： 明朝晚期并非只有女真一个威胁。北方虽然蒙古的威胁减弱，但边患依然存在。更致命的是，明朝国内还面临着日益严重的农民起义。李自成、张献忠等领导的起义风起云涌，使得明朝不得不将有限的兵力和财力投入到镇压内部叛乱中。这无疑分散了其对东北方向的注意力，并进一步消耗了国力。当女真崛起时，明朝已经处于内外交困的绝境之中。
结论：天时地利人和的转移
综上所述，明末女真之所以取代蒙古成为明朝最大的外敌，并非偶然，而是多种因素综合作用的结果。
蒙古方面， 其内部的分裂、缺乏统一领导以及经济基础的限制，使其在明朝中后期已无法构成对政权存亡的致命威胁，更多的是边境的威胁。
女真方面， 在努尔哈赤的领导下，实现了政治、军事和民族的统一，形成了高效的组织和强大的战斗力，并且其扩张与明朝的国力衰落形成了鲜明的对比。
明朝方面， 其晚期的政治腐败、财政枯竭、军备废弛以及国内农民起义的爆发，使得它无力应对来自东北方向日益增长的威胁。
可以说，女真的崛起抓住了明朝内部矛盾激化的历史机遇，它们在“地利”上靠近了疲惫不堪的明朝，在“人和”上，凭借其新兴的民族力量和组织优势，得以挑战并最终颠覆了那个曾经辉煌却已日薄西山的帝国。女真对明朝构成最大威胁，是历史发展到特定阶段的必然结果，是蒙古时代落幕，东北力量登场的标志。
网友意见
因为辽东明军主要力量用来对付蒙古的察哈尔和内愘尔碦五部，女真才有机会崛起的。努尔哈刺崛起之后就把林丹汗打趴下，迫使其西迁，林丹汗西迁打趴下了左翼，又因为信仰问题众叛亲离，自己得病死了，最后被皇太极全接收了
又看见历史发明家 @关毛 大师在这问题下的扯淡了。
明朝末年的实际情况是：明朝皇帝（晚期的嘉靖、隆庆到万历三朝时期）、大明内阁，还有辽东、蓟州边镇的军政主官，都长期把蒙古视为最有威胁的敌人。
而明朝开始注意到建州努尔哈赤的威胁，是迟到万历二十八年（1600年）才出现的。在这年，努尔哈赤杀死海西哈达的末代首领孟格布录（哈达老部长王台的第五子）。
孟格布录虽然昏聩无能，但是他从父亲那里袭承了明朝封赐的龙虎将军与都督等爵职。虽然明朝对政治能力低下的孟格布录也很不满，但孟格布录统治哈达时期，同样坚持王忠、王台等先辈与明朝积极搞好关系的一贯路线。
明末海西女真四部，哈达曾强盛一时，现在居然成为第一个被灭亡者。努尔哈赤杀孟格布录后，建州女真的势力发展到开原南关。建州女真与海西女真的均势平衡被打破，这才引起了明朝的警觉。
万历二十九年正月，明朝遣使到建州，就此事诘责努尔哈赤，扬言要关闭抚顺马市，削去他的龙虎将军之衔。努尔哈赤只好选择退却，向明朝悔过。明朝趁机表示，要立孟格布录之子乌尔古岱为哈达新首领。努尔哈赤立即表示同意。
当年七月，在明朝的主持下，努尔哈赤在抚顺关外盟誓，将扣押在建州的乌尔古岱送到明军手里，由明军护送到哈达城，继承首领。但当年哈达遇到饥荒，又遭到叶赫的侵吞，乌尔古岱年幼，无力控制局势，一个多月后，自己主动回到建州。
此时，海西女真叶赫，内喀尔喀蒙古炒花—宰塞等，都表现的桀骜不驯，或时常侵边犯境，或频频侵吞邻部。明朝即便对努尔哈赤已经产生了一些警觉，但也只是把他当作辽东地区诸多不安定因素的之一。
我们不妨回顾下明朝从嘉靖时期开始，北方塞外地区的主要边患对象。
1、
明朝嘉靖年间，因漠南蒙古右翼土默特势力强大，“虏患”主要是土默特的俺达汗。俺达汗的核心地区，是大阴山以南的河套平原，威胁宣大延绥宁夏等西北边镇。但是土默特的势力发展的太快，排挤左翼察哈尔，导致察哈尔东迁。
从嘉靖朝中期开始，逐渐向东侵蚀的土默特，已经频频从西峰口等处入塞，侵入京师以东的蓟镇防区。土默特骑兵还多次威胁山海关和永平、丰润等地。
