如何看待石正丽团队研究称新冠病毒可能起源东南亚地区?
研究的核心观点与证据支撑
首先，我们得了解石正丽团队提出的核心论点是什么。根据公开的信息，他们的研究似乎更多地侧重于通过基因测序和演化分析，来推断病毒的早期起源地。这通常涉及到以下几个方面的证据：
基因组的变异与溯源： 病毒在传播过程中会不断产生突变，这些突变就像是病毒的“指纹”，可以帮助我们追溯其演化路径。通过比对不同时间、不同地域采集到的病毒基因组，科学家可以构建一个“病毒家族树”，从而推断出最早的祖先病毒株可能在哪里出现。如果东南亚地区发现了与早期病毒株高度相似但同时又具有一些早期特征的病毒，这就会成为支持其为起源地的证据。
病毒与其他已知病毒的亲缘关系： 许多新型冠状病毒并非凭空出现，它们往往与蝙蝠或其他动物体内已有的冠状病毒存在一定的亲缘关系。通过比较新冠病毒基因组与来自不同地区、不同宿主（尤其是蝙蝠）的冠状病毒基因组，可以帮助我们锁定病毒可能发生跨物种传播的地理区域。如果东南亚地区的某些蝙蝠种群体内携带的冠状病毒，在基因组上与新冠病毒有更近的相似性，那么这也会指向该地区。
生态学与流行病学信息： 除了基因层面的分析，研究团队还会结合当地的生态环境、野生动物贸易情况、早期零星病例的流行病学调查等信息来佐证其推论。例如，东南亚一些地区存在着丰富的蝙蝠物种多样性，同时也有活跃的野生动物市场，这些都可能为病毒跨物种传播提供机会。
东南亚地区作为潜在起源地的逻辑
将目光投向东南亚并非是凭空猜测。这个地区拥有一些值得关注的特点：
丰富的蝙蝠多样性： 东南亚是全球蝙蝠物种最集中的区域之一，而蝙蝠被普遍认为是多种冠状病毒的天然宿主。这意味着该地区存在着巨大的病毒基因库，为新型冠状病毒的演化提供了丰富的素材。
复杂的生态系统与人类活动交织： 东南亚地区许多地方的人类活动与野生动物栖息地之间的界限并不清晰。丛林地带的开发、野生动物的捕猎和交易，都增加了人类接触可能携带新型病毒的野生动物的机会，从而增加了病毒跨物种传播的风险。
历史上的类似事件： 包括SARS在内的其他冠状病毒疫情，其早期病例也曾在东南亚地区出现或与该地区的贸易活动有关联。这为该地区再次成为新型病毒发源地提供了一定的历史参考。
这项研究的意义与局限性
石正丽团队的这项研究，如果得到进一步的证实，其意义是多方面的：
深化对病毒起源的理解： 能够更精确地锁定病毒的早期演化地点和可能的中间宿主，有助于我们理解病毒如何在自然界中演变并最终感染人类。
指导未来的防控策略： 如果病毒确实起源于特定生态环境或特定野生动物，我们可以更有针对性地加强对这些区域和物种的监测，并规范相关的野生动物贸易行为，从源头上降低未来爆发类似疫情的风险。
促进科学合作与信息公开： 科学的溯源工作需要全球的合作和公开透明的数据共享。这类研究的提出，可以鼓励更多的科学家参与进来，贡献更多的数据和观点，从而共同推动溯源进程。
然而，我们也必须看到，新冠病毒的溯源是一个极其复杂且充满挑战的过程，目前尚未有任何一项研究能够被广泛接受为最终定论。 石正丽团队的研究，即使提供了新的线索，也可能存在其局限性：
证据链的完整性： 基因序列和流行病学数据只是拼图的一部分。要最终确定起源地，还需要有更直接、更有力的证据，比如在特定地点和时间发现与人类感染的病毒高度一致但尚未发生传播的病毒株，或者确定具体的传播链。
研究方法的解读： 不同的研究团队可能会采用不同的模型和假设，对相同的数据进行分析，从而得出不同的结论。对这些研究的解读需要严谨和批判性思维，不能简单地接受任何单一的结论。
