这两个句子的语义区别主要在于这群医生(假设说这话的是医生)对于“病人是否会陆续醒过来”的态度。
“目前只有两个病人醒了”中的“只有”可以推测出病人醒来的人数本应该更多,但受其他没有预计到的原因的影响,醒来的人数低于医生们的估计。可以看出,这种情况下,病人醒过来的几率是很高的,只不过是时间早晚问题。
“目前只醒了两个病人”的语义则更多的是悲观。手术后,病人的苏醒状态很不乐观,也许其他的病人从此就看不到明天的太阳了。
感觉第一句含"有"字,更像是欧化语法结构。第二句应该汉语本身的结构,另一个类似的句子是:家里来客人了。
从意义上讲,感觉没有太大的区别。