而察哈尔东迁后，形成一种连锁效应，也对辽西、蓟镇产生威胁。
因此，嘉靖时期的“虏患”是最严重的。
而同一时期内，明朝积极扶植哈达王忠王台，实现以哈达制约海西、建州女真，因此此时女真当时虽然也有几股“骜酋”，但不成气候。
2、
隆庆四～五年，隆庆和议、俺达封贡等一系列事件达成后，右翼蒙古的入塞活动停息，宣大延绥宁夏等西北边镇的边患基本结束。
而此前察哈尔东迁、内喀尔喀五部南下，导致活动在蓟州到辽西边墙外的蒙古各部势力过多，草场资源无法承载过多的人口。察哈尔和内喀尔喀不仅蚕食原兀良哈三卫的领地，更频频侵入边墙。
此时，明朝正是隆万改革时期，通过开海禁、整顿官吏、推行新税法，任命一批少壮武将等方式（戚继光守蓟镇、李成梁镇辽），明军与察哈尔土门汗等势力采取硬碰硬式的对抗。
在同一时期内，哈达王台作为可以号令海西、建州各部的女真大酋盟主，继续为明朝发挥作用。虽然有叶赫、王杲等，但在王台的协助下，都能轻松压制或抓捕。
3、
万历十年夏天，张居正和哈达王台接连去世。叶赫开始抬头。
辽东地区在李成梁的主持下，通过扶植努尔哈赤，使建州女真逐渐统一，与海西女真势力相当，达成一种均势，以此保证女真各部依然不成边患。
4、
万历十九年，李成梁遭弹劾下野；次年，丰臣秀吉侵朝。
因援朝战争突发，明朝辽军被大批抽调到朝鲜参战。辽西边墙外的蒙古各部，不仅趁机在马市上哄抬马价（作为一种战略资源，明军如朝参战后，对马匹的需求剧增），而且重新掀起对辽东地区持续侵入。
我们看下这时期，明朝辽东军政主官的仕途境遇就明白了。
万历二十一年十月，辽东巡抚韩取善被褫职，原因是“虏犯锦义。把兔儿围辽阳，朵颜小歹青、福余伯言儿分犯锦、义，掠清细河，巡抚韩取善坐免。”韩大人御敌无能，遭劾，下岗问罪了。（把兔儿，本名布颜巴图尔，内喀尔喀巴林部首领；小歹青，本名岱青杜棱，敖汉部首领）
韩取善之后，继任的是李化龙。李巡抚在任三年（万历22年5月～万历25年4月），表现还不错。对蒙古采取文武兼施的方式：武，有镇武堡大捷、黑山捣巢等一系列战斗，打击了频繁内犯的内喀尔喀，自己也得到万历皇帝的旌奖，所以巡抚职位稳稳当当坐了三年；文，开义州马市木市，即可以用经济利益安抚蒙古，也可以赶紧筹措马匹、木材等资源，支援朝鲜战场。
万历25年4月，李化龙因病乞休，继任者是张思忠。张大人是最倒霉的，上任还不到一个月，巡抚的位子都没坐热呢，就被赶下了。因为当时的辽东总兵官，就是李成梁的长子李如松。四月，虏又犯边，李如松带兵追击，中伏身亡。辽东总兵官身亡，作为辽东巡抚，张思忠御敌不利，对敌情不察之责，夺职问罪。
张思忠之后，由李植再当巡抚。李大人战战兢兢地当了三年巡抚，结果也是一样的：“……炒花犯辽东，副总兵解生败没，巡抚李植解官听勘。”
李植被罢免，是在万历二十八年。在本答案的一开头，笔者就说过努尔哈赤杀孟格布录一事，也是万历二十八年。
辽东总兵官，我们可以简单地理解成辽东军区司令；辽东巡抚，则政军检刑等，都可以干预，职权可比辽东省长要大多了。
这么多辽东总兵和辽东巡抚，都是因为在防御蒙古时，或战死阵亡或被撤职问罪，没有一位是因为对付女真不利而被撤职的。
写到这些，我想诸位都应该明白当时辽东的边防局势：从嘉靖朝、隆庆朝、万历朝中前期，包括援朝战争这么漫长的时间内，明朝辽东地区最有威胁的敌人，始终是漠南蒙古各部，不是女真。
即便在万历二十八年，努尔哈赤杀杀孟格布录吞并哈达发生，引起明朝的警觉后。明朝也不认为努尔哈赤就是最大的隐患，只是把他和内喀尔喀、叶赫等并列，作为辽东地区诸多不安定势力的之一。