地域性偏见与政治化干扰： 新冠溯源问题本身就带有一定的敏感性和政治色彩，这可能会影响到研究的客观性和公众对研究结果的接受度。我们需要警惕任何试图将科学研究政治化的行为。
总结来看， 石正丽团队提出新冠病毒可能起源于东南亚的研究，是科学探索过程中一次有价值的尝试。它为我们提供了新的研究方向和思考角度。但正如所有科学发现一样，这一结论需要在更多独立的研究、更全面的证据以及同行评审的检验下才能被确证。对于公众而言，保持开放的心态，关注科学证据的进展，并理解溯源工作的复杂性和长期性至关重要。我们不能因为某个团队的研究而急于下结论，而应该鼓励持续的科学探索，直到我们对病毒的起源有更清晰、更科学的认识。
网友意见
倒不如说从一开始就一猛子zz化问题的人多少沾点那啥。
病毒来源的研究不少了，一月吧一份研究蛇的文章闹了个笑话，随后华农的预告引爆舆论，华农开完新闻会高福屁颠颠抢了先手发了篇分析穿山甲的文章。之后就是华农发了自己的研究，声明穿山甲参与了病毒重组。然后是香港、比利时报告了狗和猫能感染新冠病毒，荷兰、美国等团队证实貂能感染，老虎和狮子也有报告。反正从研究来看蝙蝠和穿山甲基本上是病毒成型过程中跑不掉的两位，其他动物如猫和貂可以有症状的感染病毒。
至于穿山甲嘛，大家都懂的，跨境贩卖野生动物不是什么新鲜事了，华农那组就是拿马来穿山甲做的研究，所以相关研究自然要往南亚方向走。石正丽这组我看她是通讯作者，记得是46页pdf orz。之前以为她们会从穿山甲下手，结果还是从蝙蝠这个角度做分析，她的团队真的挺执着的，追蝙蝠国内也没多少人吧。
研究内容没什么好讲的，就是生信分析，总结数据然后按地区进行溯源。文章先说我国幅员辽阔，蝙蝠种类多导致病毒也多，流动范围也广，然后通过对各地蝙蝠进行采样，汇总不同地区蝙蝠体内的病毒类型，按照α和β两大类分析。之后分析了两类病毒的跨物种传播能力，α属那个图给人的印象最深，人送外号在下冠状有何贵干，不同物种间反复横跳，β属则稍微弱一些，但仍可以发生跨物种传播。而此次的sars-cov-2在亲缘关系上跟β属的冠状病毒更近一些，所以病毒来自自然不是没有理由的。
再然后就是地域分析了，不同地区有啥病毒分析一下，发现南方病毒多且各地间的病毒按照算法计算结果来看也发生了流动，大致西南到东南，从南往北，差不多就是这么个路子。南部？等一下，马来穿山甲哪来的？
文章在bioRxiv上发的，大家可以自己下下来看看，图片挺好看的www，现在就看同行评议了呗，像我这种小白也就只能高呼dalao nb了www。
有些人非得把一个学术问题zz化，多少沾点那啥。天天骂美国人反智不信科学家还怼盖茨，我寻思了一下，好像还没哪个媒体给石正丽道歉吧（托腮），说实话，咱不少人也好不到哪去。
btw，这文章发出来也有好几天了吧，怎么没见热度？真就怕自己被打脸呗
这问题下边那几个匿名的敢把名字亮出来嘛，啥也不看就在那哔哔赖赖，属实带学者。觉得人家的研究不对，那就自己做研究去，要不然就等同行评议和重复实验来打石正丽的脸。无论你们说什么，RaTG13就在那，觉得不对的能写点文章出来给大家开开眼吗？成天哔哔赖赖拿那套泼妇骂街的思路聊研究，建议SpaceX用水洗煤把这群人先射上去。
又看了下结论，知乎这问题问得不好。在discussion部分这组研究认为自己的病毒数据来源是中国境内，在此基础上得出新冠病毒可能来自云南的马蹄蝠（？），但该物种在东南亚也有分布，所以不排除病毒来自这些国家的可能。
也就是说知乎这题目有点标题党了。另外，我个人建议国家层面也应该积极推进跟周边国家在野生动物研究上的信息交互，不能让真相被边境线限制了。
更新一下
穿山甲已经从药典除名了！
最近因为孩子不开学的事情弄的几乎没什么时间写知乎了，难得今天有时间起抓紧时间写点。
