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如何看待芬兰发现一种新型新冠变异病毒,现有的核酸检测可能会对其失效? 第1页

  

user avatar   lengzhe1984 网友的相关建议: 
      

知乎上问的问题越来越专业了。

还是老规矩先上源报道。

Helsinki-based Vita Laboratories said the variant, dubbed Fin-796H, displayed some mutations previously discovered in the British and South African variants of the virus but in a combination it called "unique".[1]

也就是芬兰的这个病毒突变里边包含了一些存在于英国和南非的毒株的突变型,我盲猜是E484K,当然可能还有其他,这也验证了我以前的一个猜测,E484K可能会是下一个全球流行的优势突变。

当然对于芬兰的这个突变毒株我们的关注点不在于这个突变而是在于是否会使得现有的PCR检测失效。

这个从目前来看,因为没有看到这个 Fin-796H的序列,所以说不好,但是从报道来看,

Vita Laboratories considers the discovery of the new variant significant as it may not show up in PCR tests for coronavirus that search for particular genetic sequences in the virus' RNA.

那么这个毒株的突变位置,可能刚好是我们做PCR检测的那几个位点。

这里边牵扯的就比较多了,我得从头解释一下。

首先来解释下PCR检测病毒的原理。

我们知道新冠病毒是由RNA和蛋白质构成的,而核酸检测就是检测目标样本中是否存在新冠病毒的RNA。

新冠病毒大概有3万个基因序列,其中主要有想S,N,E,M4个大的蛋白序列,以及Orf1a,Orf1ab两个开放阅读框构成。那我们检测一个样本中是否含有新冠病毒,就可以挑选这些序列中一些不容易突变的,同时有具有新冠病毒独特特征的位点来进行检测。只要检测到有这些带有新冠病毒特征的RNA片段,我们就认为这个样本里含有新冠病毒,这也是我以前提到的PCR检测不管死活,只看有没有尸体碎片的原因。

这是WHO给的关于新冠病毒PCR检测区域的推荐[2],其中用的是最早在武汉发现的毒株序列做的对比,用第26141-26253位置的E蛋白序列作为第一检出验证,然后用orf1ab阅读框中的15361-15460长度片段的RdRp酶作为第二检出验证,同时用N蛋白的28555-28682长度片段作为第三检出验证。

概括下来就是WHO给的方法里用新冠病毒的3个特征作为PCR检测的目标来验证样本中是否含有新冠病毒,如果3个全有那肯定是有的,如果只有1-2个有,检测结果就是弱阳性,要不重新采样重新来,要不就去做一个全基因组测序(WGS)来验证。

当然这只是WHO给的一个推荐检测目标,我还看过有一些试剂公司开发的核酸检测试剂里还能检测S蛋白基因片段的。

所以结合上边的信息,这次在芬兰发现的变异毒株,可能是WHO推荐的3个检测位点上出现了突变,导致原有的PCR检测失灵。不过具体是1个突变还是3个都突变了还不确定。如果是1,2个突变,那么还是能检测出弱阳性,但3个都突变了那就完全测不出了。

这可能会使得现有的检测试剂失效,但这也并不是什么无解的问题,解决方案很多,比如改变这3个检测位点,或者增加第四个或者第五个检测位点等等,只要做到对应的升级方案就没有可担心的。

反而最大的提示是,让我们知道了,我们原来选择的新冠病毒中比较保守稳定的特征部分一样会发生这种大规模的突变,导致我们无法检测。

参考

  1. ^ https://yle.fi/uutiset/osasto/news/new_coronavirus_variant_discovered_in_finland/11796958
  2. ^ https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus-assay-v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf



  

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