建州女真势力进一步强盛，成为明朝最有威胁的外敌，是在万历三十三年～三十六年（1605～1608年）之后。
万历三十三年，蓟辽总督骞达、与辽东巡抚赵楫、总兵官李成梁合谋，弃守宽甸六堡，建州女真得边墙外八百里沃土，可以大力发展农耕，这是其一。
万历三十五年，在乌碣岩之战中，建州击败乌拉，有数万乌拉俘虏和东海女真壮丁充实本部人口。这是其二。
万历三十五年的乌碣岩之战和次年的宜罕山城之战后，建州女真的势力发展到图们江下游，打通东海之路，自此之后，从东海部、野人部出产的貂皮等物，不再转输开原马市，改为经图们江—浑江—苏子河—浑河这条路线，在建州部控制下输送至抚顺、宽甸马市。
建州女真由此开始垄断貂参贸易，坐地抬价。这是其三。
经过万历三十三～三十六年（1605～1608年）的上述事件之后，建州女真的真实实力，才开始超过诸如漠南蒙古内喀尔喀等部。
有一件非常重要的事，可以作为佐证：万历三十三年十二月，内喀尔喀五部蒙古都派出使者，在巴岳特部恩格德尔台吉的带领下，来到赫图阿拉拜谒努尔哈赤，五部喀尔喀向努尔哈赤上尊号“昆都仑汗”。
在满蒙民族的文化中，尊称别人为汗和自己称汗，都是有重大政治意义的事情。五部喀尔喀蒙古贵族，尊建州女真首领努尔哈赤为汗，就是认可努尔哈赤的身份更高，承认此时建州女真的实力更强盛。
而且努尔哈赤还很擅长进二退一，在引起明朝的警觉后，只要明朝派人来诘责，他还主动悔过，努力修补关系。即便他已经是昆都仑汗，依然小心翼翼的维护和明朝的关系。
万历三十六年的年底，努尔哈赤和他的弟弟舒尔哈奇，还带着500多人的庞大朝贡队伍，到明朝北京朝贡，对万历皇帝表忠心呢。
颁给建州等卫女直夷人奴儿哈赤、兀勒等三百五十七名贡赏如例；颁给建州右卫女直夷人速儿哈赤等一百四十名贡赏如例。——明实录 万历三十六年 十二月
所以，万历三十三～三十五年，是个关键点。
笔者可以给出一个总结：在击败乌拉、收附乌拉与东海女真数万壮丁、打通东海貂路，控制马市贸易，占据宽甸八百里发展农耕等事件都实现后，建州女真才成为此时辽东地区对明朝最有威胁的挑战者。
而这个时间距离努尔哈赤最后起兵反明，只有12～14年而已。
最后，我不厚道的又要说些闲话了。
如果想充分了解明带辽东的社会、民族关系，了解明清战争等话题，不要只看明、女真等一两方的资料，那纯粹是盲人摸象。
必须要把明朝、蒙古、海西女真、建州女真和朝鲜这五个政治实力分门别类，同时查阅资料，缕清他们之间相互作用、相互影响的错综关系。
据称，蒙古的败亡与新大陆带来的梅毒有关。
我就说下明末蒙古内部有多糟。
先上《明史》，因为这是明朝汉人的视角：
忠顺夫人旋卒，诏封卜失兔为顺义王，而以把汉比吉素效恭顺，封忠义夫人。卜失兔为撦力克孙，袭封时，已少衰，所制止山、大二镇外十二部。其部长五路、素囊及兀慎台吉等，兵力皆与顺义埒。朝廷因宣大总督涂宗浚言，各予升赏如例。
其年，炒花纠虎墩兔三犯辽东。虎墩兔者，居插汉儿地，亦曰插汉儿王子，元裔也。其祖打来孙始驻牧宣塞外，俺答方强，惧为所并，乃徙帐于辽，收福余杂部，数入掠蓟西，四传至虎墩兔，遂益盛。明年夏，炒花复合宰赛、暖兔以三万骑入掠，至平虏、大宁。既求抚赏，许之。
四十二年，猛克什力寇怀远及保宁。延绥总兵官秉忠等破之。斩二百二十一级。明年，插部数犯辽东。已，掠义州，攻陷大安堡，兵民死者甚众。
四十四年，总兵杜文焕数破套部猛克什力等于延绥边，火落赤、摆言太及吉能、切尽、歹青、沙计东西诸部皆惧，先后来请贡市。
四十六年，我大清兵起……
（下略）
