问题

如何看待韩春雨的实验仍然无法被世界各大实验室重复?

回答
韩春雨的实验,或者说他所声称的“NgAgo”基因编辑技术,自2016年发表以来,确实引发了广泛的关注,也带来了不少争议。对于“无法被世界各大实验室重复”的现状,我的看法是,这背后是一个复杂交织着科学探索、同行评议、学术诚信以及学科发展等多重因素的议题。

首先,我们得承认科学研究的本质就是不断被检验和验证的过程。任何一项革命性的技术或发现,都必然要经受住其他独立实验室的重复验证才能被广泛接受。这是科学的基石,也是同行评议的意义所在。如果一项技术真的如最初发布时所描述的那样具有颠覆性,那么全世界的科研人员都会对其产生浓厚兴趣,争相去尝试和复现。如果经过一段时间的努力,仍无法被成功复制,那么必然会引起质疑,并促使人们深入探究原因。

那么,为什么会“无法重复”呢?这其中的原因可能有很多,而且往往不是单一因素能够解释的。

1. 技术本身的复杂性或条件苛刻性:
有时,一项技术之所以难以重复,并非因为它是错误的,而是因为它对实验条件的要求极其苛刻。这可能包括:
特殊的试剂或载体: 可能需要特定来源、特定批次、甚至是经过特殊处理的试剂。或者,其使用的载体构建过程非常复杂,容易出错。
微妙的实验参数: 比如温度、pH值、孵育时间、DNA浓度、甚至细胞系的细微差别,都可能对结果产生决定性影响。韩春雨的NgAgo技术,其核心在于利用一种源自嗜盐古菌的Ago蛋白,这种蛋白的工作机制以及在不同细胞环境中的表现,可能比人们熟悉的CRISPRCas9更为复杂和敏感。
操作者的经验和技术: 基因编辑技术高度依赖操作者的熟练程度和精细操作。即使是同一套方案,由经验丰富的研究者和新手来执行,结果也可能大相径庭。在基因编辑领域,尤其是在早期阶段,很多实验可能依赖于研究者个人的“手感”或独到的经验积累。

2. 原始数据和方法的公开程度:
虽然科研论文会发表实验方法,但有时其公开的细节可能不足以让其他实验室百分之百复现。
“未公开”的细节: 论文中可能省略了一些关键的、未被作者认为“必要”但实际上对结果至关重要的步骤或参数。这并非有意为之,而是作者习惯性地从自己的视角去审视实验,忽略了外部人员可能需要的信息。
数据分析的解读: 即使实验操作本身可以重复,但数据的解读方式也可能影响最终的结论。不同的统计方法、可视化手段,都可能产生不同的理解。

3. 科学界对新技术的“谨慎性”和“质疑性”:
科学发展并非一帆风顺,对革命性发现的质疑是常态。
“非典型性”的发现: NgAgo的发现者韩春雨本身并非基因编辑领域的资深专家,他的研究背景在当时也引起了一些讨论。当一个重要突破来自于一个相对“非主流”的团队或研究背景时,科学界往往会更加审慎,需要更强的证据来支撑。
潜在的偏差和错误: 任何研究都可能存在无意的实验误差、数据处理上的疏漏,甚至是在特定样本或条件下观察到的假阳性结果。当技术声称能克服现有技术的局限性时(例如NgAgo声称能解决CRISPR的脱靶问题),这种“过于美好”的陈述本身就会引发更高的验证门槛。

4. 学术环境和利益驱动:
这是更宏观的层面,虽然不直接指向技术本身,但也会影响科研的进程和评价。
发表压力: 科研界存在“唯论文论”的压力,尤其是在争取国家或机构资源时,发表“重大突破”的论文非常重要。这可能导致一些研究在尚未完全成熟或经受充分验证时就被仓促推出。
同行评议的局限性: 尽管同行评议是科学质量控制的重要环节,但它也并非万无一失。审稿人可能对新颖的技术不熟悉,或者也无法完全复现作者的实验。
“破纪录”的吸引力: 一旦一项技术被报道为“突破”,自然会吸引全球的目光。但如果其基础不牢固,那么这种“破纪录”的吸引力反过来会促使更多人尝试,并在无法复现时加剧质疑。