5月底的时候，由中国武汉病毒研究所，广东省生物资源应用研究所、澳大利亚昆士兰大学、杜克大学-新加坡国立大学医学院，以及美国环保生态健康联盟合著的一篇论文发表在biorxiv上，我估计这篇能发个CNS。
论文的通讯作者有两个，一个是Peter Daszak，另一个就是我们熟知的石正丽研究员。论文方向非常冷门，是进化生物学领域的，主要是讨论α和β两个冠状病毒属在蝙蝠以及其他物种之间的跨物种传播和进化起源。
文章里有很多有意思的推断，其中有两点我觉得是非常重要的。
1.关于新冠病毒的起源，文章分析了中国所有已知的蝙蝠冠状病毒，然后进行的地域分析，认为云南等地是最接近新冠病毒的起源的地方，但是因为某些蝙蝠采样涉及到了云南与东南亚的边境地区，所以不排除缅甸，老挝，越南或其他东南亚国家地区的可能性。
2.根据冠状病毒的跨物种感染情况以及进化情况的分析，有更确实的证据证明这个病毒来源于大自然而不是实验室。
这与我以前几篇文章中的推测非常接近，说病毒是实验室造出来的人都是对生命科学没什么了解的人群。论文也再次验证了我的另一个推测，病毒很可能是起源于东南亚地区，尤其是中缅边境以及越南，老挝等东南亚地区，其中的马来菊头蝠，很有可能是新冠病毒的起源。
论文标题是Origin and cross-species transmission of bat coronaviruses in China，翻译过来应该是中国蝙蝠中携带的冠状病毒的跨物种传播研究。
研究团队采用了贝叶斯统计框架和中国所有已知的蝙蝠冠状病毒的序列数据，然后用生信分析的方法分析了它们的宏观进化、跨物种传播和在中国各地的分布情况。
这个贝叶斯统计的问题是个很大的糟心事情，我一个数学渣实在是没办法能通俗的来给大家解释这个问题，涉及到先验分布和后验分布还有一堆学术争论，反正大家通俗的理解这就是一个统计学计算概率的方法好了。
有一点要首先确认的是，因为石正丽团队十几年的艰辛研究，我们对中国境内的蝙蝠所携带的冠状病毒情况有了一个比较完善的了解。所以我们才能做这种全国范围的大规模的进化分析。
论文研究的病毒序列来自宿主数据集包括701个α-CoV序列（353个新序列，包括102个新SADSr-CoV来自41种蝙蝠（14属，5个科）的序列和528种β-CoV序列（273新序列，包括97新SARSr-CoV的序列（Sarbecovirus从31蝙蝠）（15个属，四个科）。其中地理数据集包括来自677个α-CoV序列动物地理区域（22个省）和来自五个动物地理区域的503个β-CoV序列（21个省）。
研究团队对630个蝙蝠携带的冠状病毒的一个关键基因RdRp酶（RNA聚合酶，病毒自我复制的关键酶）进行了进化分析，这些测序样品大部分都来自石正丽团队在野外对蝙蝠的粪便和肛拭子的采样进行测序的结果。
其中对α属和β属的分析可以看出来，α属病毒发生了更多的跨物种传播，而β属更稳定一些。
然后下边这部分看不懂就跳过就行。
蝙蝠α-冠状病毒由七个家系（L1-L7）组成，对应不同亚属。其中第一个α-冠状病毒家系对应于Rhinacovirus亚属，起源于菊头蝠科蝙蝠（rhinolophid bats），它包含蝙蝠冠状病毒HKU2相关和SADS相关的冠状病毒。 β-冠状病毒则由四个亚属组成。Merbecovirus亚属以蝙蝠科作为宿主，包括MERS相关冠状病毒、HKU4、HKU5冠状病毒；Nobecovirus亚属来自狐蝠科，包括HKU9冠状病毒； Hibecovirus亚属来自蹄蝠科；Sarbecovirus亚属主要包括来自菊头蝠的SARS相关冠状病毒和HKU3冠状病毒。