由于名字是大萌特色音译，所以可能有些人看不懂，我来简略解释下。上面说的是这些事儿：
土默特部的“卜失兔”（博硕克图、俺答后裔）当了顺义王，和明朝友好。
内喀尔喀的炒花（舒哈克卓里克图）和插汉儿（察哈尔，这个音译暴强）的虎墩兔（呼图克图，即林丹汗）这俩跟明朝为敌。
炒花能召集的首领，还有弘吉剌部的宰塞和暖兔（宰塞是暖兔的侄子）。
鄂尔多斯部的猛克什力、火落赤、摆言太、吉能、切尽（蒙古源流作者的曾祖父，这译名非常凶残）、歹青、沙计（这些大部分是俺答哥哥的后裔），和明朝有摩擦。
就这点只字片语里，我们能看出来，至少在林丹汗时代，不说新疆的卫拉特了，就内外蒙古的蒙古部落，至少有这么些人平起平坐：
1、土默特部的顺义王卜失兔
2、内喀尔喀部的炒花
3、插汉儿（察哈尔）的虎墩兔（林丹汗）
4、套部（鄂尔多斯）的猛克什力（其实鄂尔多斯当时的大哥大是切尽，但上面这点文字有歧义，就给人一种猛克什力是大哥的意思了）
5……
6……
……
这才是上面这点只字片语的结果。
那么实际情况如何呢？
其实梳理下来，明朝末年，除了卫拉特人外，蒙古有这么些势力：
一、顺义王阵营（内蒙古中部、西部）
1、鄂尔多斯部落联盟
统治家族为俺答哥哥衮必里克家族（即大萌朝的“吉囊”），也算是俺答他爸的“嫡系正支”，下辖鄂尔多斯、唐古特、克烈、郭尔沁、阿玛海等十几个部落。
俺答死后，鄂尔多斯不再从属于土默特，但长期维持和土默特的联盟关系。
2、永谢布部落联盟
统治家族为达延汗和固始夫人的后裔，由于永谢布长期和卫拉特人联手，所以在民族感情上倾向卫拉特。为统治永谢布蒙古人，达延汗娶了来自卫拉特的固始夫人，让有卫拉特血统的固始夫人的子嗣统治永谢布。永谢布鼎盛时期有十个部落号称“永谢布十营”，由于长期跟达延汗为敌，在达延汗统一东蒙古后永谢布人受到清算报复，人口锐减，所以在明末重新整编，只剩了永谢布、哈喇慎、阿苏特三部。
在俺答他爸的时代归顺鄂尔多斯，在俺答时代跟着归顺俺答。林丹汗崛起后，永谢布同其宗主卜失兔与林丹汗为敌，失败后大部分部众被林丹汗吞并。由于顺义王卜失兔无能，所以损失惨重的永谢布领主把目光投向了满清。
3、土默特部落联盟
统治家族为俺答后裔，下辖土默特、巴岳特、畏兀慎、许兀慎等，号称“土默特十二营”，实力强大。
土默特联盟，原叫蒙郭勒津联盟。是达延汗中兴的重要力量，在俺答崛起时，被俺答全部吞并。由于俺答是不是嫡子，所以俺答父亲的人马都归了他哥哥的后裔，俺答收编的土默特就成了俺答的本盘。俺答称汗并获得明朝册封后，土默特的地位一再上升，风头几乎盖过了察哈尔。
俺答后裔卜失兔与林丹汗争霸蒙古霸权，被林丹汗击败。
二、外喀尔喀阵营（外蒙古）
统治家族为达延汗后裔，下辖伯苏特、古里业等七个部落。
由于离大萌朝远，蒙古人的记载又简略，不知道他们在干什么。唯一能确定的是，他们俺答死后，基本上处于修仙状态，名义上听命察哈尔部的大汗，其实谁也打发不动。所以当林丹汗皈依红教后，他们就马上宣布跟林丹汗为敌了。
三、察哈尔部大汗阵营（内蒙古东部）
1、察哈尔部落联盟
统治家族为达延汗嫡系后裔，下辖克什克腾、浩齐特、敖汉、乃蛮、苏尼特、乌珠穆沁、阿剌克卓特、主亦惕八部，号称“插汉八营”。
俺答崛起后，受到俺答压迫，东迁辽东，在明朝看来是沉寂了好长时间。俺答死后，由于俺答后裔无能，察哈尔再度崛起。
2、内喀尔喀部落联盟
统治家族达延汗后裔，下辖扎鲁特、八邻、弘吉剌、巴岳特、乌叶奇特五部。
他们是属于和察哈尔关系紧密的喀尔喀，在察哈尔东迁时跟着察哈尔东迁，一直跟察哈尔相依为命。所以明史中才会有炒花纠虎墩兔三犯辽东的记载。因为当时林丹汗年幼，大萌朝说他“幼憨嗣立，懦弱未威”，所以就需要炒花这种长者带着他教他打仗，所以就叫“纠虎墩兔三犯辽东”。