具体到韩春雨的NgAgo事件,我认为以下几点尤其值得关注:

早期的确有一些实验室声称看到了类似的效果,但其可重复性和稳定性饱受质疑。 有些初步的阳性结果,在后续的深入验证中未能持续或出现其他解释。
大量的重复实验最终未能成功验证其关键的基因编辑能力。 这意味着其声称的“高效、特异”的编辑功能,在众多独立实验室中并没有得到普遍的证实。
在质疑声中,部分关键的实验数据和操作细节的披露,似乎也未能完全打消疑虑。 一些学者和实验室在尝试复现时,发现原始论文中的描述可能存在模糊之处,或者实验条件难以精确复制。
学术界对他的学术诚信也产生了一定的质疑。 这在很多程度上与重复性问题以及数据披露的透明度有关。

那么,从更长远的角度看,这件事给了我们什么启示?

1. 科学的严谨性是生命线: 任何研究成果都必须经得起反复推敲和独立验证。不能因为一次的成功就将其奉为圭臬,尤其是在涉及生物技术这一高度敏感和影响深远的领域。
2. 公开透明是基础: 科研数据和方法的公开透明程度,直接关系到科学的可信度和传播速度。在关键技术的研究中,应鼓励更开放的数据共享和方法学细节的披露。
3. 鼓励建设性批评: 对科学发现的质疑和批评是科学进步的催化剂。一个健康的科学共同体,应该能够容忍不同的声音,并从中吸取经验教训,不断完善理论和技术。
4. 反思科研评价体系: 类似事件也促使我们反思当前的科研评价体系,是否过度追求“快速出成果”和“重大突破”,而忽视了研究过程的严谨性、可重复性和基础性工作。

总而言之,韩春雨的NgAgo实验无法被世界各大实验室重复,不是一个简单的技术问题,而是科学研究过程中一个典型的“挑战与验证”的案例。它提醒我们,科学的进步需要的是扎实的数据、严谨的逻辑和开放的验证,而不是一时的光环或期望。对于这种状况,我的看法是,科学界需要保持持续的关注和审慎的态度,并从中学到宝贵的经验,以确保科学研究的健康发展和负责任的进步。

网友意见

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谢谢邀请。

我会持续关注重复的结果~

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9月15日更新

恰逢中秋佳节,怒更一波,谈谈自己的看法。

一开始韩老师的文章出来后,很多国内外实验室进行跟进,这恰恰说明了该技术是有应用前景和应用市场的。后来这么长时间,这么多实验室重复不出来,虽然还不能定论其是否造假,但基本肯定了,Ago的应用目前阶段还十分不成熟,即使能进行gene editing,其效率也是极其低的,远远没有达到人们之前的期望和挑战Cas系统的阶段。

而且,越来越多的重复阴性结果,也会造成一个问题,就是应该不会再有课题组follow这个技术了,无论最终Nature认定这篇文章是真还是假;除非能给出一个清晰明了的阴性结果的原因,而这恰恰是目前最缺乏的,这是一个遗憾。

科学讲究的是客观,事实。我们可以抱着希冀,憧憬去期待变革,但更要能接受事实,以事实为准绳。

祝各位中秋快乐。

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8月9日更新

感谢 @丁鹏辉的提醒。

新闻消息:Nature: 韩春雨已提交详细protocol
文章链接:Nature: 韩春雨已提交详细protocol
对应Nature链接:Replications, ridicule and a recluse: the controversy over NgAgo gene-editing intensifies : Nature News & Comment

我个人的粗浅看法:

  • 1个方法的稳定性是需要不断重复和修改的,最终是否成功要以事实为根据。科学实验的最可贵的地方在于可证伪,不以任何人的意志为转移。
  • 我们在讨论问题的时候,没有必要选边站队,应该尽可能以包容,开放的态度来对待。专业人员可以多一些耐心,非专业人员可以多一些虚心。讨论问题是为了更方便地获取信息,从不同的角度思考为题,是为了让我们完善思考方式;而不是为了互喷互骂,挣个面红耳赤,这样没有任何意义。
  • 就事论事来说,目前Ng Ago即使被重复出来,其效率应该也远远低于成熟的Cas9系统。除非Ago能够有改进版本,显著提高效率,并且有显著高的准确性,否则对Cas9系统还是没有威胁。

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7月31日更新

感谢 @丁鹏辉的提醒。

赛先生整理了一篇微信文章,题目是:

多国科学家宣布:迄今未能重复韩春雨NgAgo实验结果

文章链接如下:

多国科学家宣布:迄今未能重复韩春雨NgAgo实验结果

可能是NgAgo本身机制的原因,不容易重复,尤其是在除了人体细胞以外的环境中,韩本身也没有在这些环境中试过。现在主要是针对在HeLa细胞中的重复,依然没有结果,这个是很让人失望的,毕竟paper中就是用的这个细胞系。

不过,既然已经申请了NBT的调查,那我们就等待一下调查结果好了!可生物学的调查,没个一年半载是很难有定论的,所以我们需要耐心等待。

虽然我个人极其希望Ng Ago本身是个可用的技术,但科学最牛逼的地方在于可证伪,一切以事实说话。在科学面前,我们只有相信事实,对吧?

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7月29日更新

最近真的没什么动态,我会继续关注。

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7月25日 更新

消息来源:

科学网—韩春雨要上长江学者了

按照省教育厅转发的教育部人事司《关于做好2016年度“长江学者奖励计划”人选推荐工作的通知》(教人司〔2016〕230号)精神,在个人申报、学院推荐的基础上,经学校党委常委会研究,拟推荐张森、韩春雨为2016年度“长江学者奖励计划”人选候选人。现予公示,公示期为2016年7月7日-2016年7月13日。申报材料可到人事处B202室查看。在公示期内如有异议,请以书面形式向人事处反映。联系电话:1530329xxxx,电子邮箱:xxxx@hebust.edu.cn。

祝贺祝贺!

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7月21日更新

感谢:

@丁鹏辉

提供消息!

标 题: 上海神经所仇子龙实验室对韩春雨的工作正式回复

消息来源:仇子龙正式回复weibo

内容如下:

目前总结下我自己实验室对NgAgo的实验结果。

1,NBT Fig3c实验,对共转染的质粒表达的GFP蛋白确实可以看到显著的抑制表达作用,但是DNA水平的切割并未看到,这个实验里面因为被切割的质粒有可能被降解,检测不到突变也不能说明对DNA没作用,当然也不能排除,也许,NgAgo并非作用在DNA水平对基因表达进行了抑制等可能性。

2, 基因组水平的实验重复,

a. 我们用NBT文章中的一模一样的ssDNA与薛天老师带回来的NLS-NgAgo进行实验,在293细胞中无法重复NBT文章中的dyrk1a等基因的切割与Indel等等。没有在Hela细胞中进行实验。

b. 我们自己设计了针对人源的kras, p53等基因的ssDNA,分别在293细胞中human kras, p53基因上看到过测序水平的indel,且是ssDNA靶点区域的deletion,但是频率不高,低于5%,同批比较的cas9切割效率20%。

c, 我们自己实验室还在重复,优化各种条件,比如筛选等等。

3,这是我们自己实验室的结果,其他的老师的结果我没有发言权,不评论

4,我呼吁一下,目前这些实验结果距离NBT文章中的结果相差甚远。目前急需韩春雨老师提供可重复NBT发表文章的NgAgo,或者优化的Ngago2.0, smart版本等等进行实验。越多实验室的重复与推广,才能越将NgAgo的工具发扬光大。

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7月20日 20:30分更新

消息来源:mitbbs

发信人: jiaxiaofang (), 信区: Biology
标 题: 上海神经所仇子龙实验室可以重复出韩春雨的工作
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 20 00:06:48 2016, 美东)