从能上图β属的分析来看，新冠病毒SARS-CoV-2和来自马来菊头蝠、中菊头蝠以及穿山甲的冠状病毒亲缘关系最近。当然，还有一种可能是蝙蝠β属冠状病毒的进化祖先宿主也可能是菊头蝠科和蝙蝠科蝙蝠。
对于跨物种传播的分部，上边2个图更能直观的看出α属的病毒的跨物种传播有多么的跳跃，基本就是反复横跳。这就是基于前边提到的贝叶斯模型算出来的。
结论差不多是，α属病毒的横跳发生率是β属病毒的5倍。在α属冠状病毒中，来自菊头蝠科和长翼蝠科的跨科传播更加常见；对β属冠状病毒来说，来自菊头蝠科的跨科传播最为常见。所以为啥猜测菊头蝠是源头，因为它容易横跳也是一个重要的原因。
接下来一个重要发现是，冠状病毒的区域进化和分布，这对病毒的起源追寻有非常重要的作用。
其中的缩写对应地区是：西南地区（SW），北部地区（NO），中北部地区（CN），中部地区（CE），南部地区（SO）和海南岛（HI）。
从数字可以看出西南地区和南部地区是病毒集中的地区，尤其是西南地区，这里是我们跟东南亚接壤最多的地区（青藏高原那边不算，太高了）。
上边这2个图也直观的说明了在我国境内，α属冠状病毒和β属冠状病毒的跨物种传播，明显α属多很多，而β属冠状病毒的两个发源地可以看出来一个是南部地区，一个是西南地区。西南地区可以理解为与东南亚接壤，那么，南部地区呢？全球野生动物走私链条了解一下。
不夸张的说，广东那边的野生动物走私贸易，已经服气了。
举个例子，蝠鲼（fufen），这种名字看起来和蝙蝠有点像的鱼类。
根据调查结果，全世界99%的蝠鲼的鳃的交易中国广州的清平市场。因为某些人群的口腹之欲和声称的奇怪的药用价值，这种本来生活在大洋里的鱼类差点要被灭绝了。穿山甲不也是因为这种奇怪的原因快要灭绝了吗？
而且我们这次也在广东查货的走私马来穿山甲里也找到了与新冠病毒基因相似度极高的穿山甲冠状病毒，到现在了还不能警醒一下吗？
感到欣慰的是，全国人大常委会在2020年2月24日，颁布实施了《全国人民代表大会常务委员会关于全面禁止非法野生动物交易、革除滥食野生动物陋习、切实保障人民群众生命健康安全的决定》，今年的5月1日，广东的新版《广东省野生动物保护管理条例》也已经实行了，真的希望做到，有法可依，执法必严！
自然环境病毒入侵人类社会虽然是一个不可避免的现象，但是食用野生动物与野生动物贸易这事，无疑大大加速了这一个过程。
补充一个刚刚看到的好消息
为进一步加大对穿山甲的保护力度，我国将穿山甲属所有种由国家二级保护野生动物提升至一级，这标志着当前在我国自然分布的中华穿山甲，以及据文献记载我国曾有分布的马来穿山甲和印度穿山甲将受到严格保护。
看了一下各位的回答
作为一个生化科研农民工五味杂陈
VC最近不怎么活跃，还剩冷哲在认真科普，评论都不敢开
一会蝙蝠一会东南亚，虽然有道理，但总感觉石正丽老是想给美国实验室洗脱罪责。
我很可能是错的。
但我从一开始就坚持认为是毒来自美国实验室。我来梳理一下我所猜想的路线图：
原始病毒来自东南亚的蝙蝠--------东南亚人吃蝙蝠————东南亚人得病--------日军攻占东南亚时注意到这种病毒--------日本人把病毒样本采集送到731部队研究————美国二战后包庇731部队，把连同新冠病毒在内的大批细菌和病毒样本带到美国研究————美国德克里特堡生物实验室事故，泄露了“改良”后的新冠病毒————周围居民感染，病毒在美国蔓延——————部分美国军人运动员感染后到武汉参加军运会————感染了武汉居民—————...........
这只是我的猜想啊。
猜想不算造谣啊。
谢绝跨国追捕。
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