四、兀良哈阵营（内蒙古东部及东北部分地区）
统治家族为明朝册封的兀良哈三卫封建主后裔，本有“三部”，但兀良哈人长期在蒙古和明朝中间左右摇摆，而且在达延汗时代依附蒙古僭主亦思马因太师，在被达延汗征服后，人口锐减。俺答崛起后，察哈尔八部纠结内喀尔喀五部东迁，霸占了兀良哈的土地，瓜分了兀良哈的部众，兀良哈的残余部分在明末只剩了一个叫“兀良哈”的部落。
在明末，永谢布联盟的哈喇慎部采取联姻手段，逐渐归并了被察哈尔瓜分剩下的兀良哈部。
已经无法形成一个阵营了。
五、科尔沁阵营（孝庄太后的科尔沁大草原，你说在哪儿就在哪儿）
统治家族为成吉思汗弟弟合撒儿后裔，科尔沁一个部落。本来实力弱小，曾经属于兀良哈阵营。在兀良哈衰落后逐渐强大起来。
林丹汗崛起后，林丹汗基本能控制的是察哈尔八部，能打发动的是内喀尔喀五部。
林丹汗击败了顺义王阵营的卜失兔，甚至还抢了卜失兔老婆。但是林丹汗一直不能吞并顺义王阵营，仅仅收编了部分永谢布人，土默特人则北迁与林丹汗打游击，鄂尔多斯人则继续跟林丹汗为敌。
外喀尔喀阵营的七部，宣布林丹汗信仰的红教不正宗，认为黄教才是正宗，与林丹汗开战。由于觉得打不过林丹汗，归顺清朝。
兀良哈阵营已经不值一提。
科尔沁阵营和顺义王阵营的永谢布，也归顺了清朝。
于是乎，在建州女真逐渐统一女真各部，建立清朝的时候。蒙古最能打的林丹汗，本来能统一蒙古的，但是因为宗教弄得跟顺义王阵营、外喀尔喀阵营为敌。击败了卜失兔，却残暴任性，一不能完全将顺义王阵营全部消灭二不能有效收编。
外喀尔喀、科尔沁和顺义王阵营中损失惨重的永谢布联盟，则都目光投向了满清……
所以说，就这态势，拿什么跟满清比啊。
有人问林丹汗为什么抽风要改信红教，我说下俩原因。
1、照猫画虎
俺答曾经想称汗，苦于没有法理。于是和三世达赖互相炒作，互相以忽必烈和八思巴吹捧，炒作之后，三世达赖变成了藏传佛教的大哥大，俺答则利用佛祖的名义称汗。
林丹汗和沙尔呼图克图就学了这个，沙尔呼图克图带来了自称来自五台山的八思巴开光过的金佛。两人也开始炒作，沙尔呼图克图想取代达赖喇嘛的地位，林丹汗想利用红教打击俺答后裔的正统性。结果就是……人家俺答能靠几十年的武功来逼着全蒙古人信了黄教，林丹汗改信红教时年仅二十六岁，还没有啥卓著的武功呢，不但不能逼着大家改姓红教，反倒招致所有人敌视。
2、在黄教没有话语权
四世达赖，是俺答的曾孙……这也是俺答和三世达赖互相炒作后的条件。四世达赖作为黄教教主，肯定支持的是卜失兔。所以在黄教上，俺答这个遗留的手腕导致林丹汗无法获得“佛祖”支持，如果不能拿下四世达赖，就只能选择黄教之外的宗教。
可以说……
达延汗一手确立的封建体系，导致俺答这个他最有才干的孙子不能做正统大汗。
俺答在蒙古一手扶持的黄教体系，导致林丹汗这个正统大汗无法统一蒙古。
前面的大神们说了很多，我补充另一个角度吧。
因为虽然都是蛮夷，但是女真——满洲这个蛮夷，在汉—蒙古—朝鲜三重影响下，在物质富足水平上跟当时的中原王朝乃至现代人的想象中的有很大不同。
一是商品经济发达，体现在货币流通与铸造上
万历二十七年：
Ilan biya de aisin menggun feteme urebume᠈ sele wereme urebume deribuhe
三月，始炒铁开金银矿（《满洲实录》）
能够开采金银铁矿，说明女真——满洲此时具备一定的贵金属勘探、挖掘能力，面对明朝的经济封锁就有了一定的底气了。至于后续的处理能力更不必说——如果没有，干嘛开采。