仇子龙自己确认的,并且同意公开确认可以重复出韩春雨的工作,他说效率低、但是可
以看到基因组水平的indel。

目前世界上第一个确认这一点的实验室。

拭目以待,早晚打脸 [手动微笑]


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7月19日 16:30更新

消息来源:mitbbs

发信人: nwys (nini), 信区: Biology
标 题: 忙了五个星期,NgAGO重复实验总算告一段落
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jul 15 18:37:47 2016, 美东)

我现在在包子顿H家一实验室,先不报老板名号了

刚开始按韩的protocol做了一段时间,任何效果都没有。后来让国内中科院一个同学的
同事,他认识韩做了个介绍,联系了韩。韩也没有直接说具体细节,但提醒了一下实验
过程中注意三方面问题。被人打了太极,小有不爽。但不甘心,就把所有用过开过瓶的
材料都扔了,重新一步一步做。做的中间发现了一个问题,才发现韩点播的很有道理。
于是调整了步骤,这在韩的paper里没有提。恰恰是这一步调整,后续平行结果虽说
variation很大,但平均值已经比较客观。关键是测序也和韩的报道能温和。

苦战了一个多月,先去吃火锅了。下周把详细结果会发到BioRxiv这位大兄弟太极拳应该也是宗师级!

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7月17日 第2次更新。

补充2个资料,(均来自于google group)

第1个资料,是一个pdf,是韩老师在各平台的讨论结果。
下载地址:

yunpan.cn/cBbG38Rm4renz

(提取码:234f)

第2个资料是电话录音。
下载地址:

yunpan.cn/cBbGR2GBff7wf

(提取码:a07a)

是韩老师与第三军医大学的同学的13min通话录音,主要是关于paper重复性的建议与说明。大概是4个部分。

第1部分,韩老师建议,先重复fig3-C。

Ng Ago 10:1 到 8:1

guide 200ng

GFP 40ng

293T,HeLa细胞,建议用HeLa细胞。第2部分,fig4 按照补充材料,是可以做出来的。
第3部分,Ng Ago 2.0版本已经有了结果,植物已经有了结果,小鼠还没有结果。
第4部分,用电转做不出来,另外韩老师怀疑有资本的力量控制网络水军。

PS 听了韩老师的录音,虽然还没有结果,但是更加坚定地认为,这个Ng Ago可信!

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7月17日更新,之前法国人生成重复出来的结果,发现是引物二聚体,所以很遗憾,到目前为止,还是没有可信的重复。

最新贴图如下:


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7月15日更新。

最近有人重复出来了Ng Ago的结果!!!

重复者是法国人:

Dr Gaétan Burgio

原文:

#TAGC16

OK following the talk I put here my first PCR results on

#CRISPR

editing in mice using NgAg -> Efficient !!!PCR电泳图:


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韩老师在北大报告的时候,解释得很明白了,在转染DNA 的时候需要转染的是ssDNA,细胞的状态,窗口期,转染时候的污染问题都需要严格考虑。这个当然需要技巧了。

他所谓的2.0版本,是不转染ssDNA,而是转染带有ssDNA序列信息的质粒,然后在细胞内产生ssDNA。这样的改进,1是方便转染,2是更可能做genome screening,更容易工程化。

我不怀疑结果的另一个理由是,一个从来没有CNS文章的实验室,而且作者单位,哪怕是作者单位所在的省份,估计审稿人都没听过,前前后后argue了2年左右,最终才发表的成果。对于这样的文章,我当然相信了。

不过,还是要等半年到1年左右,继续等结果吧。

妈蛋,我就是恶心Fang,利用自己的影响,随随便便质疑这个,质疑那个,坐等打脸。

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我重复一篇被引用上千次,发表于1964年的文章里的实验。。。重复了估计有小一年才得到稳定的结果,步骤极其简单,要注意的东西却有千千万万。所以,目前我还是挺韩的

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