万历三十九年：
Taidzu Kundulen Han᠈ gurun i dorgi sargan akū yadara joboro niyalma be gemu baicafi minggan funcere niyalma de sargan buhe᠈ hehe isirakū ofi᠈ kui ulin be tucibufi sargan bahakū niyalma de sargan gaisu seme buhe
太祖查本国寒苦旷夫千余皆给配，中有未得者，发库财与之，令其自娶（《满洲实录》）
崇祯元年 天聪二年：
（Ilan biyai orin nadan de）Han hendume᠈ gurun i joboro yadahūn sargan akū niyalma de sargan gaikini᠈ hūda bu seme᠈ ku i ulin be tucibufi sargan akū niyalma de salame buhe
（三月二十七日），汗（皇太极）曰，令国中困苦无妻者娶妻，与之价钱，遂出库银赈与无妻者（《内阁藏本满文老档》）
努尔哈赤和皇太极都曾经拨国库之财给国中单身穷屌丝娶妻，不仅证明国库有闲钱，更可以证明金属货币在当时的女真——满洲部族中是受到认可的，证明其商品经济发展到了一定程度——可以对比一下东边的小中华朝鲜，当时其民间通用的一般等价物是布。
不仅如此，后金还经历了一次以银代铜的“货币革命”：
天启五年 天命十年：
（Sunja biyai ice juwe de) menggun elgiyen ofi᠈ jiha be takūrarakū seme alara jakade᠈ jiha hungkurere be nakabuha
五月初二日，来告曰，因银充裕，不再使钱，遂停铸钱（《内阁藏本满文老档》）
所以，女真——满洲部族在明末并不是想象中的落后的山中部落，而是一个商品经济高度发达、货币流通频繁的“商业联盟”（暴论）了 。日后的乙巳之变中，皇太极还亲自考察蟒缎（gecuheri）在辽东和张家口的不同价格，立志要在宣大买入在辽东卖出（-_-||，求求你做个大汗吧）
二是战略物资基本不受钳制
我记得知乎历史版块各路大神曾经为了“明代蒙古到底有没有能力自己挖铁炼铁”分成好几派撕成一片，占优势的说法是，蒙古可以简单地用已铸成的铁器制造新铁器，但开采和冶炼铁矿石的能力基本没有。我自己小时候读《智囊》这本书，书里提到蒙古曾经进贡给明朝一块铁矿作为自己有能力开采铁矿的证明以挑衅、最后被识破的故事。
反过来，女真——满洲除了上文提到的开采铁矿外，冶铁打铁的本事也很强。出使后金的朝鲜使者曾亲眼看到，赫图阿拉（Hetu Ala）城北的铁匠铺数量多到蔓延至一里开外，这就保证了在与明的战争中，后金不至于缺乏最基本的军事装备。
另外，另一种战略物资——盐，后金也是不怕明朝的封锁的：
万历四十八年 天命五年：
Ninggun biyade šun dekdere ergi mederi de᠈ deribume dabsun feifume unggihe
六月，始遣人赴东海熬盐（《内阁藏本满文老档》）
所以从物质的角度来看，女真——满洲的物质富足程度要远远好于蒙古，主要的问题就是人口膨胀+努尔哈赤后期缺心眼的统治方式导致的粮荒——不过手里有刀，粮总会有的
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